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从治理的目标上来说，习近平在第二次中央新疆工作座谈会里已经指明，新疆的治理定位就是要坚持依法治疆、团结稳疆、长期建疆，这既是治疆理论的重要创新，也包含了新疆的治理目标。新疆治理的总目标即社会稳定和长治久安，这是新疆治理工作的总要求。具体地说，新疆治理现代化的目标体现在以下四个方面。
第一，在国家治理体系框架下建立起新疆治理体系，落实价值标准。
以制度化、程序化将党的领导落实到新疆治理上，使中央的战略与新疆地方实际结合，使国家治理理念、制度和整合力在新疆得到全面贯彻。
制度层面的基础必须打牢，治理体系是基础性的目标，也是事关进一步进行新疆治理的关键工作。既要从地方着眼进行立法和行政等各项体系的建设，同时又要确保其在国家治理体系框架之下，使党的治疆战略能够在新疆得以全面贯彻和正确实施，防止出现工作中的政策扭曲、利益错位、措施脱节等现象。
而这一问题的实质是治疆体系的顶层设计中必须体现中央的权威，地方对于中央权威的服从，即政治意识和大局意识。只有这样，才能正确处理中央与地方的关系，使新疆地方的治理体系发挥优势，造福新疆各族人民群众，实现党和国家全面推进小康社会的目标。
第二，治理体系能够符合新疆区情，实现治理绩效标准。
治理的行之有效，特别是体现在对“三股势力”能够有效打击和遏制，实现社会稳定和长治久安。
落实党的治疆方略还必须发挥地方的主观能动性，不能将内地省区的发展模式和治理模式生搬过来，那种懒省事的做法，虽然看上去是有章可循的，不会犯错误，但实际效果上看，因为忽视了本地区的区情，往往事倍功半。
在新疆，“三股势力”的活动呈现高发频发态势，对于新疆的社会稳定和民族团结构成严重危害，当前新疆经济社会发展的重点问题之一就是有效遏制“三股势力”，将民族团结作为新疆最为重要的群众工作，在实践中增强妥善处理涉及民族关系、民族团结的各种社会问题，提高利用各种有效途径维护民族团结的工作能力，促进各民族交往交流交融，在民族团结工作的绩效上真正达到习近平在第二次中央新疆工作座谈会上的要求：“各民族要相互了解、相互尊重、相互包容、相互欣赏、相互学习、相互帮助，像石榴籽那样紧紧抱在一起。”
打击和遏制极端宗教主义，还必须处理好民族宗教事务，实现宗教和谐。探索用现代方法治理宗教的对策，促进宗教人士、宗教教义、宗教信众能够积极回应新疆现代科技、宪法法律、民主政治、社会伦理等各个层面的社会进程。只有这样，才能广泛团结宗教界，引导宗教回应现代化、回应社会主义。而法治的手段，最能够体现现代国家的中立态度，不介入宗教之间、宗教派别之间的斗争，对宗教界保持公平和宽容，从而树立国家的威望和法治的权威。
第三，能够推动治理实践，实现治理现代化的组织标准。
保证公共权力运行为民谋利，保障新疆各民族对制度建构的认同，激活各族人民建设新疆的活力和信心。
根据国家治理的多元、法治、协商、合作、共治这些组织现代化标准，新疆在地方治理中，需要将各种治理主体纳入治理结构中来，依照宪法和法律进行管理地方各项事务，增强法律意识和法律素养，提高运用法律手段解决民族问题的水平。而组织的机制主要依靠协商民主机制实现，使协商民主在解决民族地区的社会矛盾、在促进民族地区民主和民生发展方面更具可适应性，促进新疆社会各种力量良性互动、维护宽松稳定团结和谐的政治环境、推进各民族合作共治。
伴随着新疆市场经济的发展，体制和机制的改革是必然的，改革带来利益的变化也成为新疆社会稳定的变量，问题集中到治理的组织力上，在构建新疆治理体系的过程中，组织标准要求这一系统必须是一个开放的系统，是一个随时接受实践检验的系统。各领域的治理体系不仅各个系统彼此是开放的、互相磨合的，而且整个体系与新疆民族地区政治、经济、文化、社会、生态等建设环境也是开放的、有效联结的。
治理体系的运转必须紧密结合新疆地区的实际，以增进新疆人民的权利和利益为宗旨，在民生、生态保护等方面实现人民群众的心愿，只有这样，这一治理体系才能够得到各族群众的认同，这一体系才有可能得到进一步的实践，并逐渐完善。
各民族群众的利益在市场经济中可能要遇到集团利益、商业利益、部门利益等的干扰。这些利益在现实生活中结成紧密的利益链，如果权力不受约束、无人约束，意味着他们更大的决策影响力，而增进普通民众的福祉、改善民生和生态等问题则变得更加困难。利益矛盾势必破坏民族关系，激化社会矛盾，对新疆的社会稳定和长治久安不利。
那么，问题和症结即在对于利益链的拆分和限制，依靠法治是一条有效途径。另一条主要途径即是协商民主，将各民族群众纳入决策体系，使他们的权利有可能成为一种现实的权力。广泛表达、多层次参与，从根本上遏制利益链的权力。在此过程中，不仅化解矛盾、达成共识、增强认同，而且各民族在共同利益上达成新的团结和彼此的合作。