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清政府对新疆的有效监管是在1759年平定准噶尔、大小和卓叛乱，统一新疆后。当时清政府设立了新疆地区的最高军政长官——伊犁将军，其下设有驻防大臣，各驻防大臣既是辖区内的军事长官，又是监督辖区内民政事务的行政长官。这样，在军政合一的军府制下则有州县制、伯克制和札萨克制等多种民政管理体制。当时在乌鲁木齐、巴里坤、吉木萨尔、奇台、阜康、呼图壁、玛纳斯等地实行与内地一样的州县制；在哈密、吐鲁番、吐尔扈特、和硕特蒙古各部落实行世袭的札萨克制；而在天山以南的地区继续沿用旧有的伯克制。清统一新疆后，军府制对清政府统治新疆，巩固边防，加强建设，开发边疆都起了积极作用。但它毕竟不是完全意义上的地方行政管理体制，与行省州县制相比，仍处在较低的建制层次。因此，随着历史时代的演进，军府制的弊端日益凸显：上层仅注重军事，而下层因俗而治，基层行政管理日益松懈。
有鉴于此，刘锦棠极力主张军民分治，取消军府制，推行与内地一致的基层行政体系，即由县政府统一管理地方行政，在县以下推行乡约制。1884年新疆建省后，军府制取消，由省人民政府统辖全省。1887年清政府正式宣布废除南疆维吾尔族聚居区的伯克制，改设乡约制。如此一来，“新疆行政系统，省之下分为二：其一是札萨克制，凡新旧吐尔扈特、和硕特各部落及哈密回部是也。其札萨克沿袭旧制各有封爵，对于所属人民有完全管理之权，其人民对于省政府不负纳税服役之义务，此清朝封建之遗制也。其二是道县制，将全省土地除蒙回部落外，划为若干道，道下设若干县，新辟地方设县佐以备设县之初基。”
这样，农业区的基层行政体系逐渐与内地趋同，而游牧区的札萨克制则依然保留下来。
目前，有关维吾尔族地区札萨克制研究，如哈密、吐鲁番札萨克旗制的研究，主要涉及设置背景、性质、作用及存废问题等。学者们认为札萨克制的设置是因为两部归附清政府较早，且可为其他部落的归顺做好示范。从广义上来说，它是一种土司制度，对清朝迅速统一新疆起到了一定的积极作用
。此外，有关蒙古族部落的吐尔扈特、和硕特部的札萨克旗制和察哈尔、厄鲁特、阿勒泰乌梁海总管旗制也有研究，主要涉及组织形式、官制及其与省人民政府的关系。学者们认为札萨克制主观上是消极落后的封建制度，但在客观上起到了安定蒙古族社会秩序，有利于和平环境下进行畜牧业生产
。这里，我们可以对札萨克制作如下概述：
札萨克制是清朝根据八旗制度的组织原则演变而来的，在其统治下的社会组织是军政合一性质。札萨克长兼有封建领主与清朝官吏的双重职能。每旗各设札萨克一人，总理旗务，为世袭职。札萨克之下设协助台吉，二人或四人，其下属有管旗章京，每旗一人，副管旗章京视其佐领之众寡而定额之多少，十佐领以下之旗设一人，十佐领以上之旗设二人。自副管旗章京以上，为旗之中枢事官，参领为中级地方官，佐领为地方事官。
根据八旗制的组织原则，新疆的吐尔扈特部、和硕特部蒙古族实行札萨克旗制。18世纪70年代和硕特蒙古恭格、雅兰丕勒诸部随同吐尔扈特部蒙古，在渥巴锡的领导下胜利回归祖国，清政府对其进行了赈济、安置和封赏。1775年清政府在吐尔扈特建立盟旗组织，由渥巴锡所领导的旧吐尔扈特部分东西南北四路，各立盟长，统称为乌讷思素珠克图盟
。南路置4旗，定牧于今巴音郭楞蒙古自治州和静县境内；北路置3旗，划牧于今和布克赛尔蒙古自治县；东路置2旗，划牧于今乌苏县境内；西北置1旗，定牧于精河。新吐尔扈特部划牧于科布多、阿勒泰地区，设2旗，由舍楞任盟长。和硕特部“游牧南路吐尔扈特之西”
，即今珠勒都斯草原和焉耆盆地以及博斯腾湖一带，设巴图色特奇勒图盟，恭格为盟长，设有3旗
。清政府均给各部落头目发送薪俸，而薪俸统由伊犁将军处支领。
在维吾尔族中，“惟哈密、吐鲁番以札萨克”
，而南疆塔里木盆地维吾尔族实施的则是伯克制。两者的差别在于，札萨克是由政府封爵，可以世袭，间接受到政府管辖；而伯克是地方官，可以随时撤换，直接受道县制的领导。之所以在哈密、吐鲁番实行札萨克制，一些学者认为，额贝都拉归附后，由于清政府对维吾尔的宗教社会等状况不了解，认为“回子风俗，与蒙古无异”，所以在哈密实施了蒙旗的盟旗制度，并且这种制度还有利于当时清朝和准噶尔之间战争态势
。黄建华认为：一是哈密、吐鲁番地方归附较早，且为自动归附；二是哈密、吐鲁番的额贝杜拉和额敏和卓是回部望族，对塔里木盆地的维吾尔人有一定的感召力，他们归附并受到清廷的厚遇，自然会对其他维吾尔人产生影响
