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海洋行政管理体制问题，是一个较为重大的问题。我国海洋范围辽阔，物产丰富，环境复杂。由于海洋空间立体性水体和生物流动性等自然属性，海洋环境对地球环境的重要性，海洋经济行业的复杂性等，使海洋管理不同于一般的陆地管理，海洋行政管理体制在海洋行政管理中发挥着重要的制度保障作用，海洋行政管理体制是否合理、健全，对海洋行政管理的效果会产生深刻的影响。
由于各国的国情不同，伴随着国际政治经济变化，并受重大海洋事件等问题的影响，沿海国家逐渐形成了各自不同的海洋行政管理体制，在一定程度上与其国家的海洋发展状况相适应，因而发挥着积极的作用。从历史发展的过程来看，我国海洋行政管理体制经历了从行业性管理到行业管理加海洋环境复合管理再到海洋综合管理的发展历程。
早在3000多年以前的周朝，我国就有专门的渔政管理的官员，周文王还规定了禁渔期；对海盐生产管理也有2000年历史，汉武帝时全国在30多处设置盐官，在沿海各地设有盐业管理机关；唐朝采取了鼓励盐业发展政策，盐官为国家收取盐税，补充国库；自明朝后期（1430年左右），开始实行闭关锁国政策，严重阻碍了我国海洋事业发展。19世纪帝国主义列强多数是从海上野蛮入侵我国，使万里海疆有海无防，海洋产业全遭破坏，海洋管理也被取消；清朝政府虽然也有过渔业方面的管理，但时间不长。民国时期，帝国主义利用强加于我国的不平等条约，强迫我国开放通商口岸，控制我国主要港口，掌握包括引水的整个港口管理权，使帝国主义列强船舶在我国领海、内水横行而无法管理。1947年第二次世界大战结束后，日本战败，民国政府才同盟军驻日总部签订了一项渔业协定，规定禁止日本渔船在我国沿岸12海里的区域内进行捕鱼活动，但还没达到限制其他国家的程度。综上所述，我国历史上很早就有海洋管理，渔盐管理尤为明显；在近代史上也有些海洋管理，但法律法规不全，又受帝国主义列强控制，管理也往往形同虚设。
新中国成立以后，我国的海洋事业有了很大发展，海洋管理也逐步引起各级政府的重视。从新中国成立至20世纪60年代中期，我国的海洋管理体制实行分散管理方式，从中央到地方，是根据海洋自然资源的属性及其开发产业特点，分兵把口，以行业部门管理为主，基本上是陆地各种资源开发部门管理职能向海洋的延伸。国家和各级政府的水产主管部门负责海洋渔业的管理，轻工业部门负责海洋盐业的管理，交通部门负责海上交通安全管理，旅游部门负责滨海旅游管理，石油部门负责海上油气的开发管理等。这种以行业管理为主的管理体制延续了多40年。
从1964年到1978年，我国海洋行政管理工作由海军统一管理。1964年7月，国家海洋局正式成立，从此我国有了专门的海洋工作领导部门，我国的海洋事业也由此进入了一个新的发展时期。当时，国家赋予国家海洋局的建局宗旨是负责统一管理海洋资源和海洋环境调查、资料收集整编和海洋公益服务，目的是把分散的、临时性的协作力量转化为一支稳定的海洋工作力量，特别是为国防建设事业作出贡献。此时的海洋管理体制仍是局部统一管理基础上的分散管理体制。
从1978年到现在，我国海洋行政管理工作一直由国家海洋局负责，对海洋管理工作进行统一和协调。改革开放后，国家海洋局改为由国家科委代管，并被赋予了海洋行政管理和公益服务的职能。1998年国务院机构改革后，国家海洋局被正式赋予海洋综合管理的职能，开始了我国海洋事业的相对统一管理时期，有效地促进了我国海洋事业的整体发展。1998年国务院机构改革后，国家海洋局由新成立的国土资源部管理，被确定为监督管理海域使用和海洋环境保护、依法维护海洋权益、组织海洋科技研究的行政机构、海洋资源行政管理职能被划归国土资源部。
我国现行的海洋行政管理体制是以行业条条管理为主，根据海洋自然资源的属性及其开发产业划分管理权限，国家海洋局系统负责组织海洋环境的调查监测监视，开展科学研究，并主管防止海洋石油勘探开发和海洋倾废污染损害的环境保护；环境保护部门对环境保护工作实施统一监督管理；水产部门负责海洋渔业和渔船渔港管理；轻工部门负责海盐管理；交通部门负责海上航运和港口管理；石油部门负责海洋油气开发及管理；冶金部门负责固体矿物开发管理；地质矿产部门负责矿产资源勘探工作管理；气象部门负责海洋气象预报；公安边防部门负责渔民出海和船舶治安管理。与海洋管理有关的系统有：国家海洋局海监系统，交通部门港务监督系统，农业部渔政渔港监督管理系统和渔船检验系统，沿海公安边防管理系统，海事法院，海军和海关。上述机构的设置在计划经济体制下曾发挥过积极作用，但随着市场经济体制的建立，已暴露出许多弊端，不能够适应海洋行政管理的复杂性和综合性。
