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根据 1992 年颁布的《俄联邦安全法》，1993 年 12 月 12 日正式通过的《俄罗斯联邦宪法》，1996 年正式颁布、1998 年修订的俄联邦《国防法》，以及其他有关法律，俄罗斯联邦总统、俄罗斯联邦安全会议、俄罗斯联邦议会、俄罗斯联邦政府对保障国家安全、国防能力状况，对俄罗斯武装力量的战斗准备程度、动员准备程度和战斗力负全责。俄罗斯联邦总统是国家元首和俄罗斯联邦武装力量的最高统帅。他在国防领域的主要职责是：组成并领导俄罗斯联邦安全会议；确定俄联邦军事政策的基本方针；批准俄联邦军事学说；领导俄联邦武装力量和其他部队；宣布总动员或局部动员，宣布全国或局部地区进入战时状态，批准俄联邦武装力量和其他部队使用计划；颁布俄联邦武装力量最高统帅关于实施军事行动的命令；依照法律决定武装力量、其他部队、军事单位和机关使用武器装备执行非使命性任务；批准武装力量和其他部队发展构想与计划、本土战场建设计划、国民经济转入战时计划、武器装备和国防工业综合体发展计划；授予高级军衔，任免高级军官；批准武装力量和其他部队的结构、编成及军人编制人数；决定武装力量和其他部队的部署；批准国防部和总参谋部工作条例；举行谈判和签署俄联邦国防领域的国际条约；颁布征召俄联邦公民服役和参加军事集训的命令等。
俄罗斯联邦安全会议是立法机构，是辅助总统进行安全与国防最高决策的机关。安全会议的主要任务是：确定社会和国家的重要利益，发现安全目标受到的内部和外部威胁；制定保障俄罗斯联邦安全的主要战略方针，起草保障安全的联邦专项计划；为总统起草有关国家安全的各种建议、决定和命令。俄联邦总统任安全会议主席，政府总理任副主席，安全会议秘书、安全局长、外交部长、国防部长为安全会议常委，政府第一副总理、总统办公厅主任、国家杜马主席、联邦委员会主席、科学院院长、司法部长、警卫局长、内务部长、原子能部长、经济部长、财政部长、对外情报局长、紧急情况部长、总参谋长为安全会议委员。
俄罗斯联邦议会是俄罗斯联邦最高代表机关和立法机关，它由联邦委员会和国家杜马组成。联邦委员会在国防领域的职能是：审核国家杜马通过的国家联邦宪法确定的国防开支；审核俄联邦总统关于在俄全境或部分地区实施战时状态和紧急状态的命令，以及俄联邦武装力量和其他部队使用武器装备不按其使命执行任务的命令；决定关于可在俄联邦境外使用俄联邦武器力量和其他部队的问题。国家杜马在国防领域的职能是：审核联邦预算法规定的国防开支；通过国防领域的联邦法律。
俄罗斯联邦政府是俄联邦最高执行权力机关，它在国防领域的职能是：落实国防保障措施并在其权限范围内对俄联邦武装力量及其他军队的状况与保障负责；拟定和向国家杜马提出联邦预算中有关国防开支的建议；根据武装力量和其他部队的订货，组织对其武器、军事技术装备、武装设备的提供与保障；制定国家武器装备及国防工业综合体的发展规划；确定国家动员任务，确定国家动员计划、物质储备计划；负责军队院校、军事系、军事教研室的建立和撤销工作；制定俄联邦国土战场建设计划；负责俄联邦的兵役工作等。
俄罗斯武装力量由管理机关、军团、兵团、部队、军事院校以及后勤部门组成。在组织结构上划分为陆军、空军和海军 3 个军种和战略火箭兵、空降兵、太空兵 3 个独立兵种。没有编入武装力量的其他部队有边防军、内卫部队、俄联邦安全部队、政府通信部队、联邦保卫总局、俄罗斯联邦铁道兵、民防部队、国家消防局等。俄罗斯武装力量的领导与指挥体制是：俄罗斯联邦总统兼俄联邦武装力量最高统帅，对联邦武装力量和其他部队实施全面领导，并通过国防部长和总参谋长对武装力量进行作战指挥，对武装力量各军种的指挥通过各军种总司令部进行。
