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新中国成立后，党和政府十分重视农村卫生状况的改善，确定的医疗卫生工作方针，第一条就是面向工农兵。发展医疗事业的首要目标就是使农村“有医有药”，
经过多年努力，取得了很大成就。到 20 世纪 60 年代中期，县、乡（公社）、村（生产大队）三级医疗卫生机构绝大多数建立起来，基本上形成了一个农村医疗卫生网。但是，广大农村长期处于缺医少药的状况没有得到根本改变，由于多方面的原因，国家医疗卫生的重点仍在城市。据 1964 年统计：在卫生技术人员分布上，高级卫生技术人员 69％在城市，31％在农村（县和县以下），其中在县以下的仅占 10％。中级卫生技术人员城市占 57％，农村占 43％，其中在县以下的仅占 27％。中医则大多数在农村。在经费使用上，全年卫生事业费用于公费医疗的占 30％，用于农村的占 27％，其中用于县以下的仅占16％。这就是说，用于享受公费医疗的 830 万人员的经费，比用于 5 亿多农民的还要多。
1965 年 6 月 26 日，毛泽东对此提出严厉批评，指示“把医疗卫生的重点放到农村去”。
这一“指示”，激起了全国上下对农村医疗卫生工作的极大重视，在 50 年代中期出现的农村合作医疗制度由此推广。
“合作医疗”一词最早出现在 1958 年 9 月 13 日的《健康报》上，该报登载了一组介绍河南省一些地方举办合作医疗的情况，并配发了《让合作医疗遍地开花》的评论文章。该评论写道：“河南省在工农业生产全面大跃进的新形势下，伴随着人民公社的建立和民办医疗卫生事业的发展，一个规模巨大的共产主义的互助运动——全民性的‘合作医疗’正在河南省全面展开。”
1959 年 1 月的《人民保健》杂志上，以《一个公社的合作医疗—拓城县慈圣人民公社》为题，又报道了河南省拓城县慈圣人民公社从 1958 年 7 月 1 日开始实行合作医疗的情况。而该词最早见于中共中央文件并作为农村医疗保健制度正式提出，则是1959 年 12 月卫生部党组上报中共中央的《关于全国农村卫生工作山西稷山现场会议情况的报告》，该报告附件《关于人民公社卫生工作的几个问题的意见》，对于农村的医疗保健制度提出了如下的意见：“关于人民公社的医疗制度，目前主要有两种形式，一种是谁看病谁出钱；一种是实行人民公社社员集体保健医疗制度。与会代表一致认为，根据目前的生产发展水平，以实行人民公社社员集体保健医疗制度为宜。”“即现在各地所说的‘保健费’的办法，或‘合作医疗’。”其主要特点是：1.社员每年交纳一定的保健费；2.看病时只交药费或挂号费；3.另由公社、大队的公益金中补助一部分；随着生产的发展逐步增加公益金补助部分。具体做法各地可根据当地条件制定。实行这种制度，对于开展卫生预防，保证社员有病能及时治疗和巩固公社的医疗卫生组织，都较为有利。
1960 年 2 月 2 日，中共中央 70 号文件转发了卫生部党组的这个报告及其附件，认为“报告及其附件很好”，要求各省、市、自治区党委参照执行。从此，合作医疗便成为我国农村医疗卫生工作的一项基本制度。
我国采用“合作制”或“群众集资”的办法举办医药卫生事业由来已久。在抗日战争时期，陕甘宁边区就举办了医药合作社（或称卫生合作社）。“1944 年因伤寒、回归热等传染病流行，政府应群众要求委托大众合作社办理，总社设在延安。资金又大众合作社和保健药社投资，并吸收团体和私人股金，政府也赠送药材等。是一种民办公助的医疗机构，采取‘中西医合作，人兽兼治’。到1946 年，卫生合作社达 43 个（内含两个兽医社）”。
这种合作医疗形式虽然没有正式命名，却成了 20 世纪 50 年代合作医疗制度的借鉴基础。
