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《儒林外史》脱稿后即有手抄本传世，据清同治八年（1869）苏州书局活字本所载金和跋文：“是书为全椒金棕亭先生官扬州府教授时梓以行世，自后扬州书肆刻本非一。”按金棕亭名兆燕，他在扬州任官的时间是乾隆三十三年到四十四年。如果金和所记属实，那么金兆燕本当刻于公元一七六八——一七七九之间，但这个刻本至今尚未发现。卧闲草堂本刊刻于嘉庆八年（1803），是现存《儒林外史》的最早刻本。应该刻本共56回。校勘证明，以后出现的多种刻本和活字本，都是根据卧本复刻和排印的。
关于《儒林外史》的版本，历来说法不一，分歧也较大，大体有五十回本、五十五回本、五十六回本、六十回本等说法。但五十回本、五十五回本人们至今仍没有见到。另外，按时间顺序，卧本后有嘉庆二十一年（1816）艺古堂本，清江浦注礼阁本；同治八年（1869）群玉斋活字本，同治十三年（1874）申报馆第一次排印本，齐省堂增订本；光绪七年（1881）申报馆第二次排印本；光绪十四年（1888）增补齐省堂本（此为六十回本，其中四回系他人窜入）。此外、还有嘉（庆）咸（丰）之际苏州潘世恩抄本，此为目前可以见及的唯一的清代抄本。民国以后，建国以前，也有多种刊本行世，重要的有商务印书馆本和亚东图书馆本，此处不一一列举。建国以后则有张慧剑的整理本和南京师大中文系集体整理本等。
有的学者对多达10余种的《儒林外史》进行源流考证，比较版本间的异同，理顺各种版本间的关系。
此外，《儒林外史》目今可以见及的旧评本有四种，即清嘉庆八年（1803年）的卧闲草堂本，咸丰三年（1853年）至同治元年（1862年）之间完成的黄小田评本，同治十三年（1874年）的齐省堂评本，以及与齐本几乎同时的天目山樵（张文虎）评本。
在以卧本为底本的版本中，人民文学出版社出版的张慧剑先生校注的《儒林外史》，是一本优秀的古典文学普及读物，影响很大，原来为55回本，删去了“幽榜”，即最后一回，只保留了最后的词《泌园春》，并移置于第55回末。重排本恢复了56回原文。需要说明的是，本书依据重排本。