国防部是俄罗斯联邦武装力量的指挥机关，其基本职能是：参与制定联邦军事政策和军事学说；制定联邦武装力量建设构想，根据国防需要协调武装力量、其他部队、军事单位及机构的建设和发展构想；协调武装力量和军事技术发展的联邦国家计划，提出国家国防订货建议；提出国防开支预算草案及其使用办法；组织国防科研和试验设计工作；为武装力量及其他部队订购、生产和采购武器、军事技术设备、食品、被服和其他物资；负责物资力量的动员准备；向总统提交共同条令、有关国防部和总参谋部、军事委员会、后备役委员会的条例草案等。武装力量总参谋部的基本职能是：拟定联邦军事学说建议；制定联邦武装力量建设计划，协调武装力量与其他部队建设和发展计划的制定工作；协调拟定武装力量和其他部队数额的建议；拟定应征服役和参加军事集训的公民人数；实施情报活动；组织武装力量与其他部队的协同；参与制定民防计划；组织武装力量和其他部队的动员与战略展开等。
俄罗斯对国防科研管理体制的调整。前苏联解体后，俄罗斯继承了其70％以上的国防工业力量。但是，俄罗斯独立后，国内经济一直不景气，军队装备订货锐减，国防科技工业系统陷入了严重危机。许多国防科研机构与企业债务缠身，科研生产任务不足，开工率极低，面临破产。针对国防科技工业系统存在的上述问题，俄罗斯政府自 20 世纪 90 年代初起就对国防科技工业进行了一系列改革，取得了一定成效。1999 年 3 月，俄联邦政府设立了负责管理国防科技工业的政府副总理，以处理与国防科技工业相关的各种问题。俄还成立了俄联邦工业科技部，并在其下设立了主管国防科技工业的 5 个管理局：（1）航空航天局，负责统一管理俄罗斯航空航天和导弹工业以及商业航天活动；（2）常规武器局，主管常规武器工业；（3）控制系统局，主管电子元器件工业、无线电工业和通信设备工业；（4）弹药局，主管弹药和特种化学工业；（5）舰船制造局，主管造船工业。但是，在这种管理体制下，由于 5 个国防工业管理局与相关部级机构权限划分不明确，加之工业科技部中的专业司局没有能力承担起管理国防工业的繁重任务，而各国防工业管理局又没有足够的权力和财政资源来管理国防工业，因此，在管理中经常出现“该管理的事没有管理，不该管的事都去管”的混乱局面。为了改变这种状况，2004 年 3月普京再次当选总统后，对国防科技工业的管理体制进行了大幅度的调整和改组：撤消了工业科技部，成立了新的工业与能源部，负责国防科技工业的宏观调控与管理工作；取消了隶属于原工业科技部的航空航天管理局、弹药管理局、常规武器管理局、控制系统管理局。
俄罗斯的国防科研管理体制。目前，俄罗斯国防科技工业的最高决策层为总统、俄联邦委员会和国家杜马。在决策层之下，具体承担国防科技工业的管理或与国防科技工业管理有关的部门主要有：国防部、俄罗斯工业与能源部、经济发展与贸易部、联邦航天局、联邦原子能局和联邦工业局等。在国家杜马中有代表民间性质的“俄罗斯国防企业联盟”的议员，他们代表着国防科研机构和企业的利益，是国防科研机构和企业与政府、议会和军方联系的桥梁和纽带。国防部下设有科研机构和企业，主要从事装备维修工作，或者只从事某些武器系统使用效能的研究。经济发展与贸易部参与国防科研机构和企业的破产与清理整顿政策的制订；编制国防科技工业的改组方案，协调和推进工业部门的一系列改革。工业与能源部作为俄罗斯国防工业的主管部门，下设联邦工业局，负责除核与航天以外的所有国防科研机构和企业的管理，包括航空、弹药、常规武器、控制系统（电子）和船舶工业。联邦原子能局负责俄罗斯原子能、核动力领域的国防科研机构与企业的管理。联邦航天局负责俄罗斯航天工业科研机构和企业的管理。
首先，建立新型的国防科技组织结构。苏联的国防科技组织结构弊端重重，主要表现在国防研究机构与军工企业相分离，研究、设计、生产、销售脱节，军民分割、部门分割、地区分割严重。为了改变这种状况，新建的国防科技组织结构必须实现国防科研机构、高等院校、军工企业之间的协作和联合，使各种国防科技力量形成合理配置，科研和试制生产相结合，逐步实现“小摊子、高水平”，放弃前苏联时期的“一对一”军备竞赛模式；在确保军品任务的前提下，大力开发民品，实施军转民战略，积极促进国防科技体制由单一军品型向军民结合型转变；国防科研机构由单纯科研型向科研、开发、经营型转变。概括起来，就是要建设军民结合、地区协同、部门合作、科研生产销售一体化的结构优化、布局合理的国防科技组织结构。
