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为推行地方自治，急需提高地方行政人员素质，储备自治人才，因此1928年9月国民政府颁布了《现任县长公安局长训练章程》，12月又颁布了《各省县举士条例》，通令全国一体遵办。据此，地方行政人员的整顿、训练、甄举也被纳入到了地方自治范畴。民国以来新疆官场积弊日深，世风日下，对此，执政之初的金树仁雄心勃勃，试图整饬官场，提高政府行政效能，以便树立声威，因此对国民党所颁行的有关提升地方行政人员自身素质的法令，金树仁也有推行的需求和意向。据此，地方行政人员的整顿、训练及甄举事宜逐项展开。
《县组织法》令行后，关于县长官等应如何界定，当时并未规定，而后行政院通令县市同级，“县长官等暂比照市组织法第十条第二项之规定为荐任职，”
县长以下则为委任职。金树仁依照行政院训令，界定县长及以下地方行政人员官等，并依据官等高低，酌定地方行政人员薪资待遇。但在当时货币极度贬值之下，县长及其下职员待遇极为低下。由于“省财政徒赖纸币空撑，省库全年收入实无一圆现金，全省文武官俸一律发放本省纸币，此项纸币之代价不及内地通用现金三分之一，以荐任官俸论，月俸纸币壹佰二十两，谨抵现洋四十元之谱，简委各俸可以类推。新省官俸不过就本省情形，酌给生活费用而已，较之应支俸给实不及十分之二，其清苦情形为全国所觐见。”加之，连年来物价上涨、纸币贬值，致使生活成本数倍激增，“于是赖纸币以维持生活之官吏，遂顿呈万分艰窘之况，委任以下官吏穷迫改业者日有所闻。”
另据《大公报》记者李天炽称，在金树仁执政后期，“尤其公务员之待遇，因纸币价格低落，不用说维持家庭生活，即个人吸烟之费亦无法维持，例如以往县长月俸最高者为五百两，而一听砚台烟之价即需此数，设使该县长有吸纸烟之嗜好，则不衣不食，上不足吸烟，以如此之待遇而提倡廉洁，愚人亦将不信其可能。”
可见，在如此之低的待遇之下，如若上方监管不严，下方作风不廉，县长浮收贪污案件必会频繁发生，社会风气腐败不堪。
有鉴于此，执政之初的金树仁雄心勃勃，试图整饬吏治。1928年度省人民政府施政大纲中明确规定整顿官吏是当前迫切的任务，并于1929年5月颁行《新疆省县长奖惩条例》，明确县长奖惩标准，使地方官奖惩有法可依。该条例荦荦大端地罗列了诸多奖惩条件，并将奖惩标准划为四等：奖励分为留任、加俸、传令嘉奖或给与褒状、记大功或记功四项；惩处分为傂职、免职、罚俸或申戒、记过或记大过四项
。以往学者大多认为金树仁所颁布的奖惩条例在实践中往往皆成具文，但事实似乎并非如此。为鼓励地方官吏能认真办公，热心公益，金树仁也并不吝奖励。绥来县长侯联珠热心教育，将税收盈余作学费，据此，决议留任一年以示鼓励
；沙雅县长谢芬清廉自爱，洁己奉公应记大功一次以示激励
；叶尔羌县长杨学渊办学得力记功奖励
；焉耆县长韩壎、库车县长程沂因缉捕得凶犯力分别记大功和记功一次以示奖励
；绥定王县长因筑路有功留任一年以资鼓励
；伊宁县长李澍荣捐资济公，记功一次以示鼓励
。在此奖励政策的鼓舞下也促成了部分为民谋利的地方官员。
但是，长期以来官海积习日深，能够热心办公者毕竟是少数，因县长贪污浮收，民控案件也是屡见不鲜。对此，金树仁仍效仿杨增新的办案程序：先行撤任、责令追查、最终核夺。如库车县长张元继浮收民财被控一案，金树仁先令撤职，随后派员调查真伪，由于民控与调查情形差异较大，而后又另派员彻查，调查属实后，最后定夺核办
。鄯善县农约联名控诉该县县长易尔虔贪婪牟利，苛索累民，金树仁通令“将其撤任查办。”
麦盖提县长刘景文被控浮收民财，金树仁通令“先行撤任，查明浮收赋税一律追缴归公，仍照惩戒条例议处，以肃官箴，由民政厅查照办理。”
伊犁地区哈萨克族百户长拜达拉里等控诉该管千户长强夺民地，后查明是因个人私怨，上控之情纯系诬告，因此金树仁令“应准销案免究”。
可见，在民控案件上，金树仁还是有所作为的，详查民控案件，进而分辨真伪。
