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1938年10月，由于胶济铁路已被日军封锁，南北不能联系。根据形势发展的需要，中共苏鲁豫皖边区省委决定，将原中共清河特委辖区以胶济铁路为界，分建清河、淄博两个特委。青州铁路以北仍归属中共清河特委，书记霍士廉；铁路以南成立中共淄博特委，书记金明。青州胶济铁路以北仍设益都县，隶属中共清河特委，书记胡维鲁，县委继续驻城北东朱鹿村；青州胶济铁路以南部分，建立中共益南工委，隶属中共淄博特委。自此，青州党组织设置出现以胶济铁路为界，南、北分置的格局。并且，南、北地区党组织设置进入了变动频繁的时期。
1938年10月，县级组织仍称中共益都县委，下辖除益六、益七、益九3个区委外，于1939年春又建立中共益八区委。在抗战相持阶段，抓紧了以党组织建设为中心的政权、武装、群团和统战的全面建设，为后来益北抗日根据地的建立打下了重要基础。
10月，中共清河特委改为中共清河地委。同月，为了建设抗日根据地，中共清河地委决定撤销益都县、广饶县，建立中共益（都）、寿（光）、临（淄）、广（饶）四县边区委员会（简称四边县委），辖益六、益七、益八、益九、寿五、临二、广二等7个区委，（中共寿五、临二、广二3个区委均为1939年10月建立）。同时，建立了抗日民主政权——四边县行政办事处。马巨涛、韩洪甫先后任中共“四边”县委书记，陈凤九任组织部长，李荆和任宣传部长，任杰、郝晋卿、何方明先后任民运部长，杜振东任行政办事处主任。辖青州铁路北益都六、七、八、九区，寿光五区，临淄二区，广饶二、四区一带。这些地区除县城和重镇为敌伪盘踞外，国民党顽固派也占有不少地方，因而形成敌友顽我穿插交错，艰苦复杂的斗争局面。由于我们正确执行了发展进步势力，争取中间力量，团结抗日的方针，得到社会各阶层的同情，很快在益都七区绝大部分和六、八、九区的部分村庄，建立了党的支部；寿光五区西部的3个乡、东部的几个乡的部分村子均建立了党的支部；临淄二区70多个村子，百分之八十的村庄建立了党的支部；广饶二、四区各有三分之一的村庄建立了党的支部。到1939年底中共党员发展到1200人。1940年春，又发展到2000人。大部分村子还建立了村政权，抗日群众团体也有很大发展。
1940年4月，为了加强领导，扩大发展抗日根据地，中共清河地委决定撤销中共益寿临广四边县委，益、寿、临、广四边行政办事处，建立中共益寿县委，益北行署，韩洪甫、杨世宝、李玉轩、丁亦民先后任县委书记，刘旭东、刘长祥、郭民先后任组织部长，张鲁泉、刘效孔先后任宣传部长，李明村、李华村先后任民运部长，李有典、赵治安先后任抗日民主政府——益北行署主任。辖青州铁路北益都县六、七、八、九区和寿光五区及四区部分村庄。10月，中共清河区党委成立，清河区第一次党代会在博兴纯化镇召开，所辖13个县的180名代表，代表16000名党员参加了会议。会议根据山东分局指示，撤销中共清河地委，成立中共清河区党委，景晓村任书记，苏杰任组织部长，马巨涛任宣传部长，李文任统战部长，刘洪轩任秘书长兼敌工部长，吕洗尘任工运部长，刘群任群委书记，夏戌（夏戎）任青委会书记，王月村任妇委会书记。会议确定下设清东、清西两个地委，清东地委书记韩克辛，清西地委书记张文韬。1941年7月，中共寿五区委划为中共南五（或西五）、中心五和北五3个区委，其中中共北五区委划归中共寿光县委领导。1941年10月又建清中地委，代理书记孙铁民。中共益寿县委隶属清东地委领导。12月，清河区行政主任公署成立，李人凤任行署主任，清河区行政主任公署下设清东、清西两个办事处。
