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民国时期，省道县三级制改为省县两级制有一个逐渐过渡的进程。1924年6月4日，内务部遵照1923年10月10日公布实施的“贿选宪法”——《中华民国宪法》通令各省裁撤道尹，自7月1日起实行
，但因曹锟的下野而未能实行。国民党主张实行孙中山的省县两级制，随着北伐军向北挺进，绝大多省区于1927至1929年陆续自行废道。1930年2月，国民党中央委员会第209次政治会议决议废除道尹
，并由内政部将以前设置之道尹、县佐一律废除，以符合县制。至此，道作为一种行政区划，在法律上正式消亡。
但新疆与内地不同，仍旧保持省、行政区、县三级制。在全国普遍实行省县两级制下，1928年新疆省裁道后，实行区行政长制。由于新疆地域辽阔，民族繁杂，金树仁曾呈请仍旧保留行政区，并陈述了三项理由：“（一）新疆省幅员辽阔，和阗、喀什、阿山各距离省政府所在地有五六千里不等，较内地有相隔数省之遥，若无行政长官视察、监督，于行政窒碍实多；（二）新疆三面与苏英接壤，沿边各埠皆驻有英苏领事，外交向称棘手，历来以沿边各区行政长兼任交涉特派员名义，与驻在地办理交涉事宜，苏英两国久已认为惯例，凡发生两国交涉事件，认定各区行政长始有一切谈判之权，若不变通设置，对外交涉将立行停顿，此为最大困难；（三）新疆司法，因人才、经费两皆缺乏，各级法院尚未完成，为权宜计，暂以各县政府兼理民刑诉讼，自不能不畁各区行政长以监督司法之权，用救事实之穷。一旦废去，不便尤多。”此案经1929年4月12日第二十四次国务会议决议，送中央政治会议讨论。5月5日中央政治会议第181次会议决议：新疆各区行政长暂准存留
。
这样，行政区仍旧作为一级行政层级在新疆保留着，但县级政权在金树仁执政时期发生了些许变化，“关于新疆之地方自治工作，主要在于政经建设均以地方为重心，应先确立县以下之地方制度，扶植地方人民自治的能力。”
当时，新疆的大小事宜皆由金树仁一人定夺，省下各厅均为省人民政府的登记机关。“即以最关重要的民政厅而论，迄今尚附设于省，其门额为民政厅办事处。”
因此，《县组织法》是适应了当时新疆形势的需要，是在金树仁的授意下而推行的。
依照地方自治原则应首先厘定县级地方制度，划一县的名称和组织。当时新疆尚未具备设县资格的地方大多设有分县，而分县的设置是依照北京政府所颁布的《县佐官制》而沿袭下来的。凡一县的辖境过广，且县公署权力难以周及者，县知事陈明情况，由省长陈述理由，咨陈内务部，呈经大总统核定，设立县佐。县佐为县政之佐理，其所辖区域名曰分县，仍是县的一部分，非别成一级。县佐以设于该县辖内之要津地方为限，不得与县知事同城
。由于新疆地域辽阔，一县范围过大，往往大县之下一般都附设分县，设置县佐辅助县长管理地方事务。
《县组织法》颁行后，为符合近代县制标准，国民政府要求划一各县组织名称，一律裁撤分县，取消县佐。但就撤销分县后，应如何改治，最初国民政府并未有明确的说法。因此，金树仁在最初仅是一味迎合《县组织法》的相关条款。《县组织法》颁令后，金树仁迅速着手改组分县，取消县佐，并已遵章将“筹议分县制度改组办法，”
纳入1929年7至9月民政厅的行政计划之中。1929年7月16日第54次省务会议具体讨论了取消分县后的设治问题，并由民政厅咨请内政部核夺，咨文一面称“分县制度本与现行官制不合”，应通令取消；一面对取消分县后应如何设治征询意见。“惟新省地方边要情形特殊，或距县遥远难资辖治，或民众无多地势关要，以之概行政取消于边局，前途关碍殊多，应察酌边情，统筹兼顾为妥适。如阿瓦提、柯坪、托克苏、吉木乃各处关系甚为重要应即提升县治以资治理，如和什托洛盖、托克逊、哈巴河、七角井、乌鲁克恰提、库尔勒、赛图拉各处人少事简，应即取消分治仍归原县管辖划作区治以符定制。”
