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长期以来，传统分类法和主题法成为图书馆知识组织的两种主要方法，它们在图书馆的知识组织中发挥着重要作用。几乎一开始，数字图书馆的知识组织都自觉或不自觉地融合进了分类法和主题法思想。但随着时间的不断发展，它们在知识组织中的不足也越来越明显：
（1）相对于变化多端的数字信息资源，传统分类法和主题法知识体系比较稳定，其结构和内容难于自动更新，而数字信息处在不断更新、淘汰的状态中，它所连接的网站、网页也处在变化之中，这就导致传统的分类法和主题法对动态性的网络知识很难适应。
（2）传统分类法和主题法二者体系庞大、结构复杂，难于被普通用户所掌握；它们都侧重于对文献的标引和组织，对数字知识需要的检索服务考虑较少，并且传统的基于分类目录和主题词的检索方法由于难以表达概念的深层次语义及内在关系，导致大量无意义的检索结果出现。
（3）传统分类法和主题法知识组织的结构都是一维的，对于多维性、交互性、动态性的数字信息资源很难充分揭示和反映，并且对于机器语言来说，其互操作性和表达性较差。
（4）传统分类法和主题法难于全面对数字知识进行归类。它们都是以印刷型文献为主要加工对象，对超媒体、超链接等纷繁多样的网络知识来说，很难对其进行正确归类，即便是完整的分类法和主题法，也只能组织部分的数字资源。所以组织数字知识只采用分类法和主题法，显然是不合适的。
同时分类法和主题法自身也存在以下不足：
分类法的不足：（1）分类体系不严密，并未真正从知识领域、知识体系的角度来分类，因而使得分类体系漏掉了许多重要的知识领域；（2）类目之间缺乏逻辑性，类目归属关系不尽合理，表现在某些上、下位类之间隶属关系模糊，缺乏合理的知识联系；（3）类目名称不规范，类名不统一，类名用语不准确，类名不能确切概括类目的内涵；（4）类目划分标准模糊，一些类下往往使用两个或多个分类标准，有的甚至在同一层次上列出不同等级的类目，致使同位类设置显得混乱。
主题法的不足：关键词没有词汇规范和词间关系，概念与语词不能一一对应，容易造成检索内容的分散，由于不能显示概念间的关系，难以进行族性检索。采用简单的关键词检索，检索效率都很低，普遍存在着检索结果过多尤其是不相关内容过多的问题。
由于元数据的发展背景是Web文档，其适用格式主要是HTML文档、XML文档或其他类型的超文本文档，致使元数据在描述其他领域的信息资源存在着较大的局限性。另一方面，元数据标准虽然可以帮助发现所要的资源，但无法发掘该资源内所含的内容，因为在元数据标准中用于内容描述的元素十分有限；XML和RDF的结合，虽然建立了描述层的格式与语法环境，可以实现数据基于语义的描述，但这两个层次都不能赋予数据以语义，即数据的含义和各种数据之间的联系。元数据在数字知识组织中的不足表现为以下几方面：
（1）元数据方案不具有普遍适用性。元数据对于资源描述的特殊性和一般性的矛盾与生俱来，是其本身无法克服的。
（2）元数据提供了数字知识的语义基础，使信息资源有了基本的微观结构，但是难以实现元数据方案本身的进化，即元数据并不能完全解决信息系统的语义异构问题，包括资源采用不同元数据方案所造成的微观结构的异构问题以及资源对象之间存在的复杂的关联关系。
（3）元数据方案自身难以对不同知识体系、不同“粒度”的资源进行描述，以及实现语义联系。
（4）单纯的元数据方案对于数字资源的整个生命周期的描述非常困难；且缺乏对版权属性的描述机制，缺乏灵活性和可扩展性，增加了互操作的难度。
（5）元数据方案停留于信息集成，无法满足数字知识服务集成的需要。
随着现代科学技术的不断发展，上述知识组织模式中存在的问题将严重制约知识组织发展的脚步，已经不能完全适应当今数字知识组织的需要，因此我们有必要寻找及研究一种适应现代数字知识组织的新模式。