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欧盟共有5个主要机构，即欧洲理事会、欧盟理事会、欧盟委员会、欧洲议会、欧洲法院。其他重要机构还有欧盟审计院、欧洲中央银行、欧洲投资银行、经济和社会委员会、地区委员会、欧洲警察局和欧洲军备局等。这些机构分工明确，共同构成了欧盟的组织体系，管理和调节欧盟的各方面事务，并逐步走向成熟。
欧洲理事会会议（通常称为欧盟首脑会议或欧盟峰会）是欧盟的最高决策机构，由各成员国政府首脑和国家元首组成，欧盟委员会主席也是欧洲理事会一个事实上的成员。欧洲理事会每年至少召开4次会议，6月底和12月底举行正式首脑会议，3月和10月举行特别首脑会议，也可在其他时间举行额外的首脑会议。
欧盟理事会（简称理事会）是欧盟的主要决策机构，由来自欧盟各成员国政府的部长组成。主席由成员国轮任，任期6个月。部长理事会主要负责制订欧盟法律、法规和有关欧盟发展、机构改革的各项重大政策；负责共同外交和安全政策、司法、内政等方面的政府间合作与协调事务；任命欧盟主要机构的负责人并对其进行监督。欧盟理事会秘书长兼任欧盟共同外交与安全政策高级代表，现任主席国、下任主席国和高级代表组成“三驾马车”。现任欧盟理事会秘书长兼高级代表为西班牙人索拉纳。
欧盟委员会是欧盟唯一有权起草法令的机构，其主要职责是：实施欧盟有关条约、法规和欧盟理事会做出的决定；向欧盟理事会和欧洲议会提出政策实施报告和立法动议；处理欧盟日常事务，代表欧盟进行对外联系和贸易等方面的谈判。委员会总部设在布鲁塞尔，委员会任期为5年。欧盟委员会在每届欧洲议会选举后的6个月内任命，它在政治上向议会负责，议会有权通过弹劾委员会的动议而解散它。
欧洲议会是世界上唯一经直接选举产生的多国议会，也是欧盟内唯一经直接选举产生的机构。欧洲议会除和欧盟理事会共享立法权外，还有民主监督权及欧盟预算的决定权。
欧洲理事会和欧盟理事会是欧盟的政府间机构，其中欧盟理事会还是欧盟的主要立法机构，主要代表成员国的利益；委员会和欧洲议会是欧盟的超国家机构，主要代表欧盟的整体利益。其中委员会是欧盟的行政执行机构，类似于主权国家的政府；欧洲议会拥有部分立法权、预算权以及咨询和监督上的权力；欧洲法院是欧盟的最高法院，主要从司法角度保证欧盟法律的有效贯彻实施。