就民政厅的咨文来看，新疆在取消分县后，就如何设治问题忽视了边疆的特殊现状，而是完全依照《县组织法》内划定县、区的相关条款一一对应。事实上，由于新疆地域辽阔，民族繁杂，分县与原县大多“划分疆界、粮税、差徭”，“以清境界”
，已逐渐具有与县相近的基层行政区划意义，实际上已与设治局类似。因此，原设分县已不可能再并入原县。
鉴于此，内政部决定以清末民初就已出现的设治局代替分县，以此作为升县的组织准备。事实上，取消分县，改置设治局的决定早已确定，但组织条例是在征询各方意见后而拟订的。因此，与《县组织法》出台，实施的正常顺序相反，《设治局组织条例》的颁行是在各地设治局既成事实后才颁布的。事实上，设治局这一行政组织在清末已出现，但为使其与县一并成为地方自治的组织基础，国民政府通饬各省建构起设治局与地方自治的联系意见和做法。由于“内政部拟定所有设置设治局各省分，大抵种族不同，文化较逊，户口稀少，幅员辽阔。现行区乡镇闾邻之制自不能完全适用。拟由本部咨请各该省政府详查情形，加具意见，以便汇拟方案呈请。”其要点为：“一建国大纲及地方自治开始实行法所定关于自治各项应如何筹划进行；二各级自治组织是否适用现行自治法规所定之区乡镇闾邻制度如不适用时应如何变通办理；三地方自治经费如何筹划；四各项自治人员如何产生能否试行选举制度；五训练自治人才宜如何开始举办；六训练民众事宜何种方法；七除上项各项外如有其他特别情形应尽量发表意见以便采择。”
通过汇总各省份设治局促进地方自治的意见和做法后，1931年6月2日《设治局组织条例》正式出台，规定在本省未设县治地方，可以暂时设置设治局，到相当时期，再改升为县治。这样，设治局在法理上与县一样成为推行地方自治的基层行政组织。
据此，内政部就取消分县后的改治意见回复新疆省民政厅，认为柯坪、托克苏、阿瓦提、吉木乃、哈巴河五分县改升县治较为适宜，而对七角井、赛图拉、乌鲁克洽提、和什托洛盖、库尔勒、托克逊六分县改为县下辖的区提出异议。由于《县组织法》的县政层级在少数民族地区或人员稀少省份不一定适宜，而内政部“咨送设治局暂行条例草案案查与新疆情形适宜”，据此将七角井等六分县改设设治局更加适宜。另外，内政部还责令民政厅将“升县设局理由及县治行政区划，另行专案咨部。”
接令后，省人民政府一方面就已达升县条件的各分县，呈请内政部予以核准。如木垒河分县升县，内政部批准通过，“呈悉查新疆以木垒河县佐改升县治，即名为木垒河县。既据该部核明有相当理由，县名亦尚妥协，自当准予照办，已转呈国民政府备案。”
另一方面，就未达到升县资格的各分县，改设为设治局。1930年6月25日第55次省务会议就六分县改治问题，讨论决议：“新省各行政区原设七角井、赛图拉、乌鲁洽克提、和什托洛盖、库尔勒、托克逊等六分县，已经省务会议议决，将分县名称一律取消，拟将该原设分县地方一律改组设治局，以立改升县治之基础案。”
据此，10月前后七角井等六分县陆续改设设治局。如托克逊于7月1日开始筹备改组，10月正式成立设治局，定为三等县。
可见，为践行《县组织法》，划一县治，符合近代县制标准，新疆省一律取消分县。这样，新疆省首次划一了县级行政组织，已达设县标准的改升为县，未达设县标准的一律改为设治局，初步实现了基层行政体系与内地的一体化。
厘定县等是一切基层行政办公的基础，它关系着县内经费的划拨、编制、县长薪俸，行政区划分，区公所组建等等相关事宜。因此在各项县政建设工作全面铺开之前，首先应划定县等，确立县级政权的立政基础。根据《县组织法》的规定，划定县等应以“区域大小，事务繁简，户口及财赋多寡”三项为标准，将各县划分三个等级。但这对地处边陲，与外接壤较多的新疆而言，划分标准略显单薄和欠缺，并未将各县边要地位的特殊因素纳入到划等标准之中。最初，民政厅所拟订的划县等级完全是依照内政部所颁行的标准而定，忽视了地处边陲县局的特殊性。1929年5月7日第44次省务会议依照部颁标准划分了各县等级，经大会决议：“准予照办并由民政厅具报内政部备查。”
