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1.旧学教育：从入塾受业到自由读书
蔡元培最早接受旧学教育，与他同时代的大多数人一样，走的是一条入塾读书之路。5岁（1872年，虚龄算法，下同）零1个月，他始入家塾发蒙；11岁（1877年）时因父亲病故，家中无力再请塾师，而去姨母家寄居附读1年；随后，又就读于自家附近李申甫先生所设私塾2年；14岁（1880年）起，开始就学于王子庄先生4年。起初，蔡元培像其他蒙童一样，读《百家姓》、《千字文》和《神童诗》等启蒙“小书”；后来，又读当时举业必需的《大学》、《中庸》、《论语》和《孟子》四部儒家经典（即“四书”）；最后，再读《诗经》、《书经》、《周易》、《小戴礼记》和《左氏春秋传》等儒家典籍（即“五经”）。
中国传统的启蒙教育，在读“小书”和“四书”时，习惯上塾师大多是不加讲解的。只有到读“五经”时，先生才略微加以讲解。不过，传统的私塾教育非常强调背诵，蒙童尽管不太理解所读内容，但却能记住不少儒家典籍。
除读书之外，蔡元培在私塾中还经常练习识字、写字和对句，这是他了解文义的开始。等他对句有了一定基础之后，先生又开始教他作“八股文”。经过对儒家经典的“强记硬背”和严格的举业训练，在17岁（1883年）“进学”（考中秀才）之时，蔡元培已经打下了良好的儒学功底。
早在入塾读书期间，蔡元培就已显示出对各种学问的浓厚兴趣。如在师从王子庄先生期间，他就借阅过《三国志演义》和《战国策》一类的书籍。考中秀才之后，蔡元培不再入塾受业，也不再练习八股文，从而进入“自由读书”的治学阶段。这一时期，他从六叔茗珊（讳宝炯）先生处，借阅补读了《仪礼》、《周礼》、《春秋公羊传》、《春秋谷梁传》和《大戴礼记》等儒家典籍；并大量翻阅检读了关于考据和辞章等方面的文献。
另外，蔡元培还在六叔指导下，从十余岁起开始阅读《史记》、《汉书》、《日知录》、《困学纪闻》、《湖海诗选》、《国朝骈体正宗》、《绝妙好词笺》等书。
这种“泛览百家”的读书经历，大大超出了同时代治举业者所能想象的范围，进一步拓宽了蔡元培的旧学视野。
蔡元培从20岁（1886年）开始，受聘于同乡徐树兰（著名藏书家）处任伴读，并帮助徐氏校书四年。在此期间，他一面校勘徐氏所刻《绍兴先正遗书》、《铸史斋丛书》等多部丛刊；一面利用伴读和校书的机会，博览徐氏丰富的藏书，并得以与经常来往徐家的一些青年才俊切磋学艺，从此自觉学问大进。
关于蔡元培在徐氏治学的情况，其大女儿威廉之婿林文铮后来曾回忆道：蔡先生自1886年至1889年，在徐家一边校书、一边读书达四年之久。期间，“他遍读了楼中（指徐家藏书的‘古越藏书楼’）的十余万卷藏书，其中重要的书籍，均蔡先生亲笔批注。我曾在徐世大那儿见到一部《管子》、一部《墨子》，都经蔡先生批注，有用红笔的，也有用墨笔的，蝇头小楷，书的每页上面下面批注得密密麻麻，一点空隙也没有。据徐家的人说：像这样批注过的书不止这两部。他四年来锲而不舍的治学精神，为以后博大精深的学问打下了基础。”
如果上述回忆属实，则蔡元培在徐家四年用力之勤、用心之精，由此可见一斑。无疑，徐氏校书这段经历，对其后来旧学根基和治学风格都产生了重要影响。对此，蔡元培在口述《传略》和《自写年谱》等回忆性的文章中，都作了充分的肯定。徐氏校书四年，还使蔡元培初步形成了自己的治学风格，以及对纯粹学问终生不渝的兴趣。对此，后来他曾回忆道：
孑民之治经，偏于故训及大义。其治史，则偏于儒林、文苑诸传，艺文志，及其他关系文化、风俗之记载，不能为战史、经济史及地理、官制之考据。盖其尚推想而拙于记忆，性近于学术而不宜于政治，于旧学时代，已见其端矣。