1945 年～ 1949 年，山东解放区以民办公助形式，成立许多群众性的医药合作组织——医药合作社。当时的医药合作社遍及县、区、乡、村，主要宗旨是：调剂供应全省医疗所需药材，为群众防病治病，成为当地医生业务学习与参加社会卫生工作的核心。合作社的基金，大都来自区、村合作社或私人入股，集体经办，公家稍加补助。系农村多种合作社的一部分，规模很小。其主要业务是医疗，也对当时医药界进行业务指导。当时影响较大的医药合作社有临沂卫生合作社、莱阳胶东大药房、山东大药房、沾化县卫生医社等。
新中国成立之初，全国百废待兴，农村贫穷、农民疾苦，几乎人人病不起。家家呈现“小病靠扛，等活；大病听命，等死”的现象。一些农民受到“借工”、“互助”的启示，自己组织起来各家各户出点钱，没有钱的出鸡蛋、出粮食，找一两个乡医，组织起来成立村医疗站。乡医是“全科型”的，看病、给药、打针。社员看病免收挂号费、注射费、换药费、出诊费。1950 年前后，东北各省很多地方的农民就组织了很多这种医疗站，有的由村合作社筹集一点资金。所以取名不一样，有的叫“统筹医疗”，有的叫“集体保健医疗”，也有的叫“合作医疗”。据原东北人民政府卫生部统计，1952 年东北地区的 1290 个农村卫生所中，属于合作社经办的有 85 个，群众集资举办的 225 个，二者合计 310 个，占全东北农村卫生所总数的 17. 44％。其中原热河省和松江省的一些农村地区还发动群众以土豆、粮食和鸡蛋等实物入股集资，建立了一批医药合作社。
虽然上述各种形式的医药合作社或医疗站，还都是属于具有合作性质的医疗保健机构，而未实行具有保险性质的医疗保健制度，但却为后来的具有一定性质的合作医疗保健制度开了先河。
我国农村正式出现具有保险性质的合作医疗制度，是在 1955 年农业合作化高潮时期。那时，随着农业合作化运动的发展，山西、河南、河北等省农村出现了一批由农业生产合作社举办的保健站。1955 年，河南省正阳县王店乡团结社依靠集体力量办起了第一家集体所有制的保健站，归农业社管。
随后，山西省高平县米山乡由创立了集体医疗保健制度。1956 年 6 月，全国人大三次会议通过的《高级农业生产合作社示范章程》第五十一条规定：“合作社对于因公负伤或因公致病的农民群众要负责医治，并且酌量给以劳动日作为补助。”
这是国家第一次从制度上赋予了集体给农民治病的职责。不过，这经费是从合作社的公益金中提取。与城市公费医疗的区别是政府没有专门的拨款。但是，毕竟此后农民生病有人管了，有地方记帐了，这是农民千百年来的新鲜事。不久，湖北麻城县、河南登丰县城关镇、正阳县城吕河店，贵州义兴县靖南公社都纷纷建立了以集体组织为依托，由集体与个人共同出资，互助互济的集体保健医疗站。典型的山西省高平县米山乡联合保健站。就是实行“医社结合”，并采取由社员群众出“保健费”和生产合作公益金补助相结合的办法，建立集体医疗保健制度的。这个保健站成立于 1955 年初。他们的基本做法是：
1.在乡人民委员会（乡政府）的领导下，由农业生产合作社、农民群众和医生共同集资建站。
2.在自愿的原则下，每个农民每年交纳二角钱的“保健费”，免费享受预防保健服务，患者治疗免收挂号费、出诊费等。
3.保健站坚持预防为主，挂签治病，巡回医疗，送医送药上门，医生分片负责所属村民的卫生预防和医疗工作。
4.保健站经费来源：A、农民缴纳的保健费；B、从农业公益金中提取 15％～20％；C、医疗业务收入（主要是药品利润）。
5.采取记工分与发现金工资相结合的办法，合理解决保健站医生的报酬。
上述做法，用现在的话来说，叫做“合医合防不合药”的合作医疗。
1955 年冬，山西省人民委员会（省政府）和卫生部相继调查总结并肯定米山乡的经验，认为这是“初步实现了走上集体化农民的‘无病早防，有病早治，省工省钱，方便可靠’的理想，为农村的预防保健工作建立了可靠的社会主义的组织基础”。由于卫生部的肯定，米山乡的做法在全国部分地区得到推广。
