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历史是一门学问，研究历史是要讲究方法的。文件检验史是文检学的重要组成部分，它作为一门学科，在研究方法上具有自己的特点。
1. 历史学的方法
所谓历史学的方法，就是在文件检验研究中，以马列主义、毛泽东思想为指导，用历史唯物主义的观点去分析、考察历史，借助理性的抽象过程，用理论的语言，提出具有普遍性的结论性意见或观点。
因为文件检验内容繁杂，历史发展进程虽在总体上一致，但各个方面的差异性还是很大的。这样，文件检验史研究中要掌握某一特定历史阶段的基本史况，就不能单纯地罗列各个部分的史料，而必须用历史概括的方法，从各方面纷纭复杂的具体史料中概括出基本史实，这样才不致被庞杂的史料所淹没，才能从整体上把握历史过程的总和。我们研究历史的任务之一，就是揭示它们的历史价值，特别是要揭示它们中间某些现象的现实意义，以利于继承其传统，古为今用。
2. 语言学的方法
文件检验要研究言语人的言语特点和规律，分析判断言语人的地区籍贯、年龄、性别、职业、文化程度等社会属性，认定可疑文字是否为某人书写，就必须借助语言学，特别是社会语言学的原理和方法。社会语言学以语言为出发点，着重研究语言与社会之间关系，试图通过社会文化现象分析研讨言语行为，透过语言使用现象说明社会结构及其内在机制问题。
社会语言学认为，语言的变异是许多因素——时间、地域、社会集团等造成的。同一语言的不同使用人，由于他们的地域、年龄、性别、职业、文化程度等的不同引起语言语音、词汇、语法和文字的差异，据此可以判断言语人的所在地区或籍贯、年龄、性别、职业、文化程度等社会属性。
3. 理化的方法
文件检验要研究印刷文件、污损文件的特征，要研究形成文件所使用的笔、墨、纸、砚等物质材料，就必须借助物理、化学的原理和方法。
印刷文件检验是对文件的印刷方法、印刷机具、印刷品来源，以及印刷文件的真伪进行鉴别；污损文件检验是对各种被涂改文件、被损坏文件，以及模糊记载文件等进行检验；文件材料检验是通过对文件物质材料的外观形态、性质、成分等进行分析。这些分析与检验都离不开先进的专用设备、现代仪器的应用，如多波段光源、文件检验仪、图像处理系统，以及扫描电子显微镜、气相色谱仪、液相色谱仪等。
4. 比较的方法
所谓比较研究方法，是指对两个或两个以上的事物或对象加以对比，以找出它们之间的相似性与差异性的一种分析方法。比较研究可以帮助人们更好地认识事物的本质，把握文件检验的普遍规律。
文件检验研究中，要把国内各个历史时期的文件检验发展进行比较，这样可以揭示历史事件的首创性、转折性、继承性意义，无疑可以提高和升华我们对文件检验的认识。同时，还要注意与国外同一时期的文件检验发展进行比较，这样可以开阔视野，更清楚地认识中国文检工作的悠久历史和辉煌成就，从而有助于提高文检人员的光荣感和自豪感，更好地继承和发扬文检工作的优良传统。