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在防务方面，自1999年科隆首脑会议和赫尔辛基首脑会议以来，欧盟领导人和各国民众都认为，欧盟要想在世界上有“更大的声音”，在国际事务中发挥重要影响，就需要有独立的防务力量。伊战虽在欧盟内部造成分裂，但在法、德等国的努力下，欧盟共同防务建设步伐明显加快。2003年4月底，法、德、卢、比四国决定筹建独立于北约以外的军事指挥机构，建立欧盟防务核心；5月，欧盟宣布快速反应部队原则上已具备在紧急情况下采取军事行动处理危机的能力；6月7日，欧盟参与由法国领导的联合国在刚果的维和行动，这是欧盟首次在不使用北约军事资源的情况下对欧洲以外地区的一次独立军事行动；2004年4月初，欧盟国防部长会议决定在2007年前建立一支由1500人组成，可在15天内投入战斗，并可单独作战120天的快速作战部队；欧盟从北约手中接管波黑维和行动也将在下半年完成。
在安全方面，欧盟2003年底在布鲁塞尔首脑会议上发表了欧盟成立以来的第一份《安全战略文件》。文件在强调周边安全重要性的同时，着重指出欧盟应努力提高军事实力和发展与美国之间的“平衡关系”。这是欧盟安全和防务建设的指导性文件，将对今后欧盟的独立防务建设产生重大影响。另外，在“3·11”恐怖爆炸的刺激下，欧盟已决定建立全欧范围内的恐怖分子数据库、尽快实施全欧通行的逮捕证、对恐怖嫌疑犯实行全欧共同监控等等，欧盟还设立了反恐协调员一职，全面协调各国的反恐政策和措施。因此，欧盟司法与内务合作上的“联邦化”得到加强，而这也必将进一步促进欧洲的团结和整合。