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经过多年的建设与发展，北京农业已经取得了长足的进步和成绩。从当前的发展来看，北京农业发展面临着良好的机遇，也有着巨大的挑战。首都“三农”的新认识为北京农业的发展提供了新定位；建设“人文北京、科技北京、绿色北京”和世界城市，为北京农业的发展提出了新要求；产业发展的内外在需求，对北京农业发展提供了新动力。“十二五”期间是率先形成城乡经济社会发展一体化新格局的关键时期，也是都市型现代农业全面深入发展的重要时期。既面临着经济全球化继续推进、市场化不断深化、可持续发展战略日益明显的经济社会发展的基本趋势，还存在着资源环境和市场的制约、农产品供应能力有待加强、管理和服务水平急需提高、农业国际化水平较低等问题。
花卉作为北京农业的重要组成，尽管发展迅速，已经形成了比较完备的产业体系，但花卉产业的发展仍然受到一些因素的制约，存在一些问题，比如：发展盲目，竞争无序，经营管理水平不高，质量低下，信息不通畅，资金和资源浪费严重等问题。
花卉作为一种经济产业或行业，在我国发展的较长一段时间内，一直处于“生产靠农户，品种靠引进，经营靠商贩”的状况。从北京花卉业的发展情况来看，规模化、专业化、科学化的产业化发展道路仅处在起步阶段，设施园艺花卉生产中多是蔬菜生产改种花卉，再加上花卉产业的定位不清晰、地位不突出，长期以来处于宏观指导乏力甚至缺失的地步。
从原有的花卉业的布局来看，由于历史原因与经济利益的驱动，花卉生产与销售的布局呈现出较为明显的“随意性”特征，即“能种则种、有利就种、有地就种”，缺乏统一的规划。从现状来看，设施生产面积所占比重依然偏低，生产集聚规模小、效益差，产业升级难度大。
从当前的实际情况来看，缺乏完整、规范、符合实际的标准化生产技术体系，导致先进技术难以引进和推广，品种更新和新品种培育也明显滞后，整体产品质量较差，且层次不齐。近年来，百合的生产质量大幅提升，基本都能达到出口标准，但月季、马蹄莲等鲜切花品种仅有部分生产基地的生产技术和产品质量都达到了出口标准，总体质量有待进一步提高。
现代花卉业已转变成为一个技术密集型产业，但北京市花卉从业人员素质偏低，特别是生产部门，花卉生产从业人员中专业技术人员比例偏低，如2012 年全市花卉专业技术人员 1186 人，仅占全体生产人员 11871 人的 10％。此外，花农的文化素质依然较低，科技意识不强，绝大多数是来由种粮、种菜改为种花，缺乏技术和经验，难以适应现代花卉生产的要求，对新技术的学习和使用较慢，对新品种关注度低，品牌与市场意识不强，在一定程度上影响了产品质量和市场竞争力。
当前花卉生产中普遍存在“小而全”、“大而全”现象，种植品种重复，专业化、规模化生产经营水平低，生产成本高，效益低下，产品缺乏明显竞争优势，市场竞争力不足。市场上广受欢迎的特色产品与善于打开市场的拳头产品少，特色名牌产品更少。而且品牌意识淡漠，商标注册量少。
与此同时，由于花卉生产规范化、标准化的滞后，产品质量参差不齐、稳定性差，消费者的认可度低，加之花卉流通体系的不健全，生产与销售脱节等因素，给品牌培育、品牌宣传带来很大阻力。广大的生产者和经营单位经营意识不足，不重视广告宣传和市场开拓。
此外，北京花卉产业发展迅速，但缺乏特色。国内其他花卉主产区地域特色鲜明，如珠江三角洲的室内盆栽观叶植物、云南的鲜切花、海南的热带切花、上海的切花种苗、辽宁种球、浙江苗木等，都有各地的拳头产品，形成了“区位品牌”，规模化、专业化的生产，促进了产业的发展和产品质量的提高。北京作为国内重要的盆花生产基地，蝴蝶兰、安祖花等高档花卉生产量比较大，但缺乏知名品牌。
如前文所述，北京花卉产业主要集中在生产和销售两大领域，北京花卉业产品与产业链都相对比较集中，存在着产品单一与结构单一的问题，产业链尚不完整。
具体来看，北京的花卉生产发展快，市场需求不断增加，对相关辅助产品的需求也进一步加大，需要现代生产设施和相关资材配套。如：生产需要的栽培介质、农化产品、专用肥料、各式容器、喷灌设施等生产资料急需配套。另外适宜进入家庭的环保农药、长效便捷化肥、植物生长调节剂、保鲜剂等产品种类少，针对性不强，也不能满足市场需要。由于花卉产品规格的不确定性，其销售后的配送，一直是广大消费者关心的问题，需求广阔的花卉物流业也处于发展滞后的地步。
由于受生产的周期性及需求的节令性影响，花卉市场价格和供需变化非常快，如果没有及时、准确的信息，就会导致企业经销价格及物流的混乱，造成损失，增加成本。花卉信息服务是解决这一问题的有效途径，可为政府和企业决策提供有效的服务。目前，北京已建立了花卉信息网站，但缺乏信息及时收集更新的管理能力和制度，缺乏对企业有效服务的信息，亟待完善（北京市“十五”花卉产业发展规划，2002）。
此外，与花卉业相关的社会化服务体系也明显滞后，影响了花卉业的发展。
目前北京市花卉流通领域存在的各种问题较多，主要表现在：（1）花卉交易方式落后，花卉销售路径主要是“生产者——批发市场——零售商——消费者”，流通环节多。网上花市、订单生产、花卉配送等先进的花卉销售和服务方式发展缓慢；（2）设施设备落后，保质保鲜技术远跟不上，冷链运输水平低下，成本高；（3）花卉市场布局不合理，市场监管较差，行业无序竞争，相互压级压价；（4）花卉质量缺乏统一标准，缺乏质量监督机制，潜在消费矛盾大。
