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为遵从《县组织法》，同时也是为了加强部落民族的统治，顺应部落民众的意愿，金树仁对伊犁新旧满营、四爱曼总管旗制
和哈密回王制进行了尝试性地县治改定。在多民族地区，以近代县制取代传统的部落旧制本身就是极为复杂的问题，从伊犁新旧满营、四营到哈密回王制的县治改定过程中即可见一斑。其中仅有少数几经波折改治成功的，而大多数则因遭遇阻力而宣告失败。不管其结果如何，在筹备改定县治中，对各部落的耕地、牧地、界址、人口、民情等的查勘，初步掌握了各部落现状，为日后县治改定提供了更丰富的参考资料，部分地做好了前期铺垫。
对于蒙古族部落旗制的改治，尽管也有倡议者，如焉耆县长韩埙率先提出在南路旧土尔扈特辖地设县。为了实现对南部落的改土归流，他曾多次致电金树仁，阐释改设县治的益处。但金树仁均予以否决，一是因为金树仁不敢公然违抗国民政府对蒙古族部落的优待政策。1931年10月《蒙部旗组织法》的颁布，明确规定蒙古各盟和旗直隶于行政院，尽管金树仁以“一地二治，不便管理”为由，拒绝执行，但摄于国民政府的威力未敢贸然改治；二是由于蒙古族势力强大，为避免改定县治而引发的动乱，金树仁认为改治时机不成熟。“该县长再勿轻信人言，致滋贻误。盖此事关系大局，骤难举办。而消息一经传播，不惟汗王旗人心反侧，即全省蒙古部落闻之亦难免不安，实于治安前途大有关涉。况蒙地收归公有，王公世爵势必取消，此项问题该县长欲借助于西盟长，所谓与虎谋皮，未见其可。仰仍遂照前次指示，勿要轻举妄动，是为至要。”
据此，金树仁仍旧沿袭着杨增新对蒙古族部落的羁縻和牵制政策，部落旧制依然保留。
通过对各营旗和哈密回王制改治的梳理，可以将改土归流情形分为以下三种类型：
由于原有地方改牧归农条件的变化、前期划界不当、边政地位越发凸显等原因，省人民政府开始重新规划县域。因此关于增设县局的倡议多是由官方主动提出的，巩留县和特克斯设治局的增设即是如此。事实上，废除部落旧制，增设县局的进程并不顺利，困阻颇多。
托古斯塔柳一带原是新旧满营的驻牧地，且处在伊犁河谷的中部，是伊犁河流域的交通枢纽之一，地理位置极为重要。鉴于此，伊宁县县长赵国梁最初提出从伊宁县析出，增设县治的建议，并提交1929年第45次省务会议讨论。会议决议：“伊宁地处边要为新苏通商要埠，五方杂处，事务繁庶，辖境辽阔，转多误失。拟以托古斯塔柳划分一县，于民情治理极为相宜，应行伊犁行政长切实查勘绘图呈拟，再行决定。”
指令下发后，伊犁行政长、镇守使随即对该地进行了为期半个月的查勘，认为伊宁分设县治于内政外交极为相宜。随后将调查结果上呈金树仁，并交由第47次省务会议讨论。会议决议：“伊宁为新苏通商门户，地处边要，人烟繁庶，辖境辽阔，较多贻误，殊非所宜。现在伊犁文武长官既经会同勘查，拟照前议，仍在托古斯塔柳分设一县，于民情治理有所裨益，应定名为巩留县，遴派明干人员先行前往筹设，以资开发而重内治。”
在对托古斯塔柳一带增设县治的提议得到首肯后，伊犁行政长、镇守使正积极酝酿着筹设县治的准备工作时，但却遭闷头一棍，新满营全体旗民禀请要求维持旧制，坚决反对增设县治。至此，废除旧制，增设县治的进程暂时宣告中断，停留于各方论争阶段。
为此，金树仁再次指令地方官员详查新旧满营缓设县治的缘由。9月伊犁行政长就所调查情形呈报金树仁，依旧倡议增设县治。“伊宁托古斯塔柳地方，既经该行政长查明，土质肥沃，水源畅旺，新旧满营又早已开屯田，设置县治有裨国计民生，并无若何窒碍等情，自应及时筹设县治，藉图发展。该新满营旗民全体前次禀请维持旧制，实属不明大义，其中当系少数头目以个人权利关系阻扰行政。”同时，他还阐述了增设县治益处，“该地方民众须知设治以后，凡前未开发之地方，未筹办之水利，既地方一切应兴之利均可次第举行。凡以前旗民头目压制蒙哈缠与贫弱旗民，以把持地方之势力暨其他有害于地方之事，均自此可以完全取消，而教养蚩之民富庶荒陬于国于民于，边局皆有莫大利益，断不能受该少数头目之欺蒙，遂误地方久违之大计，此理甚明当，为民众所共谅。”金树仁对此获悉后，遂指令继续筹备县治。“该行政长等既各派委员赴该处查勘完竣，对于该处土地、人民、山川、道里，自必明了，仰即以精密之调查，定具体之办法绘图贴说，呈侯核定以便施行。”
这样，托古斯塔柳一带新旧满营的县治改定又进入了第二轮的实地查勘。
在行政长官的一再倡议下，金树仁最终明确了增设巩留县的决定。1930年省人民政府指令巩留县先行设治，但县域暂时不从伊宁县划出，委任丁奋武为巩留县长。为避免改治后旗民的不满和骚动，金树仁指令巩留县长，“现在巩留改设县治，将其大宗地亩一律收归官有，自应将旗民妥为安顿，以免异议”，并责令县长详细呈报治巩意见。事实证明，增设巩留县的筹建工作开展得较为稳妥，是有计划有步骤地展开的。
首先，对土地分配与征税方案的考查。“该县长拟将巩留可垦地亩作为上、中、下三等，上等地亩先尽旗民安户，又给其余中下两等地亩，然后丈给缠、汉各旗人民承领，尚属公道。每户准丈给二百亩照章征纳地价，呈请颁发部照，以凭管业，并造具户数、亩数及升科年限，清册呈汇核办。”由于新疆地域辽阔，令征地价能否办到，金树仁又责令该县长详查后呈报。
其次，对修建渠道以备安户的部署。为满足土地耕种的需要，“至新满营渠道，如果实有修整必要，准由公家借给经费以资兴工，但公款丝毫关重，应如何分年归还，仍应由该县长负完全责任，以免公款虚糜无着，上项渠工共需经费若干，应即造具切实造册呈汇来府以凭核饬。”
随后，金树仁也十分关注兴修渠道事宜，11月再次督令巩留县切实筹治，“该处设治自应以安户垦地为先著，所拟督饬各户民先尽新旧两满营渠道开挖深阔，以备来春多安户口，自是正办，应准备案。惟该县设治将及一年，一切应办之事，仰即切实筹划，次第进行，勿得徒只空言，稍涉敷衍为要。”
再次，对建修县署粮仓事宜的一再查勘。金树仁对巩留县所呈报的建修县署方案及经费预算，一方面肯定其县治选址，“该县长拟请在新满营地方建修衙署一座地点既属适中，自应照准。”另一方面，金树仁认为经费预算过高，建修县署及围墙，“总共估计工料省票银二万八千五百余两，未免过多，”这样，“该县长建修县署、县仓两项，约需省票银五万两之谱。”鉴于此，金树仁修正了经费预算，“查各县建修县署，县仓及监狱署经费向无超过一万两以上者，现值库币支绌，该一县治开支建筑费如许未免张，前项县署工程经费应准以省票银一万两为限，不准再有超过，以资撙节。”