光绪十五年（1889年），23岁的蔡元培在第三次参加乡试时，终于以其闻名一时的“怪八股”中举人。次年（1890年），进京参加会试，又因试卷奇特而被考官看中，中贡士。
光绪十八年（1892年），26岁的蔡元培再次赴京应试，因受阅卷大臣汪鸣銮赏识，结果又中二甲第三十四名进士。在随后的朝考中，蔡元培被点为翰林院庶吉士，并给会试正考官、殿试阅卷大臣户部尚书翁同和，留下“年少通经，文极古藻，隽才也”
的深刻印象。光绪二十年（1894年），二十八岁的蔡元培应翰林院“散馆”考试，成绩优异，被授为翰林院编修。至此，在旧式教育的道路上，蔡元培达到了传统士人所能达到的巅峰状态。
2.汲取西学：从涉猎译本到游学德法
蔡元培最初接触西学，是在甲午战争之后。他在后来回忆说：“自甲午以后，朝士竞言西学，孑民始涉猎译本书。”
这一时期，蔡元培所读西书，大致可以分为以下三类：
一、宣传维新改良主张的著作。如郑观应著《盛世危言》，马建忠著《适可斋记言》和《富民论》，宋育仁著《泰西各国采风记》，严复译《支那教案论》和《天演论》，梁启超著《西学书目表》和《读西学书法》，何启、胡礼垣著《新政论议》等书。
二、介绍世界各国历史与现状的著作。如《海国图志》、《环游地球新录》、《日本新政考》、《日本史略》、《日本师船考》、《列国海战记》和《中西纪事》等书。
三、介绍西方自然科学的著作。如《几何原本》、《电学源流》、《电学纲目》、《电学入门》、《电学问答》、《量光力器图说》、《化学启蒙》、《化学分原》、《化学鉴原》、《代数难题解法》、《算草丛存》、《形学备旨》、《八星之一总论》和《农学新法》等书。
从上面的不完全列举中，容易看出，蔡元培在接触西学之初，就显示一种如饥似渴的求知欲。他对西学的兴趣非常广泛，几乎到了无书不观的地步！当然，客观来看，很难说他能够全部弄通这些西学尤其是第三类自然科学著作。如在晚年，他就曾坦白承认自己“自然科学的根柢太浅，于所治美学及民族学亦易生阻力”
。不过，上述第一类著作如《天演论》等，还是对他后来的思想产生了持续而又深远的影响。
在接触西学后不久，为能够尽快汲取西学新知，1897年冬，蔡元培拟与同仁创设“东文书馆”，以便通过日文来“博览西书”；1898年夏，他与王书衡等人开设“东文学社”，并按照自己“硬看日文书”的方法学习日文，进步异常神速。以致刚过二十余天时间，他在翻译日文时，就已能感到“文从字顺之乐”
。从此以后，蔡元培又通过日文打开了一扇窥探西学的重要窗口，并从中获得了无数收益。如在赴德国留学之前，他就从日文翻译了德国学者科培尔的《哲学要领》，以及日本学者井上圆了的《妖怪学讲义录》等著作。在莱比锡大学期间，蔡元培仍以日文而非德文为底本，翻译了德国学者泡尔生的《伦理学原理》这部著作。这些译自日文的著作，不仅影响到包括毛泽东在内的一大批中国近代知识分子；而且，也对蔡元培本人的思想产生过重大影响。譬如，蔡元培所译《伦理学原理》对青年毛泽东的影响，处处体现在青年毛泽东对《〈伦理学原理〉批注》之中；而在蔡元培早期的哲学著述中，从术语到观念，都经常可以发现这些日文译述的影子。
1898年9月，戊戌变法失败后，蔡元培毅然弃官归里，开始从事新教育活动。在此之后，通过阅读严译进化论与其他西书，蔡元培进一步加深了对西方文化的认识；尤其是通过王国维的介绍，他对德国哲学产生了浓厚兴趣。