对于地方官员不法行为的惩办，金树仁也曾依照奖惩条例依法奖惩。自1929至1932年《新疆省政府公报》中关于“严禁浮勒”的通令比比皆是，金树仁严令禁止官员浮收民财，“一经查觉，轻则撤任查办，重则处以极刑，决不宽贷。”
但仅靠一纸政令很难发挥实效，浮勒事件依然发生。为此，金树仁惩办了一批县长以示警诫。如阜康县已卸任县长刘荣升被“停职三年以示惩敬而肃官常。”
阿克苏前任县长李景潜因“本年征收粮草违章每两加收红钱二成一案，除将李县长先行撤任外，兹委本府监印员傅文焯前往撤查，应俟查覆至日再行核办。”
拜城县长柴震森因浮收粮草被撤任
。以上可见，对于不法官吏的惩戒，仅仅是撤任而已，施以极刑者极为鲜见。此外，尽管金树仁试图整肃官场，澄清吏治，但“省人民政府明知俸薪太薄，不敷用度，如无告发，听其自然，即有告发，如为亲信，敷衍了事，从未严处。”
加之金树仁包庇亲信，滥用职权，聚敛民财的不法行为直接破坏了法令效力，致使其威信渐失，无从约束。如此一来，官场腐败现状并未改观。
基层行政体系的建构多仰赖于地方行政人员，而行政人员能力素质的高低与政府各项施政成效息息相关。因此，加强对各级地方行政人员的训练是政府执政的重要举措。作为《县组织法》的配套推进法规，1928年9月4日内政部颁布了《现任县长公安局长训练章程》和《现任地方行政人员训练章程》，责令各省开设训练所，训练地方行政人员。对此，金树仁一面依照部令，一面结合省情，于1929年设立了县长训练所。但该所经营囿于经费、地域、师资等因素的制约，因办理不善而中途停顿。“到民国十九年十一月间，哈密之乱作，而内政部仍指令训练县政人员，前也提过，过去因办理不善而停顿，从此即不谈训练事。可是，政府查询训练情形，也不得不覆，当时曾谓根据部章拟具办法筹备实施。以本年度完成初级训练为目的，后来因哈密变乱扩大，一切力量均应付战争，无暇再在政治上用功夫。”
加之经费筹措极为困难，县长训练所只好被迫停办。
目前，关于县长训练所的评价，学者们大多认为它是金树仁为培植亲信，发展爪牙的一种手段
。县长训练所是以招收“七七事件”中听命于金者或甘肃籍人员为主要条件之一，而由“金树仁配置和造就的这支干部队伍，成为金树仁个人统治倾覆的主要成因之一。”
以上认识固然有一定道理，但仅从军阀执政的角度考虑和评析，其政治色彩必然会占据上风。金树仁创办县长训练的主观目的是为其培植亲信，进而巩固政权，但从其客观影响来看，他打破了杨增新的保守作风，部分地否定了其愚民政策及无为而治的做法，将训政理论及行政法规灌输于地方行政人员，开启了新疆省县长受训的先例。尽管由于种种原因，县长训练所被迫停办，但在此期间，也为地方培养一些县治人员，这一点是我们不能否认的。
关于区长训练，1929年8月国民政府公布了《区长训练章程》，据此新疆省也报告遵照部令颁布了《各行政区区长训练所简章》，实施区长训练。鉴于新省幅员辽阔，无法集中一处受训，因此民政厅责令各行政区各自组织训练，在“各区行政长所在地设立专所，挑选学员依法调练。”
同时，简章还规定各县保送学员最迟应于1930年4月1日之前报到，仅设一班，受训四个月。由行政长兼任训练所长，依照县等确定保送名额：一等县为八员，二等县为六员，三等县为四员，膳宿各费由学员自备。训练课程依照内政部规定课程酌减三分之一。据此，各行政区均于4月1日前，陆续开办了区长训练班。训练期间，由于政局还较为稳定，因此第一期区长训练班得以顺利结业。但对于区长训练班的成绩，民政厅长李啓并未给予完全肯定，“即以此次训练毕业之区长而论，汉缠总归一治，修业仅之四个月，对于自治意义多未贯澈了解，若一日将各县之区公所按照划定区域一律予以成立，责成此次训练学员担任区长一职举办区务既虑扞格，难行诸多，膈膜复恐弊端日出，立形纷扰，转失政府指导人民筹办地方自治之至意。”