至于“社办合作医疗制度”这个提法，最早始于河南。据河南省卫生厅1960 年的一篇报告介绍：“社办合作医疗制度是 1956 年原正阳县王店乡团结农庄创始的。”正阳县所推行的合作医疗，有以下两种形式：一是医院或诊所转入农庄，以每人每年 1. 8 元钱计算由农庄（或农业社）掌握经济（经费）开支，以30％用于医务人员的工资和公杂费开支，以 70％用于购药，超支或节余均由农庄或农业社负责解决。另一种是社自负盈亏，按每人每年 1. 8 元计算，以社为单位与医院或诊所订立代办医疗合同，没三个月由医院和农业社结算一次，经济（经费）归社掌握，不论超支或节余均由社方负责解决。
“合作医疗制度是随着农业互助合作化运动的兴起而逐步发展起来的。”新中国成立后，中国共产党和政府在农村的一个重要任务是进行土地改革运动，到 1953 年春，除一些少数民族地区外，中国大陆的土地改革基本完成。随着土地改革的进行和完成，互助合作运动也开始在全国农村逐渐展开，初期的农村互助合作运动以兴办互助组为核心，并逐渐发展到初级农业生产合作社，从1953 年冬开始，农村初级社迅速发展。随着合作化运动的进一步发展，以及中央在过度时期总路线的实施，各级党和政府在农村合作化运动中采取了“急躁冒进”的方针，“强迫命令”的工作方式使各地入社农户急速增加；1955 年 10月，中共中央通过了《关于农业合作化问题的决议》，促使初级社转变为高级社。到 1956 年 4 月，全国入社农户占总农户的 90％，个体农户在经济上被组织起来了。在高级社中，土地全部归集体所有，取消土地分红，耕牛、农具、种子也作价归集体所有，人力、畜力、物力、资金由集体统一管理使用，按劳动工分，统一分配收入，形成了社会主义性质的集体所有制。当时，一些地区农村的干部、群众，为改变缺医少药的状况，开始探索一种互助性质的医疗形式：由社员群众和集体筹集一定的资金，社员看病的药费由生产大队统一支付或给与一定比例的报销；基层医疗人员的报酬采取由生产大队记工分的方式解决，参与集体收益分配和口粮分配（一般相当于一个中等劳动力的收人）。医生有病人就行医，无病人则参加农业劳动，农忙时还在田间地头巡诊。例如：广东省东莞县杨屋乡在 1957 年高级社时期就建起了保健室，设立了保健员，为群众治疗一些轻伤病症，并开始培养自己的“赤脚医生”。但在 1958 年农村实现人民公社化后的一段时期，由于“左”的影响，“一平二调”、“共产风”盛行起来，许多地方的人民公社实行平均主义的供给制，普遍实行所谓“几包”，诸如“吃饭不要钱”、“上学不要钱”、“看病不要钱”等等，社员看病不花钱，由公社从集体经济中开支。例如，河南省桐柏县从 1958 年 7 月 7 日起，就实现“民办医院公费医疗”。“每个社员凭民办公费医疗证，到医院门诊或住院，不再收取医药费、诊断费、手术费、挂号费、住院房租和用具费等。”“全县享受民办公费医疗的达 17 万多人，占总人口的 95％，基本上实现了乡乡社社有医院，人人享受民办公费医疗”。
但这种做法很快夭折。经过实践，认识到在集体经济还薄弱的情况下，把农民群众的医疗费用全部包下来还有困难，就决定组织合作医疗来代替包干医疗。办法是：由每人每月交 0. 15 元作股金，看病挂号费自付，门诊药费从合作医疗费中开支七成，住院的药费全部由合作医疗负担。