1907年5月，蔡元培终于如愿以偿前往德国留学，掀开了直接向西方学习的新篇章。从1907年至1926年的二十年间，他曾先后五次出国学习和考察。其中，第一次是1907年5月赴德国柏林，学习德语至1908年秋季，然后注册入莱比锡大学，至1911年11月辛亥革命爆发后归国，听讲三年之久，选课达40余门；第二次是1912年9月至1913年5月二次革命爆发前，辞教育总长之职后，偕夫人黄仲玉、长女威廉和三子柏龄，再入德国莱比锡大学听课，并在兰普来西教授主持的文明史与世界史研究所，协助进行关于中国文明史的研究工作；第三次是在二次革命失败后，于1913年9月赴法国，学习法语，从事著译和研究，并发起和主持“华法教育会”及其留法勤工俭学运动，直至1916年年底，应北京政府教育部之邀，归国任北京大学校长；第四次是在北京大学校长任内，于1920年12月，被北京政府教育部派往欧美各国考察大学教育及学术研究状况，到1921年9月返国，历时近一年，遍访欧美11国数十所大学和学术研究机构，并进行极其广泛的学术交流活动；第五次是因罗文干案愤而辞职，于1923年7月偕夫人周养浩、女儿威廉和儿子柏龄再赴欧洲，先后在法国、比利时和德国从事学习研究和著译活动，并一度学习意大利语，直至1926年北伐军兴前归国。
根据多种年谱和传记材料，容易发现：在这五次出国学习考察中，尤以蔡元培在德国莱比锡大学的留学生涯最为重要。在此期间，他跟从冯特、兰普来西和孔好古等德国著名学者，系统学习了西方近代哲学、文明史、心理学、美学和伦理学等课程，全面地接触和了解到西方近代文化的最新发展成果，并亲身感受了德国大学教育的自由研究和纯粹学术精神。蔡元培此时对康德美学和叔本华意志论哲学的深入研究，对他后来世界观和教育观的形成，更是发生了重要的影响。譬如，蔡元培几乎全盘接受了康德的“二元论“的世界观，而又吸收了叔本华的”意志论“哲学，并在排除其中的悲观主义情调后，最终形成了自己“二元意志论”的世界观。1920年10月到1921年9月，蔡元培奉派赴欧美考察教育和学术研究。在此期间，他遍访欧美各国的大学和学术研究机构，并拜会了包括居里夫人和爱因斯坦在内的许多世界著名学者。通过这些直接的学术文化交流，蔡元培拓宽了对欧洲、尤其是对美国教育和学术的视野，加深了对西方文化教育精神的理解。这次考察，也使他直接感受到中西文化教育沟通的必要与可能性。这对他中西文化教育观的最后形成，起到了重要的促进作用。
1.旧学深沉萃中土文教之精华于身内 ”
蔡元培一生好学不倦，学问可谓荟萃中西古今。在他65岁那年寿庆时，中央研究院曾为其献上寿联云：“萃中土文教之精华于身内，泛西方哲思之蔓衍于物外。”
关于蔡元培的旧学根底，首先值得注意的是其深厚的经学、小学和辞章造诣。蔡元培曾有编撰《说文通训定声》补正和《经籍纂诂补正》之类著作的计划，然因其自述的“贪多好变”等多方面的原因，他最终没能留下这方面的专门著作。
而他最早为士林所瞩目的，却是其擅长撰写“怪八股”。而要写好“怪八股”，没有深厚的小学功力是无法想象的。对此，蔡元培曾经回忆说：
孑民以十七岁补诸生，自此不治举子业，专治小学、经学，为骈体文。偶于书院中为四书文，则辄以古书中通假之字易常字，以古书中奇特之句法易常调，常人几不能读，院长钱振常、王继香诸君转以是赏之。其于乡、会试，所作亦然。盖其好奇而淡于禄利者如此。然己丑、庚寅乡、会试联捷，而壬辰得翰林庶吉士，甲午补编修，在孑民亦自以为出于意外云。
上面这段“夫子自道”，既在一定程度上解释了蔡元培何以喜为“怪八股”的原因；也从一个侧面，透露出这种用字和句法奇特的“怪八股”之所以大受欢迎的奥妙。蔡元培喜作“怪八股”，是因为他的“好奇”与“淡于禄利”；而“怪八股”能够从上到下大行其道，备受赞誉，除了其他内容上言之有物、见解独到外，更是因为在其奇特形式的背后，蕴含着作者深厚的经学和小学素养。而且，这种“怪八股”尽管一度风靡于蔡元培故乡，成为治举子业者竞相仿效的榜样，但后来却不曾听说，还有哪位举业中人以此名于世。这里，除了其他原因外，那些模仿者并不具备蔡元培的经学和小学功底，应该是他们举业难竞其功的重要原因。当然，“平心而言，这种常人难以读懂的‘奇僻’之文，不值得提倡，然而能写这样的文字，当以深厚的文字功底为基础，因而，它赢得了一些饱学之士的赏识”