事实上，李啓的担忧在情理之中。由于各县所推荐的受训区长大多来自乡约，官海积习浓厚，良莠不齐，加之知识程度较低，识字者不多，且为汉维统一授课，因此试图以四个月的训练来扭转其行政理念和作风实属不易。鉴于此，民政厅决定区长训练班毕业后，并不急于分发各区担任区长办公，而是选任优秀学员为各县第一区区长，其余均挂名誉区长，分派第一区实习，通过在办公中学习，学习中办公，循序渐进地造就人才，以待学有成绩后再派发全疆，正式委任为区长。由于各区区长训练班仅举办过一期，且训练分散于各行政区，因此受训情形、人员数额等均无从获悉。此后，因各地战乱，政令无法到达，区长训练随即戛然而止。
关于新疆区长训练班的评价，据时人褚民谊称“民十九年省政府准内政部咨文，成立区公所并训练区长人才，于是各行政长所在地，成立区长训练所，不过变乡约之名为区长，改乡约办公处为区公所，一切仍旧，于自治实无形影响，惟未就地另筹经费，人民不增担负，虽有空名，尚无实害，其他省自治筹备委员会，县参议会等，迄未依法组织。”
当时，区长训练班结束后，受训区长主要集中于各县第一区区公所学习办公，后因哈密事变的爆发和不断扩大，挂职区长还未来得及分发各区，因此受训区长对当时地方行政并未发生丝毫影响，仅是在数月的学习、实习与办公后，即销声匿迹了。
为储备行政人才，加强行政建设，国民政府颁布了《县长暂行考试条例》，以便甄选荐举人才，并要求各省积极开展县长及佐治人员考试和培训工作，为日后建立人才储备库。此令颁行后，内政部一再催令各省迅速遵办，及早呈报。对于此令，金树仁也在万端困难之下勉强遵行，开始了甄选荐举的筹备工作。
首先，明令定期举行县长及佐治人员考试。1928年11月29日民政厅长王之佐呈请定期举行县长及佐治人员考试，“职厅现奉钧部颁布县长暂行考试条例又奉颁县组织法，县长以及佐治人员之考选可见甄别人才，中央已视为急务，而新疆仕途混杂，实有正本清源之必要，拟请遵照部颁条例举行县长及佐治人员考试，以期拔取真才共襄庶政。”
可见，一方面由于在内政部的催令下，金树仁不得不有所回应，以表示其响应训政纲领，促进党化态度；另一方面，鉴于人才缺乏，考选政治人才也是整饬吏治的当务之急。因此，1928年度在新疆省施政纲领中已将“定期举行县长考试、职员考试”作为整饬吏治的一项重要举措。由于全国军阀争夺地盘的混战，县长的检定和考试一拖再拖，直至1931年4月国民政府通令全国“定于本年四月一日起至六日止为检定考试日期，七月十五日为高等考试开始举行日期，”
6月确定了普通考试分区办法，其中新疆被划为第七区，举行“第一次暂行委托考试”，并“每区设典试委员循环分赴各省举行考试。”
但此时新疆局势已大乱，检定和考试工作根本无法开展。
其次，设立政治训练所，而后又改设地方行政人员训练所。尽管新疆财政困难，不宜再多设机构。但在中央令催和人才缺乏双重因素的作用下，金树仁也试图培养政治人才，进而维护其政权。正如民政厅厅长王之佐所言“厅长明知财政困难，岂容再设骈枝机关，致滋糜费。但新省人才消亡久已，无可讳言，训练政治人才实为同今根本要图，似亦未便因噎废食而不以为筹及。”鉴于此，王之佐呈请筹设政治训练所，并拟具了《新疆政治训练所暂行简章》。简章规定，训练所所长“由民政厅厅长兼任，综理所内一切事务。”训练期为一年，“其科目则以三民主义、建国方略、建国大纲为主要，而旁及政治、经济、外交、实业诸大端。惟所员之优劣，即政治良莠所关流品固贵纯良，程度亦须齐一，应于审查资格后再以考试方式厘定。”受训学员应为各厅署职员或中学以上毕业者，且必须以国民党党员为限。每月定期由训练所所长及讲员会同考试一次，以便评定甲、乙、丙等，按其等级发放津贴。在新疆财政困难之下，“惟有力求尊节绝不敢稍事铺张，至设所在地点查有审检两厅旧日公署房屋宽敞，足敷应用并不另起炉灶，所省亦属不赞，将来此项人员训练期满拟请考核，成绩择优录用，籍以仰副钧座培养吏才之至意。”1929年2月金树仁批示准予照办，并令民政厅“拟具办事规则并经费预算，呈侯核定再行办理。至请拨给审检两厅旧有公署设置，该所准予照拨，侯行高等法院及财政厅查照办理可也。此令等语印发并分行合行令仰该厅长即便查照办理，院长即便查照并将审检两厅旧有公署及器械等项一并移交民政厅接管具报此令。”
此后，有关政治训练所的办事规则及经费预算未见有所呈报，筹备与创办情况再无相关记录，但从内政部一再催令来看，政治训练所并未成功举办。
