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1928年国民政府颁行《各级公安局编制大纲》，责令各省遵办。金树仁出于稳定社会秩序，加强自身统治的考虑，并未将其束之高阁。“至于办理自治期之警卫亦为重要之措施，新疆警察制度早经确立，惟不完备。民国十七年十月国府又颁行各级公安局编制大纲，依各省市县之范围定各公安局之管辖区域，并采取巡逻制，当时新疆亦据实呈报，谓已将各级公安局组制完成，并对警察训练，在民国二十年报告，谓新疆无警士训练所，特报部请准予成立。”
可见，当时新疆省也依照大纲进行了公安组织改组和职能运作。由于多种因素的制约致使公安组织改组在范围和力度上都极为有限，但也在一定程度上奠定了此后公安组织建构的基础。可以说，公安组织的改组在承前启后的基层行政体系建设上有一定的地位和作用。
目前，学术界对杨增新执政时期的巡警制和盛世才执政时期的保安局或公安局关注较多，但对金树仁执政时期各级公安组织的改组研究极少
，即使是相关资料中的记载也是寥寥数语，未能详细阐述其历史演变和作用。因此，对此问题进行初步的梳理与探讨是极有必要的。
国民政府初建时，为加强治安，整顿公安组织，于1928年10月3日颁布了《各级公安局编制大纲》，其内容为：各省、特别市、市县各级行政单位均应设立公安局，隶属各省民政厅或市县政府；在省会、市县工商业繁茂之地应设警察派出所；自治区内设公安分局，乡镇依据情势繁简设警察分驻所，实行巡逻制；为稽查和临时戒备便利应在省会设置警察队。随后，作为《各级公安局编制大纲》的补充条款《省警察队组织暂行条例》也于10月22日相应出台。省警察队因“防剿盗匪，巩固治安”而设；警员除招募外还可就编余军队中挑选兵员，以大队、中队、分队、排、棚为编制单位。国民政府的公安条例颁布后，随即通令全国一体遵照办理。1929年3月1日内政部通令全国各省依照条例，拟订各地各级公安局组织条例上报内政部备核。但时隔两月仅有福建、河北、安徽三省民政厅呈报。7月15日内政部再次下令催请各省迅速拟具各级公安局组织条例，并于接令后一月内呈报内政部。
事实上，新疆省早在1928年的施政大纲中已明确列入警政经办与改组事宜：“一设法安插游民；二改定各县公安局之组织及清理其经费；三实施公安警察之训练；四实施政务警察之训练，”
但此事仅停留于纸面并未付诸实践。1929年7月在内政部再次催办下，新疆省才真正开始了公安组织改组的筹备。民政厅在给内政部的咨文中，首先就现行各级公安组织进行了检讨。“查新省公安局向以限于经费，故仅省会一处照章设置，各县均只置警兵，未设局长。此外，如伊犁、塔城两区因旧日贸易圈收回以后，外侨杂居驻军甚多，县公安局以隶属关系颇不便于管理，故由该区行政长设区公安局办理该区公安事务，此固权宜办法，亦事实上不得不然者也。”其次，明确表示要改组现行公安组织以符部章。“细绎县组织法各条，其公安之职权体制颇异往昔，还非新省现行章制可以代替，而职厅民政大纲又以整顿公安局列为专项。基此数因，势非从速改组不足以符新制。”最后，说明所拟订的各级公安组织草案既“不能拘守部章违反边情，亦不敢因噎废食漠视要政”，而是依据“部章暨旧制度双方参酌，略事变通。”
新疆省各级公安组织草案即是在此情形之下拟订的。1929年7至9月间新疆省民政厅依照国民政府《各级公安局编制大纲》，结合省情先后出台了各级公安局组织草案。由于新疆与内地不同，仍保留行政区一级，因此有省会、行政区、县三级公安局组织草案，即《省会公安局组织草案》《新疆区公安局组织之草案》《新疆省县公安局组织草案》
