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医药制造业是整个医药产业中的重要一环。从整个医药产业角度来看，其产业链结构为：
医药制造业作为国民经济行业分类GB/T4754-2002中的大类行业，包括化学药品原药制造业、化学药品制剂制造业、中药饮片加工业、中成药制造业、兽用药品制造业、生物、生化制品的制造业、卫生材料及医药用品制造业共七个种类行业。医药产业链结构特征如下：
（1）技术密集型
医药产业是一个多学科先进技术和手段高度融合的高科技产业群体。20世纪70年代以来，新技术、新材料的应用扩大了疑难病症的研究领域，为寻找医治危及人类疾病的药物和手段发挥了重要作用，使医药产业发生了革命性变化。
（2）资金密集型
医药产品的早期研究和生产过程GMP（药品生产质量管理规范）改造，以及最终产品上市的市场开发，都需要资本的高投入。尤其是新药研究开发（R＆D）过程，耗资大、时间长、难度不断加大。根据相关的资料显示，目前世界上每种药物从开发到上市平均需要花费15年的时间，耗费8亿～ 10亿美元左右。
（3）风险聚集型
从实验室研究到新药上市是一个漫长的历程，要经过合成提取、生物筛选、药理、毒理等临床前试验、制剂处方及稳定性试验、生物利用度测试和放大试验等一系列过程，还需要经历人体临床试验、注册上市和售后监督等诸多复杂环节，且各个环节都有很大的风险。
（4）高附加值型
由于药品实行专利保护，药品研究开发企业在专利期内享有市场独占权。由于药品研究开发的高额投入，制药公司一旦获得新药上市批准，其新产品的高昂售价将为其获得高额利润回报。生物工程药物的利润回报率也非常高，尤其是拥有新产品、专利产品的企业，一旦开发成功便会形成技术垄断优势，回报利润能达十倍以上。
（5）相对垄断性
医药产业从根本上说，是被以研究开发为基础的大制药公司所垄断，并且这种垄断有进一步加强的趋势。我国制药业长期以来以仿制药物为主，自主研发能力薄弱，研究与开发投入较少，利润回报、风险性等产业特征也相应表现得不如世界发达国家制药业那样突出。但随着医药产业国际化进程加快，我国医药产业在自主开发、知识产权保护的发展道路上，对产业特性的感受将会越来越强烈。