在内政部甄举人才政令的一再严催之下，金树仁也不得不有所回应。因此，金树仁催促民政厅尽早拟定训练办法，仓促间民政厅草拟了《新省地方行政人员训练所简章》，并在1930年11月5日第59次省务会议上审议通过。简章规定训练所的组织是由省政府主席兼任训练所所长，民政厅长兼任副所长；受训人员为“除各区县现任行政人员应俟交卸差缺回省再行照章训练外。凡未经过法定考试及未受过训练之地方行政人员，现在供差在省者，均应酌分先后令其确尽训练义务。”开设两班，分别为县长组和县佐治组，以三个月为训练期，每期每班学员五十名，同时规定了县长组和县佐治组的入学资格和不准入训练所的各项规定。训练科目以党义、国家吏略、现行行政法规、自治制度为主。每期学员一百名，第一期结束后，开办第二、三期，直至将新疆省地方行政人员训练完毕为止。训练所地点“暂以省垣合式祠庙房屋指定借之。”关于考试合格后的任用，“训练及格之县长组县佐治组学员由省政府造具详细名册咨请内政部转呈行政院，分呈考试员备案”，“依其固有资格以县长县佐治侯委，”并“由省政府酌定轮委，酌委限度依法委用之。”
可见，此次地方行政人员训练所的创办，更明确地表明了它是遵行国民政府甄举人才的政令而为。
再次，甄举人才一延再延。依据国民政府颁布的《各省县举士条例》，应在法令公布后三个月内呈报。但由于县长甄举资格过高，很难达到此项标准，绝大多数省份都不能完成。因此国民政府所规定的甄举限期一延再延，先是规定截止1931年6月，而后又延至12月
。当时甄举条件是：三十岁以上，具备以下条件之一者为合格：“1、历办地方事业卓著成绩允孚众望者；2、国内外大学毕业有社会政治学识者；3、曾在地方自治机关服务三年以上著有成绩者；4、学识丰富曾有著述者。”
显然，对地处边陲，物质、文化均较内地落后的新疆而言，按照此项标准甄举人才更是难以想象，痴人说梦。据当时新疆省政府下发的通电来看，截止1930年底，疏附、疏勒、莎车、阿克苏、乌什、哈密、迪化、奇台、绥来、阜康、孚远、鄯善、镇西、阿瓦提、柯坪、托克苏、哈巴河、吉木乃、巩留各县仍未遵办，因此金树仁责令各县县长，“查国府颁布举士条例早经通行遵办在案，逾期已久，各该县迄未甄举一人实属疲玩已极，现奉行政院令催具报万难再缓，限电到十日内，仰速采访该县人士，有合上项条例第二条各款资格之一者，取照四寸照片并由县出具保结，缮造履历册各两份呈赍汇转，如再稽延，撤办不贷。”
尽管国民政府一再延缓甄选限期，但每至即将逾期，又严令催办。1931年金树仁又加紧了对各行政长的催办，“前经国民政府通令在案现在为期已迫，各官署有未经送表者特再电请查照并饬属遵照俾免迟误为荷等因准此，查现任公务员甄别审查条例前已通行在案，期限已逾，迭准咨催，未便再延，除分电外合行电仰该各行政长转饬各属务于电到半月内查照前颁条例表式，迅速填赍以凭咨转，不得再延贻误干咎为要。”在金树仁的一再催令下，各行政长才稍有所行动。和田行政长就公务员甄选填表事项咨请政府解释，“表内平时成绩与考语各栏应归民财各厅长填载，抑由各区行政长填载？”省政府依照条例对此给予回复，“呈悉查公务员甄别审查表平时成绩一栏，如为该区署科长等成绩应由该行政长填载，至于各县县长成绩应由民政厅长填载，各县府科长等应由各县长填载，各税收人员应由财政厅长填载，至于详细规则应查前发现任公务员甄别审查条例及细则办理。”
显然，新疆省政府还未获悉国民政府的相关规定，1930年考试院已将地方税收人员划出公务员之列，因此无须调表送内政部甄别
。
尽管公务员甄别审查一延再延，但国民政府仍令各省填送现任公务员甄别审查表，但新疆已在激烈动荡之下，已无从呈报，只能是不了了之。
综上所述，从县长的整顿到训练，再到甄选，新疆省对于地方行政人员的整饬成效极为有限。执政之初的金树仁试图有所作为，大张旗鼓地开展县治人员调训，但其最终结果或是雷声大，雨点小，或是无果而终，不了了之。尽管这些举措在当时并未产生明显效应，发挥作用，但毕竟为日后县治行政人员的培养开启了革新之门。