，也是容易理解的事情了。
最能代表蔡元培旧学成就的，还是他撰写的《石头记索引》和《中国伦理学史》两部著作。其中，《石头记索引》是他用力最早和最久的一部精心制作。而蔡元培“索引”《石头记》，最早可以追溯到1896年7月27日。他在阅读陈康祺所著《郎潜纪闻》后，曾在日记中记载了陈康祺述其师徐时栋所云《红楼梦》十二金钗皆康熙朝太傅明珠食客之说。
受此启发，他即开始了对《红楼梦》的研究工作，并于1898年9月12日，在日记中记录下一些初步的考证结果。
直到《石头记索引》出版后，蔡元培仍在搜集与《红楼梦》有关的资料。
通过对《红楼梦》的长期研究，蔡元培最后认定：
《石头记》者，清康熙朝政治小说也。作者持民族主义甚挚。书中本事在吊明之亡，揭清之失。而尤于汉族名士仕清者，寓痛惜之意。当时既虑触文网，又欲别开生面，特于本事以上，加以数层障蔽，使读者有横看成岭侧成峰之状况。
从上可知，蔡元培认为：《红楼梦》是一部暗寓着反清吊明色彩的政治小说。据此，他按照自己认定的三种索引方法，对《红楼梦》中的具体人物和主要事件，进行了一系列的索引工作。其一，是“品性相类法”。如他以湘云之豪放，推其为其年，以惜春之冷僻推其为荪友，即用第一法。其二，是“轶事有征法”。如他以宝玉曾逢魔魇而推为允礽，以凤姐哭向金陵而推为国柱，即用第二法。其三，是“姓名相关法”。如他以探春之名，与探花相关，而推为健安，以宝琴之名，与学琴于师襄相关，而推为辟疆，即用第三法。按照上面三法，蔡元培对欲疏解的问题广征博引，用力甚巨。并且，在疏证人物时，他往往是“每举一人，率兼用三法或两法，有可推证，始质言之。”
力求做到“严谨”而又“审慎”，而非随意索解。蔡元培本人对这部著作，自视甚高。1923年8月底，他在欧洲时的一份“自书简历”中，即称“著有《中学修身书》、《中国伦理学史》、《哲学大纲》、《石头记索引》等书。”
由此可见，《石头记索引》在他心目中的份量。这部《石头记索引》，现在或许并无多少学术价值，但应看到，它还是达到了当时“旧红学”所能达到的较高水平。对于《石头记索引》的学术价值，张晓维曾有一段评论说：“客观地讲，蔡元培的《石头记索引》反映了“五四”之前红学界的研究方法和学术水准。在后人看来，其治学方法的幼稚和所得结论的不确，是不言而喻的。人们并不会因为它宣扬了在那个时代具有革命意义的民族主义思想，而认可其学术价值。”
尤其值得注意的是，近来似乎出现了重新评价这部著作的倾向。如在王元化主编的《近人学术述林》丛书中，被收入《蔡元培学术论著》之内的主要就是《石头记索引》这部著作。
蔡元培的《中国伦理学说史》，则是该领域内具有开创意义的一部重要著作。这是一部力图重新整理和阐发中国传统伦理道德，以迎接西方大潮冲击的重要著作。晚清已降，欧风美雨汹涌而来，不断冲刷着中国千年不易的伦理道德观念。如何建构新的道德体系，以适应时代的猛烈变迁，开始成为文化教育界有识之士关注的焦点。当时，正在从事新式教育活动的蔡元培，就已提出将西洋的“自由”、“平等”价值观，与中国传统道德有机结合起来的主张。
这一时期，他主编《文变》，编撰《中学修身教科书》和《中国伦理学史》等书，都体现出力图融合中西伦理道德精髓的强烈愿望。尤其在《中国伦理学史》一书中，蔡元培以西方的伦理学框架和概念，梳理中国传统伦理道德的丰富材料，显示出折衷中西伦理观念，建构中国新道德体系的强烈信心。
他在这部著作中，以个性解放和思想自由的原则为指针，重新评价了中国伦理思想史上重要人物和流派。透过这些精彩独到的点评，不难看出，蔡元培对中国传统伦理学说的深透理解与把握。
2.西学广博：“泛西方哲思之蔓衍于物外 ”