就我国现行的海洋行政管理体制来看，是以集中管理为主，集中管理和分散管理相结合的体制，但在实际的海洋行政管理过程中，基本上仍是一种分散型的管理体制，随着全球化海洋事务向纵深方向的发展，我国这种分散的海洋行政管理体制已在越来越多的方面显示出与海洋事业发展的不适应性。
目前，以社会管理和公共服务为主体，以高效率、低成本为目标的现代公共管理方式在我国海洋行政管理体制中正在逐步形成。迄今为止，几乎所有的沿海地方政府都十分关心海洋工作，并建立了相应的海洋行政管理机构。它们强烈要求改变地方政府行政区划不含海域的现状，要求建立一种新的中央与地方分级管理海洋的制度，有的还自行认定了本地区的海域范围。
此外，海岸带区域是各种利益矛盾十分突出的地带，参与开发的部门繁多，有渔业、交通、盐业、矿产、石油、化工、电力、旅游、印染等20多个部门，加之我国海域广阔，海岸线漫长，单纯由国家统一管理是不可能实现海洋综合管理的，所以地方政府管海是一种客观需要。
海洋行政管理体制是海洋行政管理机构的组织形式，必须与海洋生产力的发展水平相协调，纵观我国乃至世界海洋行政管理体制的变革史可充分证明这一点。就我国而言，海洋行政管理体制是从计划经济时期转轨而来，涉及海洋行政管理的部门较多，而且各部门间矛盾日趋尖锐，那种传统的自成体系各自为政的管理体制已不能适应现代海洋行政管理的需要，特别是海洋可持续发展提出后，迫切需要找到一种新的管理体制取而代之。经过多年的探索与实践，证明海洋综合管理是现阶段海洋行政管理的一种有效手段。
海洋行政管理是一项非常复杂的工程，需要建立在科学的基础上。目前，我国的海洋行政管理体制中，以国家海洋局为中心的海洋行政管理体系的制度制定，包括相应的海洋行政管理法规、程序和规范的制定，在现有基础上能够发挥协调体制秩序、保证海洋行政管理工作顺利进行的作用；然而在我国海洋行政管理体制的权责层次划分上却暴露了与实际管理需求不协调的矛盾。在总体上，由于海洋资源与海洋环境是统一的自然单元，海洋资源开发与环境保护本应综合考虑统筹兼顾、统一管理，而目前海洋资源开发与海洋环境保护两部分的管理权利和责任分属于国家海洋统一管理体系外的管理机构中，而且国家海洋局的权责层次较低，无法实现有效的资源开发与环境保护的管理协调工作，从而造成目前尚未形成海洋资源与海洋环境相统一的战略目标与规划的局面；在局部上，由于对海洋战略目标的认识不一致，对海洋行政管理工作的认识不一致，造成一些涉海部门和地方涉海机构权利与责任上的脱钩现象，使一些问题无人可管而一些问题又出现多头管理。总之，权责划分没有以战略目标为依据或者划分不清晰，都将严重影响海洋行政管理体制实现职能的有力执行。信息的畅通传递和运行秩序的良好协调，从而无法实现海洋行政管理体制的竞争力。
目前沿海省、直辖市、自治区和多数沿海市、地、县都成立了海洋行政管理机构，但这些机构的人员编制少，大多只有几人到十几人，难以担负起如此繁重的海洋行政管理任务。从整体上看，人员素质还不能适应当今海洋行政管理工作的需要。地方海洋执法力量薄弱，在海洋行政管理中，缺乏力度和权威性。
首先表现在管理机构的名称和级别上。就全国来讲，地方海洋行政管理机构的名称大致有两种类型，它们是海洋与渔业厅（局）和海洋局。管理机构名称的差异，往往表明其管理职责的不同。海洋与渔业厅（局）就是兼海洋行政管理与水产资源管理为一身的职能部门，而后者没有水产资源管理的职能。另外，地方与中央、地方与地方，甚至地方的下级管理部门与上级管理部门之间的管理体制都不对应，不能形成一个强有力的组织系统，阻碍了海洋综合管理工作的有效开展，管理职能相互交叉受国家海洋管理体制的制约，地方海洋行政管理部门与其他产业管理部门职能相互交叉，管理区域和对象大致相同，因而工作中存在着严重的职能交叉现象，给海洋行政管理工作带来一定的负面影响。