不久，省人民政府发现之前所呈报的县等与新疆实际多有不符，未能真正地体现所划县等地位重要的层次性。因此，7月16日第54次省务会议对民政厅拟订的划分县等办法提出异议，“划分县等，施行民治，自属要图，但县等之高低应以地方人口、面积、富力为标准，此外则地方边要关系较重，有特殊之情事者亦难漠视，应即统筹体察，俾免轻重适当云。”据此，省人民政府重新调整了县等划分，如“库车、疏勒、叶城、于阗、伊宁各县提升一等甚属正当，惟奇台一县地接外蒙，为边防要塞，人烟稠密，商务繁盛，未经提列，不无疏漏，应即提作一等，以重边要。至英吉沙、皮山粮赋无多应即仍旧。并将皮山改为三等以昭公允。”这样，新疆省厘定县等的标准，除需参考“区域大小，事务繁简，户口及财赋多寡”以外，还需参酌县局边要的特殊性，将边要地位的重要性纳入划等考量范围之中。可见，省人民政府在划分县等中，发现问题，从而调整划分县等标准在当时是明智之举。同时，由于划分县等标准的调整，相应地必定会带来县等变更后划拨经费的变化。由于“各县经费本年度预算已经编制报部，现在若因厘定县等之关系，遽尔变更经费，势必牵动预算全案，于计政方面殊多窒碍，应照本年度预算经费数目变通维持，俟十九年度开始再照新定办法，一律实行以符原议。”
据此，1929年各县经费预算照旧，1930年再行重新更正各县经费。
由于以上县等调整仅涉及事关重要的个别县局，为个别行为，并未全盘考查和规范各县县等，这样往往导致先前所划分县等与调整后的县等标准多有不符。加之，1929年国民政府公布的《各省厘定县等办法》，明确规定“冲繁之地，夙号难治，或边要之区，关系防务者，得认为特别情形，于平均分数外，酌量提等。”
鉴于此，1930年9月12日在第57次省务会议上，金树仁提议并通过“民政厅应依照各县富力、人口，另行厘定县等案。”
这样，依照原有的三项划分县等标准，参酌县局边要地位，民政厅又对各县等级进行了重新划分，当时核定一等县12个，二等县14个，三等县33个，共计59县
。
历时一年多，全省最终明确了划定县等标准，全面调整和厘定了各县县等。显然，本应率先完成的厘定县等工作却远远滞后于其他各项县政建设工作。由于县等调整，势必牵动其他县政工作，因此对日后的行政区划分和经费预算等都造成了一定的困难和混乱。不可否认的是，在调整县等标准，重新划分各县等级上，新疆省采取了因地制宜的变通，这在当时是适宜之举。由于部分县局特殊的边要地位，原拟划等标准不能充分体现县局边要的差异性和层次性，因此新疆省结合自身情形调整划定县等标准，将地方边要纳入到划分县等的考量因素之中，从而全面调整和厘定县等，这为此后的县政建设奠定了基础。
县政府组织的调整，主要工作包括设置科室和明细科室分工。县政府设置科室的数目，依据1928年《县组织法》规定，应依照三个县等，分别设置二至四科。
新疆由于人力、财力极度匮乏，业务简单，因此无力也无需设置如此多之科室，县府原设科数目与此规定差异较大。据此民政厅长李啓呈请仍依照旧有科室设置，不便增加。“据民政厅长李啓呈，新省自改革以来，各县政府仅设一科，历经办理并无业坐之虞。若照县组织法第十二条所定二科至四科必多窒碍，难行之处，请暂准照旧办理，俟将来事业发达，再行依法改组。”
内政部回复准予照办。事实上，新疆省一些县依据县域大小，事务繁简，一般县府都设有一至二科。如疏附县在“1928年改县公署为县政府，县知事改称县长，县府内设二科，分管内政、教育和财政、实业业务。”
