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上学难的危害，首先是破坏了社会的公平正义。实现教育公平是人类的美好愿望，也是现代教育的基本目标之一。《世界人权宣言》确立了“高等教育应根据成绩（能力）而对一切人平等开放”的原则。这条原则体现了教育公平的重要内涵，即受教育机会均等以及能力与教育资源分配对等的原则。在免费高等教育政策下，由于教育投入有限，使得整个高等教育规模与适龄人口的比例极不协调，造成受教育机会很少的不公平局面。但是学费过高的政策，则会加剧城乡间在接受高等教育方面的不公平。首先，很多农村学生特别是贫困生被挡在了大学的门槛之外。其次，能上学的农村学生也只能选择较差的学校和就业情况不好的低收费专业，从而影响他们的生活前景。
其次，上学难会影响高等教育的健康发展，从而影响到国家的“人才强国”战略。《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010 ～ 2020 年）》在“战略目标”中提出，到 2020 年，基本实现教育现代化，基本形成学习型社会，进入人力资源强国行列。人才，或曰人力资源，是一个民族经济、科技、社会、政治、军事、文化、体育、卫生等等各个领域发展的基石，是一个国家综合国力提升的关键，因而，上学难对一个社会的危害是长时期和宽领域的，是深远和系统性的。
最后，上学难问题还影响到困难学生家庭的生活水平的提高和生活质量的改善。特别是对于来自贫困地区的特困生，四年的上学费用近 4 万，可能相当于整个家庭 10 年的纯收入。有的家庭因为供孩子读书，节衣缩食，甚至债台高筑。他们感叹“考大学难，考上大学更难”。可是这么高昂的代价换来的却可能是“毕业即失业”的沉重结果，因为这些年的初次就业率都只有 70％左右，与“上学难”并列的还有一个“就业难”。