这样，巩留县建修县署的经费确定下来，此后其他新增县治均以此为标准和限度。为切实掌握该县县署建修情况，1931年6月金树仁又责令巩留新任县长“何乃玺前往该县逐项详细履堪，据实分析呈覆核办，并照章取具保固限状呈赍备案，俾重工程，惟该衙署未完之各项零星工程，仍应由该县长完全负责一手修峻，以清经手为要。”
在各项设治办法及筹备工作大体告竣后，1932年3月巩留县正式从伊宁县析出，开始行使行政管理权。在新旧满营的改治中，为尽量减少旗民对改治的不满情绪，进而引发不必要的冲突，金树仁一再责令伊犁行政长、镇守使详细调查改治条件，反复查勘与论证改治的利弊，而后确立增设县治。在县治筹备中，金树仁又责令县长详细呈报建设方案，并切实查勘筹备情形，较为顺利地增设了巩留县。可见，在改土归流的第一站——增设巩留县中，金树仁是较为审慎的，不急于扩大征税，而以安插旗民为第一要义，从而使县治改定的过渡进程较为平稳。
在巩留县增设县治的影响下，原为额鲁特营五旗牧地的特克斯川一带，其营旗改治的形势也日愈凸显。尽管地方官一再提议，反复论证，但营旗改治仍是阻力重重，甚至一度宣布暂缓改治。据多方史料印证，1931年特克斯成立了设治局，并于1937年改升为三等县。
由于特克斯川地理与军事地位的重要性，因此由地方官提议营旗改治，增设县治。1930年9月12日第57次省务会议讨论并通过此项提议，“伊犁特克斯毗连苏联，地极扼要，应筹设县治以资控制，拟先派委员成立设治局，筹办一切建设县治事宜，经费各项仿照巩留县成案办理案。”
但消息发布后，额鲁特各总管佐领联名恳请免将特克斯改设县治，并罗列了增设县治的弊端，一是“开县平原皆被客民领占，蒙民因在山沟之内，一步不能走动，将何为生？设县无非为民谋福，如今反而害之，岂我主座，一视同仁之意？”“客籍户民虽与国家纳些租粮，不过有限，旗蒙虽曰免纳地租，世世荷戈防边应役不暇接种，远在南疆尚调旗蒙子弟填防，是未纳地粮实已交血税。”不仅如此，每年牲畜皮毛照章收税，牧利远远高于农利。据此，恳请金树仁不要只看重农业获利，而忽视牧业的益处；二是“旗蒙地方现今并未设县，而常有巩留县藉端骚扰奇虐往往派役生事，至于不堪其苦。倘一设县则其不见天日。”如此一来，“不上数年流离失所，饿殍沟壑者，实系意中之事，县为救民反倒害民，为安插有业客民与无业游民而使土著者失业失所。”对此，金树仁一面解释政府并未忽视蒙民利益，而偏重客籍，“改设县治原为保境卫民以固边围起见，并非招集游民在此安插，各该游牧平原旷野任其处分，择肥而嗤图增粮赋罔恤民艰，致令流族人民处于困难地位，听其流离失所而不计及也。”一面责令各头目幡然醒悟，体谅政府的良苦用心。“要知设县宗旨无非为守土之计，不在计较鍿铢与民争利微，特无碍尔等游牧，抑且有益于国计民生，此中利害得失，本主席早已调查明白筹之熟矣，事在必行，万难中止。该头目等不必出头干涉，无理取闹，所请收回成命之处应无庸议。”
显然，在增设巩留县的影响下，金树仁试图趁热打铁，继续推进改定县治进程。因此，在金树仁的一再坚持之下，额鲁特营各头目的抵制情绪暂被部分消解和压制，而是处于默默观察之中，积蓄力量以备随时再起。这样，特克斯设治的筹备工作得以陆续展开。
首先，调查增设县治的利弊，从而确定设治主张。伊犁区镇守使、行政长就特克斯设治一事，进行了详细查勘。由于前期增设巩留县未注重界线完整与行政便利，造成边界上犬牙交错，管理上官民不便，因此“兹见拟添设县治，不外设置新县暨改正旧案。”另外，由于特克斯自身条件，已达设县标准，自应添设新县。一是地理位置极为重要。“查特克斯川在前清收复伊犁时，在俄人几经交涉更易使节，始行收回，以故为世界各国所注目，历年以来，外人游历者不绝于途，其地方之重要可知。”二是适宜耕牧，人口繁庶，适宜设治。特克斯一带“水草丰美，气候温和，耕牧咸宜，矿产五金俱有……而科克铁列克一带缠民种地者有增加，已具村落之基础，喇嘛昭附近人民众多，商人聚居，街市已成，县治设于此处最为合宜。”
三是额鲁特营虽为蒙古族，但总管旗制与札萨克的王位世袭制不同。在特克斯的六苏木皆为额鲁特营兵，“有领队佐领各官管理之，并无王公台吉等爵，尔失与吐尔扈特各部落迥殊。”
因此，日后驻兵可由县长兼带，以便统一事权。鉴于此，地方官强烈建议特克斯增设县治。
其次，筹设县治操之过急，引发巨大阻力。鉴于地方官对改定县治的种种倡议，金树仁随即着手派遣人员到特克斯筹划具体的设治事宜。因“特克斯近接苏联，地方重要，亟应遴委妥员，筹设县治以资控制，而重边防。兹查有本府秘书处科员陈善堪以委充该处设治委员，所有薪水及应支一切经费准援巩留县成案办理。至该设治地点暨垦殖办法，由该员到差后审察情形，妥拟具体办法，明日呈覆再行核夺。”
但在筹设过程中，陈善并未循序渐进地推进筹建工作，而是种种举措均操之过急，引起了旗民的不满和抵制。正如据伊犁垦务专员张培元称：“此次特克斯设治委员陈善抵伊之时，即行宣布成立县治委员。王学道驰赴各牛录宣传同时猛进，操之过急，不但锡伯营等处大起纷扰，特克斯县亦生阻力并波及巩留，默念前途殊非乐观。”
同时，在县治地点还尚未择定之下，即开始大批招募警察。对此，金树仁予以严厉批评，“该委员尚住伊犁，设治地点未经择定，率行先报成立县治，殊属不成办法……县治之地点未经择定以前，并无成立警察之必要，该委员率行招募尤为不合，所有招募警察即应一律遣散，俟地点择定县治实在，成立于必要时，再为招募以昭核实而符定章。”可见，因筹备设治方法不当，操之过急，致使旗民原有的抵制情绪日益凸显。伊犁四爱曼官民呈请暂缓设治，并已“公举锡伯营镶黄旗佐领常才为四爱曼暨哈撒各游牧总代表，其他索伦、察哈尔、额鲁特、哈撒游牧各举代表业由游牧集合已赴省面陈一切。”同时，“四爱曼牧民锡特珲、那言、巴里春、乌尔库吉等五百余名面呈公禀泣，诉锡伯营特克斯各地不能设治理由。”
可见，各部落头目及旗民对增设县治的抵制再度掀起高潮。
