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任何一种课堂教学模式的确定，都必须以正确的理论做指导。“自主合作探究”教学主要基于以下理论依据：
建构主义学习理论是“自主合作探究”教学模式的心理学基础。建构主义是在对儿童认知发展研究的基础上产生的，其先驱是瑞士心理学家皮亚杰。其理论认为，知识既非来自主体，也非来自客体，而是在主体与客体之间的相互作用过程中建构起来的，儿童的认知结构就是在儿童与环境相互作用的同化与顺应过程中逐步建构起来的，并在“平衡——不平衡——新的平衡”的循环中得到不断地丰富，提高和发展。
建构主义的学习观认为，学习是学习者主动建构内部心理表征的过程，它不仅包括结构性的知识，而且包括大量的非结构性的经验背景：即（1）学习者不是被动地接受外在信息，而是根据先前认知结构主动地注意和有选择性地知觉外在信息，建构当前事物的意义；（2）这种建构过程是双向性的。一方面学习者通过使用先前知识，建构当前事物的意义，并超越所给的消息。另一方面，被利用的先前知识不是从记忆中原封不动地提取，而是本身也要根据具体的情景被重新建构。由于要进行这种双向建构，学习者必须积极参与学习，必须时刻保持认知灵活性；（3）学习者的建构是多元化的，由于事物存在的复杂多样性，学习情感的特殊性以及个人先前经验的独特性，每个学习者对事物意义的建构将是不同的。对学习者而言，学生是学习过程中真正的信息加工主体和知识意义的建构者，而不是被动地接受刺激和知识灌输的对象。知识与技能也并非单纯地由教师传授给他们，相反，学习者的知识技能都是自己主动建构的，他们自己要对建构结果负决定性的责任。
对教师而言，其工作的重点就由重“教”向重“导”的方向转移，应成为课堂教学的组织者、指导者、学生知识意义建构的帮助者，而不是知识的灌输者和主宰。
因此，在教学设计中我们应注意创设问题情景，如模拟生活场景或者展现一些生活中的经济现象，以诱发学生思考，使其在认知上达到不平衡，并利用这种不平衡来刺激探究活动，学生利用原有认知结构针对新知识的不同情况进行同化或顺应，构建新的知识结构，从而达到新的平衡。
美国著名教育心理学家布鲁纳“发现学习”理论和心理学家奥苏贝尔“有意义学习理论”是“自主合作探究”教学模式的教育心理学基础。布鲁纳的“发现学习”理论强调：学生的学习应是主动发现的过程，而不是被动地接受知识。创设问题情景，引发学生对知识本身发生兴趣，产生认知需要，产生一种需要学习的心理倾向，激发自主探究的学习动机。在教学过程中，学生是学习的积极探究者，教师的作用是创设适合学生学习探究的情境，而不是提供现成的知识。奥苏伯尔在其“有意义学习理论”的框架下深入研究了教材的意义性及其学习条件问题，并提出了著名的处理教材内容的先行组织者策略。他进而认为，学生接受学习的过程不应是一个被动的过程，而应是一个新旧知识相互作用的过程。学生对学习新知识有三分生、七分熟的基础，学生既有原有的知识结构，又有对新知识顺应和同化的思维属性，所以学生能自主探究、自主学习。这一自主探究并不是盲目的随意学习，而是在教师指导下，有意义、有目的的自主探究学习。因此，在教学设计中我们必须明确，现行教材是由浅入深循序渐进编排的，学生在知识迁移的作用下，具备自主探究尝试成功的条件。在此基础上，学生能够充分发挥自己的学习潜能，创造出意想不到的教学效果。
1.主体性教育思想
主体性教育思想是“自主合作探究”教学模式的哲学基础。主体性是人作为社会活动主体的本质属性，是人在一切对象性活动中与客观事物相互作用而表现和发展起来的自主性能动性和创造性，主体教育作为一种新时代的教育哲学，视学生为教育的对象和教育活动的主体，它认为一切教育的影响只有通过主体活动才能内化为主体的素质。
“自主合作探究”教学模式如果离开了学生主体性的发挥，学生的发展是不可想象的，这种教学也就成了有名无实的幌子。“自主合作探究”教学模式必须确立学生的主体地位，让学生成为学习活动的主人。发挥和培养其自主性，能动性和创造性，通过课堂教学活动使学生具有自我教育，自我管理和自我完善的能力，成为教育活动的主体和自我发展的主体。
2.内外因理论
唯物辩证法认为：事物的发展变化是矛盾双方的依赖和排斥，是既同一又斗争的过程，而新事物对旧事物的更新和取代则是由事物本身所具有的矛盾性而不断引起螺旋运动的。由此可以看出，事物的发展主要是受到内部矛盾和外部矛盾的相互作用而进行的，而其中内部矛盾是事物得以发展的内因，外部矛盾则是事物发展的外在因素。正如毛泽东所说：“外因是变化的条件，内因是变化的根据，外因通过内因而起作用。”
从而在内外因的共同影响和作用下，促进事物的进步和发展。而思想政治课“自主合作探究”教学模式正是对这一内外因理论的实际践行和表现。即：坚持学生自主学习的主体地位，同时借助于教学策略以及教师的辅助和导学的因素，实现在学生的内因推动下，促进学生真正将知识和技能、过程与方法以及情感态度价值观落实到实处。这种教学模式改变了以往教学过于注重外因而忽视内因的现状，并最终将学生的这一主体内因和教师外因有机地结合起来，进一步践行了“内因是发展的根据，外因只有充分考虑了内因的特点才能调动起儿童心理发展的主动性和积极性。”