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近代自然科学（经典科学的早期形态）是以形而上学思维（体现于机械论的自然观、科学观和方法论中）取代古代直观辩证思维（包括系统思维）方式的发展结果。形而上学取得支配地位的重大的历史根据，就是系统科学不能与近代自然科学同步产生——因为这时期两种思维方式是相互冲突的，且自然科学的形而上学思维方式处于斗争的上风。19 世纪中叶，以一系列自然科学的伟大发现为突破口，开始了科学向辩证思维（包括系统思维）复归的历史进程，20 世纪中叶达到高潮。整体、联系、动态演化、自组织的观点，非平衡态、不可逆过程和非线性特性等被接受，承认模糊性，接纳目的性、秩序性、组织性和能动性，实体研究转向关系研究，系统的观点已经为世人所接受。
系统科学的发展，把许多问题的研究从传统世界带入系统的新天地，同时也为问题的研究和解决提供了新平台和新背景。
有人说世界科学技术史是具有辉格党人特点的，因为在人类科学技术系统中只对科学技术最具有推动作用的人进行记录，而默默无闻的推动者则被遗忘。从系统功用角度认为，对于科学技术系统的推动，不仅包括最具有推动作用的伟人，也包括默默无闻的科学技术人员；因为，默默无闻的成员通过系统作用，使科学技术达到一个整体的高度，科学技术伟人只是这个系统整体高度的代表，正如牛顿说：“自己是站在巨人的肩膀上。”
如何认识和把握系统中的整体功能和部分功能的满足需求问题，是系统效用认识论问题。围绕系统效用认识研究，全篇展开为三个方面：一是系统科学的发展推动认识领域的发展，推动哲学的发展。二是“效用”一词从经济领域引入一般系统领域，体现了人类以系统条件下的实践为基础的目的性认识，体现人对系统实践的一定可控性，体现了人对系统实践的有效性的重视；另一方面，体现了对系统自组织的目的性的认识，体现人对系统自组织演化自然规律的把握和尊重。三是系统效用认识研究，沿着系统的整体功能和部分功能的满足主体需要的方向，探寻人类天性的优灵主体性本质，揭示系统条件下人类系统效用认识的一般规律、特性和方法。人类生活是处于普遍社会系统中的，因此，系统效用认识论可作为一种应用认识论，在最紧贴实际、紧贴应用、紧贴满足需求的社会系统中，具有一般应用的系统认识论意义。
当今世界科学与技术突飞猛进，全球化已经成为世界的基本格局。人类进入了一个全新的系统生存状态之中。人类面临诸多全球化问题，个体也面临知识与信息爆炸的系统化、全球化认识问题，这为哲学研究提供了新的背景。当哲学研究从泰勒斯、苏格拉底、亚里士多德、康德、黑格尔、马克思、海得格尔等伟大哲学家走来；当哲学研究从存在、意义、价值等转向分析哲学、语言哲学等后现代哲学；当科学技术使人类物质文明获得较大丰富，却引发的物质文明下的人与人之间关系的失调以及人和自然的冲突，即科学主义与人文主义出现割裂……哲学萌芽着新的使命。谁都不会否认，当今的世界是全球化的世界，其核心是系统化。系统科学已经作为一个新的航标引领人类思想理论发展的前沿，也将推动诸多问题的解决。
我们的思维是用来做什么的？我们的思维是人脑的机能的产物。首先，思维是为人的存在和发展服务的。我们有想法，有思想，反省，这一切都作为能动的东西在我们的头脑中。思维能够作为人类能动的指令来源，我们的思维可以无穷无尽的运用在生活服务中，这一点是平等的，没有高贵与贫贱之分。但是，思维还是区分层次的。因为，从思维的发生情况来看，人的思维经动物思维发展而来，从原始思维发展而来，是由低级向高级发展的。我们一开始的思维，如婴儿思维，一定是带有原始本能的，因此，思维的第一个层次是本能思维，类似动物思维。第二个层次，是思维从发生以后，进入到相对独立的状态，被人化和社会化，即具有社会意义的人的思维。我们大多都处在其中，这个思维层次是社会的基本思维层次，是一般意义上人的思维层次。它直接对应的是服务一般意义上的人类社会生活和实践。第三个层次，是思维围绕一般意义上的生活，并超越一般意义上的生活的思维，思维的意义在于使意识和思想相对的高度独立，并在专门的方向上获得成果，反过来指导一般意义的专门层次的生活和实践。这就是一般科学思维。第四个层次，是最高的最抽象的整体智慧的思维。思维相对独立达到最高程度，在于统摄世界，认识世界，在思维能够达到的最高层次指导实践改变世界，它已远离一般意义的生活，它是最高的智慧，称为哲学。
马克思说：“哲学，从其体系的发展来看，不是通俗易懂的；它在自身内部进行的隐蔽活动在不同人看来是一种超出常规的、不切实际的行为；就像一个巫师，煞有其事地念着咒语，谁也不懂得他在念叨什么。”