再次，力排众议，拟具设治办法。尽管特克斯增设县治遭遇了极大阻力，伊犁垦务专员也承认“若游牧情形所占商务重要地位，比较县署征收粮税少数收入，从缓设治未为不可。”但为维护金树仁决议的威严，“惟我主帅业由明令设县，又复委员来伊，如再依照民众情愿收回成命，殊失威信，是以慎重研究，拟就妥善办法，并派副官崇瑞委员李平录二员驰赴该川勘查地形。”首先择定县治地点，“该特克斯之哈喇塔拉地方面积甚大，且平坦，水利宜便，宜耕，宜牧，人民尚多，开垦招户必能发达，此为开辟农业殖民最宜之地点。若为国防外交之关系，设治守土，应择形式扼要地点，则莫如夏塔。”随后，垦务专员又委派人员筹建县署，开渠垦荒。“核定于春暖雪消时，即令委员陈善前往筹建衙署，俟该县内部组织完备，专员再派委员会同该县，先将附近可垦之地详细履堪，招户、开渠、实行垦种，以后分期进行，徐图发展所有该处词讼税课仍照成案。“在行政管理上，汉缠民回归该县管理，蒙哈人民归专员公署管理，职权分明毫无扞格。”
对于此套设治办法，金树仁批准通过，“呈悉该专员所拟特克斯设治办法及锡伯营从缓设治各节，应准照办。”
历时三年多，直至1934年特克斯设治局才正式从巩留县析出，正式行使行政管辖权。
回顾与反思整个改治的过程，增设巩留县和特克斯设治局虽历经波折，辗转反侧，但最终均修成正果，完成了县治改定。探析其成功经验：一是筹设县治办法较为妥当，及时纠正了工作中的急躁做法；二是两地的旗民势力都较为单薄，所形成的抵抗力量相对较小。新旧满营一直以来，人数较少，“新旧满营防军为康乾时代调遣入新者，新满营辖地面积二千二百方里，人口两千余，旧满营辖地面积一千八百方里，人口一千余，其地均在托古斯塔柳一带，”
另据曾问吾称，新旧满营是“乾隆年间驻屯于伊犁之满营也。同治回乱时，丁壮死亡殆尽，势力衰弱，现在两营合计约三千七百人，以农业为主，牧业为副。”
可见，新旧满营势力单薄，并且较早从事耕稼，因此改定县治较为便宜。额鲁特左翼在清时是居住特克斯之一部分官兵，曾因无力抵御匪患，退入俄境，俄国占领伊犁后，又从俄境回国
。鉴于此，一方面对其待遇显然不能与坚守营地的其他各营相比，另一方面在辗转中营兵消耗较多，势力下降。鉴于此，尽管增设县治一波三折，但最终政府抵住诸种阻力，实现了县治改定。
尽管两者结果相同，但详查改治进程，会发现增设巩留县是较为顺利的，而特克斯设治局是在阻力重重下的勉强设治。为什么会产生如此大的差异？这不得不引起我们的深思。县治改定事关国计民生，执政者应详细考订改治办法，循序渐进，稳重求进地开展工作。由于增设巩留县是金树仁执政时期首例的县治改定，因此对其的改治态度还是较为审慎的。事实证明，增设巩留县的筹备工作是在有计划有步骤稳步中推进的。金树仁令地方官详细拟订划拨地亩办法，大力资助开渠垦荒，最初以安插旗民为第一要义，并不急于征收赋税。因此前期的筹备工作并未引发旗民的较大抵制，而且成为日后改定县治的典范。
但在县治改定完成后，地方官往往将官场弊政也随之带入，忽视民众利益，鱼肉百姓。“巩留设县之后，不遵定案，擅派差役，用铁链捕锁蒙哈牧民，以树声威。”这样，不仅造成了旗民的恐慌与忧虑，也引发了营旗改治的极大阻力。就连伊犁垦务专员张培元也说“措施得当，民心安定，自不发生阻力。”
由于巩留县劣政的影响，加之特克斯设治举措大都操之过急，致使旗民严重抗议，改治推进阻力重重。设治委员陈善到达伊犁后，急于求成，未作宣传指导工作，即宣告设治；未确定县治地址，即招募警察。设治局成立仅五个月，局长常才在未得政府批准下急于征税，“惟以该恰克尔台等处二十年分额粮已准巩留县征收在先，故令自二十一年分起再行划归特局征收在案，兹据称特局属境二十年分额粮已由该局常局长自行征收，并未遵照办理实属玩视功令，应予申斥。”
可见，在改定县治后，地方官看到征收赋税有利可图，将地方官场习气带入游牧部落，贪污腐败因而在此生根发芽。
县治改定本是顺应历史潮流的大势所趋，有利于国计民生。但是在官场腐败，贪污盛行的风气之下，改定县治却成为地方官树立声威，借机敛财的工具，这不可避免地造成了旗民怨恨日深，改治阻力日益增大，也为日后的改土归流埋下了隐患。
巩留县与特克斯设治局自上而下的县治改定虽遭遇重重阻力，但在省人民政府、行政区和县的共同施压下，各头目的抵制力量较为有限，最终实现了县治改定。但是，自下而上的来自于牧民“改牧归农”、“革除旧制弊政”的要求，由于原有旗制的废除直接影响各头目自身权力，因此实践起来困阻颇多，大多是无果而终。锡伯营、察哈尔营的改治皆是如此。
锡伯营西迁进入新疆，是在1764年清政府在平定准格尔叛乱、大小和卓叛乱之后，为确保对新疆地区的行政管辖和军事防守，从盛京所属的沈阳等十五处，抽调锡伯士兵1000名，官吏20名，连其眷属3275名，组成锡伯营，迁徙到新疆伊犁一带屯垦戍边，抵制沙俄侵略。
锡伯营旗民反对各头目压迫的起义早已开始，自1913年及其后，锡伯营四牛录、五牛录和八牛录人民都先后反抗封建压迫和剥削，他们冲入“旗下档房”
，痛打骑在人民头上作威作福的佐领等官员，并将这些官员赶出“档房”。四牛录人民还将旗下公田分给了缺少耕地的农民，这些反抗运动，虽然都被镇压下去了，但有力地打击了封建统治阶级
。
金树仁执政后，废除锡伯营旗制的倡议再度提出。首先由锡伯营旗民喀尔图等控诉了营旗制的六项弊政：一、请求废除奴隶制，因旗民为各旗头目的奴仆，差徭过重，无法负担；二、请求罢免无田者之渠工，而请责成有田者担任，以免民众成为有权者的黑奴；三、请于民事诉讼制定审理人员，以往领催审判多无公正可言，请求今后大小讼狱当由佐领（相当于县长）亲理，以重法权和民事。四、请取缔官吏兼差，以防止各官擅离职守，以便重职守便听政。五、请求清丈土地按户发给地契。“锡伯营各头目总管以地归人民有碍营私，蒙上瞒下将牛镇守使发给地照搁压未发，以致上项筹划旗民生计之善政不见睹。”六、请将各旗草场仍归锡伯营公家管理，并由领队平均分配。因“近来不听号令将各旗草场各自割据，于是肥瘠不均，多寡不等，纷争既起诉讼不息，无草场之旗欲牧耕牛，而不得多草场之旗租给外人而有余。”考查以上六项弊政，其皆根源于旧有部落旗制，因此旗民要求改牧归农，废除旧有旗制。对此，金树仁认为“该营种种弊政洞明利病，均极扼要，自应切实裁革，以苏旗民困苦，仰侯令行伊犁牛镇守使据实查明，并妥筹改良办法，呈侯核夺办理。”
可见，此时金树仁仅是就事论事，并未明确改治主张。
得令后，伊犁镇守使、行政长对锡伯营现状做了详细考查和调研，认为改设县治不仅可以革除部落弊政，而且还能纠正增设巩留县时所遗留的县界和行政管理问题。“去岁筹设巩留未将锡伯营划入，仍留此特殊制度实不足以餍该地旗民望治之心，而河南各玗现虽划归巩留，然中南大山官民而岁均感不便，县界亦不完整。”