1959 年 11 月，在山西省稷山县召开全国农村卫生工作会议，正式肯定了农村合作医疗制度。会后，卫生部写给党中央的报告及其附件《关于人民公社卫生工作几个问题的意见》，在总结上述经验的基础上，提出了一套基本符合农村实际的，发展农村卫生工作的方针和意见，对于推进农村合作医疗制度起到一定作用。但是由于“大跃进”运动和“人民公社”化运动以及三年自然灾害带来的经济困难，中央决定对国民经济实行“调整、巩固、充实、提高”的方针，农村的医疗卫生工作也随之进行了相应的调整，因而对农村实行集体医疗保健制度——合作医疗也放慢了步子。然而也有少数县，如湖北省麻城县，仍然在全县范围内坚持实行合作医疗制度，深受农民群众的拥护。
合作医疗适合中国农村情况，能够解决农民缺医少药的问题，所以其一产生就受到欢迎，得到较快发展。1958 年，湖北省麻城县 96 个公社全部实行了“合作医疗”。同年，河南省信阳、南阳和新乡专区已普遍实行，河南全省 70％的公社已经实行或正在试行。
1959 年 11 月在山西省稷山县召开的全国农村卫生工作会议对这种医疗制度予以肯定，推动了合作医疗的发展。在农村开展社会主义教育运动时，毛泽东于 1965 年 1 月做出组织城市高级医务人员下农村和为农村培养医生的指示。1965 年 6 月 26 日，毛泽东又做出“把医疗卫生工作的重点放到农村去”的指示。这两项重要指示的贯彻落实使农村医疗卫生工作得到很大加强，合作医疗制度进一步在全国推行。至 1965 年底，全国已有山西、湖北、江西、江苏、福建、广东、新疆等十多个省、市、自治区的一部分县实行了这种制度。
合作医疗的普遍推广，是在 1968 年以后，它与湖北省长阳县乐园公社杜家村赤脚医生覃祥官有莫大的关联。1964 年春天，只读过 3 年私塾的覃祥官，由宜昌市长阳土家族自治县乐园公社党委送到县中医进修班学习一年后，学成归来，担任了乐园公社卫生所医生。1965 年冬天，乐园流行麻疹、百日咳、脑膜炎等疾病，全公社有 1000 多人不幸感染，杜家村一下就死了 4 个患病儿童；一位钱姓农妇因黄疥疮布满全身，痛痒难忍，竟一尺青绳断了性命……。面对农民如此悲惨的境况，他深切感受到农民无钱治病的痛苦。好多人“小病拖大，大病拖垮”，更说不上无病早防了。他当时想：办生产合作社解决了农民单家独户生产上的困难，办信用社，免去了农民受高利贷的剥削。我们为什么不能组织起来，实行合作医疗，依靠集体力量和疾病作斗争呢？办医疗上的合作，不就解决农民看病吃药的难题了吗？覃祥官自告奋勇去他老家杜家村办试点。他的想法很快得到公社党委和大队党支部的支持。为把此事办成，他“背水一战”，辞去卫生所拿国家工资的职务，回家去当社员，靠工分吃饭，断了自己的退路。
1966 年 8 月 10 日，“乐园公社杜家村大队卫生室”挂牌了。农民每人每年交 1 元合作医疗费，大队再从集体公益金中人均提留 5 角钱作为合作医疗基金，除个别老瘤疾病需要常年吃药外，群众每次看病只交 5 分钱的挂号费，吃药不要钱了。同时，以“三土”（土医、土药、土药房）、“四自”（自种、自采、自制、自用）为特点，大队卫生室和小队土药房都开辟了药园，种植了大量的常用易植药物。
由于大量的廉价中草药和自制成药充实了卫生室、土药房，减少了合作医疗经费的开支，减轻了农民的负担，做到了“有病早治，无病早防”，体现了“出钱不多，治疗便利；小病不出寨，大病不出队”的好处，深受广大农民群众的拥护。
杜家村大队看病只花 5 分钱挂号，打针、吃药不要钱的事一下子传开了，山上山下，左乡右邻的人纷纷来参观。1967 年 1 月 1 日，全公社实行“合作医疗”制度。各大队建立起卫生室，生产队逐步建立起医疗点、小药房。一批医务工作者加人赤脚医生的行列，一批又一批有文化的青年男女，进入培训班、医院、学校进修、学习，成为遍布山村的卫生员，进步快的成长为赤脚医生。从此，土家儿女小病不出村，大病不出公社，预防药送到田间家门口的卫生医疗网络建立起来了，看病吃药再也不是土家山民们的天大难题了。乐园公社向县卫生局汇报后，迅速在全公社 6 个大队推广。为总结合作医疗经验，县里随即安排县委办公室干部、县卫生局干部深入乐园公社，进行实地调查采访。