。《省会公安局组织草案》共二十六条，规定省会设公安局，下设总务、行政、司法、卫生四科；附设警察训练所，轮番抽训；因维持治安和消防需另设警察队；自治区内设公安分局或分驻所。《新疆区公安局组织之草案》共十四条，规定伊犁、塔城区警察局应改称为区公安局，按辖境大小酌分警区设公安分局。《新疆省县公安局组织草案》共十八条，规定在各县设公安局，县城或附近设守望所，距城过远的区村设公安分局，非事务繁盛地方不得设局员。各级公安组织经费和兵额均暂依旧，如需扩充须由公安局或县长呈请民政厅核准。
可见，新疆各级公安组织草案不管是对国民政府政令上，还是对旧有公安组织上均有一定程度的变化。各级公安组织草案呈现以下特点：一、与其原有的公安组织不同，省会公安组织在原有组织基础上增加了一些附设机构，譬如草案中就有增设警察队和警察训练所的内容。县公安局组织在原有基础上增设局长一职以资督率，各公安分局设置局长一职，藉此辅助县公安事务。从法令层面上看，通过相关机构的增设进一步充实了公安组织。二、与国民政府法令不同，新疆省增设了行政区一级公安局。虽然《县组织法》规定实行省县两级制，但新疆由于地域辽阔，仍保留行政区一级，行政区公安组织的设置当然是必不可少的。另外，根据事务需要，区公安局还需设有译员、通事和毛拉。新疆省鉴于财力与人力缺乏，此草案仅将伊塔两行政区的公安组织作为改组对象，其他各区则均未涉及。可见，各级公安局组织草案的拟订既有因地制宜之意，而草案在实施中也有依据形势的相机变通。
新疆省会公安组织始于1903年，当时迪化将保甲改为巡警，这是新疆最早设立的警察制度。1910年又将迪化巡警组织成立警务公所，分设司法、行政、总务、卫生等科室，规定各科职掌。1913年1月迪化又改设省会警察厅。省城巡警按地段划为4个警区，配有巡警385人
。1928年8月，迪化设置省会警察局。新疆省会公安组织的改组即是在此基础上展开的。
1929年底金树仁将省会警察局改名为省会公安局，在自治区内成立公安分局。省会公安局内还设立了警察训练所，训练基层公安人员。省会公安组织的改组主要是在旧有省会警察局基础上的机构增设，原有体制大多保留，仍设置四科，主管治安、消防、户籍、卫生、市政等事务。另外，1931年初省会公安局局长欲图扩充警兵名额，增加粮饷，向省政府提出扩充呈请。增加警力本在情理之中，但1930年11月哈密事件爆发及不断升级，金树仁采纳秘书长鲁效祖的建议，始终坚持军事镇压致使本以拮据的财政状况更加恶化。1931年5月金树仁不得不指令，省会公安局“添兵加饷，整顿警务，维持地方，保卫公安，本应照准。惟查现值财政困难粮饷两缺，而且乏人可补，招募维艰，不得不暂缓议。”
事实上，新疆一直陷于经济贫乏之中，增设警力未能实现，省会公安局警力较为单薄。
原有区级公安组织是根据1916年内务部核定的《新疆省警察厅划分区署编制警察队的办法》而组织的。在县级警察机构之上分设4区，每区辖若干县，每区设一警察署，每署设署长1名，巡官1名，巡长3名，巡警68名。另在第四区（阿克苏地区）设警察分驻所1个，设巡官1名，巡长2名，巡警32名。1928年8月将原有4个警察署和1个警察分驻所改为5个警察分局
。区公安局组织的改组就在此基础上展开的，但改组仅涉及伊犁、塔城两行政区的警察局，其他行政区依然如故，未予以改组。伊塔两地“系属华洋杂处商业繁盛区域”，且边政地位极为重要，因此金树仁以这两区为模范先行试办，着重对其进行改组。将原有区警察局名称一律改为区公安局，内设科员、巡长、译员及通事，并视事务繁简而设督操教习和雇员毛拉。从区公安局的组织结构上来看，伊塔两区的公安局组织至少在形式上先行跨入了近代警察体制之列。
各县原有警察所仅设有警员，未设所长，一切事宜皆由县长指挥监督，县级警察体制不健全。因此金树仁在其执政之初的政务报告中就提出要“督促各县政府一律设立公安局，分派熟悉警政人员指导办理各县公安局完成之日，即着手查编户口之日。”