蔡元培接触西学，虽然起初范围很宽，但真正引起他的兴趣并使之终身以赴的，恐怕当推哲学和美学。他在晚年自述治学门径时，曾经说过下面一段话：
我向来是研究哲学的，后来到德国留学，觉得哲学的范围太广，想把研究的范围缩小一些，乃专攻实验的心理学。当时有一位德国教授（即冯特），他于研究实验心理学之外，同时更研究实验的美学，我看看那些德国人所著的美学的书，也非常喜欢，因此我就研究美学。但是美学的理论，人各一说，尚无定论，欲于美学得一彻底的了解，还须从美术史的研究下手，要研究美术史，须从未开化的民族的美术考察起。适值美洲原始民族学会在荷兰、瑞典开会，教育部命我去参加，从此我对于民族学更发生兴趣，最近几年常在这方面从事研究。
这段自述表明，蔡元培究治西学的中心点，是哲学和美学。他对心理学的研究，是因哲学范围太广，迫不得已而进行的收缩；而对民族学的关注，又是研究美学的需要。因此，蔡元培在西学方面的成就，也主要表现在哲学、美学和民族学方面。
蔡元培对哲学的兴趣，最早推源于他早年“寝馈其间”的中国旧典。甲午战争以后，通过大量阅读西学译本书，又使他对近代西洋哲学萌生了倾慕之心。赴德国留学之前，他即从日文译出德国学者科培尔的《哲学要领》一书。甚至可以说，正是对德国哲学追本溯源的求知热望，促使他最终实现了留学德国的夙愿。在蔡元培现存的最早译作《哲学要领》（1903年译自日文）“绪言”中，德国学者科培尔即称：“今世治哲学者，不可以不通德语，此非余德人之私言也。各国之专攻哲学者，深谙德语者，无不云尔。其理有三：一、哲学之书，莫富于德文者；二、前世纪智度最高学派最久诸大家之思想，强半以德文记之；三、各国哲学家中，不束缚于宗教及政治之偏见，而一以纯粹之真理为的者，莫如德国之哲学。观此三者，德语与哲学有至要之关系，亦已明矣。”
这种看法，对推动蔡元培赴德留学学习哲学，应该起到过一定影响。出国以后，他又陆续编撰《哲学大纲》（1915年）和《简易哲学纲要》（1924年）等，作为师范学校的教科书。反复编撰这些西方哲学的入门书，即反映出蔡元培希望通过输入西方学理，打破中国宋代以来思想僵化的愿望。另一方面，透过这些著述，也可看出，他在游学德法之后，对西方哲学的理解得到了不断的深化。1922年，蔡元培撰写了《五十年来中国之哲学》一文。在这篇三万多字的长文中，他详细介绍了清末以来中国在输入西洋哲学与整理国故两个方面的实绩。
通过他对西洋哲学输入历程的详细介绍和评价，尤见他对西洋哲学的深刻理解和见地。
蔡元培对美学的关注，早在从事新式教育时就已有所显现。在蔡元培的早期教育学著作《学堂教科论》等处，即已提到“美术”科目设置的重要性。这种观点的渊源，虽然不能完全排除中国传统的“乐教”观念之影响，但就其使用的术语看，应该主要是受西方教育理论（通过日本）影响下的结果。
而在德国的留学生活，更使他把研究的焦点逐渐集中到美学上面。对此，他在晚年曾经回忆道：“我于讲堂上既常听美学、美术史、文学史的讲演，于环境上又常受音乐、美术的熏习，不知不觉的渐集中心力于美学方面。”
在美学上，他尤为服膺康德关于美的“超越性”与“普遍性”之见解。
后来，他提出的“以美育代宗教”这一主张，即建立于美的“超越性”和“普遍性”基础之上。蔡元培在美学上的贡献，首推他对西方近代美学的输入和提倡。为此，他撰写过一系列介绍美学和提倡美育的论文。其中，有些文稿如《美术的起原》和《美术的进化》等，是他从民族学和人类学的角度，对美术的起源和发展所作的发生学研究；另外一些文稿，如《美学的进化》、《美学的趋向》、《美学的对象》、《美学的研究法》和《美学讲稿》等，则是他对西方近代美学发展历程和现状的介绍和评论。
这些文稿，不仅显示出他对西方美学的透彻了解，而且还体现了他自己在美学上的独到见解。