鉴于此，伊犁行政长认为，“现在既欲添设新县，如能将锡伯营规划一永久办法，于国防民生均有裨益，且该处户口既多，农业早兴，设县于此，办理一切较之特克斯优点实多，而行政便利，境界整齐。”但由于旗民“民智未开，故步自封，安于固陋，一闻改经更张不免发生误会”，因此主张应妥拟设治办法，即“锡伯营户口既繁，辖境较广，当然有设县资格，拟请于未经成立县治以前，选派干练人员分赴各旗，因势利导，宣传设治之一切利益。俾各旗各民众了然，不致误解，而后慎选一公正廉明，勤求民瘼之县长前来该营相度地势，划分疆界，安插户民，整理街市、渠道，建修仓厂、衙署，组织县政府，自不难迎刃而解，更何至发生阻力，至于成立县治以后对于旗员制度应如何变更因革，均宜事先妥为务期各得其所，而免涉于偏枯。”
对此建议，金树仁批示“所拟尚是，应准照办”，显然已逐渐明确改治主张。1930年11月伊犁监收委员王学道被任命为锡伯营改治委员，专门负责调查改治利弊，排除旗民顾虑等相关事宜，因“事关改道设治，情形特殊，务仰晓谕各旗民熟知政治利益，以除隔阂而利进行，仍得调查情形及进行方法拟具细则绘图贴说。”
这样，锡伯营改治的筹备工作得以初步开启。
但调查工作刚刚开启，却又遭遇巨大阻力，最终只能宣告流产。伊犁四爱曼官民因不愿设治发生纷扰，由各营选出佐领代表已奔赴省人民政府面呈锡伯营不能设治，同时五百名牧民代表面呈伊犁垦务专员张培元泣诉锡伯营，特克斯各地不能设治理。在对牧民进行安抚后，张培元责令各头目劝导回牧，不准逗留。鉴于民众反对态度的决绝，而此举又关系到国计民生，未便断然中止，张培元详查了设治受阻原因，“连日传集领队总管千户长等详加讨论，其主要原因，固由于禀请设治之人借用各部人名未征同意，巩留设县之后，不遵定案，擅派差役，用铁链捕锁蒙哈牧民，以树声威，设民众等不明设县之利，县睹设县之害，惊疑纷扰，无足怪也，且风气闭塞，固守数百年之旧有习惯亦，为重要之点。”另外，“王学道驰赴各牛录宣传，同时猛进，操之过急，”
致使锡伯营纷扰不断。鉴于改治事宜关系重大，张培元重新考查了锡伯营设治条件，并将其与特克斯设治进行了比较。“至于锡伯营情形迥然不同，该处地形狭小，苇湖盐滩居半，土质硗薄，人民特享不纳粮税权利者，专员当兵防边义务，若以流俗言论设治与否，于专员公署毫无损益，该锡伯营人民久于兵役，习勤苦劳，边形熟悉，性情亦较他族强悍，考查以往事实，历世防戍颇著勤劳，免其粮税，特示优异，极有深意。调查伊犁各营现时兵额该锡伯人民竟占十分之七。去岁喀什招补之兵亦以锡伯人居多，当俄兵败穷中境，征发调遣视为应尽义务，极端服从，一旦有事，临时征兵毫不迟误，此种特殊习惯极应维护，有裨边局，究竟成立县治征收粮税收入几何，而不免除兵役，恐非所愿，两利相权取其重，允宜审慎，目前有四爱曼并无设治之明文，今忽同时并举。设县之后，即不征收粮税保存服兵旧制，该民众对于大众公家心理已不诚信，何况必须征粮乎？”据此，1931年2月张培元恳请缓设县治，“锡伯营设县于伊犁军事有重大关系，不宜积极进行，应请俟该管营旗代表到省晋谒时，详询利弊，俯顺舆情，从缓办理，维系民心，以固边围。”
鉴于锡伯营的特殊职能及其边要地位，金树仁斟酌再三，最终采纳了张培元的建议，“呈悉该专员所拟特克斯设治办法及锡伯营从缓设治各节应准照办，仰即转饬该营领队，传谕该管头目民众知照，并侯分行民政厅，伊犁行政长转行该区所属各县政府设治局及王委员学道一体知照此令。”
至此，锡伯营设治宣告中断。
察哈尔营进入新疆，是在清统一新疆后，感到现有兵力不足，而伊犁作为新疆的重镇不能不派兵驻守，遂决定由内地调遣大批八旗兵进入新疆，尤其是先以满洲将军大臣为率。据满文档案记载察哈尔蒙古是分两批西迁新疆的。第一批1000名官兵于1762年出发，除少数留驻乌鲁木齐和库尔喀喇乌苏（今乌苏）外，其余843名官兵派驻伊犁，其中额鲁特人200名。1763年又派第二批1000名官兵连同家眷共2013人，其中额鲁特兵丁34名。这两批后来分别命名为左右两翼，每翼各有8苏木，2个苏木为1旗，即两翼各有4旗。察哈尔蒙古作为游牧民族本身具有骁勇强悍，善于骑射的特长，加之察哈尔部被编为八旗后，多次从征准葛尔、大小金川，为清大一统立下了汗马功劳，具有一定的资历和声望，因此清廷决定派察哈尔官员移驻伊犁。
察哈尔营的改治倡议最初是由该营左翼副总管巴图那逊及佐领都扎普尔提出的，他们要求改牧归农，废除旧制。改治倡议起因于该营左翼副总管巴图那逊与其总管罗若依的个人私怨，左翼副总管试图以取消旧制，来削弱总管的权势，而并非是察哈尔营已真正具备了改治的条件。1930年8月29日金树仁收到伊犁快邮代电称，“左翼副总管巴图那逊及佐领都扎普尔听信谗言，煽惑蒙众改牧归农，破坏旧制。”而后伊犁四爱曼各头目选举各营代表前往省人民政府恳请缓设县治。对此，金树仁一面强调伊犁边防的重要，“令该管赶紧回伊照旧防范，不准该蒙旗长官擅行惩办，致滋他故。”一面委派省人民政府委员于蕴章“即便启程赴伊，迅将代电内事理逐项查明，详细呈复，以凭办复。”并指令主要调查事项：“究竟该蒙旗情愿归农者若干？不愿归农者若干？可耕之地共有几何？没收粮一石？该长官索取若干，农民自得若干。牲畜为蒙民养命之源，该左右两翼贯有草场几处，是否该蒙旗居民公共牲畜，有无收纳租税情事，其总管罗若依如何虐勒派酿成众怒。”这样，有关察哈尔营改治与否的调查工作自此开始。
于蕴章在9月17日奉令后，10月17日抵达博乐县，随即展开详细调查，并就所指令的调查事项逐一呈报。关于请愿归农人数，“查左翼人丁统共四千五百余口，而巴副总管处愿归农者实点二百八十二人，右翼人丁统共三千二百余口，而德吉特喇嘛处愿归农者实点八十三人，当将所有呈花名清册存案备查，此点查情愿归农人数之大概情形也。”显然，废除旧制，情愿归农并未成为旗民的共同呼声。