关于法规中县府设科数目与各地县政多有不适情况，内政部已经有所意识，并设法调整《县组织法》的相关内容。12月15日至26日内政部召开了“五省民政会议”，讨论县府设科问题，认为县政府科局设置太死，并提出修改意见
。1929年6月5日内政部重行修订并公布了《县组织法》，将县府设科数目修改为一科或二科。据此，内政部函复新省民政厅，“查县组织法业已另行修正，于民国十八年六月五日奉国民政府公布，并由本部通行查照在案，按照新颁县组织法第十三条之规定，县政府应设科数即系一科或二科，核与贵省现行办法并不发生问题，一俟新县组织法定期施行，自可依照办理。”
这样，新疆各县所设科数未经变动，而在事实上已与法令规定已大致相符。
时隔一年，随着县政的充实和加强，各项事务日益增多，金树仁对县府所设科数又进行了调整。依照《县组织法》规定，县府“设科多寡及科员额数，由省政府定之，并报内政部备案。”据此，1930年11月5日第59次省务会议决议增加县府所设科数目，规定各县均设三科，但经办事项较少，资金短缺，人才匮乏，各县可根据自身实际相应缩小编制。这样，所设科长人数随县等不同而有所变化，即“按照现制缩小范围，拟一等县设三科，各设科长一人，二等县设三科并设科长二人，三等县并设科长一人。”
各县设科暂行依照此项办法，以待事务繁多时再行增加。
不久，新疆又增加了县府设科数目，自1931年1月起按照县等分别设二至四科，一等县设内政、财政、教育、建设四科；二等县将教育与建设合为一科，共三科；三等县将财政、教育、建设合为一科，共两科。但各科新设的科长薪俸来源极不统一，“现查各县对于此等新设科长之经费，有统列于内政科长经费之内者，有于内政科长经费之后另加一节请领者，尚有并未请领而文电纷纷请示者，亦有分别性质各归各款列领者。核计全省六十余县，其中误会县组织法之条文者居多，若不明白解释规定划一办法，则纷乱列支，不特俾稽核者以困难，且不免有违中央法令。兹为郑重法规，划一章制，并将各科科长薪俸分别列入所属预算经费之中。”为此，财政厅为使各县将各科科长薪俸纳入各项经费预算，通令“自民国二十年一月份起一律列书领支，以归划一，并通令各县一体遵照在案。查上项新设各科科长按照部颁县组织法之规定，其经费应各归各款请领，不能统列于内政费项下。一等县除原有内政科长兼秘书应仍旧列入内政经费项下不计外，其新增之财政科长应列入财政费内，教育科长应列入教育费内，建设科长应列入建设费内，其向无建设费者应另编建设经费一项钉于司法经费之后；二等县新增之财政科长应列入财政费内，教育兼建设科长应列入教育费内；三等县新增之财政兼教育建设三科科长应列入财政费内，似此办法方符法定之手续。”
可见，县政府所设科的数目由最初对《县组织法》相关内容的不适，而逐渐走上了追随其条款的道路。这表明，一方面，随着县府业务的日益增多，新疆省逐步健全县政府组织，细化科室分工，由一科总理内务，到虽设三科却有科无人，再到依县等分设二至四科，科室经费各归各款；另一方面，鉴于1930年秋哈密事变的爆发及无限升级，金树仁出于加强基层行政管理的考虑，在经费匮乏之下，不惜增加行政经费，有意加密县政府组织，以便监控其他各县局。但这种遍撒胡椒面的做法在政局动荡不断加剧和财政开支渐趋枯竭之下，其作用极为有限，只会徒增经济负累。
新疆省各县划分行政区的行动是在内政部的一再催令下而仓促进行的。《县组织法》令行之后，金树仁主要将其精力用于县政权组织的依法建构上，而对县以下的政权组织施力不多。依据《县组织法施行法》规定，新疆省区村长闾邻成立期限一览表，应自1929年5月1日起施行至1930年4月底完成。随后，省人民政府通令各行政区迅速呈递各县划区办法，只有阿克苏行政长有所回应。1929年5月7日第44次省务会议通过了阿克苏行政长呈报划分该区各县行政区域的办法，并决议“由民政厅通行各县一律办理呈侯核定。”