。建省前，“吐鲁番郡王前代世袭札萨克，管理其土地，统治其人民。建省后籍其土地人民，分隶于吐鲁番厅鄯善县，而移吐鲁番郡王居于鲁克沁城，其王号亦依旧世袭。唯有哈密及吐尔扈特，和硕特诸札萨克，依旧世袭其封爵，并世袭统治其土地人民。此是由于哈密亲王及蒙古诸部在回乱时，忠于朝廷，曾助兵助马助粮以讨叛徒之故也。”
可见，建省后清政府对部落体制的变革并不是很彻底，蒙古、哈萨克、柯尔克孜族牧区的部落旧制未有触动，哈密维吾尔族的王公制还完整的保留着。
与札萨克旗制皆源于八旗制，但略有区别的是总管旗制。在伊犁一带的察哈尔、额鲁特蒙古族和锡伯、索伦营的满族及阿勒泰乌梁海蒙古族部落中仍沿袭清廷兵营制，实行总管旗制。总管旗制，不设札萨克，每旗设总管一人，各旗总管由清廷直接任命，不能世袭。在清朝统一新疆后，均设有领队大臣统领。营下分旗，旗下分牛录（苏木，大约三百人左右），每营所辖牛录的总数一般为3个。
在塔城、阿山哈萨克族聚集区也实行着札萨克制，但在名称和组织上略有不同，称为千百户长制。千百户长制下分别设有千户长、百户长、十户长管理基层政务。千户长为世袭制，千户下设百户，百户下设十户。事实上，千户的规模大小不一，有的名为千户，实际户数多达数千。在塔城哈萨克部落里就实行的是千户长制，共有4部落，即柯勒依、曼毕特、赛布拉特、吐尔吐勒，设1台吉，4个千户长，统归塔城参赞大臣专管。各级头目向所管牧民抽收一定数量的牲畜，作为各头目薪俸。
可见，自清统一新疆后，执政者为拉拢少数民族部落，巩固自身政权，继续沿袭札萨克旗制，且从此制中又衍生出诸多类型，省人民政府始终对其均采取保护态度。不仅如此，中央政府对少数民族部落也是呵护有加。民国成立后，北京政府颁布了《蒙古优待条件》，从法规层面保护部落头目特权，其中规定内外蒙古汗、王公、台吉仍沿袭世袭，管理所属民众、土地。因此在这些地方的牧业社会，政府依靠各部落首领实行间接统治，始终未触动其传统社会，包括司法制度。
新疆建省后，军民分治，取消了军府制，先后恢复和新设立了镇迪道、阿克苏道、喀什噶尔道、伊塔道及下属的各府、州、县等机构。建省时，“所设的郡县有：直隶厅四，即哈喇沙尔、玛纳巴什、库车、乌什等；直隶州四，即温宿、疏勒、莎车、和田等；县五，即拜城、伽师、叶城、于田等，并以迪化为省治……此时期所建立的郡县，完全是偏于南疆，且设置亦少，与文襄原来建省的计划，相差很远。这固然是由当时的情况使然，但锦堂之量民力、财力为建官的思想，恐怕也有很大的影响。”
这样，新疆省行政建构——道县制与内地划一，而在县以下的行政组织也仿照内地，推行乡约制。
关于县以下的基层行政体系，刘锦棠认为“现在南路新设道、厅、州、县各官，委署已历年余，规模渐具，不乘此时量为变通，则过此以往，又必有积重难返之势。况阿奇木等承充伯克，多系三品，四品，州，县官阶尚居其下，乡愚无知，恐启玩狎之渐，而与州，县俨然并立，于体制亦不相宜。”
据此，刘锦棠呈请清政府要求废除伯克制度。事实上，清初定新疆时，就已在各地设立善后局、保甲局、征粮局等总分各局，全面接管地方一切事务。刘锦棠不待朝廷批准，便在各地召集伯克，宣布裁撤伯克，原伯克可名誉上保留原品级顶戴，有能力者可授乡约或书吏为政府做事。鉴于取消伯克制在新疆渐已成事实，1887年清政府正式批准将“所有伯克名目全行裁汰。”
此后，“新疆基本上各县都设置了乡约。”
事实上，乡约多由伯克转化而来，虽无伯克之名，却有伯克之实。关于乡约待遇经费，刘锦棠认为“既设乡约以办事，即不能不酌筹款项以津贴乡约，而后乡约不十分需索百姓而大为民害，此乡约养廉地之所由来也。然亦南疆多有之，至北路汉回缠杂处，亦不尽有。”但由于各县地方官和乡约相互勾结，多以办理新政，筹集经费为名，将养廉地私下出卖。“设省之初，各属多有乡约养廉地，然数十年以来在前清时即被各乡约私行出卖者不少，大约皆藉口于办公亏累，卖地以资弥补，今各属乡约养廉地虽有存者，其数已不及设省时之多。”
这样，乡约无经费来源，不断以各种名目向民众索取。随着时代的演进，乡约制的弊端日益凸显，在社会上影响极坏。
此外，尽管伯克制已在法令层面废除，但伯克的基层组织，“区乡以下的伯克仍都原封未动。”
1904年塔吉克族和维吾尔族杂居的色勒库尔（即后来的蒲犁，解放后的塔什库尔干），清政府仍在任命阿奇木伯克，并拨给农奴和土地
。这种情况一直保持到1949年解放前。这样，县以下的基层社会行政体系以乡约制为主，间或有伯克制的存在。
综上所述，建省后清政府对新疆基层行政体系进行了一番调整，取消了军政合一，仅注重军事管理的军府制，实行军民分治；废除各自为政的伯克制，实施乡约制，加强了对基层社会的行政管理，初步实现了与内地行政体制的划一。可见，清政府通过对新疆基层行政体制的规范，初步奠定了日后基层行政体系的基础。