据此，县公安局组织改组事宜逐步展开。首先由民政厅呈拟了对各县警备进行整顿的方案，以此作为日后改组的前期准备。1929年1月22日第29次省务会议对此方案审议后，“准各所拟办理，通饬认真整顿以维公安。”
历时近四个月的整顿之后，民政厅决定对原有警察所实施改组，并向省政府呈报了将各县警察所改为公安局办法简章。1929年5月14日第45次省务会议决议“准照原案办理。”
这样，民政厅正式启动了县公安局的改组工作，将各县警察所一律改为公安局。在县公安局未组建前，不设局长，初期仍由县长指导各项治安事宜。1931年4月第一期警察训练所学员毕业后，金树仁指令将毕业学员分发各县见习后，再择优委任为各县公安局局长。但直到1932年初各县公安局长的委任仍未敲定。此外，一些新增县局也积极招募警察，组建公安局。如特克斯设治委员陈善在设治地点还未择定的情况之下，就开始援照巩留县招募警察，编列造册。1931年新疆省政府以“县治之地点未经择定以前并无成立警察之必要”为由，令其将所招募警察“一律遣散，”
待县治地点择定后，再行招募。
各县区内的公安分局并非普遍设置，而是以地方人口多少和乡镇繁庶为标准酌情而设。例如精河县下划的三区就曾取消了公安分局的设置，金树仁指令“该县此时毋庸先行派定其公安局一项，各县只准于县城设立局所。乡镇繁庶地方酌设分局，该县人烟稀少，并无添设公安分局之必要，所请设于三区各级分局一所之处未便照准，各级公安调查表式应修行民政厅检发，以便填充。”
以上可见，新疆省各级公安组织的改组基本停留在组织名称的变更与机构的简单设置。由于经费困难，各级公安组织的警力未能进一步地扩充，致使公安组织力量较为单薄，作用发挥极为有限。
1928年《县组织法》规定公安局负责警卫、消防、防疫、卫生、森林保护等事项。关于警卫事务，国民政府以“防剿盗匪，巩固治安”为名命令各省迅速组建警察队。当时新疆省也禀称遵办，并在《省会公安组织草案》中有设立警察队的规定。新疆省公安局依照国民政府公安条例也被赋予了“缉办盗匪”的任务，并以此作为考核成绩。“缉办盗匪”实质上是国民党为清剿共产党而变相附加的头衔而已。当时中共的力量根本未发展到新疆范围之内，因此在具体落实时新疆省又做了相机变通。1930年民政厅以“本省地面平静，设有公安警察足资保护，”
向内政部说明新疆并非无视其政令，而是暂无筹办警察队之必要。不久内政部就此事给予回复，“查新省地面既属安静，亦称得力。所有依照条例应设之警察队，应准暂从缓办。”
这样警察队在金树仁执政时期并未设立，而是一直“缓办”到了盛世才执政时期。
新疆省会公安局消防组的设置是在原有民间志愿组织的基础上组建而成的。在清光绪年间，迪化商业“八大家”之一的永裕昌商号首先从天津购入一台简易消防机，随后各大商号都置备了水桶等消防用具。1911年4月迪化怡和永商号经理韩乐常发起组织的民间消防组织“清平水会”（亦称水龙会）宣告成立，下设南关、财神楼、二道桥、小西门外等5个分局。会员约八九百人，大多来自菜农、店员和手工业者
。新疆省依据国民政府公安条例开始筹办省会公安局火灾消防组。在1929年7至9月的行政计划中，民政厅呈拟了警政整顿的四项内容：1.拟向外洋购置消防各机器；2.购置修筑马路压力铁滚机器；3.训令公安拟定消防组设置办法；4.训令各级公安局遵照卫生部扫除条例，施行公家卫生计划，并规定修治街道办法
。其中两项均涉及消防事宜，可见当时已明确计划筹建消防组织。1929年9月民政厅颁布了《省会公安局设立火灾消防规则和其他各级公安局所设置望火亭规则》