蔡元培对民族学的关注，起源于研究美的起源之需要。到了晚年，他日益倾心于民族学研究。1926年12月，蔡元培发表《说民族学》一文。在这篇文章中，他提出并确定了“民族学”的基本概念，详细分析了该学科在近代学术体系中的地位和作用，并试图以中国固有的文献资料，来证明这门新兴学科在中国被接受的可能性。
所以，有人认为：《说民族学》一文的发表，在中国起到了最终确立民族学独立学科地位的作用。
1930年5月，蔡元培发表《社会学与民族学》的演讲。在演讲中，他通过列举母系氏族制度和图腾崇拜等民族学上的研究成果，来说明中国古代的社会历史，从而论证了民族学对社会学的补助作用。
1934年12月，蔡元培再次发表《民族学上之进化观》的演讲。在这一演讲中，他从民族学的角度，详尽列举了美术、交通、饮食、算术、币制、语言、文字、音乐和宗教八个方面的材料，以论证自己提出的“由近及远”的人类进化“公例”。
蔡元培的上述论文和演讲，为民族学在中国的确立与发展奠定了基础。此外，蔡元培在主持中央研究院期间，还在社会科学研究所内，建立了中国第一个民族学研究组，并亲自担任这一学组的召集人，直接推动和领导了中国民族学的创立和实际研究工作。
独特的中西学教育经历，再加上生性好学不倦，使蔡元培形成了深厚的中西学根底。还在他那个时代，蔡元培即被誉为一位学贯中西的“通人”。从1931年1月中央研究院同仁献他的寿联“萃中土文教之精华于身内，泛西方哲思之蔓衍于物外”之中，可见时人对蔡元培淹贯中西的大家风范之推崇备至。而从蔡元培实际的中西方学养和造诣来看，也知这幅寿联所言决非溢美之辞。
综观蔡元培一生的中西教育经历，首先，可以看出：他是在已经打下非常坚实的旧学基础后，才开始接触并努力汲取西学的。这一特点，对他最终形成“以我为主，发达我性”中西文化教育观，有着非常重要的影响。
具体来看，蔡元培的旧学教育经历，又可划分为三个阶段：一是他“进学”之前，接受传统的私塾教育时期；二是他“进学“之后，自由阅读泛览百家时期；
三是他居官翰林院以至终老的漫长岁月里，几乎“无日不读书”的广泛深入探究阶段。在旧学时期，蔡元培不仅打下了系统扎实的儒家典籍基础；他那不同于一般士人的“自由阅读”经历，又使他接触到清代学术主流的考据、辞章和义理之学。可以说，到此为止，他已经基本上探窥到中国旧学的大貌及其堂奥。但蔡元培并不以此为满足，由于生性好学不倦，使他对中国旧学的钻研持续了一生。蔡元培的西学教育经历，也不同于维新运动领袖康梁以及后来年幼出国留学之人。就其西学经历来看，亦可分为三个大的阶段：一是他赴德国以前，初步接触西学时期。通过中、日文译著的阅读，使他初步接触到西方的哲学、政治学和近代自然科学。对这些新的思想因素的汲取，开始动摇他对传统政治和伦理观念的信仰。二是留学德国后系统学习西方文化时期。在这段时间内，他不仅全面接触到西方近代最新的学术思想，而且，通过课外游历和观察，他还亲身感受到西方社会生活的实际状况。所有这些，使他有可能深入地理解西方文化教育的真精神。三是他奉派考察欧美教育和学术以及后来赴欧洲居留时期。通过广泛考察和交流，以及与中国留学生的联络和沟通，他直接感受到欧战后欧美社会和教育思潮的变动趋势，进一步深化了对文化教育问题的看法。这些变化，具体体现在蔡元培归国后所推行的一系列言论和改革措施中。从此开始，在蔡元培的视野中开始融入了美国文化教育的新元素。
蔡元培的上述中西教育经历，一方面，使他打下的扎实旧学根底，绝非后来一班幼年出洋、旧学无根的醉心欧化者所能望其项背。这就有助于他培植中国传统文化教育复兴的自信心，为他后来“以我为主”的文化教育观打下基础。另一方面，他对西方文化教育的深入理解，又非当年一班耳食西方文化教育者所可比拟。这就有助于他不带偏见地看待西方文化教育之长处。所有这些因素，都有助于他抛弃对中西方文化教育之成见，从而形成一种比较合乎实际的中西文化教育观。