1942年2月，鉴于根据地形势恶化，为了加强领导，坚持抗战，中共清河区党委、行署决定撤销中共益寿县委、中共广饶县委、益北行署，重新建立中共益、寿、临、广四边县委及益、寿、临、广四边行政委员会，丁亦民、李荆和先后任书记，王乐三、陈洪波先后任副书记，王乐三、陈洪波先后任组织部长，郭民、张星文先后任宣传部长，李有典、赵治安先后任益北行署主任。益、寿、临、广四边县辖益寿全部，临河以东的临淄二区和三区的部分村庄，广饶一区、二区、三区及四区的部分村庄。7月，中共临淄东二区、西二区两区委合并为中共临淄二区委，中共广饶一、二、三区委合并为中共广一、广二两个区委。1942年益、寿、临、广四边县直属中共清河区党委，1943年1月改属中共清河区清东地委，1944年2月隶属中共渤海区五地委。1945年8月，中共益寿临广四县边区委员会又行撤销，重建中共益寿县委，辖中共益五、益六、益七、益八、寿五5个区委。
1942年10月，为开展益都县六、八、九区胶济铁路沿线一带的工作，根据中共清河区党委的决定，成立中共益东工委，陈凤九任书记。直属中共清河区党委。继续与中共益寿临广四边县委保持联系。1944年1月，改属中共渤海区党委五地委。
1945年5月，为加强胶济铁路中段敌占城市及沿线农村工作，中共渤海区党委决定，将益东工委、张铁工委、胶济铁路西段城市工委合并建立中共渤海区胶济工委，陈凤九任书记。继续领导铁路沿线党的地下工作。
1938年12月，中共淄博特委决定设立中共益南工委，陈锡德任书记，其他成员有陈叔俊、刘明训、何子健。工委辖青州城区敌工委、一分区委、二分区委、三分区委和弥东区委等5个基层组织。一区的城内为青州敌工委员会，黄邵远任书记。老一区的城外为一分区，陈佩荣、韩均先后任书记。十区划为两个分区，曹家庄以西为二分区，刘培吉、陈曰谦先后任书记；曹家庄以东为三分区，赵文纲（赵玉梅）任书记。将临朐县城东部分村庄划归中共益南工委，以战家庄、桃花为中心，成立了弥东区，张兴忱任书记。各分区委和敌工委在中共益南工委领导下，秘密发展组织，进行抗日活动。中共益南工委的建立，开辟了党在敌占区的对敌斗争。
1939年10月，由于淄河流域反顽斗争的胜利，为地方党组织在益都西南山区创建抗日根据地准备了条件。山东分局第一区党委（大鲁南区党委）二地委（鲁沂地委）决定撤销中共益南工委，建立中共益都县委，隶属中共鲁中二地委，迅速建立抗日民主政权。陈锡德任县委书记兼组织部长，陈叔俊任宣传部长，冯毅之为县委委员。至此，原益都县铁路南各区，又统一于益都县委领导之下。县委机关由敌占区转移到西南山区和淄河流域，开始了创建抗日根据地的工作。原中共益南工委所辖的临朐县部分村庄党的工作交给中共临朐县委领导。中共益都县委建立后，陈叔俊到西南山区同冯毅之一起在上庄开会，建立了二、三、五区联合区公所，邱乐亭任区长，陈叔俊兼任指导员。11月，中共鲁沂地委宣传部长甄焕章到青州西南山区，指导筹建益都县抗日民主政府。8日，益都县各抗日团体在上张村召开代表大会，大会选举冯毅之等15人为县政委员会委员。县政委员会推选冯毅之为县长（因冯毅之带新一营去鲁中受训，未到会）。同日，益都县政委员会举行执行委员会会议，出席委员金子贞、张雨田等9人，会议通过了七项方针草案：（一）遵照抗战建国纲领及山东省政府八大政策，坚持抗战，团结进步；（二）集中全县人才，集中意志，统一行动，共同向抗战建国的前途迈进；（三）改善行政机构；（四）提高地方抗战部队战斗力；（五）实行战时财政经济政策；（六）发动民众参加抗战；（七）施行普及义务教育。10日，冯毅之宣誓就职。县委机关由敌占区迁移青州西南山区。为了开辟青州城东地区的抗日斗争局面，中共益都县委决定在敌占区的城里、一区、九区、十区一带，组建了抗日民主政权——益东行署，王锐（陈叔俊）任行署主任，领导城东地区地下党组织开展敌占区的抗日斗争。