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杨增新执政后，始终以稳固政局为准则，仍旧沿袭建省后的基层行政体系。在札萨克旗制的废弃问题上，杨增新虽曾试想对游牧部落实施直接统治，对其改土归流，但在审时度势后，他认识到“新疆汉人不过百分之一，若不取得九十九分蒙、哈、回、缠之人心，而欲以一分之汉人压制九十九分之民族，我知其必败也。”
因此，在杨增新执政十七年内，保守多于建设，仍旧沿袭建省后所实施的基层行政体系，并对其进行了加固和完善。这样，为维护和巩固政权，“杨增新执政后，采取了许多措施，加以巩固。一是加强和扩大政权机构。在省级政权中，除健全政务、军务、财政、教育、外交、司法、实业、警察等行政机构外，还增设和扩大道县基层行政建制。杨在迪化、阿克苏、喀什葛尔三道的基础上，又先后增设了伊犁、塔城、阿山（阿尔泰）、焉耆、和田等五个道署，并增设了一些新的县。截至1920年，在新疆共设立了8道59县。二是沿袭旧制，笼络民族上层。杨一上任，就准许吐尔扈特、和硕特、维吾尔族、哈萨克族中的王公贵族世袭其爵，保留札萨克制，以稳定政局。”
此外，尽管杨增新出于稳固政局的考虑，其政风以保守著称，但他对北京政府所倡行的地方自治，也有因地制宜的选择运用。
由于地方行政组织和层级过多，不便于划一行政管理，1913年初北京政府公布了关于划一省、道、县地方行政官厅的三项法规，通令各道所属之无直隶地方者应即裁撤，将有直辖地的府、直隶州，直隶厅和州、厅均改置为县，使道成为省、县之间的行政层级，实行省、道、县三级制。随后，通令全国“按照政府计划，以民国二年三月以前为限，一律办齐。”
1914年5月23日北京政府又公布了《省官制》《道官制》《县官制》，规定了各行政官的隶属和职掌。8月8日又公布《县佐官制》以作《县官制》的补充，县设县佐，系承县知事之命，掌训缴弹压，即其他勘灾、捕蝗、催科、堤防、水利并县知事委托各项事务，县佐以设于该县辖境内。这样，北京政府简化了行政层级，最终确立了省、道、县三级地方行政机构和地方官制。
据此，杨增新遵照政令简化行政层级，于1913年4月改府、州、厅为县。另外，由于新疆地域辽阔，道县所辖地域颇广，政令下达及民生上传均有不便，加之边防地位的重要性，增设县制，加密管理已势在必行。为此，杨增新先后“增设墨玉、泽普、麦盖提、叶尔羌、且末、木垒河、沙湾、博乐、额敏、呼图壁、乾德、策勒村等十二县。又于柯坪、赛图拉、乌鲁克卡、阿瓦提、托克苏、库尔勒、托克逊、七角井等处设县佐，以备设县之初步。民国九年于旧有伊、塔、迪、阿克苏、喀什噶尔诸道外，更增设焉耆、和田两道。行政上之规模渐具，不可不谓民国后之一件快事也。”
通过增设县治，政府的行政触角在各地不断延伸，开始有序对地方行使管理权。
考察杨增新增设县治的原因，主要是基于以下几种考虑：一是为辟荒兴牧。阿山道的布尔根河设治县佐是因为“该处垦荒兴牧政务渐繁，原有设治局规模狭隘，不足以招集户口，镇抚蒙哈。”
为促其经济发展，实有增设县治之必要；二是为便利行政。增设托克逊县佐是因该地“地方户口殷繁，为南北路交通要衢，军需饷项日出其途，县治偏在东北。”
增设乾德县佐是因“该处为四达要衢，人烟繁庶，物产滋丰。”
为便于组织管理，实有增设县治以资分治的必要；三是为固守边防。如疏附县属乌鲁克恰提县佐，之前设有边防卡伦，因与俄国战事未平，国防紧系沿边，因此设县治“以资防守。”
泽普县设治是因“近年外商麋集，诉讼日繁，居民六千户，市铺二百余家，”
且路通英属条拜提界，与外交涉事宜较多。博乐设县于大营盘，是因为“周围附近垦户尚多，应即继续招垦以开地利，况该处紧连俄界，常有交涉。”