海洋行政管理体制作为政治体制的重要组成部分，既受制于政治制度、经济体制，又深受民族文化传统、国外文化等诸多因素的影响。
一般说来，基本政治制度是组成整个社会制度这一大系统中的一个子系统，而行政体制则是一子系统之内的组成部分，既有紧密的关联性，又有相对的独立性。决定社会经济体制性质的是所有制结构。作为上层建筑范畴的行政体制，必须与经济社会体制相适应。
海洋行政管理体制作为我国行政体制的有机组成部分，从根本上讲，也要受到我国基本政治制度和经济体制的影响。例如，新中国成立以来，我国的经济体制经历了社会主义计划经济、社会主义有计划的商品经济和社会主义市场经济等多个发展阶段，在这些不同的经济发展阶段和经济体制下，我国海洋行政管理体制也经历了多种变化，包括相应的行政机构的设置、行政职权的划分及其运行等变化。
在任何历史时期，海洋行政管理在国家管理中都具有十分重要的地位，海洋行政管理体制的具体存在形式也有所不同。改革开放30多年来，随着海洋问题的日益突出，海洋行政管理在国家管理中的地位也日益提高，国家对海洋行政管理体制也进行了多次调整，海洋行政管理机构的法律地位不断提高，海洋行政管理职权不断加强。特别是近年来，海洋问题及其由此而引发的相关矛盾和问题非常尖锐，海洋行政管理的好坏已在一定程度上影响国家海洋资源可持续利用的全局性、战略性目标的落实，进而影响我国经济社会的健康可持续发展。为解决这些矛盾和问题，国家一再强调要建立和实施世界上最严格的海洋行政管理制度，并为建立一种与其相适应的完善的海洋行政管理体制而采取了多项重大举措。
行政管理体制和政府机构改革是当今行政管理活动世界范围内的一个趋势或潮流。随着我国经济体制改革的深入，对外开放不断扩大，进行行政管理体制和政府机构改革也逐渐成为深化经济体制改革、促进经济和社会发展的迫切需要。海洋行政管理体制和政府海洋机构作为国家行政管理体制和行政机构的重要组成部分，其最终形成和设立必然与国家整个行政管理体制和行政机构改革的目标相适应，国家行政管理体制和政府机构改革也必然会对海洋行政管理体制和海洋行政管理机构产生重大影响。作为目前国家最高海洋行政管理机构的国家海洋局合并至国土资源部以及现行海洋行政管理体制就是在1998年的中央政府机构改革中设立并逐渐形成的。
我国实施海洋行政管理的机构是国家海洋局。国家海洋局经历了由海军代管、国家科委管辖、国土资源部管辖等过程，但一直无力承担统辖全国海洋经济的职责，更难以履行新的国际海洋法公约赋予的权利和义务，而要实现这一转变的关键是建立国家级更高层次的权威性的海洋综合管理机构，解决多重多头执法问题，提高行政效率。
行政管理统一化是国际通行的产业管理体制。我国要实行行政管理统一化必须对行政管理体制进行整体改革，这是我国海洋行政管理体制改革成功与否的决定因素，其重点是打破海洋产业的分割局面，改变海洋管理政出多门，实现统一管理、统一市场、统一综合的管理模式是在新形势下发挥海洋行政管理体制竞争力的前提条件。国家要进一步加强海洋事业发展的综合协调管理，设立权责层次较高的海洋行政管理部门，沿海各级政府、涉海各部门要积极做好配合工作。在中央，建立国务院直属的国家海洋行政管理机构，统一行使海洋行政管理职责，协调海洋行政管理行为；地方上，提高对海洋行政管理的认识，建立相应的海洋统一综合管理机构，配合和协调中央与地方的海洋行政管理工作，维护国家海洋权益，开发利用海洋资源，保护海洋生态环境，发展沿海地区海洋产业，权利清楚责任明确是使海洋行政管理体制发挥其竞争力的重要保证。国家海洋局要大力推进海洋行政管理体制改革，建立海洋综合管理的高层次协调机制，调整和完善内部机构设置，强化涉海部门间的协调配合，理顺管理职能与权责分工，各司其职，提高行政管理效能，形成促进海洋事业发展的合力。
