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1937年美国经济学家科斯在《经济学》杂志上发表了一篇论文——《企业的性质》，成为交易费用理论的经典文献。该理论认为：市场与企业是两种可以相互替代的资源配置机制；两种机制作用的发挥都是有成本的；运用市场机制存在交易成本，而运用企业机制存在组织成本。将该理论应用于企业并购重组之中可解释为：如果一个企业为一项交易并购另外一个企业，所引起的内部组织成本大于市场机制组织这项交易的交易成本时，则这项并购重组行为就不应该发生，否则，相反。
交易费用不但包括搜索、谈判、签约、监督合约执行等费用，而且人的有限理性、机会主义倾向、资产专用性以及交易条件的不确定性（价格、供求关系、交易对象等）都使得交易费用更加高昂。纵向并购就是为了节约交易费用而产生的。当处于同一产品链条上的不同生产环节所在企业之间通过纵向并购，将其上下游交易关系以企业内部组织协调替代市场协调时，不但可以节约交易费用，而且还可以获取较为稳定的经营环境，消除企业外部环境中的不确定性因素。
从20世纪70年代后该理论逐步兴起开始，它更多研究的是企业纵向并购的深层动因。既然科斯定理认为，企业并购之所以存在，是由于可以减少用作市场交易而产生的交易费用。企业之间经常需要进行生产要素的购置或产品的销售，于是会产生大量的交易成本，如选择交易伙伴的费用、选择交易方式的费用和监督交易进行的费用等。然而，不论是对上游企业还是对下游企业的并购，都会使上述交易环节减少，进而节约交易费用，同时也能运用企业内部的行政力量重新配置资源。换句话说，如果并购企业与目标企业之间在生产、销售等连续性过程中属于互为购买者或销售者的关系，通过并购重组这样一些成熟企业，一方面，可以组织专业化生产和实现产供销一体化，节约购买成本、订货成本和储存成本；另一方面，当上、下游企业试图利用合同的不完善性谋取额外利益，表现出机会主义行为选择倾向时，降低交易成本就会成为企业并购重组的主要动因。再者，通过购买成熟目标企业，还可以节约并购企业新设创新类似部门所需花费的时间，进而加快抢占新市场或增大市场份额的节奏。必须强调的是，交易费用理论关键在于“资产的特定性”，即某一资产对市场的依赖程度。一般而言，资产的特定性越高，市场交易的潜在费用越大，企业纵向并购重组的可能性就越大。当资产的特定性达到一定程度，市场交易的潜在费用就会阻止企业继续依赖市场，这时纵向并购重组就会实现。为了节约费用，可以采用新的交易方式——企业来代替市场交易。节省交易费用则成为企业并购重组的重要动因之一。
交易费用理论为企业并购重组提供了一个全新的研究方法，但交易费用的分析只是关于一个企业组织运转费用的分析，并未对企业组织结构变动加以关注。而并购重组作为企业对市场的替代，实际上也意味着企业组织形式的变动，这一变动无疑又会产生新的风险，例如管理不力。当这种风险可能造成的损失大于所节约的交易费用时，则会给并购重组后的企业带来无法弥补的损失。此外，随着网络技术引发的电子商务迅猛发展，交易费用有逐步减少的趋势，因此，如何在网络时代减少交易过程中的不确定性，又成为摆在我们面前的新的课题。