其次，建立高效精干、充满活力的科研机构。第一，调整国防科研机构所有制结构和管理机制，提高竞争力。前苏联的国防科研机构被僵化的计划经济体制和中央集权统治所束缚。俄罗斯独立后，针对苏联的弊端进行了一系列改革。一是改变国防科研机构单一的国家所有制，鼓励国防科研机构的部分私有化、股份化。到 2001 年，俄罗斯共有独立的国防科研机构 572 家，包括科研院所、设计局、试验设计局和科研中心等。其中国有科研机构 319 家、国家参股科研机构 160 家、私有科研机构 93 家。此外，还有国防科研生产联合体133 家，其中国有科研生产联合体 78 家、国家参股科研生产联合体 32 家、私有科研生产联合体 23 家。二是改革国防科研管理体制。为了消除前苏联时期国防科研政府行政命令式管理的弊端，俄罗斯对国防科研管理体制进行了改革，下放权力，将国防科研机构分为独立的科研机构和国防科技企业内部的科研机构，又将其相应分为国有、国家参股和私有三种类型。第二，放弃“一对一”军备竞赛模式，突出关键技术。在前苏联时期，出于与美国争霸的需要，苏联在武器装备研制上严格奉行与美国一对一竞赛模式，就是要在所有领域与美国争夺制高点。但是，苏联解体后俄罗斯再也无力与美国在国防科技领域展开全面竞争，为此俄罗斯选择了发展关键技术的方针，在保证与核遏制相关的武器系统健康运转的基础上力争在航空、航天、防空、电子对抗和新概念武器领域有所突破，在世界上占有一席之地。第三，保证国防科研拨款。冷战后，俄罗斯在经济极度困难和军费严重不足的情况下优先保证国防科研拨款。据统计，到 1994 年，俄罗斯的国防科研费占国防预算的比例由原来的 3.5％增加到 10％， l997 年、1998 年、1999 年分别增加到 11％、12％和 15％。随着经济状况的好转，俄罗斯近年来进一步加大了国防科研费的拨款，使国防科研费占国防预算的比例一直处在较高的水平。第四，重视发展军民两用技术。俄罗斯在科技发展上优先发展军民两用技术，积极促成军用技术与民用技术的双向交流。在目前俄罗斯的军工系统中，有 70％以上的技术已经成为军民两用技术。第五，多研制，少生产，加强技术储备。与前苏联时期“全面研制、大量生产”不同，俄罗斯选择了“多研制，少生产，加强技术储备”的新的发展模式。这既是俄罗斯国防科技体制转型的结果，也是国力衰退的无奈之举。在美国新一代武器批量装备部队的时候，俄罗斯已无力迅速跟进，只能通过研制同等武器装备而暂缓或者少量装备部队的办法来确保武器装备水平不至于落后太多。第六，开展国际合作，促进国防科技发展。苏联时期，东西方处于激烈的对抗之中，国防科技领域的国际合作无从谈起。冷战后，俄罗斯与西方的敌对情绪迅速降温，为了在国防科技领域积极谋求与西方国家的合作，俄罗斯专门成立了对外军事技术合作委员会，与美、法、意、加、韩、瑞典、挪威等国建立了良好的军事技术合作关系。
再次，打造合理够用、竞争力强的军工企业。资料显示，前苏联解体前夕的 1991 年，苏联共有大型军工企业 1500 家，军工科研院所 900 个，从业人员900 多万人，拥有固定资产 1080 亿卢布（1990 年的价格）。继承了前苏联大部分军工企业的俄罗斯在国内外形势发生巨变的情况下，采取多种措施加快军工企业改制和发展步伐，试图打造一支合理够用、竞争力强的军工企业。第一，调整军工企业所有制结构。前苏联的军工企业实行单一的国家所有制，俄罗斯独立后对军工企业的所有制结构进行了调整。不过与国民经济全盘私有化不同的是，军工企业采取了国有与私有相结合的改革方式，将军工企业所有制分为国家所有制、混合所有制和完全私有制三种类型。截至 2001 年，在俄罗斯的军工企业中，国有企业占 43％，国家参股的股份制企业占 28.2％，国家不参股的纯私有制企业占 28.8％。随着改革的深入进行，到 2003 年，国有企业已经下降到不及四成，而股份制企业则已经超过六成。不过俄罗斯军工企业私有化是有原则的，虽然国家控制的军工企业量在减少，但是主要的骨干型军工企业仍在国家手中，国家对从事高精尖武器装备研制的军工企业严禁实行私有化，而实行股份制改造的企业则多为下游企业和军转民的生产企业。第二，组建大型军工集团。鉴于俄罗斯军工企业数量庞大，效益各异，大数企业前景不乐观，俄罗斯积极推进军工企业的兼并、重组和转产，打造大型军工集团以适应日趋激烈的国际竞争。为此，俄罗斯采取了多项措施，一是裁撤了大批技术落后的军工企业。二是将科研和生产项目向基础较好的国家控制的大型军工企业集中，形成规模效应。三是把设计、生产制造、金融、贸易、保险、信息等部门联合起来，建立跨地域、跨行业的综合性集团化实体——金融工业集团。
