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我国国家审计是国家治理的重要组成部分，人民通过法律，把权力、责任赋予和委托给人民意志的代表——国家，国家再用法律形式把这些权力和责任分解给代表国家在某个方面行使权力、履行责任的公共权力机关。在国家治理中，审计实质上是国家依法用权力监督制约权力的行为，其本质是国家治理这个大系统中的一个内生的具有“既治已病更治未病，既治已乱更治未乱”的预防、揭示和抵御功能的“免疫系统”，国家审计目标和任务的核心是推动实现的良好治理，促进经济社会健康运行和科学发展，从而更好地保障人民的利益。
国家审计独立性的影响因素，在不同的社会政治、经济制度下，其影响程度和范围不同。特别是我国当前处于市场经济治理的秩序和机制进入新的转型变革期，需要形成一个更有利于兼顾公平和效率的经济体系和经济治理体系，这势必会给国家审计的环境带来新的挑战和机遇，其审计独立性也将受到诸多因素的挑战。