统一的海洋管理执法体制是一种科学且先进的海洋管理制度。现在，许多沿海国家都在建立统一和高效的海上执法队伍。建立统一的海洋执法体制，可集中财力建设现代化的强大的海洋综合执法队伍，提高执法效能，加大执法力度；可统筹使用执法资源，提高执法效率，降低执法成本；可增强立法和执法的统一性，提高立法质量，减少执法矛盾，从而加强海洋行政管理，促进国民经济发展和社会稳定。目前，我国海洋管理存在的问题是权力不集中，与海洋有关的问题多半属于12~25个部门，由海监、港监、渔政、海上公安和海上缉私等5支队伍构成海洋执法体制，分散了政府责任且造成职能重复。由于海洋事务没有形成人们关注的中心问题，而是作为其他重点活动的辅助事务，海洋政治地位不高，只能在政府层次较低的活动中安排和运作，限制了海洋事业的发展。因此，各级政府要进一步强化海洋渔业、海上交通运输、海域使用、海洋环境保护等的巡视、监察和处置力度；推进无居民海岛，海洋自然保护区和海洋特别保护区等的执法管理，提高对海岸工程、海洋工程、沿岸陆源排污的综合执法能力；切实维护海洋资源开发秩序，保障海洋开发利用者的合法权益。
海洋立法是海洋综合管理体系的前提，管理机构只有借助立法才能有效地实现对海洋和海岸带的综合管理，同时也只有借助于科学、合理的规范与标准才能实现综合管理的科学化。海洋法是沿海国家管理所辖海域及海上活动的法律基础和保障，在海洋行政管理中起着重要作用，它不仅是维护国家主权和其他海洋权益的法律保障，还是管理机构实施管理行为的法律依据，对依法行政无论在程序上还是在实体上都有至关重要的意义。今后，应当在整体海洋综合管理价值链中，把海洋立法、海洋权益和海洋功能区划作为管理的前提和基础，为其他具体管理环节活动和整个管理价值链的顺畅运转提供保证。同时要研究出台海洋产业发展、海水利用研究和应用、促进海洋自主创新等一系列海洋事业全面发展的政策；建立健全海洋行政管理法律法规，尽快完善海域使用管理法、海洋环境保护法、海上交通安全法渔业法等的配套法规，深化领海及毗连区法、专属经济区和大陆架法的配套制度研究；全面推进海洋行政管理依法行政，贯彻落实行政许可法，建立健全海洋管理行政复议、听证制度，推进海洋管理行政执法责任制建设；加强海洋执法监察体系建设，创新管理体制，规范海洋开发，保护和管理秩序；积极开展海洋普法工作，努力建立符合海洋行政管理特点和体现体制竞争力的综合管理体制，为海洋综合管理提供外在的体制保证。
加强海洋基础数据的统一管理，有序推进海洋信息共享，是海洋行政管理决策和实施的基本手段我国海洋行政管理信息系统的建设，由于体制上和具体组织上的原因，不仅有部门之间的分散性，还有部门内部的分散性，加之海洋资料信息统一管理未能实现，造成资料、数据、信息的采集、存贮、加工再现及其用户服务等系统性的问题也无法实现。中央海洋行政管理部门要进一步健全海洋信息化标准规范体系，加快海洋数据、档案、文献等信息化建设，统一规划和建设海洋监测，管理和服务数据安全传输与通信网络；以真实性检验为基础，深度开发环境仿真、科学视算、虚拟现实等海洋信息适用技术，促进海洋信息资源的有效利用，健全信息发布制度，提高对海洋的认知能力；在国家安全、海洋管理、科学研究和公共服务等领域，开发海洋信息产品和业务化应用系统，重点建设海洋行政管理基础信息系统、重点海区环境保障基础信息系统、海洋科学研究和公众服务基础信息系统；加快沿海地区各级政府海洋电子政务建设，统一构建国家海洋电子政务信息平台，加强海洋基础数据的统一管理，促进海洋信息交流与综合应用，全面提高海洋行政管理和服务的信息化水平。
近年来，我国海洋综合管理取得了不小的成绩，但同时也遇到了如何同传统的部门管理间关系的协调问题，管理职能相互制约，造成其发展困难重重。因此，如何建立起有效的协调机制，不断完善综合管理体制是促进海洋综合管理深入发展的关键问题。各级政府要充分认识海洋对促进经济社会可持续发展的重要作用和意义，努力把增强全民海洋意识与爱护生存环境、拓展发展空间结合起来，把构建海洋强国与现代化建设结合起来，把弘扬海洋文化与建设文明社会结合起来；把普及海洋知识纳入国民教育体系，在中小学中开展海洋基础知识教育；加快海洋职业教育，培养海洋职业技术人才；紧密结合海洋事业和海洋经济发展需要，调整海洋教育学科结构，建设高水平的海洋师资队伍，努力办好海洋院校，提高海洋高等教育水平；加强海洋文化遗产的保护和挖掘，开展海洋文化基础设施建设；充分发挥各种媒体和宣传渠道的作用，加强海洋知识宣传教育和普及，提高公众海洋意识，建立和完善海洋管理的公众参与机制。