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清末民初，即自1884年新疆建省至杨增新执政时期，新疆省新型基层行政体系得以初步规范和巩固。建省后，为巩固清政府的统治，新疆第一任巡抚刘锦棠加强了对基层社会的规范和管理，废除了仅注重军事管理的军府制和政治上各自为政的伯克制，扩大了府、州、县制的辐射范围，确立了县以下带有官方色彩的乡约制。但出于稳固政权，笼络少数民族头目的考虑，省人民政府仍保留了王族世袭的札萨克旗制，并对各头目优遇有加。此后，基层行政体系基本延续建省之初的局面，未发生大的变化。
杨增新执政后，中央协饷断绝，政府财力极度匮乏，内忧外患此起彼伏，基层行政体系革新缺乏安定的政治环境，因此杨增新始终以稳定政局为第一要义。为加强对基层社会的掌控，杨增新对道县制及其下的乡约制进行了规范和完善，并且将部落管辖权纳入省人民政府之下，增设县治、县佐，从而加强了对基层社会的控制。对于农区的乡约制，杨增新通过规范乡约的选拔、任免和奖惩，一定程度上约束了乡约的不法行为，完善了乡约制。对于牧区的札萨克制，杨增新虽曾有过改土归流的想法，但在当时保持政权的稳定已实属不易，改定县治则更是一种奢望。因此，杨增新终其一生未对游牧部落的札萨克制有所变动，而是实施羁縻政策，对封建王公优遇有加，但也有所牵制。这样，基于稳固政局的考虑，新疆基层行政体系仍然沿袭旧制。