事实上，大多各行政区并未着手筹办，因此无从呈报。为此，内政部再次催令民政厅，6月18日民政厅在第50次省务会议上予以答复，“组织县区为实行民治重要设施，应由民政厅督饬各县依限切实推行，惟区长训练所组织条例至今未见颁布到新，无所适从。拟一面电请中央速行补发，以资遵行；一面仍责成各县赶办筹办，以重法令。”
可见，民政厅一方面将区组织迟迟未能划分的原因归结于“无法可援”，一面又责令各县迅速赶办，以重法令。显然，金树仁早已将其自身责任推卸得一干二净。
在内政部的一再催令下，金树仁也不得不有所行动，责令各县尽快呈报划区办法，但各县报送的划区办法和情形仍属少数。通过对这些所呈报的划区情况来看，划区办法基本符合新疆实际情形，既兼顾规章，也参酌县情。尽管前期各县划区进展迟缓，但在内政部的一再催令下，金树仁对各县划区也逐渐开始重视，针对每县所划区域都一一查核，使其既符合规章，又不阻碍行政管理。依照《县组织法》规定，每县应依照县等分别划分四至六区。新疆各县所划行政区域多是依照此标准进行划分，并呈报省政府核准。8月阿克苏区拜城县呈报，“以原有乡约之本城七庄为第一区，赛里木六庄为第二区，闹胡特六庄为第三区，而以明布拉克鱼伦乙卡两庄为第四区，”经政府“核系遵照部定章制，参酌地方情形，量为划分办理，尚无不合，应即照准。”
9月巴楚县呈报，“以本城为第一区，色里布雅为第二区，阿哈墩为第三区，铁里木华为第四区，八台为第五区，九台为第六区”，经省政府核查，“各节核与县组织法尚无不合，应准照办。”
但是在依照规章划分县区时，也出现了无法遵章划区的难题。由于新疆厘定县等工作滞后，加之民政厅也未明定新疆各县划区办法。因此，各县只能趋势迎合《县组织法》，硬性划够所规定的区数。如蒲犁县最初为符合规章划分为四区，金树仁认为此举完全是“县长拟迁就部颁划区办法，将全县划分为四区，犹嫌过多，盖前项划区办法虽有每县至少划四区之说，然限于户口或地势之关系，事实上认为有特殊情形时，亦可酌量变通。例如山西办理村治，成绩最优。而山西村政旬刊统计表尚列有划分三区之县，河北为寰，晋首善之区，而该省村政月刊，亦有划分三区之规定，况新疆僻处边隅，种类庞杂，该县庶政萌芽情形尤为特例。”由于该县地域广，人口少，且多以游牧为生，所有村落初具雏形，因此划区自应从简。有鉴于此，金树仁指令其“尽可暂行划为两区，徐图发展，如果距县城过远村庄必须派人照料，可先组织一乡设乡长，一人承办该乡自治事宜。”
精河县最初因地方狭小，人口稀少等特殊情形，并未按部章规定，仅划分为二区，但“然仅以南关居民二百余户划分为第一区，实属无此办法。”为便于行政管理，“以该县地方情形而论，自应以本城与附城各庄为第一区，以永集湖为第二区，而以大河沿为第三区，较为妥惬。”金树仁认为“查定章每县至少须划四区，该县以限于地方偏小户口无多，将全县划分三区核系实情，应准变通办理。”
可见，在各县行政区域的划分上，金树仁在遵从规章的同时，也有兼顾县情的特殊性，因地制宜地变通划区办法，以便利行政管理为第一要义。
1.区村长一般暂缓设置
由于区村长训练组织章程还未正式颁发到新疆省，民政厅自行所拟训练简章也仍未出台，因此此类人员训练无从开展，新设区长无非是由乡约改换名称而已。有鉴于此，金树仁通令各县所划之区的区长，均规定应暂缓设置，以免造成混乱。尽管阿克苏已拟订区长人选，但并未得到政府的明令允准。金树仁仅是指令“以乡约为区长，以保长为村长，各节核其性质资格尚与部章不相抵触。应由该厅令催各县将县区先行划定呈报到府，再行核定饬遵。”