1968 年下半年，一份反映乐园公社合作医疗情况的调查报告送到中南海，立即引起中央的高度重视。同年 11 月 30 日，“中央文革”小组呈送了一个“关于湖北省长阳县乐园公社合作医疗制度的一篇报道，经核实后，又拿到北京郊区开了两次座谈会，也整理了一个材料。可否过两天将按语、报道及座谈会情况（摘要）同时见报，展开讨论，请批示”的报告给毛泽东主席，毛泽东批发了这个报告。
并称赞“合作医疗好！”。认为合作医疗“是医疗战线上的一场大革命”，“解决了农村群众看不起病，买不起药的困难”，“值得在全国推广”。1968年 12 月 5 日，《人民日报》以毛泽东“要把医疗卫生工作的重点放到农村去”这段语录作报眼，头版头条转发了这篇题为《深受贫下中农欢迎的合作医疗制度》的调查报告，并加了编者按，称合作医疗是一件新事物，称赞共产党员、杜家村大队卫生室赤脚医生覃祥官是“白求恩式的好医生”。
该调查报告报道了乐园公社创办合作医疗的经验和体会：这个公社从 1966年 12 月开始实行合作医疗制度。办法是：每人每年交 1 元钱的合作医疗费，生产队按照参加人数，由公益金中再交 0. 1 元钱。除个别老病疾病需要常年吃药的以外，社员每次看病只交 0. 05 元钱的挂号费，吃药就不要钱了。公社卫生所12 名医务人员，除 2 人暂拿固定工资外，其余 10 人都和大队主要干部一样记工分。再按不同情况，每月补助 3 元～ 5 元。全公社 99％的人参加了合作医疗。文章总结合作医疗制度的好处，最根本的一条是解决了农民群众看不起病、吃不起药的困难，农民的身体健康有了基本保障。他们说：“农业合作化挖了穷根，合作医疗挖了病根。”由于得到毛泽东的赞许，这项制度的建设受到极大的重视。
从 1968 年 12 月 8 日开始，到 1969 年 12 月 4 日，《人民日报》在整整一年的时间内，连续组织了 24 期“关于农村医疗卫生制度的讨论”。主题是赞扬合作医疗制度的优越性，交流巩固和发展合作医疗的经验，提出进一步搞好合作医疗的建议。在时论的推动下，1969 年全国出现了大办农村合作医疗的热潮，合作医疗遍地开花。电影《红雨》、《春苗》，小说《映山红》都是歌颂赤脚医生、合作医疗的力作，这方面的歌曲、诗歌、散文等铺天盖地，到了 70 年代村村社社几乎找不到空白点。
1976 年 6 月 15 ～ 23 日，在上海川沙县江镇公社召开了全国赤脚医生工作会议。会后，卫生部于 7 月 21 日向中共中央、国务院写了报告，提出：“赤脚医生、合作医疗已经发展起来的地方，要抓充实提高；还没有办起来的地方，特别是国防边境、少数民族地区、高寒山区、老革命根据地、渔区、牧区，要积极地、有步骤地、因地制宜地尽快办起来。”到 1977 年底，全国有 85％的生产大队实行了合作医疗。
实行合作医疗制度的农村人民公社形成了一套领导管理体制。以湖北省长阳县乐园公社为例，其管理体制是：公社成立合作医疗管理委员会，生产大队成立合作医疗管理小组，它们在公社革委会和生产大队领导小组的统一领导下，专门负责合作医疗工作，定期向广大群众汇报工作情况，听取大家的意见。
毋庸讳言，在推行合作医疗制度过程中，由于受“文化大革命”极“左”错误影响，过多地迎合现实政治的需要，存在着采用行政命令的办法和片面追求减免率、搞“一刀切”等问题，使这种制度在发展过程中受到一定的扭曲，某些地方存在的形式主义弊端也在一定程度上影响了医疗水平的提高。
“文化大革命”结束以后，农村合作医疗制度摆脱了政治化带来的弊端，在更加务实的基础上前进。
