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毛泽东指出：“严肃地坚决地保持共产党员的共产主义的纯洁性，和保护社会经济中的有益的资本主义成分，并使其有一个适当的发展，是我们在抗日和建设民主共和国时期不可缺一的任务。”
1940年，陈云在《党员对党要忠实》中强调指出：“我们所说的纯洁，主要的不是年幼龄轻、没有社会关系、单纯的纯洁，而是指在复杂动荡的环境中忠心为共产主义坚持奋斗的纯洁。”所以说，政治纯洁性首先强调的就是马克思主义政党坚定的共产主义理想信念。
抗日战争爆发后，中国共产党从民族大义出发，与国民党建立了抗日民族统一战线，并在《中共中央为公布国共合作宣言》中指出：“孙中山先生的三民主义为中国今日之必需，本党愿为其彻底的实现而奋斗。”
1937 年 9 月 29 日，毛泽东提出国共两党需要有一个共同的政治纲领，“共同纲领是什么呢？这就是孙中山先生的三民主义和共产党在八月二十五日提出的抗日救国十大纲领”
。经蒋介石授意，国家社会党党魁张君劢发表了《致毛泽东先生一封公开信》，声称中共既然“在蒋先生领导之下”，“既努力于对外民族战争，不如将马克思主义暂搁一边”。
1938 年 4 月，蒋介石在国民党临时全国代表大会闭幕式上讲话称：“共产党过去因为不察国情，企图消灭本党，以致遭受许多事实的教训。他们察前思后，一定已经知道他们以往为中国革命造成多少严重的错误，使中国革命力量无故受了多少的牺牲，他们当不是全没有理智的，现在中国的环境怎么样？国际形势怎么样？我想他们总能度势识时，履行他们对本党的宣言。”他明确要求共产党“一定是要受本党的领导”，而且要“消融于三民主义之下”
。之后，蒋介石于 1938年 12 月 6 日、12 日及 1939 年 1 月 19 日、20 日先后数次约见周恩来等，谈两党合并之事，一再表示不同意用跨党办法来处理国共两党合作关系，说：“中共既然实行三民主义，最好与国民党合并成一个组织。”“共产党员退出共产党，加入国民党，或共产党取消名义将整个加入国民党，我都欢迎，或共产党仍然保存自己的党我也赞成，但跨党办法是绝对办不到。我的责任是将共产党合并国民党成一个组织，国民党名义可以取消……此事乃我的生死问题，此目的如达不到，我死了心也不安，抗战胜利了也没有什么意义，所以我的这个意见，至死也不变的。”
司马昭之心，路人皆知，蒋介石就是要消灭中国共产党。
对此，党内、党外的一些人产生糊涂认识：国民党“有人提议共产党员须放弃共产主义的信仰，只信三民主义，才能与国民党合作”，共产党中有人“以为国民党信仰三民主义，共产党信仰共产主义，共产党员要保持其纯洁，只能信仰共产主义，不能再信三民主义”，两党以外的人更多以为“国民党的三民主义乃资产阶级的主张，共产党是无产阶级的政党，纵令在抗日政策上与国民党合作，决不会相信三民主义”，因此“过去成为问题的共产主义与三民主义的关系问题，至今日随着国共重新合作同样也成为问题”
。
对于党员干部和群众中存在的这一疑问，中共领导人是高度关注的，并在理论上不断进行解释。
1937 年 4 月初，张闻天在抗大开讲《中国现代革命运动史》，并提议成立“中国革命史研究会”，成员有莫文骅、刘亚楼、张爱萍、杨兰史等，成员均跟班听课，然后又就各人承担的章节写出讲稿，分头去各班担任教员授课。《中国现代革命运动史》教本共分七讲：太平天国革命运动、戊戌政变与义和团运动、辛亥革命、五四运动、中国共产党的产生与中国工人运动的发展、中国国民党的改组与国共合作、一九二五至一九二七年的大革命。1937 年 6 月 28 日，张闻天在中共中央机关刊物《解放》周刊第一卷第八期发表《关于十年来的中国共产党》一文，针对一些人借国共关系变化和中共政策转变来否定过去共产党十年历史的论调进行了批驳，“如果有人责备中国共产党，说中国共产党从那时起，不应该继续革命，不应该实行武装暴动，不应该建立苏维埃，不应该进行土地革命，那这就等于说，中国共产党应该投降帝国主义与封建军阀，应该投降叛变革命的民族资产阶级及其代理人，而且应该帮助他们来镇压、屠杀与加紧剥削中国工人、农民与小资产者们”。因此，“我们当时的‘反蒋’是应该的与必要的”
。
1937 年 5 月，毛泽东在《为争取千百万群众进入抗日民族统一战线而斗争》中指出：“两篇文章，上篇与下篇，只有上篇做好，下篇才能做好。坚决地领导民主革命，是争取社会主义胜利的条件。我们是为着社会主义而斗争，这是和任何革命的三民主义者不相同的。现在的努力是朝着将来的大目标的，失掉这个大目标，就不是共产党员了。然而放松今日的努力，也就不是共产党员。”
1938 年 4 月，毛泽东在陕北公学关于国共两党合作问题的讲演中再次论及这一问题。毛泽东驳斥有人借口“统一”而要取消共产党的谬论，阐明共产党的存在是有它的阶级基础的，中国现在有地主、资本家、工人、农民等，因此有国民党和共产党的存在，目前谁也不能吞并谁。毛泽东还特别指出，两个不同的政党要统一起来就要有一个桥梁，组织一个共同的委员会，或者是另外组织一个党，国共两党都参加进去，作为统一战线的上层组织
。5 月 3 日，毛泽东在抗大第三期第二大队作关于共产党对三民主义的态度问题的讲话中进一步明确自己的观点：三民主义是实现社会主义和共产主义的必经之路
