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户籍制度不仅是个公共管理问题，而且是个社会发展问题。当前的户籍制度存在众多弊端，既不利于农业、农村的发展，又不利于城市的发展；既不利于经济的发展，又不利于人的发展和管理。具体来说主要表现在以下几个方面。
（一）限制了迁徙自由，不利于市场经济的发展和政府信息的管理。
首先，当前的户籍制度对人口的迁徙进行限制，使得人口不能自由流动，阻碍了市场经济的发展。目前，我国的市场经济体制，是需要一个自由的空间，使得劳动力和人才等资源能够在此空间内自由流动，从而达到资源的优化配置，促进经济进一步的发展。但是，现行二元户籍制度犹如在城乡之间乃至城市与城市之间构筑了一道壁垒，人为的划分城市和农村两个人力资源市场，变相提高了劳动力的使用成本，从而使得价格调整人力资源配置方面的作用弱化，降低了经济的效率，不仅不利于人口自由流动也不利于产业结构的升级。虽然现今有所改变，但是迁移的背后却负载了一系列的条件，很难说人们已经可以自主的迁徙，而这一状况反过来又对经济的发展造成了阻碍。
其次，随着市场经济的进一步发展，我国出现了大规模的人口流动，但是现行户籍制度却又对人们的迁移进行限制，“人户分离”的情况在各地都大量存在，政府依据户口对人口进行管理和控制就受到了限制，很多时候依据户口所得出的信息未必准确。当政府对人口信息的把握跟不上人口变动的频率时，就必然会出现一些管理上的盲点，无法对一些突发性问题做出及时有效的处理。因此，政府无法准确掌握人口信息，不仅影响了相关政策的制定和实施，也不利于政府对于社会秩序的管理。
（二）固化了不平等现象，对社会和谐稳定发展带来负面影响。
确立户籍制度之初正是处于计划经济体制时期，对于城乡之间做出不同的规定是符合那个时代需要的，是为当时社会秩序的稳定以及经济的发展服务的。但随着时代的改变，当时的制度也失去了存在的合理依据，而户籍制度所造成的不平等现象也成了不能逃避的问题。
现行的户籍制度造成了人民在事实上的不平等。由于两种户籍在实际利益上存在差别，在农业户籍与非农业户籍之间，构筑了一个不平等的等级社会。我们的户籍制度背后，被附加了许多与之相关联的社会福利和权益，不同的户籍身份，在居住权、就业权和受教育权等福利权益诸多方面，有着不同等待遇和机会，包括不对称的信息。这种制度设置直接促成了相对固定的地域性群体之间的初始机会和社会权利的不平等，从而使地区差别实际成为社会性的空间或地域等级格局，也就是具有不同性质、不同地区户口的人存在着明显的社会地位不平等。长期之下，逐步形成了中国特色的以城乡分治的行政建制为基础的、城乡分离的二元社会。户籍也因此对社会中的每个人产生了特殊意义，户籍制度所带来的负面影响是深刻的和巨大的。
（三）限制了购买力，遏制了消费市场的进一步启动。
从国际经验看，市场经济国家要在进入中等收入水平后才出现买方市场，而我国2000年人均GDP刚超过800美元，却在1997年就出现买方市场。其最主要的原因是，现行户籍制度把农民约束在农村，限制了他们的购买力。3个农民的消费只相当于1个城市居民。农民占总人口的69％，在全国社会商品零售消费额中却只占38％。这就从根本上限制了消费市场的启动。另外，目前有数千万农村人口在城市打工，处于流动状态。然而，由于他们不具备城市永久居民身份，工作预期不稳定，其消费行为并没有城市化。经济学的终身收入假说指出，人们在消费时，通常是按照其稳定的或终身可得的收入作为其预算约束。如果工作不稳定，其储蓄倾向就高。因此，在城市短期滞留的人口不愿将其收入过多地用于即期消费。所以，户籍制度限制了购买力，使得消费市场的进一步启动被遏制。
只有通过户籍制度改革，吸收他们中一部分成为城市居民，改变其对未来的预期，从而使其更愿意消费他们的即期收入，从而推动消费市场的发展。
（四）承载了不同的具体权利，扩大了城乡差距，不利于城乡统筹发展，阻碍实现共同富裕。
现行户籍制度区分了不同的身份，在这不同身份的背后牵涉到的是不同的利益，户籍不同，所享有的具体权利也就存在着很大的差别，从而扩大了城乡差距。由于户籍制度的城乡区别对待，让很多的福利待遇往往只是针对城里人的，相对贫困的农民却被排除了在了福利保障之外。拥有城镇户口的居民享受到国家的各种补贴，而对农民来说虽然各级地方财政对农业生产资料的价格进行了补贴，但相对于农业生产资料的上涨幅度实在是杯水车薪，向城市倾斜的政策一直未变，城乡差别难以缩小。如果不从根本上改变城乡二元户籍制度和城乡隔离政策，那么不仅城乡收入差距会呈现趋势性扩大，而且更不利于城乡统筹发展，从而阻碍实现共同富裕。