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交易费用是现代产权经济学的核心概念，其基本内容是一系列制度成本，如信息成本、监督管理成本和制度结构变化成本等。一句话，包括一切不直接发生在物质生产过程中的成本。
如前所述，在审计三维结构关系中，财产所有者和财产经营管理者的关系是监督和被监督的关系，是相对独立的双方，若双方分别请自己认为值得信赖的人代行监督或鉴证职责，则成本大约高出一倍，也就是交易费用翻倍；当然，还有不协调的因素存在，即双方所聘请的人员分别代表各自的利益，很难就某项问题协调一致、达成共识，这就意味着会发生更多的交易费用。为了降低交易费用，财产所有者和财产经营管理者都乐于聘请一位双方都可以信赖的人代行监督或鉴证职责，即所聘请的人员必须具备独立性，不偏袒任何一方，必须不受其他任何机构和个人的干预。可见，出于降低交易费用的动机，审计必须具有独立性。