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一般认为，本体论的概念起源于古希腊，是由古希腊哲学家柏拉图和亚里士多德提出和发展的。对“本体”这个术语的追问可以溯源到希腊文“ousia”，“ousia”是“einai”的名词形式，其意义相当于英文的“being”—“存在”。现存的对“本体论”的最早记录为拉丁语“ontologia”，分别出现在1606年Jacob Lorhard（ Lorhardus ）的著作Ogdoas Scholastica中以及1613年Rudolf Göckel（ Goclenius ）所著的哲学词典中。而本体论在英语中译为“ontology”，它由牛津英语词典（Oxford English Dictionary）收录，第一次出现在1721年版的贝利词典中，其定义为“an Account of being in the Abstract”，这说明本体论在那一时期已经得到了使用。这个概念在现代东方汉语学术界的历史上曾被翻译为万有论、是论、存在论与本体论，但是大部分学者认为，从中国古代哲学的某些相应范畴与话语表述作参照性理解来看，翻译为本体论最为确切。
亚里士多德的学徒们最初使用词语“形而上学”来形容他们老师描述的“the science of being of qua being”（其中“ qua ”指“在…范围之内”），即“自然存在的科学”。依照这个理论，本体论是研究存在本质的科学，或者说是对事物存在的研究，感受你能在这个世界上找到的事物，不要以它们的样子判断它们，而是以它们的实质来判断它们。更精确地说，本体论关注的是决定什么事物种类是最基础的，而且某一事物是否属于这些种类。
韦氏词典对ontology有如下解释：
（1） a branch of metaphysics relating to the nature and relations of being
（2） a particular theory about the nature of being or the kinds of existence如同“形而上学”一样，本体论是一个词汇，能用在不同的情况下。它被认为与形而上学很类似，但是它应该用在更具体的地方，指定存在的最基本的种类以及世界构成的基本物质或结构。本体论将分析最普遍和最抽象的概念和特性，这些概念和特性详细而精确地描述世界上任何现象，比如时间、空间、物质、过程、因果、规律等。
在中国，《中国大百科全书》哲学卷中详细介绍了ontology在西方哲学史上的含义，认为ontology是指关于存在及其本质和规律的学说，而且区分了ontology在西方哲学史和中国哲学史中的不同含义。在中国古代哲学中，ontology指探究天地万物产生、存在、发展变化根本原因和根本依据的学说，这种概念解释是在哲学领域的含义。
在现代信息科学领域，最早给出ontology定义的是Neches R等人，他们将ontology定义为“给出构成相关领域词汇的基本术语和关系，以及利用这些术语和关系构成的规定这些词汇外延的规则的定义”。
但是，为大部分学者接受的ontology定义是由斯坦福大学Tom Gruber在1993年的论文中提出的，他认为“ontology是概念模型的明确的规范说明” ［13］ ，1995年又明确为“ontology是对概念化的精确描述”。在计算机科学领域，Gruber认为本体论是“a description of the concepts and relationships that can exist for an agent or a community of agents”。
在Gruber定义的基础上，Borst于1997年对本体论定义为“共享概念模型的形式化规范说明” ［14］ ；后来，Studer等对上述两个定义进行了深入的研究，认为ontology是“共享概念模型的明确的形式化规范说明” ［15］ 。这包含四层含义：概念模型（conceptualization）、明确（explicit）、形式化（formal）和共享（share）。“概念模型”指通过抽象出客观世界中一些现象（phenomenon）的相关概念而得到的模型。概念模型所表现的含义独立于具体的环境状态。“明确”指所使用的概念及使用这些概念的约束都有明确的定义。“形式化”指ontology是计算机可读的（即能被计算机处理）。“共享”指ontology中体现的是共同认可的知识，反映的是相关领域中公认的概念集，即ontology针对的是团体而非个体的共识。
由于ontology的新的含义也是引申发展借用而来，是一个新概念，所以出现了翻译成不同的中文名称的现象。ontology在人工智能或信息系统中的中文翻译，目前在国内的各类媒体中，有不同的翻译方法，尤其是一些情报学、图书馆学的中文核心期刊，各自使用着不同中文名称。通过对一些比较权威的核心期刊如《情报学报》、《中国图书馆学报》、《大学图书馆学报》、《图书情报工作》的检索，常见使用以下几种翻译方法：概念集、应用知识体系、概念分类体系、实体论、本体论、存在论、本体模型、本体、本体簇等。《图书情报工作》期刊中有论文译作“本原模板” ［16］ 。甚至在同一刊物中，中文名称也不一样，例如《情报学报》2002年的论文把ontology叫作“概念集” ［17］ ，而2003年的论文有的译作“本体论” ［18］ ，有的译作“知识本体” ［19］ 。由于ontology在信息系统中是一个新概念，所以翻译成不同的名称是可以理解的，正如Internet开始在中文中的译名有：国际互联网，万维网，因特网，英特网，网际，互联网等等，但后经全国科学技术名词审定委员会统一为“因特网”。而ontology目前还没有经过这样权威的统一审定推广，一些刊物本着先引进的目的，在文章中直接使用ontology而不加以翻译。鉴于ontology的中译名在英汉词典中已有“本体论”的译法，而且汉语中同一词汇在不同领域有不同含义是允许的，随着研究使用人员使用频次的增多，大家也就认同了基本的翻译名称，而目前计算机科学的研究人员多数译作“本体”，本书也沿用这一翻译名称。
本体现在广泛应用于人工智能、计算语言、数据原理等领域。特别是在知识工程、知识表示、语言工程、数据设计、信息模型、信息集成、信息检索、信息摘要、知识管理等领域。本体的研究非常活跃，甚至被应用到自然语言翻译、医药、电子商务、地理信息系统、法律信息系统、生物信息系统等许多领域。本体方法目前已经成为计算机科学中的一种重要方法，在语义Web、搜索引擎、知识处理平台、异构系统集成、电子商务、自然语言理解、知识工程、信息抽取与检索、多agent系统、物理系统的定性建模、数据库设计、地理信息科学与数字图书馆等领域有重要应用。尤其是目前随着对语义Web研究的深入，本体论方法受到了越来越多的关注，人们普遍认为它是建立语义Web的核心技术。