因此，为防范外侵，原设卡伦之地尤应增设县治。此外，随着县治日益增多，南疆原设两道已不敷管理，因此杨增新以民间诉讼，洞察民生，与外交涉，征收赋税等四项不便为由
，又增设了和田、焉耆两道。可见，道县制得到了进一步的充实，政府的基层行政体系得以加强，进而巩固了杨氏政权。
在道县制之下，杨增新通过乡约来完成对基层社会的控制和管理，并不断完善乡约制。尽管他对乡约索民有诸多不满，但对乡约制还是十分看重的，终其一生，“一直没有改变乡约制度，”
并使之达到极盛。杨增新采取多种手段和方法积极完善乡约制，以遏制流弊滋生。
首先，规定各县建立在任乡约的呈报制度。为加强对乡约的监督和管理，防止乡约名目繁多使民众负累加重，杨增新规定每年各县均应详细呈报在任乡约的情况，包括某县有多少名乡约，各乡约的姓名、年龄及其履历等等。1915年因乡约名目繁多，“有正乡约，副乡约，有会办乡约，帮办乡约，”此“皆因县署毛拉通事等为地方官开生财之门，”
因此杨增新令各属裁撤副乡约、帮办乡约，会办乡约。此外，他还禁止扩充总乡约数目，1922年再次通令裁撤各地总乡约，并裁减乡约人数；1924年通令取消南疆交涉乡约，令喀阿道尹“立将此项交涉乡约取消，以免贻害，地方如仍视为具文，一经查出，定行呈请惩戒。”
其次，拟订了严厉的乡约惩处办法。杨增新规定乡约一旦牵涉案情即行革除，被革除乡约不仅一律不准复任乡约，而且也不准任通事（翻译）、马拉之职。
再次，规定乡约实行选举任期制。针对乡约由地方官任命而滋生地方官卖官，乡约不常更换而虐民的弊端，杨增新规定乡约由县府令该庄民众公举，由县府确认为公正妥人，而予以批准产生，乡约任期为两年，可连选连任，但最长不得超过三届。若任期内有舞弊害民之事，即行更换
。
尽管杨增新完善乡约制颁行了多种法令对其完善，但能真正能够切实执行的极为少见。就民选乡约而言，时人言，乡约曾“经民选，以事实难行，迄未照办。”
包尔汉也曾回忆说：“当年在南疆各地，每届选举乡约时，地方头脑，互相争夺……有的乡约，通过给县知事、胥吏们找‘排当’子，竟转而控制了这些官吏，成为终身乡约，谁也撤换不了他。”
可见，虽然杨增新多方努力约束乡约行为，但往往鞭长莫及，效力有限。
在规范乡约行为的同时，杨增新也曾试图以保障乡约待遇来减轻其对民众的勒索程度，因此多次下令禁止乡约私卖养廉地。但1915年北京政府已明令，“各属乡约养廉地业经一律清查，变价归公。”
杨增新曾试图阻止，恳请收回成命，声称如若养廉地“归公出卖，将令乡约枵腹从公，于情理既有不顺，若令乡约向民间另行摊费，则弊端百出，百姓被乡约之扰害，将必更甚于昔日，民何以堪？”
但在乡约的私下出卖和中央明令下的“变价归公”，养廉地制渐行退出了历史舞台。乡约经费来源的断绝致使其对民众的搜刮再度升级。正如杨增新所说：“新疆缠民以南路为多，其程度低，而知识浅，官欲兴学也，则乡约因派学生而向缠民索钱；官欲濬渠也，则乡约因派渠工而向缠民索钱；官欲开矿也，则乡约因派矿夫而向缠民索钱。得钱则可以免派，不得钱必至于勒派，向来之流弊已如此。”
可见，乡约累民现象日渐加剧，已达无法遏制之势。
此外，对于有些地方私自恢复伯克制的行为，杨增新对其严厉痛斥。蒲犁县“所称民国十二年蒙恩准以阿不都而承袭正阿奇木之职，并无批准立案，当是该县塔民等陋习相沿，实非由公家委派。该属既已设县，阿奇木名目万不能再存，即应永远裁革。”
杨增新之所以反对恢复伯克制，一方面固然是要坚守清制，遵行乡约制为基层行政体制；另一方面，以往伯克制积弊已深，多为民众所不满，加之杨增新对维吾尔上层始终不放心。有鉴于此，对私自恢复伯克制的行为，杨增新是极为抵制的。
可见，杨增新始终以不变更旧制为主旨，依靠原有的基层行政体系保障其统治地位的稳固，并对其进行了完善，加大了政府对基层社会的掌控力度。与此同时，随之时代的发展，旧有基层行政体系的弊端已日益凸显，且无法根除，逐渐成为政权稳固和发展的滞碍。