此外，为防止头目过多，副村长、闾邻长都暂不急于设置，以待地方自治事业发达后再次第推行。此后，在指令各县所划区情形的呈报中，金树仁均明令暂缓设置区村长。如金树仁指令巴楚县“各区区长按照新章尚须加以训练，俾明自治精神，此事新省正在筹划进行中，应俟各县将县区划定，训练办法规定妥协，另案饬遵所有区长及村闾各长均应暂缓设置，以防冗滥。”
精河县“各区区长尚须加以训练，现已由本府通盘筹划着，民政厅拟定训练简章，另案饬遵，该县此时毋庸先行派定。”
尽管金树仁明令各县区长暂缓设置，但事实上也有部分县就所划分的区简单地改换了乡约名称，设置了区长，如和田县开展劝学运动时，曾“传集本城五大阿洪，并缠商总十一区长到县剀切开导……并派十一区区长兼劝学员以广宣传。”
由于区长训练的迟缓及自身素质较低，加之哈密事变后政局的动荡，区村长的设置始终未等到地方自治事业发达的那一天，因此并未普遍设立，即使有区长名称的出现，也仅是乡约的改头换面，并无实质上的行政职能。金树仁原计划循序渐进地推进第一期、第二期区长训练，进而普遍设置区长，革新基层行政体系，其设想较好。但计划并不等同于运作，任何施政在政治腐败，经济凋敝，政局动荡不断升级的环境下，只能化为泡影。
2.区公所试办区域的不断缩水
区公所的设置也是在内政部的一再催令下才予以启动的。依照《县组织法》的相关条款，1930年10月24日第58次省务会议讨论通过了《区公所简章》，11月5日第59次省务会议上又讨论通过了《区公所办事通则》。由于这些规章的出台是在内政部的一再催令下产生的，因而并未顾及新疆的特殊现状，要求在全省范围内同时设置区公所。显然，不考虑实际情况，遍设区公所的做法很难正常启动。正在为难之际，民政厅接到江苏省民政厅分享筹备地方自治的经验，即“筹备地方自治应按各县实际需要分期举办。”
受此启发，民政厅长李啓认为在全省普遍组建区公所实属不易，要求变通办理。11月他呈文金树仁阐述变通理由，“以现时新疆地旷人稀，种族庞杂，加之风气不开，人才缺乏，不惟一般民无地方自治普通知识，即以此次训练毕业之区长而论，汉缠总归一治，修业仅之四个月对于自治意义多未贯澈了解，若一日将各县之区公所按照划定区域一律予以成立，责成此次训练学员担任区长一职举办区务既虑扞格难行，诸多膈膜复恐弊端日出立形纷扰，转失政府指导人民筹办地方自治之至意。”有鉴于此，李啓呈报了具体的变通办法，“兹统筹兼顾采取渐进主义，拟在各县县治或附城划定之第一自治区域，成立区公所一处，就此次训练区长毕业人员择优委任区长，举办自治事业。俾可作为各区模范，一俟区所成立，再行成立第一区乡镇公所委任乡长镇长，依次及与闾邻，完成区乡镇闾邻自治法定手续，以免躐等偾事。”另外，为应付内政部的一再催办，如若“部案关于调查或咨各区业务，即由各名誉区长署名办覆汇出各县长转呈本厅严核。”
金树仁对此建议极为赞同，不仅批示允准，而且还进一步缩小组建区公所的范围，指令“侯北路各县办有成效，再行推广全省，庶政促进自治之中仍寓因地制宜之意，应由该厅拟具简章呈侯核夺。”
可见，在地方自治分期进行的触动下，参酌新疆的实际困难，区公所组建的范围由最初的各县县治所在区缩小为北路各县的县治区域。
这样，之前所拟订的《区公所简章》已不适用于北路各县，因此金树仁又指令民政厅另拟《北路各县区公所组织简章》，不久正式公布。但在该简章中区公所组建试办的范围又进一步缩小到了北路六县。其中规定“本简章依县组织法第四章，并遵照省政府令示变通办法，酌就天山北路繁要之迪化、奇台、绥来、塔城、绥定、伊宁六县先行组织区公所，实行自治制度，一俟试办有效，再行依次推及北路南路各县，藉以完成县组织法定程序。”而在“各该县划定城关及附城第一区域提前成立第一区区公所一处，筹办内政，协助自治，以作各区模范。其第二区以下各区暂以缓办，一俟第一区办理就绪，区民知识普及，再行循序渐进组织各区区公所，以免躐等之弊。”