中共益都县委辖城区及四个分区委。1940年7月，中共益都县委改属中共鲁中一地委，先后辖二、三区联合区委（1939年10月至12月）、青州城区敌工委（1940年秋撤）、三分区委（1940年1月至1941年7月）、一分区委（1940年2月至秋）、二分区委（1939年10月至1940年秋）、四分区委（1939年10月至1941年7月）。到1939年有党员200人。1942年益都县有中共支部19个，党员144人。
1941年皖南事变后，国民党掀起第二次反共高潮，日伪顽合流，频繁对我根据地进行以“治安强化”为内容的残酷“扫荡”，青州铁路南、北斗争形势急剧恶化。1月，土顽徐振中勾结日伪军突袭东朱鹿村。中共清东地委组织部长李寿龄，中共益寿县委组织部长刘旭东，宣传部长张鲁泉等12名党员干部殉难。6月，中共清东地委组织部干部吴大为，青州城区敌工委书记黄绍远，弥东区委负责人张子芬公开叛变投敌，带领敌人大肆搜捕地下党员及革命骨干，青州城区和铁路沿线地下党员143人被捕，城区地下党组织及各联络站遭到严重破坏，益东行署撤到西南山区，随即撤销。
7月，由于淄河流域敌、伪、顽统治甚严，形势严重恶化，只有处在敌人包围中的益都三、四区，博山七区，淄川二、三、九区的少数地方可以公开活动。为了坚持在淄河流域的对敌斗争，中共鲁中区党委决定，撤销中共益都县委，建立中共益（都）临（朐）工委。张敬焘任工委书记，陈锡德任宣传部长，赵西林任组织部长。工委辖益都、临朐、淄川二、三、九区和城关区、博山七区及潍县（二区）、昌乐、安丘等县和淄博矿区的点线领导。中共益临工委受中共鲁中区党委和中共泰山地委双重领导。同时，建立了益（都）临（朐）淄（川）博（山）四县联合办事处，冯毅之任主任、刘喆任副主任。至1943年中共益临工委有支部75个，小组303个，党员1062人。
1943年7月，为重新开辟青州城区的地下斗争，中共鲁中一地委决定建立中共青州工委，陈锡德任书记，辖一个武工队，陈庆广任队长，在城区一带开展对敌斗争。
10月，中共鲁中一地委决定撤销中共益临工委及四县联合办事处，建立中共淄河县委、县政府，张敬焘继任书记，刘喆任县长。隶属中共鲁中区委，1943年10月更属中共泰山地委领导。先后辖蟠龙区委（1941年7月建立）、仰天区委（1942年11月至1944年7月）、峨庄区委（1942年10月至1944年7月）、口头区委（1941年7月至1944年7月）、廖河区委（1941年7月至1944年7月）、崮山区委（1942年4月至1944年7月）、嵩右区委（1944年4月至1944年7月）、新三区委（1944年5月至1944年7月）、龙泉区委（1941年7月至1942年2月）、仁河区委（1942年6月至12月）。
1944年3月，鲁中军区发起第三次讨吴（化文）战役后，淄河流域根据地迅速恢复。5月，为开展青州至张店铁路沿线的对敌斗争工作，中共鲁中区党委组建中共青（州）张（店）铁路工委，张慧元、延春成先后任书记，随后设行政机构益西办事处及一个武工队，刘振东、李少先、张曰若先后任办事处主任。中共青（州）张（店）铁路工委机关，常驻长秋、孙家岭一带，隶属中共鲁中区党委和中共淄河县委。
7月，第三次讨吴战役胜利后，中共鲁中区党委决定撤销中共淄河县委及县政府，恢复中共益都县委、县政府，于超任书记，刘喆任县长，隶属中共鲁中区三地委，辖蟠龙区、廖河区、仰天区、新二区、新三区、嵩右区、方山特别支部。
至此，青州辖区域内先后存在过县级党组织16个，各县所属区级党组织71个，游击区大部分村庄都建立了党的支部，党的力量得到了空前的壮大。