。省会公安局消防组的组织有两种来源：一是将原有警察消防队改为火灾消防组，设组长、副组长和防手；一是将原有津帮慈善团体的水会志愿消防队改为公立火灾消防组，就原有会长、副会长、任善等名改称组长、副组长、防手；城外西南关也应设立由慈善团体组建公安火灾消防组一处，组织防手，由副组长督率。至于新增器械的添置经费或由地方公款拨给，或由各界捐输补助，具体临时再定。此外，还统一规范了报警铜锣的敲打方式和消防警员的奖惩条例。各级公安组织应设立望火亭，根据瞭望员表现给予奖惩。新疆省在原有消防队的基础上，将民间志愿组织一并纳入，不但充实了省会公安局的消防警力，而且节省了经费开支。但添置器械的经费来源不明，必然会导致其互相推诿。
省会公安局除负责治安外，还负责市政公共卫生事宜，如清理街道卫生事务。据此，金树仁责令省城公安局和迪化县共同拟具清理街道各项规则，并呈报省人民政府核办。1929年9月金树仁在对上报各项规则审核之后，做了部分修正，譬如对“第二条向住户普通捐款一层改为先由铺户捐款，办有成效再酌量次第推行。”对“第三、第四两条由公安分局征收捐款，并经手存储，”
改为由迪化总商会负责收款存款，并帮办清理街道事宜。官厅不必直接办理，以免舞弊营私。此规则修正后，金树仁通令省城公安局和县长斟酌情形遵照办理。当时新疆官场的贪污腐败现象遍及各个角落，其本人也非常清楚。因此为避免官员勒索民财，减少政府与人民冲突，将征收捐款与存款事宜全权交给商会，这在当时还是较为适当的。
可见，新疆省由于警力与经费极为有限，加之官场腐败，省会公安局在其职能机构的组建和运作中始终离不开民间组织——迪化商会的帮助。而迪化商会在发展经济的同时，对行政也有较大的辅助。这可谓是新疆警政建设的一大景观。
1928年9月新疆省依照《现任县长公安局长训练章程》的规定，要求各县公安局长未经训练者均应轮流接受训练。这实际是为县公安组织的组建做准备，训练公安局长而后择优委任。1932年5月25日内政部又颁布《修正警官学校规程》，责令各省成立警官学校。1934年7月各省警官培养教育统一由中央警官学校实施。事实上，金树仁执政时期新疆并未成立警官学校，而是在盛世才执政时期训练了二期学员，毕业学员约500人
。当时新疆警察训练仍是依据《现任县长公安局长训练章程》，在省会公安局下附设警察训练所先行试办，培训警察学员50人，但未来得及对警士实施训练。尽管1931年民政厅呈请内政部成立警士训练所被批准，但由于战乱而未能组建。
新疆省会警察训练所的筹议开办几经周折，姗姗来迟。最初是由省会公安局呈拟了设置警察传习所造就警材扩充警务的议案，提交1929年5月7日第44次省务会议讨论，会议决议：“整顿警察为改革内政主要之图，新省地瘠财艰。地方警政甫具雏形，该局拟设警察传习所，殊为推广警务之基础，应予照办，以资造就。仍由民政厅督饬该局拟定简章认真训练。”
据此，省会公安局开始了警察传习所训练简章的拟订。但民政厅对此有异议，认为仅设立警察传习所，不能满足新疆警力奇缺的现实。为迅速扩充各县警政、培养警政人才，应设立警官学校。在1929年5月21日第46次省务会议上，民政厅呈拟了设立警官学校的议案。但由于警官学校的设立需要大量经费、教员等诸多问题不能解决，经多方讨论决定：“现在县城已设警察传习所应改组为警察训练所，先行训练省会警务人员，定期六个月为训练期限。俟办有成效再行推广警官学校，以宏造就。由民政厅妥拟改组简章呈会核议。”
据此，民政厅筹办警官学校的提议被搁置缓行，而仍旧利用警察训练所训练警务人员。但是时隔一年多，民政厅所拟订的警察训练所简章才缓慢登场。1930年9月12日第57次会议上，民政厅呈拟了在省会公安局附设警察训练所，招收中学毕业生，训练省警政专门人才的议案，会议决议“照办”