关于可开垦的荒地，察哈尔营“右翼八旗均在大河南岸分布驻牧，西半部五个苏木土含沙性，地近山麓，气候较寒，水力有限，以之拓殖无价值之可言。其东半部三个苏木俱在大营盘式右，草场宽绰，热地滋多，博乐县治成立时拉户升科赖有斯也。此外荒地尚多，八九年来业已经续垦殆尽，豪强兼并概以蒙民伙种为辞，迄未承种。其迤东三四十里夹河子、他斯海、阿木墩、夏拉卜河一带平原沃野约能开垦六千余亩，惟地居下游无先分之水量可资灌溉，斯在当轴者通筹绝汗功效不能立著。此查右翼垦地之大概情形。”关于左翼情况，“左翼八旗分居河北，地土丰腴，到处皆可垦殖。其尤著者，如紧靠西边两苏木一名可卜他乡系镶白旗，一名可下察汉系正白旗，沃野数里，荒烟蔓草，一片平原，可垦之田约在一万余亩，兼之河源已近挑渠引水则事半功倍。地面平坦开阔荒芜则著手较易，所憾者春融解冻常与节序相和，作物者不能应时播种，每至收割时，略早则麦粒尚未饱满，稍迟则稼禾尽为雪压，气候所致人力无权有，镶红旗属境内察罕尔勒一带气候温和，生地熟地将近万亩，渠道现成水源亦足，汉缠人民与蒙民伙种者实繁，有徒因利乘便，以之拓殖最为适宜。”可见，尽管察哈尔营地域辽阔，但因地质、气候、水利等方面的不利因素，可耕种的土地并不多，改牧归农的条件不成熟。
关于草场情况，“查蒙人以游牧为生业，畜牧草场既其为第二生命。博乐县属仍系天然牧场最著名者，共有四处，查干支罕达坂一带，东西约二百里，系右翼东窝子。赛里木海子周围约一百七八十里，系右翼夏窝子，其春季秋季无论官民俱回本旗住在地附近牲畜。查以上各草场实为蒙旗官民所共有，并无收纳租税之名目，惟对于外来之汉缠回哈牧放牲畜者每个窝子，有租银壹百两或三五十两不等，每年收入即作为各蒙旗办公费，此查明两翼草场之大概情形也。”可见，察哈尔营仍是主要以牧业为生，随季节变化到处游牧。
鉴于此，伊犁行政长、镇守使和博乐县长就察哈尔营改牧归农的意见呈报金树仁，恳请核夺。“悉查察哈尔左右两翼禀请改牧归农一案，前据伊犁王行政长及牛镇守使会衔复称该处草场最宽耕地无几，若改牧归农是弃其所长就其所短，于公于私均多窒碍，恳请核夺等情。”为避免引起政局动荡，1930年12月金树仁“指令停止进行，免滋轇轕。”
这样，因改牧归农的条件仍不成熟，察哈尔营的县治改定未能进行。
统观锡伯营和察哈尔营的改治尝试，历经波折，反复酝酿，但均遭遇了难以抗拒的阻力，最终不得不宣告从缓设治。尽管改牧归农，革除旧制是顺应历史潮流，大势所趋之举，但改定县治仍会面临着自身和当时社会环境的诸多困扰。
首先，增设巩留县的劣政，使各营望而却步，纷纷起而抵制。巩留县增设成功后，擅派差役，甚至以铁索捆绑蒙哈牧民，这对其他各营造成了恶劣影响，认为改定县治即是如此。因此在增设特克斯设治局和锡伯营改治时，各营旗头目联合起来，选举代表晋省恳请免设县治。不仅如此，民众也联合起来向伊犁镇守使哭诉设县实为害民，请求免设县治。这样，反对设治的声势迅速壮大，一度造成了政局的纷扰，鉴于此，金树仁对改治主张不得不慎重考虑，未敢轻易定夺。
其次，一地两治，两权相争致使县治改定阻力重重。伊犁行政长王之佐与垦务专员张培元基于分别从各自立场出发，在锡伯营改治问题上产生了极大分歧。行政长王之佐从县级行政管理角度出发，极力阐述锡伯营设治的益处，一方面可以修正巩留犬牙交错的县界，便利行政管理，另一方面认为锡伯营农业早兴，户口繁庶，辖境广阔，具备改治条件。垦务专员张培元则从防守戍边的角度出发，认为锡伯营如若改治后既征粮又征兵，对维护伊犁地区的安定极为不利，因此反对锡伯营设治，应从缓再议。考虑到伊犁的军事重镇地位，权衡利弊取其重，金树仁最终采纳了张培元的建议。
再次，哈密事变的爆发及升级直接制约了伊犁行政区的营旗改治。锡伯、察哈尔两营的改治提议和筹备工作都是在1930年末提出和展开调研的，但此时哈密事变已爆发，并一再升级，为避免更大的政局纷扰和动荡，局部地区的营旗改治只能暂被搁置，而当前执政者的首要任务是集中全力镇压动乱。因此，察哈尔营的改治并未向巩留、特克斯设治时反复酝酿，筹划，仅是对此营勘查后，金树仁随即“指令停止进行，免滋轇轕。”显然，为避免类似哈密事变的发生，毅然决然地通令停止。锡伯营旗民自清至民国时期久为防守戍边之卫兵，这已是新疆各位执政者所公认的。“杨增新与金树仁时代，伊犁陆军全由四营征兵，由以锡伯营为甚。金树仁时代，东路发生军事频急，连年征兵，所有壮丁，悉被征发，由是田野荒芜，无人耕种，生计凋敝，莫此为甚。”
哈密事变爆发后不久，由于战争的一再升级，金树仁不得不依靠招募军队来镇压动乱，而锡伯营一直以来就是政府征兵的主要来源。在此紧要关头，加之各头目的强烈反对，金树仁未敢再度坚持改治主张，锡伯营的改治工作不得不暂缓进行。
最后，从两营的自身条件来看，改牧归农的条件尚不成熟。锡伯营虽较早从事农业耕种，自耕自食，但保守民气较为浓厚，尽管“至今锡伯旗或务耕种或充兵役，沿用满文满语，自为风气，不受他族同化，吾恐满洲人之保全自身文字，当以伊犁锡伯族为仅有矣。”
因此，一提改治事宜，各头目的反映极为强烈，宛若晴天霹雳，各营旗联合起来抵制县治改定。加之，锡伯营仍是以征发兵役为主，土地开垦不多，改牧归农多有困难。而察哈尔营向来以牲畜为业，随季节逐水草而居，耕种稼穑者极少，加之，可耕种土地不多，荒地仍未开垦，水利灌溉不利，因此在仓促之间令其改治，各头目势必强烈反对，引发诸多纷扰。此外，锡伯营、察哈尔营人数较多，势力较强，改治稍有不慎即会引发动乱。锡伯营于“乾隆年间移屯于此，或业农或游牧。人口约一万九千二百人，为伊犁满族中最有力量者。”察哈尔营“牧地在伊犁之北，博尔塔拉河一带，人口一万六千余人。”
鉴于此，金树仁对这两营的改治态度始终是谨小慎微。在营旗内官民提出改牧归农的建议后，他并不急于下决定，而是先对营内设治条件详细查勘后，反复论证，最终在各方的极力反对下，不得不宣布两营改治暂告中止。
综上所述，尽管两营改治均由其内部提出“改牧归农”、“废除旧制”的倡议，伊犁行政长几经勘查认为改定县治于国计民生两有裨益，但在客观环境的诸多困扰下，改牧归农的条件暂不充备，因此县治改定的进程不得不被搁置下来。事实上，在条件不成熟下的改定县治，也只能流于形式。
1.重压下民众改治呼声日强
由于沉重的赋税和徭役，倍受压迫的民众反对哈密回王制的起义不断，要求改土归流的意向逐渐明朗。1907年吐尔帕克起义，矛头直指哈密王府，要求减轻牧民粮赋，徭役，已寓改土归流之意
。哈密通判陈天禄更是将马拉惹吉派充乡约，聚众抱经盟誓，教唆缠民不许再服从回王管辖。1912年清朝灭亡后，以铁木尔为首的农民起义再次将矛头指向了哈密王府。由于农民起义不断反对回王制，杨增新也曾有改土归流的设想，即“将不服回王之缠民改土归流实为正本清源之法。拟以哈密附近及山外缠民仍旧归回王管辖。其山内缠民概归地方官管辖，岁纳赋税，由地方官征收，悉数转给回王以作津贴”，但他又认为对于哈密回王制的改土归流，“不宜操之过急，盖哈密山缠多有与科乌蒙古接壤之处，自库伦独立后，蒙民时有煽动缠民之思，若不恩威并用，专恃兵力，适足以驱之使叛。”