其次，蔡元培旧学时期的“自由阅读”经历，对他后来的治学风格产生了重要影响。“自由阅读”不仅大大拓展了他的旧学视野，还使他还得以广泛接触到儒家经典以外的思想资料，从而较早突破了当时主流意识形态的禁锢。蔡元培在未走上反满革命道路之前，就已表现出许多不同于一般封建士大夫之处。如他对婚姻家庭的看法与实践，对儒家之外学说的态度等，皆非当时一般士人所可想象者。
尤其值得注意的是，蔡元培是清末唯一一位从翰林院主动走向民间的革命者。这既与当时许多没有科举“功名”的革命者不同，也与另一位为情势所迫而投机革命的晚清翰林谭延闿迥异。这表现在治学上，一方面，自由读书使蔡元培较早就形成了较为进步的文字学、史学和伦理学观念。以致他在晚年回忆这段“自由阅读”生活时，还能非常清楚地记得自己“最得益”的几本书，对自己治学兴趣、治史方法和思想观念的重大影响。据蔡元培晚年回忆，青年时代对其影响最大的几部书分别是：一、朱骏声的《说文通训定声》，影响到他对文字学的兴趣；二、章学诚的《文史通义》，其中先“繁博”而后“圆神”的治史方法，几乎影响到他一生对治史方法的看法；三、俞正燮的《癸巳类稿》和《癸巳存稿》，其中的进化史观和男女平等思想，对他社会历史观和男女平等观念的形成，有着重要的影响。
另一方面，自由读书还使他形成了“不主一家”的治学风格，以及“兼收并蓄”的博大气度。他在后来治学时，很少只主一家之言，总是吸收各家所长，并在断以己意之后把各家学说熔炼于一炉。也正因此，导致了蔡元培治学的一个不足之处：这就是他在包容各家之说时，内容往往比较驳杂，有时甚至互相矛盾。于是，从总体上来看，就会感到蔡元培在治学上缺乏一种原创性的思想框架和概念体系。他的这种治学特点，深究其因，既受到中国旧学传统上缺乏分化的影响，也与他本人独特的教育经历、广博的阅览兴趣密切相关。总之，蔡元培学术风格的形成与特点，一方面，明显受制于中国传统学术向近代学术转型这一大的背景之影响；另一方面，这也与蔡元培“自由阅读”的治学经历有着密切的关系。而且，蔡元培的“自由阅读”，更为他后来勇于打破中西文化教育之间的壁垒，大胆接受外来文化教育的精髓，奠定了合乎逻辑的思想基础。
最后，值得一提的是，蔡元培在治学志趣和风格上，除受六叔茗珊影响外，还曾受四叔燕山（讳宝然）的重要影响。燕山与蔡元培之父宝煜关系尤为密切，蔡父病故前，曾当面向燕山托孤。
蔡父病故后，燕山不仅对蔡元培兄弟照应有加，而且，非常关心蔡元培的治学和为人之道。1883年，在蔡元培未能“进学”之际，燕山曾专致蔡元培一函，除告以“练字门径”外，更论“为人治学”之道说：
再读书一道，第一四书五经要熟悉，更看诸子、史记、诗文等书。若无力购求或向人借贷，只要用得仔细，当即送还，亦无不可。岂宜日夜在八股中咿咿唔唔，作无益之工哉！文章为骗功名起见，除此必要实在学问，妨可立身。人之才不才，不在功名之有不有，别人进秀才于我原无关碍，即自己进秀才何常真有好处，不过一刻之欢喜，平日之名色而已；即中元拜相亦是眼前虚，归根总要学问品行为重。
在科举时代读书应试之风盛行之时，燕山竟希望蔡元培读书重在“学问品行”，而不要以功名利禄为限，不能不说是超拔脱俗的见识。在36年之后，蔡元培跋其四叔手书时，不禁由衷感念四叔道：“函中言习字宜先学大字，兼习草体；言读书宜先读经，并看诸子史记及诗文集；言借书宜用得仔细，当即送还；言立身要学问品行，不在乎功名之有不有，皆颠扑不破之格言，子孙所永当保存者也。”
这些“颠扑不破之格言”，在当时无疑对蔡元培广博的治学风格和淡薄名利的治学志趣，产生过极其重要的影响。