清时，实行札萨克旗制的游牧部落，皆归伊犁将军府管辖。建省后，由于省人民政府设在迪化，伊犁将军府的政治中心地位逐渐丧失，仅负责北疆防务。实际上原被管辖的参赞大臣、领队大臣的重要性已高于伊犁将军。辛亥革命后，伊犁军府建制被取消。这样，清政府所设置的参赞大臣、领队大臣、办事大臣在新疆范围内已无直接领导机构，实际上多是各自为政。有鉴于此，杨增新逐步裁撤各部落大臣，使其改归省人民政府直接管辖。1914年改伊犁镇边使为镇守使，归新疆都督管辖；1916年裁撤塔尔巴哈台参赞大臣，改设道尹，置塔城道，“原设之塔尔巴哈台参赞一缺著即裁撤，所有该参赞原管之蒙哈等事务及交涉各职权，均由该道尹循旧办理。”
对于吐尔扈特六苏木和察哈尔、额鲁特十苏木，虽仍沿旧制，但改归新疆都督管辖。1917年杨增新又呈请北京政府更正蒙古部落各职员表，要求将蒙古部落各职员、机构的管辖权由伊犁将军府改为省人民政府
。1919年阿尔泰区域并入新疆，设置阿山道，由原属国政院改为省人民政府管辖，办事长官改为道尹，周学务为首任道尹。这样，游牧部落均先后纳入省人民政府的直接管辖范围之内，相应地杨增新也加强了对各部落头目的监管，并为巩固札萨克旗制做好了铺垫。
为维护政权稳定，赢得少数民族头目的拥护，杨增新实施了以羁縻为主，牵制为辅的民族政策。他非常重视保护各民族上层人士的社会地位，因此，各民族上层在政治、经济、司法等各方面特权一直保留。在政治地位上，依据《蒙古优待条件》的相关规定，杨增新给予各族贵族更高的封号，普遍给他们晋爵，甚至还与哈密王结为结拜兄弟。他曾说：“对于蒙哈王公，须以联络感情为第一要义，否则一事不能办，呼应不灵。”
“杨增新几次谈过，蒙、哈、维等王公依靠他来保持自己的权益，因而也十分信赖他。”
鉴于自身地位得到了保护，各民族上层也一直拥护杨的统治。在经济待遇上，尽管中央协饷断绝，政府财政困难，杨增新仍大力保障各头目的薪俸待遇。如保留北疆游牧民族王公头目的牧场，不准其随意标卖。所有爵位的贵族，由政府按等级发给100两至5000两年俸银。在司法审判上，各少数民族上层还享有一定的司法特权。“回缠笃信宗教，凡经官数任而不能结之案，第凭阿洪抱经盟誓，即可了结。”
杨增新还曾规定：“凡游牧盗犯酌量案件之轻重大小，分别办理，果系重大者，即责令该头目拿送按律治罪，力杜衙门需索教唆之弊，免致多有株连；甚至轻而小者，交由头目按照惯例处结，其如何处结之处，随时报官察核备案。”
可见，札萨克各头目在杨增新羁縻的民族政策之下，享有诸多特权。
此外，为防止部落头目压榨民众而引起社会动荡，杨增新也在一定程度上限制了各部落头目的特权。1912年杨增新曾协助哈密回王镇压铁木耳起义后，为平息民怨，他曾要求回王减免差徭，回王也被迫同意减免差徭役
。为防止部落头目的策反，杨增新也对其进行了钳制。“为稳定新疆，他在地方上，主要抓头品，就是抓王公贵族。焉耆的满汉王司可夫，乌苏的乔亲王，哈密的沙亲王，库车的阿不都王，和田的扎洪恩师爷，将军把这些头面人物抓在手里，让他们在地方上说话算数。另一方面，又制造矛盾，让他们互相牵制。为了笼络这些亲王，还把他们的小儿子拿来，放在督府的三堂上住下，和他自己的儿子一起念书。”
这实际上是把这些头面人物的儿子当人质，以便对其有所钳制。此外，为防止部落势力过大对省人民政府造成威胁，杨增新坚决反对部落合并。如对旧吐尔扈特东盟并旗一事，杨增新极力反对，“若听其并旗，则吐尔扈特各部落联成一片，不足以相互牵制。”
可见，在软硬兼施、刚柔并济的策略之下，各部落的札萨克头目既能得其惠，又要受其制，因此较能听命于省人民政府，未对新疆政局造成大的骚乱和变动，从而实现了杨增新稳固政局的夙愿。