为防止政局动荡，杨增新终其一身，也未对哈密的札萨克旗制有所触动，而且对各头目始终优遇有加。
金树仁执政后，民众要求废除哈密回王制的呼声更为强烈。回王沙木胡索特统治哈密时期，由于残暴的农奴制统治，致使各族民众对其反对情绪日益加深。人民完全没有人身自由，承担着繁杂的徭役。“王府的劳役太沉重了，我们累折了腰也完成不了。”
鉴于农民差徭甚重，“时有反抗之意。”加之，沙亲王系老王妻侄承袭，并非嫡嗣，维吾尔族也是多有不服，因此，“就是在伊斯兰的信奉者中，他也已不太受欢迎了。”
1930年6月6日
，哈密王沙木胡索特逝世，其子聂滋尔袭位，金树仁委其暂时“护理印务，代拆代行，”
处理王府的日常事宜。聂滋尔是个酗酒，吸毒，随意侮辱妇女，既残暴又腐化的人。“每日于饮酒吸大烟外，眼见或素闻某家妇女有姿色，则以服役为名，唤于蒙古包内，跳舞和猥亵，多日不放归家，维吾尔民众无不恨之入骨髓。”
因此，一直不满回王统治的维吾尔族民众再次提出改土归流，废除回王制，同时还反对聂滋尔承袭王位。
2.哈密地方官对王府制的极度不满
1923年4月哈密虽已设县，归迪化道管辖，但县政府对王府的领地没有征收田赋和安插流民的权力，地方军事长官虽与王府相互勾结鱼肉百姓，但回王不允许地方官干涉王府事务，长此以往地方官与王府之间的矛盾不断加深。1928年以来，由于督甘国民军与马家军为争夺地盘征战不休，加之秦拢地区大旱，致使甘肃难民逃难新疆者甚多，而进入新疆的门户——哈密的难民往往集中于此，却不能安置于此。“惟是哈密以连年歉收，粮价甚昂，加以四部添价收买回汉售出产外，来客已立足不易，以故近年来甘肃难民来新者虽觉聊裾接轸，而留寓哈密图谋生计者实属无多。故调查月余所得寥寥。”
对于甘肃难民的安置，金树仁指令“凡系甘肃各出逃来难民由猩猩狭入境者，应先由哈密刘师长及哈密县查明，只要确悉难民，并无复杂败劣份子掺杂在内，准其一律入境，并一面开具花名清册，注明年岁籍贯男女大小丁口呈报本府，一面派人分起解送来省，候资遣阿山垦荒。”
哈密驻军师长刘希曾专门负责甘肃难民的运送任务，将其解送到其他各地安插，路途遥远，责任重大，因此刘希曾对此早有不满。另外，身为省政府内务科长的邓承昭（哈密人）一方面较为了解哈密王府内民众的不满情绪，一方面又对安置甘肃难民颇为为难。当时甘肃难民主要被安置在奇台古城和阿山垦荒。1930年第58次省务会议又决议“甘肃逃来难民除以一部分安插垦荒地外，其余均资送阿山采金。”
可见，在当时难民可安插垦荒地方的不多，不得不另辟蹊径，完成安插难民的任务愈发困难。鉴于此，借哈密回王沙木胡索特去世之际，哈密驻军师长刘希曾向金树仁提议改土归流，取消王公封号，而熟悉王府内幕的省政府内务科长邓承昭也乘机上书建议“改土归流，收回采地”，此举“既可增加税收，又可消灭回王势力。”
鉴于这两书的建议，金树仁先派出龙瑞臣、陈大兴、朱有霞三人前往哈密进行详查，借此机会刘希曾再次怂恿维吾尔族民众请愿，要求改土归流。
3.金树仁执政的多方需求
金树仁执政后，国民政府虽授予其省政府主席之职，但军事大权却迟迟不予授给，而他对军事权力却极为看重。为使国民政府对其保有信心，金树仁全力迎合国民政府的政令。因此他为配合《县组织法》的推行，积极改定县治，哈密王府制即是改革的内容之一。“民国十九年哈密的老回王沙木胡索特病逝，嗣王聂滋尔赴迪报告新任回王经过，当时金树仁感于此一特殊阶级存留终属害多利少，而思以不流血革命手段，经此一包袱缓缓放脱，以减轻其统制上的累赘，劝新王改土归流，收回采地，既可增加税收，亦可减削回王势力。”
此外，由于金树仁穷兵黩武，军费开支浩繁，财政赤字日增，而哈密自清朝开始即为屯田区，土地肥沃，粮食收获甚多，将其税收改归政府征收即可弥补财政赤字。
另外，金树仁非常看重同乡情感，不仅任命同乡担任要职，还对甘肃难民尽全力安置。为救济甘肃难民，金树仁不遗余力，先“由主席认捐银壹万两，再拟由公家补助银两万两藉资救恤。”
同时，还设法将其安置其垦荒或采矿，以便自谋生路。尽管如此，由于哈密是甘肃进入新疆的第一站，在军阀混战的破坏下由甘肃逃来难民日益增多，且多聚集在哈密地区等待安置。哈密回王府所控制的土地几占哈密土地的大半，政府根本无法在此安插难民。只有废除王府制，将其划归当地县政府统一管辖，一切事宜才能正常运作。因此，在沙木胡索特病死后，金树仁即宣布废除回王制，任命聂滋尔为省人民政府高级顾问，留居迪化。
这样，借沙木胡索特去世之际，民众与地方官共同呈请改定县治，加之金树仁早有改治意向，因此哈密回王制的改土归流正式得以启动。
1.局部查勘，收获无多
事实上，在沙木胡索特病死之前，金树仁已有明确的改治主张和初步行动。1930年4月首批甘肃移民20户到达淖毛湖，并在此安插。6月沙木胡索特病死，省政府先后在吐葫芦、盐池、淖毛湖、下马崖等地设立稽查局，归哈密县政府领导。为维持交通、盘查商旅，各局设稽查长1人，队长1人，卡兵20人。7月2日金树仁正式开启了改治工作，训令哈密县长徐毓祜，驻军师长刘希曾称“聂孜尔承袭双亲王爵职，照章给俸，并酌加银两，以示优待。其王府长吏以下各首领官，均照章设置，其原管土地人民赋税，均由贝子聂孜尔从速分别查明，造具清册，咨交哈密县政府县长接收管理。”
为减少改革的阻力，金树仁还将聂孜尔调往迪化省人民政府，委任为省人民政府顾问。7月在金树仁授意下组建了哈密回部调查政治委员会，委任龙协麟、陈大兴、朱有霞为正副委员，负责哈密回王改治的调查和筹备事宜。8月2日陈大兴、朱有霞先期到达哈密进行调查，13日龙协麟也随后抵达，但调查工作从一开始就遭遇了层层阻力。调查政治委员初到哈密时，王府各头目煽动维吾尔族民众抵制改治，散布恶意谣言。由于哈密县“小铺吐葫芦的税务员张某，平日鱼肉百姓，无恶不作。其闻金氏实行改土归流政策，顿起非分心思，乃倡言王制业已推翻，所有田地可以任人占领，甚至指某地为某人所有，又指某地为张某所有，人民疑懼，惶惶不可终日。而回王各基层领袖正苦于无隙可乘以谋反抗，骤闻此讯，遂增加谗言，扩大宣传，并积极煽动，激起民变。”
在此形势之下，政治委员会商刘希曾师长和哈密县长联合催促聂滋尔尽早送交粮税册籍。