合作医疗曾一度载入我国宪法。1978 年 3 月 5 日五届人大通过的《中华人民共和国宪法》第三章第五十条规定：“劳动者在年老、生病或丧失劳动能力的时候，有获得物资帮助的权利。国家逐步发展社会保险、社会福利、公费医疗和合作医疗等事业，以保证劳动者享受这种权利。”为使农村合作医疗步人正轨，卫生部根据宪法的精神和当时实际的情况，对合作医疗作了初步总结，并会同有关部门制定了全国统一的章程和办法。1979 年 12 月，卫生部、农业部、财政部、国家医药总局、全国供销合作总社联合发布了《关于农村合作医疗章程（试行草案）的通知》。指出：农村合作医疗制度的发展，对于改变农村缺医少药状况，保护社员身体健康，发挥了积极作用。望各地加强领导，不断总结经验，妥善解决存在的问题，使农村合作医疗制度进一步巩固、完善，更好地为实现农业现代化服务。这个《农村合作医疗章程（试行草案）》
是第一次由政府部门发布的正式法规性文件，其中包括：总则，任务，合作医疗举办形式和管理机构，基金和管理制度，赤脚医生和卫生员、接生员，中草药，加强领导，等等多项内容，对合作医疗制度作了全面、细致的政策性规定。这是对 20 多年来农村合作医疗经验的总结，标志着合作医疗的制度化。
1981 年 2 月，国务院批转了卫生部《关于合理解决赤脚医生补助问题的报告》。这是巩固、完善合作医疗制度的又一重要文件。《报告》说：赤脚医生队伍是在农村开展医疗卫生工作和计划生育工作的重要力量，其中约 1 ／3 左右的人已达到相当于中专的水平。他们同民办教师一样，是农村的知识分子、技术人员。要建设好这支队伍并保持稳定和发展，关键问题之一是合理解决其报酬。《报告》提出：“凡经考核合格、相当于中专水平的赤脚医生，发给‘乡村医生’证书，原则上给予相当于当地民办教师水平的待遇。”“同时，社队应给他们记工分。”对于暂时达不到中专水平的赤脚医生，其报酬问题，“除记工分外，也要根据当地实际情况给以适当补助。”《报告》指明：“赤脚医生的调动、培训、考核、发证和政府补助费的管理均由县卫生局负责。”这些规定，对稳定和提高赤脚医生队伍，巩固、完善合作医疗制度，有长远的、积极的指导作用。1980 年，全国农村约有 90％的行政村（生产大队）实行合作医疗；医疗保障覆盖了 85％的农村人口。
在这段时期里，与“赤脚医生”相伴随的农村合作医疗体系，大大改善了农村缺医少药的局面，提高了农村居民对基本医疗保健服务的可及性和可得性，显著改善了农村人口的健康水平，对以下成就的取得作出了不可磨灭的贡献：一、抑制了传染病、寄生虫病和地方病的流行；二、死亡率、尤其是婴儿死亡率大幅度下降；三、平均期望寿命迅速提高，在同类别国家和地区中位居前列。因此，农村合作医疗被一些国外专家赞为“开创了发展中国家人口大国较好地解决了农村问题”的“中国模式”。
随着家庭承包责任制的实行、人民公社制度的废除，农村新的经济体制和行政体制逐步形成，农村基层卫生组织和合作医疗制度也进行了相应的整顿和改革。在相当一段时间内，农村合作医疗出现了萎缩。
1979 年，中国市场化导向的经济体制改革从农村开始起步，1983 年后，农村推行以家庭为单位的农业联产承包责任制，取代了原来以农业生产队为基础的集体农业经济，中国经济走向了现代化的道路，卫生领域也开始了“现代化”。在此背景下，伴随合作医疗涌现和发展起来的赤脚医生，其名称、工作方式、服务性质与改革开放后出现的新情况已经不相适应。按照 1981 年国务院批转的《关于合理解决赤脚医生补助问题的报告》，对 125 万名赤脚医生进行了考核，其中 64 万人通过被授予“乡村医生”证书。卫生部门加强对“赤脚医生”行医资格的审查和监督，要求他们接受正规的医疗培训，这本来对于提高农村医疗服务的技术水平是有益的，但很多赤脚医生在接受了正规培训后就离开了农村，全国赤脚医生的数量迅速减少。再者，随着国家落实知识分子政策，大批原先分配到农村的医务人员陆续返回城市，卫生院和合作医疗站的医疗技术力量被严重削弱。另外，由于开放搞活、放宽农村政策，增加了经营门路和生财之道，动摇了农村医疗队伍的“军心”，一部分农村医务人员放弃医疗卫生工作，从事其他行业，这样，农村医务人员减少了一半。随着基层医疗人员的不断减少，合作医疗也难以为继。