。至此省会公安局警察训练所的运作总算起步，据称当时招收学员为50人，分为甲、乙、丙三班，训练期为六个月，训练科目以国民政府公安条例所修科目酌情核减。
1931年初警察训练所学员毕业在即，为使其理论联系实际，加强实践能力，金树仁要求毕业学员两次见习后才予以任用。最初民政厅计划警察训练所学员毕业后，即可分发各县任用，但此设想在实践中被否决。为慎重起见，金树仁指令民政厅详拟毕业学员见习办法，并安排了两次实习。因此在时间上来说，各县公安局长的委任工作明显滞后。
关于毕业学员见习的分发办法，在金树仁的指令下，民政厅所拟定的分发办法一再调整，颇费周折。警察训练所学员即将毕业时，民政厅就学员毕业后的去向问题，拟订了警察训练所毕业学员分发各县服务的简章，计划将警察训练所毕业学员按名次分发省会公安局及各县公安机关，以警察官佐酌量委任。1931年1月19日第106次省务会议决议“照办，简章修正通过。”
但在1931年4月第一期警察训练班学员毕业之际，情况又发生了变化。一方面鉴于第一期警察训练所学员训练成绩尚好，民政厅呈请续办警察训练所，后经第113次省会会议决议“照准”
。但由于战乱而未能续办，警察训练所仅创办了一期警察训练班就宣告寿终正寝了。另一方面，金树仁反对民政厅将毕业学员即刻分发任用，而是指令民政厅查照部令，结合本省情形，妥拟分发警察训练所学员到各县先行见习办法。“该厅拟将警察训练所毕业学员按名分发省会公安局及各县公安机关，以警察官佐酌量委任，俾免学非所用等情到府。查该学员等既已毕业，成绩尚优，且未便任其间散，惟任用之法非筹划妥善，不特难收效果，而且枝节甚多”。因此在分发毕业学员到各县见习之前，金树仁责令民政厅应预先拟订实施办法，譬如“究以若干名发交省会公安局侯委，若干名分发各县任用，至发交省会公安局者可否按月酌定津贴，先行学习以资历练。分发外县者如何规定薪水，俾示体恤抑或一律不必支配。”此外，金树仁还要求“自民国二十年七月一日起，省会公安局如有用人时，先尽该学员委任。外县凡有缺出，省县长准其随时指名呈请委任，随同前往，薪水按照县缺大小分别登记拟定发给，以示限制而免争执。”
据此，6月金树仁责令民政厅、公安局将警察训练所甲、乙、丙班学员分发各局的情况详细呈报。金树仁对所拟分发办法较为满意，“呈悉此次警察训练所毕业甲乙丙等班学员，既经该局长分发总分各局见习，应准备案。”
但是，在第一期见习即将结束时，金树仁认为如若将学员委以公安局长之重任，仍应加强其实践能力，因此又延长了见习期，进入了第二期见习阶段。
1932年初两期见习期满，警察训练所毕业学员面临着分配问题。民政厅呈请金树仁，“前以省会公安总分各局发往见习之警察训练所学员，两度实习期满，呈请分发各县警务机关服务，以便整顿警政。”1931年12月9日金树仁指示民政厅，“此项学员既经继续见习成绩优良，应准将最优者先行分配发交省会各局及一等县试用，其二、三等各县稍缓再议，仰即遵照办理，并将办理情形报查为要。”据此，1932年1月民政厅对见习学员分配标准及办法做了详细呈报，“查公安总分各局发往见习学员数在四十员名以上，除先后随同军政两界任差出省者八人，并病故一人不计外，现在在局见习者尚有三十二三员名，此次奉谕分发仅限于繁要县份，若不酌予限制，恐指定分发之目的地有限，而众望分发之侥幸心无穷，或更惹起纠纷，兹由厅长令行公安局查取各见习成员成绩折中规定，其分发标准：一以依据学校考试等级为衡，一以考查学员见习成绩为判。如该学员毕业等次在前，而见习成绩落后，或见习成绩在前，而考试等次在后者均不得于斯选，如此慎择似于体恤学子之中，稍寓铨拔人才之意……再者一等县除迪化县、疏勒县不设警察外，仅有疏附等十县兹以繁要之，英吉沙，巴楚，吐鲁番，温宿，绥来六县补充，并以未能分发之警察学员仍行发往省垣各公安总分局照旧服务。”