但聂亲王对保留回王制仍抱有侥幸心理，由于起初金树仁对其请求未明确回复，只是说“应征粮石税务究应归贵爵代为征解或归县征解，应俟将册籍造送至日，再行从长计议，云云。”因此，聂亲王有意拖延送交各册籍的时间，而后在龙协麟等的一再催促下，10月9日才“交来南湖户民暨该回王私产、拱拜尔礼拜寺、桥工各公产地亩租户清册三本。”由于调查政治委员仅收到部分地亩租户清册，因此只能展开局部地区的调查。“委员等当即先赴南湖将册列该处头目户民及礼拜寺各地是否实在，详细抽查冀得真相，并将该处户口、杂税、水源、荒地、水磨等项逐一查竣，始行旋城。”
显然，由于谣言惑众和聂孜尔的消极抵制，哈密调查政治委员会的工作严重受限，仅进行了局部地区的调查。
2.全面调查，修正土地征税方案
由于调查工作的受限，筹设县治方案的拟订不得不有所推延。10月24日第58次省务会议提议由“民政、建设、财政各厅会呈，哈密回部亲王所属地亩拟改土归流，分别筹设县治案。”大会决议“先派员调查后，再行定夺。”
为促使改治工作尽快展开，刘希曾再次怂恿维吾尔族农民上书请愿要求改土归流。11月5日第59次省务会议民、财、建三厅提交了哈密维吾尔族民众呈请要求将哈密回部亲王所属地户政改设县治的提案。大会决议：“设伊吾、宜禾两县。”
随后改治工作加紧进行，金树仁一面再次令催该调查委员迅速呈报回部土地人口赋税；一面严词拒绝了聂亲王保留回王制的呈请，“查此案业经本府令委协麟等前往哈密调查，接收土地、人民，并准贵亲王电称已将应征各项粮税户籍清册遵令移交该委员等查收在案，兹复准呈请将回部人民应完粮草诉讼案件，归贵爵办理殊与前案不符碍难照办，仍请准照前案办理，勿再烦渎，是为至盼。至来呈并无印信及各章，殊与公文程式不合，本应驳还，姑念该亲王初袭王爵，从宽免予置议，嗣后不得草率为要。”
这样，在金树仁的一再施压下，聂亲王不得不送交土地租户赋税册籍，至此调查政治委员会得以全面地展开调查工作。11月调查政治委员会就调查情况及相关建议呈报金树仁，回王领地“荒芜沃野比比皆是，成熟膏腴之地，甚至有不暇播种，”但维吾尔族民众却不能自由耕种。此外，“详查各册亩数造报既多不实，园地概未列入。为将来永久计划似非实行清丈发照，则公家难得确数，人民难得资信守。”据此，关于划分地亩，征收赋税事宜，龙协麟建议，“即照册列实种斗数折亩分别上中下，按亩征收。他如斗秤食盐各税，就南湖一隅，调查每年为数不多，似可概行豁免，用示宽大。明年清丈地亩，造具花名清册，呈请发照俾资管业，或今冬先清丈临城各渠，以期迅速各项杂税，即自二十年起一律照章征收。如此办理，本年公家虽未能按亩征粮，照章征税，然土地人民所有权利业经完全收回。”对此，急于征税的金树仁极为不满，严厉批评了龙协麟，“自本年起按实种地亩照章征收，何须待至明年，如推到来年再办，派员调查何用，查来文所称种种，满纸云烟，并无一句切实语。核其用意无非以拖延主义，推到明年再作主张，似此一味敷衍殊属不成事体，须知调查事项最关主要者，即在户籍田赋与各项税收数端而已，只要该员等详查明册报到府何者应收，何者应缓，本主席自有办法。该员不将奉委应查事项注意调查，以期早日结束，乃反为回部请命，拟将额粮缓至明年征收，是无事不可待至明年再办，究何用心，殊不可解令严于申斥，仰速遵照，先后各令将饬查事项，尅期册报核办，再稍涉敷衍。”另外，关于原有头目的存废问题，龙协麟建议，“所有各村头目人等似可暂仍录用，而资熟手，而旧日米拉甫大耳瓜等名目似可概行取销，饬县遵照新章按各村土地亩户人口之多寡为渠长村长等名目，则改土归流实相符。”
对此，金树仁并无异议。显然，金树仁龙协麟所呈报的征税方案极为不满，责令自1930年起征收赋税。
3.详细调查，确立县治设置方案
在金树仁的严词责令下，调查政治委员会又进一步展开调查工作。12月再次依照金树仁的旨意，呈报了县治设址方案。关于选择县治地点，龙协麟经调查后，认为“惟哈密西自八界之一碗泉起至东北之淖毛湖，天山绵互，南北遥隔，所有山北各村庄上下莫崖、前山、盐池、吐葫芦、苇子峡、淖毛湖等七村计户三百五十有三，均距哈密县治数百里至千里不等，若不另设县治于管辖上殊形不便。”而就具体设治地点，“查淖毛湖西界，镇西东界，昆多罗山以东之施布台，北行一百八十里即界外蒙之明岗，南界天山中峰，其中纵横数百里，故无论下莫崖盐池均有大宗荒地可垦，即就淖毛湖而论，东西约百余里，南北则数十里二十里不等，一片沃土，弥望无涯。该处若设一县治，极力经营，以后渐次开发，不仅可以接济东防军食，兼可以控制北蒙。惟现渠水仅能供该处八十余户居民之灌溉，非另行开渠难资招垦。”因此主张原系回王领地的6区设置为伊吾县，淖毛湖为县治所在地。
至于宜禾县治地点，龙协麟建议，“自距哈密县治以西七十里之头堡起至一碗泉止，北至天山，南至王堡，沙漠遥遥数百里，村庄计二、三、四五堡及柳树泉等十余处共计五百三十二户、已开之坎井一百余道、未垦之荒地到处皆是。若不另行设治不惟于民不便在哈密已有鞭长莫及之势。委员等会同商酌拟在三堡地方改设县治较为适中，且该处为东行孔道，一经设治与行政上亦收便利。”因此主张将原系回王领地5个堡地区设置宜禾县，三堡为县治所在地。
另外，对于虽有设治必要，但因人口稀少地方，龙协麟建议暂归哈密县管辖。“自距哈密城以东七十里之黄龙岗起至距哈城三百余里之沁城止，其间荒田约数十里，现经该处牧民开掘坎井近二十余道，惟距城遥远于管辖上似亦诸多未便，但刻下居民稀少尚无设治之必要，不如仍旧暂归哈密以免纷更。”此地即为日后七角井设治局的所在地。
金树仁对此次设置县治地点的方案较为满意，基本上照原案通过。“据呈拟请将县城东北之淖毛湖等处及西南之三堡等处划出各设一县，以便分治而图发展一节颇有见地，应准照。除哈密原治各庄不计外，即划淖毛湖等处定名为伊吾县，县治即设于淖毛湖，划三堡等处定名为宜禾县，县治即设三堡，均列为三等县缺，其经营一切均依照伊犁新设之巩留规定，兹将巩留县原案抄发应即查照办理，即于本年一月一日成立以资整齐。”同时并委任龙协麟代理伊吾县长，陈升堂代理宜禾县长。但就设治后，“各县界址应如何划分，户口应如何安置，地亩粮税应如何清丈规定以及设治后一切应办之事应如何积极进行，统仰切实筹划呈复核夺，早观厥成。”另外，“此次所汇地图甚为草率，碍难核转，仰即会同呈绘详细地图各三张汇府以便呈咨院部核办。”
可见，直至1930年12月底哈密调查政治委员会的使命仍很艰巨，调查事宜仍在进行之中。
