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1.利益相关者分析方法。运用这种方法探寻利益行动者在新农合政策中的行动路径、组织原则，并描绘行动者之间的差异。运用这种方法描绘行动者之间、行动者与制度、资源之间的相互关系。
2.具体研究方法：（1）多个案研究方法。多个案研究是一种工具性个案研究，研究者旨在研究某个总体或一般情况，对于特定个案本身则没有什么兴趣。
尽管多个案研究所获得的数据较严格的统计抽样调查所获得的数据，其结果在统计推断的效度上弱一些，但是其在较为严格的理论假设的导引下，其数据结果仍然具有很强的证明力，因而被社会科学研究广泛采用。我们在全国选择了 60 个县做个案调查，探寻他们加入新农合的体验与困惑。（2）访谈法。我们借助中南大学属于 985 高校的优势，培训学生利用假期对自己的县作专题调查，探寻该县新农合运行的基本逻辑。（3）问卷法。课题组于 2011 年选择了甘肃省古浪县、凉州县、武威市，广东省博罗县、翁源县、鑫源县，河北省平泉县、民权县、安阳市、永城市，黑龙江省黑河市，湖北省赤壁、恩施、黄冈、黄梅、荆门市、唐城县、天门市、襄樊市、孝感市、襄阳、阳新、宜昌、英山县、应城、枣阳，湖南省常德、江永县、冷水滩、宁乡县、宁远县、石门县、新化县、新晃县、中方县、株洲市、石门县、桃仙县、新田县，吉林省榆树市，江苏省铜山县、江西大余、新建，辽宁省海城市，内蒙古敖汉县、兴和县，青海省湟中县、潢中县，山东省成武县、费县、滕州市、翠城县，山西省大同县、定襄县、繁山寺县、河津市、怀仁县、岢岚县、宁武县、平遥县、朔州市、新绛县，陕西省岐山县、耀州区，四川省汉源县、罗江县、咸远县，新疆维吾尔族自治区布尔津县、霍城县、吉木乃吉木乃县、精河县、尼勒克县、石河子市、特克斯县、温泉县、伊宁县、云南澄江县、峨山县、双柏县、通海县、宣威市、易门县、双柏县、通海县、易门县、浙江省龙游县等 86 个市县发放 1500 份问卷，最终获得有效问卷 1049 份。（4）文献法。运用文献法研究既有的研究成果，查阅并收集所选择地点的相关资料。
3.本项目除了在上述地点做了问卷调查以外，还就某一专题分别选择了下列地点展开了专题调查（详细说明及选择理由见相关章节）。这些地点是：湖南省G县K村、Y县、X县、C县、W市W人民医院、Z县、S县、长沙市，山东省C县Q镇、D县B镇、F县，四川省Y县F镇、四川省B市渭滨区A镇、吉林省G县G医院，云南T县、江苏省P县。另外，本项目利用中南大学属于全国重点大学的优势，学生来源于全国各地，项目负责人连续 5 年要求学生收集家乡农村新农合运行方面的资料，因此，文中所列个案的地理范围远远超出上面所列出的地点。
4.资料处理方法：本研究拟采用SPSS统计软件包对所收集的量化数据进行统计分析，运用“内容分析技术”简化深入访谈获得的定性资料。