并在呈文后，附上分发各繁要县份见习生名单：
对民政厅的分配办法，金树仁虽表示“所拟分配办法尚无不合”，但仍对其有所调整。“惟查该见习员等分发县分尚有应行更调者，兹已由本主席改正分别令委前往各县局先行试用，仍由各该县长监督指挥，作为警务员名义以资实习，俟试用三个月期满，察核成绩优良，由县呈请照章组织公安局，再行正式委充县公安局长以符章制。”此外，他还对分发各县警务员的薪俸作了规定，“至该分发各县警务员薪水凡系喀、和两区所属各县者，每员月给薪水银六十两，系阿、焉、迪、伊各区所属各县者，每员给薪水银八十两，以示区别。”
至此，警察训练所毕业的分配事宜终算落下帷幕。可见，由于哈密事变的爆发，为防范警察学员为其所动，不为其利，反为其害，金树仁对毕业学员的任用极为谨慎，先是改变毕业后即行委任的前议，以任用妥善为由加入两届见习期，其后即使限制性地将毕业学员分配到繁要各县，但仍以警务员名义实习，待三个月实习期满，考核优异再行委任其为公安局长。事实上，由于哈密事变的不断升级，委任公安局长一事即被无限搁置下来。
综上所述，金树仁在遵从《各级公安局编制大纲》之下，对新疆省各级公安局组织进行了初步改组，从草案拟订、组织建构、警官训练等方面逐步展开。尽管新疆省各级公安局组织草案出台较为迅速，但对各级公安局组织的改组进程极为缓慢，且大多停留于肤浅层面。省会公安局除有名称变更之外，仅添置了火灾消防组和警察训练所，而警察训练所组建的姗姗来迟，使其仅训练了一期学员，即宣告寿终正寝。区级公安局组织的改组仅限于伊塔两行政区，而其他六区的原有警察组织依然如故。县级公安局的改组则在警察训练所学员的一再见习和试办中一再延期，最终也未能组建。总之，金树仁执政时期各级公安组织的建设成绩不管是与之前的杨增新执政时期和之后的盛世才执政时期相比都显得微不足道，但对此采取忽视或省略的做法也是不可取的，历史研究应注重制度之间的连续性与传承性。从客观上来看，各级公安局组织草案对后世公安组织条例的拟订必定会有所借鉴；公安局组织的改组和职能机构的添置为近代警察体制奠定了初步基础；县级公安局逐渐向独立性的行政机构过渡，并行使治安权，这都是我们所不能漠视的。
纵观新疆省推行地方自治从酝酿、试行到悄然结束的历史进程，显然基层行政革新成效极为有限，大多是虎头蛇尾，无果而终。据此，概述新疆基层行政革新失败的具体表现，则主要体现在以下几个方面：
金树仁为践行《县组织法》，率先从整顿县政着手，充实县政组织。但从县各级政府组织机构的组建来看，尽管县府科室有所加强，分工渐趋明晰，一定程度上提高了行政效能，但县内各科的设置多是为迎合政令而设，往往是有科无人，或一人兼几科，致使各科分工不明，经费不清。区公所在渐进主义原则下组建本无可厚非，但仅在北路六县第一区先行试办，而后再无下文。县公安局仅是在繁要的十三县分配预备公安局长，仍由县长兼代管理，县公安局一直未曾组建起来。显然，区公所、县公安局的筹建仅系局部行为，且一直处于试办阶段，直到葬身于哈密事变之中。
从县区组织中行政人员的任用和甄举来看，县长、区长、公安局长的候选人虽经训练毕业，但由于地方行政人员素质低下，金树仁对其往往不放心，一再延迟任用，又因哈密事变的影响，最终受训人员还未发挥丝毫作用，金氏政权即已垮塌。地方行政人员的甄举虽在政府的一再催令下，始终未能展开，甄举工作仍原地踏步，毫无进展。
可见，尽管金树仁曾试图仿照内地，实施《县组织法》，推行地方自治，但由于多方面因素的困扰，致使基层行政革新整体不到位，未能建构起近代县制体系。