尽管出于稳固政局的考虑，杨增新终其一身未对札萨克旗制有所变动，但是对一些组织零散、势单力薄的部落旧制，他实施了有限范围内的改土归流。“新疆之满人，分为满、锡伯、索伦三支”，而“满族多系清代西征军之后裔，多住于奇台，迪化两地。”
民初，奇台满营已逐渐丧失其军事职能，旗民流散各处，不便于管理。据此，1914年杨增新指令古城城守尉多凌，呈报筹划改治后旗民生计办法八条，并对呈拟办法逐条修正，决定“宜以农田生计为要著，工艺生计，经商生计为补农田为不及。”
1915年3月3日杨增新向北京政府呈报，古城（奇台）满营已解散，废除了原有的总管旗制，并发放了两年粮饷，以资筹谋生计
。但是，对于练兵已久的满营而言，改土归流后的情形不容乐观。1916年五月，解兵籍于编氓，归县知事管理，男女共千有五十三丁，高初两等学生七十二人，其生计困难非常，多售子女以食，此虽天道好还，睹之又殊可悯。”
鉴于此，杨增新将满营原有官马收归公有，“由财政厅将马价银四万两发交奇台县知事，分发旗民具领，以资谋生。”
可见，奇台满营改治后的现状，也使杨增新改土归流的想法有所打消，并间接阻止了其变革步伐。
综上所述，自1884年建省至杨增新执政时期新疆基层行政体系仍旧保留着对少数民族优待有加的札萨克制和农耕聚集地区的道县制及其之下的乡约制，近半个世纪之久未发生大的变动。在民族混杂的边疆地区，政权的稳固至关重要，杨增新虽然终其一生未对部落旧制进行改土归流，改定县治，但他对新疆基层行政体系的规范与完善，也为日后基层行政的革新奠定了良好基础。
民国以来，北京政府颁布了一系列地方自治法令，通令各地一体遵办。但杨增新要求北京政府将新疆列为特别省治，对于中央政令酌量变通，以便从容。因此他多以保守抵制变革，大多仅是在形式上敷衍了事。尽管如此，杨增新对地方自治法令法规也有因地制宜的选择应用，如改组警察组织，组建政治研究所。
1914年8月、1915年7月袁世凯先后颁布了《地方警察厅官制》和《各省整顿警政办法大纲》，规定省人民政府设警务处，省会及重要商埠地方设警察厅，次要商埠设警察局，各县设警察所。由于新疆匪患异常，加强地方警务极为必要，因此杨增新结合新疆省情，试图改组警察组织。新疆各州县巡警是在1906年巡抚吴引孙奏订《新疆巡警章程》三十条后正式组建的，当时还在迪化设立了新疆高等巡警学堂，招收学员100余名。“新疆南北两路州县遍设巡警，嗣以饷源断绝，经费无出，于宣统三年饬令停办，惟阜康、孚远、奇台、哈密、昌吉、呼图壁、绥来、焉耆、库车、阿克苏、疏勒、疏附等一十二处，以地当卫要，仍准照旧办理。”
杨增新即是在此基础上改组警察组织的。如塔尔巴哈台参赞大臣撤销后，“原设之警察厅应即按照地方警察厅官制第一条第三项之规定酌量改组，改名为塔城警察局，缩小范围，稍节经费。”
考察杨增新对巡警的改组，明显地呈现出以下特点：一、以招用土著警兵为主。总结以往巡警的弊端，杨增新认为“原设警兵多系招用流民，反不免与匪勾结之所致也。增新以为保卫地方莫要于整饬巡警，而整饬巡警又莫要于任用土著。”因此在各县改组巡警后，力主以招用土著为主。依此原则，“新平、若羌、轮台、沙雅、拜城、温宿各县已饬令每处各设巡兵三十名，库车一县又于旧有原额之外增设巡兵三十二名共计六十四名，从前巡官、巡记、教习等名目亦即一律裁汰。”并“先于阿克苏道属紧要地方先行规复巡警，俟阿克苏各属办有头绪，再于喀什各属逐渐推广，以收联络策应之效。”
二、巡官由地方官兼带。以往各地巡官是以省城巡警学堂毕业学生派充，而这些学生多为客籍。“民国元年南路到处戕官，巡警难期得力，且有与匪党联为一气，以破坏地方官者。”有鉴于此，杨增新大力整饬巡警管理制度，“故近来外属改组巡警，其警兵即以地方官兼带，不令再设巡官，盖必使地方官能自保其身命，而后能保卫地方也。若将巡兵付于巡官之手，一旦有变反足制地方官之死命，未受巡警之益，先受巡警之害。”
