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交易费用理论由科斯（R.Coase）在 1937 年“企业的性质”一文中提出的，后来经由威廉姆森、哈罗德·德姆塞茨、张五常、奥利费·哈特等经济学家的深入研究，逐渐形成了一种解释市场、企业和二者的混合形式等各种组织之间的相互替代与互补，以及各种组织内部的有效治理机制的理论。
市场经济中存在企业的原因在于有些交易在企业内部进行比通过市场所花费的成本要低。科斯认为，企业是一种长期的、固定的契约关系，市场则是一种短期的契约关系，企业就是代替市场来组织生产的方式；他还认为，与市场通过契约完成交易不同，企业依靠权威在其内部完成交易，企业形成的原因是通过把交易转移到企业内部来减少市场的交易成本。换言之，交易费用的节省是企业产生、存在以及替代市场机制的唯一动力。既然企业能节省市场交易费用，什么来决定企业的边界呢？科斯的结论是，“企业的扩大必须达到这一点，即在企业内部组织一笔额外交易的成本，等于通过在公开市场上完成同一笔交易所需的成本，或者等于在另一个企业中组织同样交易的成本为止”。
20 世纪 70 年代中期到 80 年代，交易费用经济学获得了更大的发展。研究的代表人物是威廉姆森，他在 1975 年出版的《市场和等级组织》一书中指出：在完全竞争的市场和一体化的企业为两端、中间性产业组织介于其间的交易体制组织系列上，分布是两极分化的。确立了中间组织的地位，威廉姆森进一步用交易的不确定性、交易频率和资产专用性（投资的专用性程度）三个交易特质指标之间的匹配，来界定三种体制组织的边界。
交易的不确定性是指在经济环境状态下交易的可预见程度。威廉姆森等认为，除了大部分来自于外部条件的不确定性外，交易的内部扰动因素本身就会产生交易的不确定性，并突出表现为经济主体交易行为的不确定性。威廉姆森还指出，在交易非专用性情况下，由于新的贸易关系很容易进行重新安排，不确定性程度的增加还不会对交易产生太大的影响；但在资产专用性程度较高的情况下，交易的不确定性的增加将对交易产生严重影响。
交易频率指在特定时期交易发生的次数。交易频率对交易效率的影响，主要表现为建立一种保留中间产品市场而非一体化的专门性规制结构，如双边规制结构或多边规制结构在经济上是否合理。在资产专用性较强的情况下，是保留中间产品市场还是建立统一性的规制结构进行一体化生产，则主要取决于交易频率。如果交易频率高，建立统一性的规制结构进行一体化生产就是有效的组织安排；否则，保留中间产品市场，从市场上的其他企业购入中间产品的组织安排更有效。
资产专用性指在不牺牲生产价值的情况下，资产通常可用以不同用途以及不同的使用者使用。具体而言，资产专用性可分为五类：地点的专用性、人力资产的专用性、物质资产的专用性、完全为特定协议服务的专用性和名牌商标资产的专用性。交易的特质程度越高，资产越难以转移到其他交易中去，一旦交易中断，资产所有者将遭受巨大的损失。因此，资产专用性程度越高，对交易产生的影响就越大，反之就越小。资产专用性是最重要的标志，也是使交易成本经济学与其他理论相区别的最重要的标志。
三个交易指标的不同匹配，会使不同经济组织产生不同的经济成效，市场选择机制就会把最有效的经济组织“选择”出来，从而使不同的经济组织具有不同的边界范围。当三个交易指标匹配水平较低时，市场就是最有效的交易协调手段；在三者匹配程度较高时，企业等级规制结构会代替市场平等的规制结构；当交易匹配处于上述两种状态之间时，双边、多边和混合的中间规制组织就是最有效的组织结构。所以，交易费用理论为进一步界定产业集群中间组织性质提供了很好的理论依据。