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新疆农业职业技术学院在国家示范性职业技术学院建设中，随着高等职业教育人才培养目标、模式和课程体系的改革和完善，高职思想政治理论课教学如何适应高职教育改革的新形势，围绕高等职业教育的人才培养目标，把“立德树人”作为根本任务，努力提高思想政治理论课教学的针对性和实效性成为改革的方向。
高职思想政治理论教育课，在不同的历史时期和学院发展的不同阶段先后被称为：政治课、德育课、“两课”、思想政治理论课。它是对学生进行思想政治教育的主要渠道，是培养学生政治素质、思想素质、道德素质、法纪素质、心理健康素质，养成马克思主义的世界观、人生观、价值观，树立正确的国家观、民族观、宗教观、文化观、历史观的主要途径。学院认真贯彻教育部05方案，2007年9月，启动高职思想政治理论课专题化教学改革，并在自治区第14次高校党建暨大学生思想政治工作会议上介绍了思想政治理论课专题化教学改革的经验。2008年7月自治区教育厅思想政治教育规划课题“以就业为导向的高职思想政治理论课专题化教学改革的研究与实践”立项，开始了对专题化教学改革研究的积极探索。同年，学院申报向新疆高校思想政治理论课重点课程（精品课）《基础》课建设项目获得批准立项，2010年教育部马克思主义大众化专项任务课题“思想政治理论课与马克思主义大众化研究”立项。三个项目，一个目标，经过三年的研究和建设，总结提炼了高职思想政治理论课专题化教学理念、教学模式、教学内容、教法与学法、考核方法、实践教学及教学团队建设的实践经验，取得了丰硕的成果。
学院先后培育出新疆高等学校思想政治理论课学科带头人2名、骨干教师2名、自治区高校思想政治理论课“十大教学能手”1名，在自治区高校思想政治理论课教学竞赛中荣获一等奖1个、二等奖1个、优秀奖1个，建成自治区高校思想政治理论课重点课程1门、院级精品课2门，主持全国规划课题5项、教育部课题3项、教育厅课题13项。在全国核心期刊发表学术论文18篇。