北京花卉销售的节日特征特别明显，尤其是元旦、春节、情人节、清明、五一、母亲节、十一、圣诞节等。以春节为例，春节的花卉产品销售额大约可以占到整个年度的 20％以上，因此有“年宵花”的产品产生（曹玲玲，2007），平时销量一般的花卉产品到了春节还有可能脱销，期间的花卉价格比平时高出约30％。因此有人说，把握住了春节的花卉商机，一年的销售就成功了一半。而且从生产来看，北京本地的红掌、百合、仙客来、凤梨等主要是为供应春节市场。
从销售情况来看，由于受产品供应、市场需求波动、节假日等因素的影响，花卉产品的价格带有明显的波动性。
北京花卉业还存在我国其它花卉产区的普遍性问题，比如：科研与生产和市场脱节，科研成果转化率低；对宿根花卉、野生花卉资源的保护和应用缺乏足够重视等。
从花卉发达国家或地区的产业发展来看，现已进入到广泛应用新技术、推广新产品的阶段，比如在生产中广泛运用先进的生物技术、先进的栽培技术与高效的管理方法，使得生产效率不断提高，生产成本不断下降，集中体现了科学技术是第一生产力。但从目前北京市花卉业的技术情况来看，还存在着一些具体问题，已经成为北京市发展花卉业的制约因素，主要有：
（1）科技创新能力不强，后劲不足
从实际情况来看，花卉技术创新落后，制度创新更加落后，不能保障科技工作尤其是科技创新的开展。花卉研究机构多但力量分散，课题协作低下，存在着简单重复的现象，科研针对性弱，主要力量和精力集中在研究上，应用性不强，与花卉生产的需要严重脱节。
（2）科技推广体制不能完全适应市场经济的需要
从目前情况来看，花卉业科技含量低很大程度上是由于科技推广体系不健全所造成，缺乏行之有效的技术推广体系，花卉产业受益难度较大。
（3）缺乏具有自主知识产权的品种和技术，生产成本居高不下
目前，我国花卉进口产品种类多、数量大。每年花卉生产需要的优质种子、种苗、种球主要依赖进口，进口耗资大，花费大量外汇。种苗和种子大量进口，导致花卉生产成本提高，花卉种植者获利低。例如，市场上的安祖花每株售价 30 ～ 45 元，而进口种苗每株 17 ～ 20 元，种苗费用占一半；市场畅销的切花月季品种，每株进口苗价 18 元，远远超过国产苗每株 2 ～ 4 元的售价。加入世贸组织后，国外企业为寻求知识产权的保护，积极在国内开展品种保护登记，国内企业进行生产需交纳高额的知识产权费，例如月季种苗，每株苗要交纳 8～ 9 元的知识产权费。没有交纳知识产权费的产品，不能出口。知识产权问题成为制约我国花卉产业发展的“瓶颈”。
（4）花卉科技研究起步晚，基础差，投入少，科研成果与效率不明显
长久以来，花卉研究主要以服务教学为主，属于实验性研究，带有创新性质的花卉研究起步晚。加上人才少、水平层次不齐，设施明显落后于国外，造成花卉研究的基础条件较差。同时由于花卉业不是关系到国计民生的主导产业，地位不够明显，花卉科研就更难以得到政府相关部门的充分重视。由此造成了长期以来的投入不足，也影响了花卉科研的进展。
从生产成本来看，如果种植小麦、玉米等粮食作物，每年每亩成本仅几百元；改种经济作物等其他农产品，每年每亩成本约 3000 元；而改为花卉种植等设施农业，则其前期投入即需要几万元。可见花卉产业对资金的需求较大，加之北京的其他生产成本要较其他地区昂贵，北京花卉产业对资金的需求就更大。
从目前北京花卉业的投资主体来看，主要包括农户自有资金、农业小额信贷、企业资金、企业融资、政府资助性投资等。从实际情况来看，农户由于其自有资金的规模有限，很难进行大规模投资可进行扩大再生产。农业小额信贷、政府资助性投资由于其规模较小，加之申请的难度、周期等原因，因而也难以从根本上解决问题。企业投资则由于其获利的需要，在进行收益比较后，将资金投向花卉业的意愿往往会有所降低。
此外，由于花卉属于农业生产的基本属性，难以从根本上避免病虫灾害等因素影响，因而其收益或多或少带有不确定性。与此同时，农业保险刚刚起步，尚未在花卉业中全面推广，这也在一定程度上影响了人们的投资意愿。
从 20 世纪 80 年代开始，在家庭联产承包责任制的基础上，北京发展起了农村经济合作组织。据统计，至 2011 年底，北京市已有农民专业合作组织4878 个，同比增长 12.68％，实有注册资本 46.1 亿元，同比增长 14.5％，带动农户 43.9 万户。但从总体来看，经济合作组织依然主要停留在“公司＋农户”或“公司＋基地（或合作社）＋农户”的初级阶段，经济中介组织的发展无法满足农业现代化的要求，竞争力不强，覆盖范围有限，运行也缺乏规范，离国内外先进的“产供销一条龙”或“科工贸一体化”的产业化先进模式相去较远；而专业的产业协会尚处于萌芽阶段，作用有限（台盟北京市委员会，2005）。花卉产业作为北京市新兴和近年来快速发展的经济群，这一情况更为明显。与此同时，大的农业产业化龙头企业尚未很好地深入花卉业，对花卉产业的发展带动有限。而乡镇企业作用与力量有限，农户力量更是单一，这些在很大程度上影响了花卉业的产业化水平。