金树仁对此章程甚为满意，1930年底指令“呈及简章阅悉，核尚相合，准予备案。应由该厅录案通行迪化等六县遵照组织，以期及早成立实施自治，惟区长区协助员区学习员津贴，须于事先酌定金额，呈请核定，通饬照支。庶各县有所遵循不致一事两歧。”
可见，省人民政府一再运用渐进原则，组建区公所的试办区域连续缩水，由最初的各县县治所在地到北路各县县治所在地，再到北路六县的县治区所在地的第一区。
关于各县最初自治经费预算的拟订，在各县所划区数尚未呈报前，是完全依照县等划拨的，即“一等县规定开办经费银壹仟六百两，经常费每月银五百两；二等县开办费银壹仟贰佰两，经常费银每月四百两；三等县开办银捌百两，经常费每月银叁百两。”事实上，由于新疆特殊的边要地位，往往一等县所划区数少于二等县或三等县，二等县所划区数少于三等县，这样势必地造成了县区自治经费不公平。显然，自治经费仅依照县等划拨已不适用，因此只能以各县所划划区数平均分配。由于政府财政艰难，人民自治程度较低，如此遍散经费，政府势必无力承担。鉴于区公所组建的变通办理，因此只需划拨试办区的自治经费即可。12月25日民政厅呈文金树仁，称“应斟酌现情，将前案略为变通，以利进行而树风声。兹将拟具每县规定开办费银四百两，计六县共银两千四百两，每区长一员月支薪水银四十两，区助理员一员兼办文牍月支薪水银叁拾两，自治学员月支津贴银壹十两，兼承缮者二人每人月各支银一十六两，区丁二名每月各支工资伙食银壹十四两，杂费每区月各支银貮拾两。”此经费由各县区临时经费中开支，待推广各县一律设区时再重行拟订。对此，金树仁指令如拟照办，“呈悉所拟迪化等六县设区开办及经常各费金额尚无不合，应准备案，仰即通行各该县遵照，切实筹办，以重自治，并侯行财政厅查照，此令。”
这样，在对区公所组建办法和经费预算重新修订后，北路六县开始陆续组建区公所。
北路六县所组建区公所情形到底如何呢？北路六县是作为先行试办的模范县，1931年率先组建了县治区域内的区公所。据当时的呈报来看，区公所组建甚为简单。为节省开支，区公所皆是暂借用其他机构场地。如绥定县报告第一区公所以警察局为公所所在地；塔城县为节省经费将第一区公所设于西门外试验场。所委任的区长均为区长训练所毕业学员，如绥定县委任训练所毕业学员杨茂林为区长；塔城县委任训练所学员周興成为区长
。但在区公所的架子刚刚搭建起来，新任区长们还未来得及发挥作用，就因哈密事变的爆发及经费匮乏的诸多困扰，直接将其扼杀于摇篮之中。这样，“渐进主义”下的区公所仅限于北路六县第一区的简陋搭建，而始终未迈出“再行推广”的第二步。
综上所述，《县组织法》在新疆的推行阻力重重，举步维艰，虽有民政厅的一再催令，委派自治委员赴各县指导宣传指导自治工作，但县政建设进展工作依旧缓慢，敷衍了事。县政府组织初步搭建，区公所仍处在局部试办阶段，而县参议会和乡镇闾邻的组织工作仍未开启，因此各项地方自治事务仅处于启动阶段，何谈完成。依据《县组织法施行法》，新疆省应于1931年10月完成县组织，为此金树仁一再请求展期，一面言称法规奉到已迟，“惟查新疆地处极边，交通不便，当奉颁法令到新已在十九年二月以后，而省内幅员辽阔，不惟公文转行动需时日，即办理划分区域，厘定县等，改局为科以及各县报送区长合格人员暨区长训练毕业后，由职厅分别委赴各县区就职等项，均非一年数月不能达到完全目的。”一面强调在新疆推行地方自治诸种困难，如民族众多，不易灌输，地势悬殊，迁徙不定等特因，加之经费难筹、期限紧迫等，“终难循序程功，如期报竣。”据此要求在原有展期基础上再延两个月，但内政部以“惟所请展限一节核与县组织法施行法第三条之规定未合，”
予以拒绝，并仍督饬其迅速完成。事实上，由于哈密事变的无限升级，造成政局极度动荡，军费开支日益庞大，金树仁已无心，更无力进行地方自治，因此基层行政建设只能是不了了之，无果而终了。