三、避免巡警与外界接触。为稳固政权，避免外方势力进入或影响政局，杨增新极大程度地限制新疆与内地联系，因此在派送巡警学员赴京学习一事，他也极力阻止。对于咨送巡警入京学习一事，杨增新罗列了诸多窒碍，恳请免予咨送。“此间巡警学员多系游民，其宗旨纯正，熟习地方情形者不可多得，加以交通不便，令其自备学费，赴京尤多不愿。现在限期已迫，可否免其咨送。”
事实上，杨增新的恳请呈文仅是形式上对北京政府的回复而已，实际决策早已确定，并付诸实践。
此外，为澄清吏治，培养吏才，杨增新也依照北京政府的政令成立了政治研究所，“拟于巡按使公署内设政治研究所一处作为研究地点，定期于民国五年七月一日开办，其入所资格凡系分发到省知事，固准报名。”在任县知事、县佐均准入所学习。“功课厘订六门，曰外交，曰财政，曰警察，曰实业，曰法律，曰算学，”
按其成绩高低酌给津贴，不聘讲师，由学员自行研究，由各厅于月终组织考试一次。通过此所，招考了诸多人才，为新疆政权建设建立了人才资源库，金树仁即是从中考取而被录用的官吏之一。
事实上，北京政府颁行的地方自治法令在新疆多未推行，譬如保卫团的设置，杨增新曾与中央反复交涉，由缓办到无法遵行，清晰地表明了他的抵制态度。1914年5月20日北京政府颁布《地方保卫团条例》，通令各省举办地方保卫团。杨增新在呈报缓办保卫团原因时，罗列了举办保卫团的诸种不利因素：北路汉回杂处，易激化两者矛盾；伊犁绥来会党林立，恐大权旁落；南路缠民程度较低，以免成为乡约敛财之道；旧吐尔扈特各部落蒙古族不愿为兵
。因此，在当前新疆最重要的任务即为铲除会匪，而非举办保卫团。一月之后，咨议局认为新疆缓办团练违规，催令举办团练，但杨增新再次予以抵制，“增新知哥老会之足以破坏新疆也，是以创募回队，意在扩充土著之势力，以抵制游民，虽无练团之名俨有练团之实。前清破坏新疆者为回缠，故用客兵以荡平之。民国破坏新疆者非回缠，故用土著以牵制之。”
1922年内政部咨询各省举办保卫团情形，杨增新呈报，“查团练之设，宜于他省而不宜于新疆……今日地方多一团兵，即他日地方多一匪人，化兵为民则治，驱民为兵则乱，此保卫团之设立，增新所以始终不赞成者。”
可见，北京政府的地方自卫条例，始终未在新疆发生作用。
综上所述，为了加强对基层社会的掌控，建省后执政者逐步规范和完善了基层行政体系，初步奠定了基层政权的立政之基。刘锦棠任新疆巡抚后，改变了旧有的行政隶属关系，取消军府制，由省人民政府统一管辖，实行军民分治；废除了积弊日深的伯克制，推行与内地划一的乡约制。但是，部落民族的札萨克制仍旧保留下来。此后新疆一直延续着这些基层行政体系。民国以来，杨增新在沿袭旧制的同时，也使其得以巩固和完善。依据新疆形势变化及边要地方的重要性，杨增新逐步扩大道县制的辐射范围，规范和完善乡约制；收复对游牧部落的统辖大权，运用羁縻与牵制手段稳固部落旗制。此外，在北京政府倡行地方自治的号令下，杨增新也采择性地遵行，如改组了新疆巡警，组建政治研究所，但对设置保卫团极力抵制。可见，面临着新疆政局的内忧外患，杨增新始终以稳定政局为第一要义，对旧有基层行政体系未曾变动或革新，但他因地制宜地加密县政组织，完善乡约制，在一定程度上加强了对基层社会的统治。
与此同时，原有基层行政体系的弊端已日益凸显，基层行政管理滞碍颇多，乡约肆虐民众，王公压榨属民，执政者稳定政局的夙愿已经逐渐崩塌，社会底层的愤怒成了一个随时点燃的火药桶，旧有的基层行政体制的弊端直接阻碍了社会的稳定和发展。因此，新疆基层行政体系有待革新，以便顺应时代发展的潮流。