1931年元旦哈密等三县正式宣告成立，但这仅是形式和称谓上的变化而已，旧有部落体制根基依然存在，并行使职权，而新的行政体制却迟迟未能建立起来。直至1932年宜禾县仍未组织县府，在新疆省委员会第七次会议上，“财民建三厅会呈为遵令会核宜禾锡县长呈请组织县府应由公家借支开办经费一案拟具办法请鉴核案。”
经大会讨论决议通过。尽管改土归流已既成事实，但聂滋尔仍不甘心放弃王权，1931年初聂亲王再次恳请将该部落田赋、诉讼案及委放头目仍照旧办理。为安抚聂滋尔的情绪，金树仁是晓之以理，动之以情，好言相劝，“此次改治于回部有益无损，而有俾于国计民生，实非浅鲜。所派委员龙协麟等着手调查行将办理完竣，未便中道废止，至称委员强迫欺辱，希图陷害一节自系误会，并无此等情事，毋庸过虑。将来改治事宜办竣，对于贵爵及该部头目人员定必从优待遇，各项赋税均皆照章办理，仍旧各安各业，绝不更改，累及于民，贵爵素来热心公益，深明大义，谅能化除意见，遵照迭次明令会同龙委员等和衷共济，早观厥成，毋违本主席为国为民兼筹并顾之苦心以及全部民众引领望治之诚意仍希查照办理，并将办理情形随时报核为要。”
与前次相比，金树仁此次态度极为温和，显然因对征税不满，哈密已见动乱迹象，金树仁不得不以优待政策相允，稳定其情绪。
据陈大兴回忆，调查工作在宣告设治后，仍然正常进行。“我们三人抵哈后，亲莅各村庄调查并登记台吉、伯克、大耳瓜所管地亩及维吾尔民众人口地亩数目。二十年春此一工作告竣，呈报省人民政府。”
调查政治委员会的工作刚结束不久，还未真正实施县治，1931年2月以小堡事件为导火索，哈密事件逐渐升级，最终演变为持久混战，金氏政权轰然倒塌。
客观而言，改土归流的前期调查和筹备工作是较为充分的。调查政治委员会为期大半年的调查工作，对哈密土地、田亩、人口、赋税有了详细掌握，因此改土归流是在条件成熟下进行的。但在筹备期间，金树仁急于求成，致使多项举措操之过急，进而引发维吾尔民众不满。在县治还未正式确立前，1930年12月22日第97次省务会议上，“民政厅呈请在哈密县筹办屯垦，以资安插兵民，进而开发地利。”
1931年元旦才宣告成立县治，征税却要从1930年开始起征。这些掠民行为不可避免地激起了民众的强烈反对，致使哈密政局大为动荡。为平抚动乱，金树仁又花大力气开展善后处理工作，终落得仓皇潜出逃的下场，真可谓是得不偿失。
哈密事变爆发后，金树仁采取各种措施进行补救，但激化的矛盾已无法调和，战争不断升级。1932年1月1日金树仁组织成立东路善后委员会，并草拟了《东路善后委员会组织条例》十六条
规定设置东路善后委员会，会址设于哈密县治所在地，其任务主要是调查伤亡情况，实施救济，安置回王遗族等其他善后事宜，成员共由10人组成，委员长由第一师长担任，以哈密、伊吾、宜禾、镇西四县县长为当然委员，另委常务委员四员、秘书一员，均由省政府委任。至于办公经费包括开办费、薪工费、办公费、出差费、抚恤费、耕牛籽种民食费六种，均由政府支给。同时，又颁布了《东路善后委员会办事简章》十八条
，规定各委员长、委员、秘书职责、开会时间、规范、议案及表决情况等。3月省政府就所拟订的组织条例和办事简章进行了部分修正，“呈赍办事简章并组织条例均悉查核，所拟办事简章各条尚属妥洽，尤以第七条为扼要，其第十三条关于调查户口、地亩界址各事仍应遵照本府布告宗旨办理，不得操切从事，致生枝节，其余各条均即照准施行。至于组织条例大致尚无不合，惟第三条第六款下应加入，七关于辅助运输军需等事，一其款其原列之七款应改为第八款，以下各款依次推改，以免重叠，其原列第九款关于调查处分叛产一节，查本府对于此次叛民一律收抚，予以自新，并不加以惩究，所有叛产亦应概从宽大，不必调查处理，该款应改为关于调查官产及安置收抚人民地亩之办法云，其余所订经费数目未免过多，值兹库币支绌之时，一切应从撙节以省靡费，兹由本府察酌情形略为核减。”
可见，在哈密事变爆发后，金树仁又转而实施怀柔政策，指令调查户口和地亩界址不应操之过急，对参与叛乱的维吾尔族民众及财产一切均从宽处理，试图以此安抚民心，挽救危局。
东路善后委员会成立后，随即开展对哈密各县的赈济工作。该会的具体工作是调查各县受灾情况，编订贫户册籍，以便拨发籽种耕牛，进行春耕。1932年春金树仁接连给善后委员会及各县县长发表通电，责令“各文武从速调查，造具详细清册，妥拟办法，负责办理”，但各县的赈济方案迟迟未能呈报。鉴于此，金树仁再次催令，并“委定徐万清为哈密赈灾委员，不日解款赴哈密，将来如何散放再行令行饬知，仰该文武等遵照前令，迅速造具被灾户民清册，并会拟妥善办法呈侯核夺，至于春耕一事为期既迫，亦应由该文武等察度当地情形，早为筹备，免误农时，事关赈务要政，仰速遵办具报，勿在延误为要。”
尽管金树仁一再催令，但在哈密纷乱异常的局面下，调查贫户，开展春耕势必举步维艰，因此各县的赈济办法酝酿许久，仍未能呈报。鉴于此，金树仁再次下发通电严催各县，“该各地方文武悯念民艰，自应早为筹备调查赈济办法以资补救，方为正办，乃事隔数月之久，人民待赈孔殷，而各该文武迄无具体办法呈核，迭经文电催促调查，亦尚未据造册呈报，殊属不成事体，应即严予申斥，限电到十日内务将被灾各户分别轻重造具详细清册，并拟具发赈规则一并呈核，以便先由厅库拨款赈济。”因镇西县较早呈报春耕所需籽种耕牛，金树仁责令镇西县长，“迅选绅耆三十人，骆驼一千只分赴指定各县具领自运，勿得再延，免误农时。”
而哈密伊吾宜禾三县仍未拟订救济办法，金树仁在补助地方再次下发催令。1932年9月哈密县长改由王府台吉玉奴斯担任，对金树仁的令文更为漠视。由于哈密事变的一再升级，金树仁威信尽失，因此倒金份子集合起来欲图另推人选取而代之，1933年4月12日夜，倒金份子召开临时紧急会议，讨论替换金树仁事宜。其中巴平古特称：“金主席实无能力治新，眼看春耕失时，人民将要饿死，我们为救护人民计，不得已出此手段。”
显然，一年多来，东路善后委员会以收抚民心，以安民生的赈济政策并未发挥丝毫作用，哈密混乱依然如故。
综上所述，哈密回王制的改土归流本是大势所趋，民心所向，但由于金树仁操之过急，横征暴敛，措施失当，致使引发哈密事变。事实上，改土归流与哈密事变并无直接、必然的联系，正如包尔汗所言，“民族问题，在反动统治时期一直存在着，遇到民族间经济、政治等足以刺激民族感情的较大事件时，是很容易表现出来的。”
如若金树仁能预料到加征一年赋税，侵犯维吾尔族民众权益的民族歧视足以使其狼狈出逃，金氏政权轰然倒塌，他定会有所幡然醒悟。