为践行《县组织法》，划一县级政权，金树仁试图对部落旗制进行县治改定，但囿于主客观因素的制约，县治改定或受阻而止，或流于形式。在新旧满营和厄鲁特营成功增设了巩留县和特克斯设治局后，金树仁试图趁热打铁，一并取消其他各营的部落旧制，实施改土归流。但锡伯营和察哈尔营因改牧归农条件不成熟，加之部落头目的强烈反对和一地两治的权力之争，致使改治进程困难重重，最终不得不宣布暂缓进行。哈密回王制的改治按说条件是较为成熟的，且各方均要求废除旧制，改归县治，但由于金树仁改治措施失当，操之过急，致使改土归流仅完成了形式上的改治，即增设伊吾、宜合两县，但王府执掌依然如故。
县治改定原本是现代行政的发展趋势，符合时代发展潮流。但在部落改定县治后，往往官场腐败积习也被带入其中，直接影响了日后的改治进程。巩留县增设后，地方官员肆意苛索和压榨民众，使各部落仅看到了设县之害，未见设县之利，从而给县治改定造成了极大阻力。哈密回王制在改土归流后，因政府的横征暴敛引发了民众的激烈反抗，致使政局长年动荡，而回王制却依然如故。直至1934年盛世才对哈密的第二次改土归流才得以将县治行政体系移植进来，实施有序化管理。
可见，在世风日下，官场积习难返的新疆，虽然金树仁号称是已改定或增设了县治，但真正的县治机构及行政体系并未建构起来，只能流于形式。
金树仁为推行《县组织法》，从升县设局到县治改定，增设了诸多县局长。但这些地方官员往往以筹措县治为由，借机敛财。如赛图拉由分县改为设治局后，为建修办公场所，原县佐马正海及新任局长建勋，在建修县府时偷工减料，建修尺码严重缩水，“可见该前任偷工减料毫无疑义。”
为此，金树仁令“迅将前项工料银一千五百七十余两，由该前后任如数归缴厅验收，以重公款。”
巩留县首任县长丁奋武在任期间，修建了县府和仓库，但“查巩留县署、县仓工程，该县长甫告竣工，即据何新任勘报房泥多年渗漏，足见工程多不坚实，并非被渠水所寖及继任任意损坏，前经令饬赔修在案。”
升县设局、县治改定本是为便利行政管理，与民方便，于公于私均有裨益，但是县府、仓库的修建却成了新任县局长借机敛财的渠道，从中营私舞弊，中饱私囊。这些种种弊端直接影响了地方自治的推进和基层行政体系的改组，甚至成为其前进的障碍与阻力。
另外，巩留县增设后，地方官浮收累民现象时常发生。新满营全体户名控告前任四位县长，“谨将设县以来前任丁、何、李、汪四个县长任意完粮，负担过重，以致民生困难。仰乞鉴核恩准派员调查底案，减轻负担以苏民困事。”
可见，尽管金树仁改定县治的初衷是为加强基层统治，严密基层行政组织，建构畅通的政令通道，但在官海积习日深，世风日下的环境下，巩留县的增设并未带来新气象，反而成为其他部落抵制改治的由头，相应地也带来了县治改定的巨大阻力。“总之，新疆为一落后之地区，如益以政治补修民族叛乱，外力侵扰，则一切痛苦均由无辜民众承担，如何谈自治，如何谈建设，如何达成管教养卫之目的，诚可谓缘木求鱼。”
综上所述，在自身能力及社会环境的恶劣影响下，金树仁所推行的基层行政体系革新仅在有限范围内推进，且成效甚微。“尤其值得一提者，金树仁执政，由于人缘不佳，已埋伏各种之各种反抗因素，故推行政令极为困难，即使勉强推行亦达难有预期之效果，何况上下交争利，上下交争权，甚或敷衍事局，得过且过之心理意识作崇，如何能将此一政治机器开走？确是当时金氏煞费心机之一事。”
尽管新疆基层行政体系的革新阻力重重，改组整体不到位，成效极为有限，且弊病百出，但它开启了革新大门，划一和规范的县级政权；确立了县、区政权组织的轮廓；首开地方行政人员训练的先例；启动了部落旧制的县治改定进程，日后基层行政建设基本是从这些方面展开的。因此在否定金树仁执政能力、穷兵黩武、包庇亲信、聚敛民财、民族歧视的同时，并不能全盘否定其对基层行政体系革新的积极意义。