。
1938 年 9 月 26 日，朱德在中共中央政治局会议上总结统一战线实践的经验，提出了一个深层次的理论和现实问题，就是要进一步解决广大群众信仰不信仰三民主义的问题。他说：三民主义是国共合作的枢纽。但是，现在群众对三民主义没有什么信仰。我们要使群众相信三民主义，就必须用马列主义来解释三民主义，充实三民主义的内容。同时，我们还要向全党解释三民主义与共产主义的区别，和我们为什么拥护三民主义。他还建议将这一问题首先在中央政治局扩大会议上进行解释
。1939 年 2 月初，王稼祥在《在延安高级干部会议上关于民族抗日统一战线与其内部摩擦问题的报告提纲》的“三民主义与共产主义”中对三民主义和共产主义进行了系统的比较、鉴别。
1939 年 1 月 21 日，中共中央收到周恩来的电报：“蒋昨晚约我问延安有无意见，并又提统一两党事，我告以不可能，彼仍要我电中央请示，希望在全会中得回电”
。1 月 22 日，中共中央书记处复电蒋介石：两党合作抗战与两党合并是两回事，共产党愿与国民党为实现三民主义新中华民国而奋斗，但决不放弃马克思主义信仰，绝不能将共产党组织合并于其他任何政党，“前者为现代中国之必然，后者则为根本原则所不许”
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2 月，毛泽东在中央党校的讲演中指出：“现在要实行的是三民主义，将来是社会主义，一定要把三民主义（现在的）变为社会主义（将来的），这一条我们不能放弃也不应该放弃。我们跟友党讲亲爱，讲团结，这是对的，而同时要大大发展我们的党，不要因讲亲爱、团结而放弃自己的任务。”他还用了一个形象的比喻：“三民主义是到共产主义的必经之路，正如西安到延安，洛川是必经之路一样，现在我们实行三民主义，哪个说我们将来不实行社会主义？”
3 月 12 日，毛泽东出席纪念马克思、孙中山晚会，他在讲话中指出：“现在马克思主义与三民主义联系起来，在唤起民众和联合世界上以平等待我之民族以求达到中国之自由平等上基本上是相同的，国共应该很好地团结，长期合作。”
1940 年 1 月，毛泽东在《新民主主义论》中进一步指出：三民主义和共产主义两个主义比较起来，有相同的部分，也有不同的部分。相同部分，“就是两个主义在中国资产阶级民主革命阶段上的基本政纲”，即 1924 年孙中山重新解释的三民主义中的革命的民族主义、民权主义和民生主义这三个政治原则，同共产主义在中国民主革命阶段的政纲，基本上是相同的。不同部分，一是民主革命阶段上一部分纲领的不相同；二是有无社会主义革命阶段的不同；三是宇宙观的不同；四是革命彻底性的不同
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中共领导人对二者的区别，集中表现在秘密党员加入国民党和国民党员加入共产党的组织纪律上。1940 年颁布《关于秘密党员加入国民党问题的指示》：中共秘密党员被强迫加入国民党时，应立即加入国民党；已经暴露的党员，则应拒绝加入。对加入国民党或三青团的中共党员经常给以阶级教育，使之明了马列主义与三民主义之异同。1941 年 11 月，中共中央政治局通过《关于根据地内国民党员加入共产党的决定》，决定指出：国民党是一个成分复杂的大政党，不区别反共分子、中间分子与进步分子，一概接收入党，是错误的；怀疑每个要求入党的国民党员为反共分子，一律拒绝入党，也是错误的。对每个真心要求加入共产党的国民党员，除考察他们的工作外，必须考察他们思想是否确实经过了一定的进步过程
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1945 年 4 月 24 日，毛泽东在向中共七大提交的《论联合政府》书面政治报告中，进一步对新民主主义与三民主义之间的关系作了论述。毛泽东指出，有些人怀疑共产党人承认“三民主义为中国今日之必需，本党愿为其彻底实现而奋斗”似乎不是忠诚的。这是由于不了解中共所承认的孙中山在 1924 年《中国国民党第一次全国代表大会宣言》里所解释的三民主义的基本原则，同我党在现阶段的纲领即最低纲领里的若干基本原则是互相一致的，当然并不是完全一致的东西。“我党的新民主主义纲领，比之孙先生的，当然要完备得多；特别是孙先生死后这二十年中中国革命的发展，使我党新民主主义的理论、纲领及其实践，有了一个极大的发展，今后还将有更大的发展。”“对于中国共产党人，为本党的最低纲领而奋斗和为孙先生的革命三民主义即新三民主义而奋斗，在基本上（不是在一切方面）是一件事情，并不是两件事情。因此，不但在过去和现在已经证明，而且在将来还要证明：中国共产党人是革命三民主义的最忠诚最彻底的实现者。”
在提交书面报告的同时，毛泽东又在大会上作了口头政治报告，其中部分是对书面报告的补充和说明。毛泽东特别指出：为什么在书面报告中没有强调共产主义呢，因为“如果要强调，就要列出共产主义的纲领，可是我们认为现在还是不列出的好，因为共产主义的纲领就是消灭私有制，消灭阶级。把这些东西写上去，只有一点好处，就是对教育党员是有利的，因为我们有很多同志还不晓得什么叫共产主义”
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