改革开放后，伴随着国家财政体制的改革，中央政府改变了对卫生保健的筹资方式，筹资责任主要转移到地方政府，而地方政府又将主要筹资责任转移给医疗卫生机构。到 80 年代中期，许多地方改变了乡镇卫生院已由县卫生局直接领导的体制，而将卫生院下放给乡镇政府管理，卫生院获取财政支持资金的主要渠道由县级财政转到乡镇财政。这样就造成尽管上级财政对卫生院的经费补贴总额还在逐年增加，但由于各乡镇之间的财政实力差距极大，在财政力量薄弱的乡镇，卫生院的经费来源得不到保障，自身的发展受到严重影响。而更为重要的是，由于国家卫生财政投入倾斜农村的政策发生改变，也使农村医疗卫生保障制度在国家宏观整体制度环境中的环境适应性显著下降，对以合作医疗为主体的农村医疗卫生保障制度的可持续发展造成障碍。在国家政治经济转型的关键时期，卫生部门不但没有采取有力的措施来维系合作医疗的发展，反而改变了毛泽东“把医疗卫生工作的重点放到农村去”的口号，提出“农村与城市并重”的卫生发展原则。但在实际操作中，“城乡并重”的原则变成了“以城市为重点”。比如，在“七五”（1986 ～ 1990）期间，国家投资为城市医院增加了 40 万张床位，而乡镇卫生院却没有得到国家投资。
原来依赖于社队财务支持的乡镇卫生院，其运行越来越多地依靠提供医药服务的收费。农业集体生产组织解体之后，大队合作医疗站（村卫生室）也由于失去稳定的资金来源而变成个人承包或解散。在这样的境况下，许多地方的合作医疗难以为继，迅速解体，全国合作医疗覆盖率急剧下降，从原来的 90％多，下降到 4. 8％（见下表），绝大多数中国农民又回到了自费医疗的老路。由于合作医疗停办，大部分农民看不起病，“因病致贫”、“因病返贫”的情况重又不断出现。
从兴起到衰微全国生产大队／行政村合作医疗比重
我国农村土地辽阔，人口众多，对卫生保健服务的需求量大，在当时的经济条件下，国家没有足够的力量承担全体农民的医疗费用，由农民个人完全负担自己的医药费颇有困难，要集体经济组织把本单位成员的医药费全部包下来也不现实。因此，农民群众创造的合作医疗制度对于解决广大农村人口的医疗问题是有重要意义的，它的发展基本上解决了广大农民看病难的问题，在一定程度上保障了农民的身体健康，为中国农村医疗卫生事业的发展开辟了新的途径。然而，实践证明，传统合作医疗制度也存在着不少问题，如合作医疗机构的经济力量和技术水平有限、合作医疗基金缺少计划和管理、基金使用不能充分贯彻民主原则等等。这些问题的存在，不仅造成了传统农村合作医疗组织在多数地区不很巩固，而且也是改革开放以后农村合作医疗出现解体、停办趋势的重要原因之一。
从上述对合作医疗制度产生、发展和演变的分析中，我们看到，在建国初期，国家为了缓和经济压力、迅速工业化和城市化而设计出城乡二元经济结构，经济上的二元结构，直接导致了整个社会的二元结构。在这种二元结构下，国家为城镇居民提供了各种保障，包括医疗保障，但由于经济发展能力的限制，而没有为广大农村则提供基本的医疗卫生保障，聪明的中国农民在国家对农村的医疗保障难以承担的情况下，创造性地发明了合作医疗这种医疗保障制度，以缓解自身求医问诊的艰难。当然，此时国家虽然没有把城镇医疗保障制度延伸到农村，但也没有放任不管，而是积极从外部干预农村医疗制度的建立，把农村合作医疗建设纳入到全国经济社会总体制度中，但限于当时国家的财力，对农村合作医疗采取了“国家农村医疗制度社区办”的发展路径。