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“气功”这两个字，除了在晋朝许逊《净明宗教录》出现过“气功阐微”的记载之外，其他道书丹经鲜少出现。20世纪40年代初期，中国开始有人在武术、医疗的著作中使用“气功”这个字眼，1934年杭州祥林医院出版的《肺痨病特殊疗法——气功疗法》，以及1935年中华书局出版的《少林拳秘诀》，都以“气功”表示呼吸锻炼之术；在1953年刘贵珍出版了《气功疗法实践》一书之后，气功一词便大肆风行，1979年7月，中国国务院召开中国气功汇报会，始予气功正式定名，并将养生功、导引、吐纳、行气、修道、坐禅、炼丹等各家各派的功法统称为“气功”。
如此一来，“气功”变成一个包罗万象、含糊笼统的名词。刘贵珍在其书中给气功下的定义是：“‘气’是代表呼吸的意思；‘功’就是不断地调整呼吸及姿势的练习。”但是这个解释并未获得太多的认同，许多专家都指出这个定义的缺陷，著名的养生家蒋维乔就说：“现在大家讲的气功，就是古代的养生法。”因为现代气功既不期望练出武术的威力，也不将之视为修道的一部分，所有的着眼点仅在健康，无非就是古人所说的“养生法”。
除了名词上的争议，有些学者压根儿就主张气功无法成为一门科学。例如中国精神病学教授李胜先就认为，气功是唯心的，是一种自我暗示的身心锻造方式，毫无形迹可寻，无法建立理论系统。很多人赞同他的说法，要在科学上寻找气功定义的做法，无非是缘木求鱼，徒劳无功。
气功的定义似乎难下定论。笔者认为，不如根据道家的“炼精化气，炼气化神，炼神还虚”这个修炼公式加以检视，因为这个公式至少告诉我们：练化会造成改变。而且，精气神的成分、功能各自不同，精不等于气，气也不等于神，既然三者各不相同，就应该分开来称为精功、气功、神功才恰当，否则如何分辨练功的层级？近代将之统称为气功，是因为缺乏气有等级的观念，如同科学家将脑波分为α、β等各种等级，因为各个等级的脑波频谱不一样，可见人体接受的能量不止一种，不宜将多种能量统称为气。
曾任中国道教协会会长的陈撄宁在1957年写的书中也主张：“气功”应专指“炼气之术”，应该与“炼炁之术”“炼神之术”区隔开来，但是如此一来，分类又变得非常复杂；不如沿袭古人的说法，把所有的功夫统分为外功、内功两大类，凡在身体外部动作的一律称为外功，如武术、导引、站桩等，凡在身体内部进行的能量修炼一律称为内功，如呼吸吐纳、行气守窍、运转周天等，至于修道、坐禅、瑜伽等等，则可将之归属于派别的不同。但是，外功和内功并非独立不可，反而大都是两者配合运用的。历来的武侠著作和此说法相符。野史、小说里都称侠客为“内功高手”“内外兼修”，从未听过任何一部著作使用“气功高手”这个字眼。
目前，“气功”这个名词已经风行全世界，要将它分别改成气功、精功、炁功、神功确实也相当费事，如果要沿用这个名词，并将它作为广义解释，或许可将气功定义为“锻炼人身能量的功法”，以有别于外功的定义“锻炼人身形体的功法”。“锻炼人身能量的功法”这个定义既可涵括不同的门派，也可统摄全部的炼气阶段，任何气功功法都可以在这个定义中找到定位。