其实，人类是生活在哲学之中的，不管你是伟人还是平民，都在哲学之中生活着。我们任何一个认识，任何一个决定都是在哲学指导下进行的，不管你是否意识到，她都这样进行着。我们从来都小看了哲学在自己的身边，恰恰是因为这样，缺少了哲学，觉得自己的生活总是遇到越来越多的困难和疑惑，哲学是减少困难和疑惑的一种精神和智慧，拥有它对任何一个人来说，都是非常重要的。
系统科学的发展，推动哲学向整体论转变。贯穿系统思想的哲学思想越来越受到重视，在思想理论运用中也越来越具有普遍重要的地位。中国当前的科学发展观，哲学视角的支点就是系统思想。到目前，人类发展中许多尚未解决的疑惑，有些可能是系统科学的任务。比如，人的思维是如何可能的？思维和认识作为不可在人脑分解或还原而独立存在的事物，在机械论和还原论的传统科学研究中受到了极大的制约，难以深入研究；而恰恰系统科学把其作为系统事物来研究，或许能够有新的突破。
效用是满足主体或目标的功效和作用。郭沫若在《反正前后》中指出：“一言一动都应该以社会的效用为前提。”经济学中的“效用”指功用，指对于消费者通过消费或者享受闲暇等使自己的需求、欲望得到满足的一个度量。传统的效用主要是研究组分事物满足主体的功用，经济学中研究商品等满足主体需求的功用，尽管有把经济作为系统来进行研究，但对“效用”本身的研究还处于机械论和还原论的传统领域。
系统科学的发展，把“效用”引入系统科学领域。一个系统中的具有自组织目的，满足系统自组织目的功效和作用，称为广义的系统效用。人作为主体，人类则自然的作为一个系统，满足人类系统自组织目的的功效和作用，是人类系统的效用。在这个方向上，探寻人类系统效用的本质，即人类天性，是优灵主体性，包括个体自稳态、层属自适应、优灵智慧、优灵主宰。优灵主体性从人类系统效用的角度出发展现了人类的天性本质。狭义的系统效用，是满足主体需要的系统功用。从认识角度，人类是如何从对象系统把握这些能够满足自己的功用的呢？
系统效用认识有其基本的规律和方法，人难以全部把握对象系统的一切功用，同时，人也不会在同一时空需要对象系统的一切功用。主体把握系统对象的功用是模糊的，并不是穷尽一切的精确，满足需要条件下对对象系统做认识的取舍形成的模糊，是系统效用认识的基本规律特性。系统效用认识的方法，就在于对对象系统在满足主体需求参照下做认识取舍，其基本方法有链段法、作用法、坐标法、整体战略法等。
系统效用认识，在效用条件下对主体认识系统对象具有一般认识论指导意义。
列宁说：“生活、实践的观点，应该是认识论的首先的和基本的观点。”
因此，哲学下生活的系统应用认识论，应基于生活的、应用的观点，它也必然是系统的活的观点。
有哲学家说：“凡能说清楚的都能说清楚，凡不能说清楚的就应该保持沉默。”人们在现实生活中对于说得清楚的事情要实践，对于说不清楚的事情也并不能保持沉默或者不行动（实践）。比如家庭事务，清官难断家务事，公说公有理，婆说婆有理；比如理智与情感、诱惑与道德，剪不断理还乱；还有各种生活中的困惑以及各种庞杂的争论，等等。有些东西是说不清的，有些东西是认识未透彻的，有些认识明晰但指导实践应用是模糊的……“凡能说清楚的都能说清楚”这是我们最渴望的，希望任何事物都能说清楚并明确指导实践；凡未说透彻的、不能说清楚的，指导实践容易模糊，但总是要处理（不处理也是一种处理）。常态的生活总是在认识未透彻下进行的，但却是效用的，这是系统效用认识的主要内涵。
对于传统的机械论和还原论难以处理的东西，都因为涉及系统问题，尤其是系统的内部关系问题，完全的把系统组分还原，则组分将丧失在系统中“涌现”出来的那一部分，是不可行的；因此从机械论和还原论角度是说不清楚“涌现出来的部分”的。系统科学要说清楚“这一部分”也需要一定的方法，不能完全还原处理，但也要借助组分实体，在还原中做系统思维条件下的“适可而止”的认识把握和处理。
满足需要下的系统“适可而止”的序认识，是系统效用认识的核心。比如，对于一张桌子来说，它就是生活中的，我们生活需要它，不需要惹动我们的思维进行深入的科学研究。我们共用一张桌子吃饭，我们不会说，我们共坐在一堆碳氢结合物边吃饭，我们的饭菜都放在一堆原子、分子之上，放在一群粒子之上……面对我们共同坐的桌子，我们如果用无原则的人文的深入来认识它，我们也无法吃饭。我们将看到桌子在翠绿树木的状态，想起饭菜在田地的美丽，浮现荤菜的猪、鸭、鹅欢快跑动的情景……我们不能把生活中这些生活的实在的事情都深究到无穷无尽的深处，普通生活着的个体没有必要浪费那个精力（即使有那个精力和能力），我们需要的是系统“适可而止”的效用，满足生活的效用，让普通的人们有更多的时间来生活，提高生活的效率，提高生活的质量。深究的研究，只是一小部分科学家和哲学家的事业。
系统效用认识，就人是一般社会系统的人而言，具有人的一般应用认识论意义。