俄罗斯国防科技体制转型是在前苏联计划经济和集权统治的基础上进行的，转型目标之一就是建立计划与市场相结合的国防科技运行机制。
首先，计划与市场相结合，促进国防科技健康发展。俄罗斯在国防科技体制转型中着重引入市场机制，以计划和市场相结合走出一条既不同于前苏联计划经济的官办模式也不同于西方市场经济的民办模式的国防科技发展之路，即官民结合的国防科技发展模式。这一模式的特点是军火生产与销售依然主要有国有大中型科研机构和军工企业完成，一些私有的民营企业参与部分军品的生产和销售，国防科技工业的发展基本掌握在国家手中，但是科研机构和军工企业的生产经营活动不再以行政命令方式完成，而是将尽可能多的武器装备研究和生产计划纳入国家订货，然后通过合同制实施，强调采购合同中的公平竞争，从而达到优化资源配置的目的。在这种情况下，企业的自主经营权得到充分保障，企业的生产积极性和生产效益得到很大提高。
其次，不断深化国防科技管理体制改革。俄罗斯 1992 年开始对国防科技管理体制进行改革。2000 年 5 月，成立工业与科技部、经济发展和贸易部，与造船局、常规武器局、控制系统局、弹药局和航空航天局五个国防工业管理局一起行使国防科技的管理职能。这样在普京上任伊始，俄罗斯形成了总统——政府——副总理——两部五局的国防科技管理体制。但是在这种体制下，职权划分不清、管理权分散混乱、管理效率低下，最主要的是中央集中管理能力弱化，这些都促使普京在以加强中央集权、重振军威为目的的新一轮改革中对国防科技管理体制进行了较大调整。2004 年 3 月，普京第二次当选总统后，立即着手对国防科技工业管理体制进行改组，撤消工业与科技部和 5 个国防工业管理局，成立新的工业与能源部，负责国防工业的宏观调控与管理工作。同时，把原航空航天局的职能分为航天和航空两部分，成立联邦航天局和联邦工业局。联邦工业局负责管理常规武器局、控制系统局、弹药局、造船局和航空局。俄罗斯现行的国防科技管理体制是总统和有关部门共同管理的机制。总统通过其直接领导的安全会议下的国防工业安全跨部门委员会负责解决国防科技工业重大问题；联邦议会通过上院联邦委员会设立的国防与安全委员会和下院国家杜马设立的国防与安全委员会负责对国防科技工业的预算审核、批准和拨款，监督执行，以及制定相关的法律法规；俄联邦政府则通过工业与能源部、资产管理部、经济发展与贸易部以及财政部对国防科技工业实施管理。
再次，加快人才管理体制改革，稳定人才队伍。前苏联时期，由于先军政治的巨大优势，国防科技部门能以比地方优厚的待遇和报酬吸引大批科技人才，加之苏联一元化的国防科研机构和军工企业下的人员流动较小，故而人才队伍相对稳定。前苏联解体后，支撑国防科技事业优先发展的政治资源不复存在，俄罗斯国防科技工业出现雪崩式下滑，与此相对，国防科技人才队伍也出现大量外流。针对国防科技人才流失的状况，俄罗斯政府采取了一系列措施：一是增加国防科技人员福利待遇，稳定人才队伍。普京上台后，把重振军威作为施政的重要方面，在他的领导下俄罗斯对国防费用的分配进行了较大调整，大幅提高投资建设费比例，压缩维持费用比例，争取到 2010 年把投资建设费占国防费的比例提高到 50％，得益于此，俄罗斯国防科技人员的薪酬也得到了很大改善。二是改革国防科技人才管理体制，对科研人员实行合同制，以取代过去不合理的分配制度，力争做到付出与回报成正比。改变过去对科研人员统得过死的状况，扩大科研人员的自主权，让他们在国防订货合同框架内自由发挥，同时允许他们在工作之余从事适当的商业活动。三是设立专项基金，奖励有突出贡献的国防科技人才。