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从总体上看，城乡一体化进程中的研究涉及各种相互关联的不同学科领域，就其本质而言是综合性的、复杂的。因此，本研究在方法论上强调理论分析与应用分析的多学科密切联系与综合分析，强调特别要借鉴应用经济学、经济地理学和城市经济学、发展经济学与社会学的有益方法，坚持重在从对城乡发展的区域现象和城乡人民生产生活的实际中得出一种综合的认识，以协调城乡区域发展及其形态演变的各个方面。主要采取的研究方法包括：
（1）文献研究
现代跨区域传媒技术的发展和图书情报与当代文献存储、检索与查新技术的更新进步，为本研究提供了重要的文献资料保障。通过充分利用信息化的网络资源和图书资料，认真研读相关方面专著，立足前人的研究成果，观注西藏城乡一体化进程中的最新动态，加深对所要研究问题的理解，在充分借鉴已有研究成果的基础上确保本项目的研究目标的实现。
（2）比较研究
历史事实与经验总结对于现实发展具有不同程度的借鉴和指导意义。本研究通过借鉴“苏南模式”和成都等地区实施“三集中”战略的成功经验，为探索、突破和创新西藏城乡经济社会一体化发展新模式提供借鉴。
（3）实证研究
为了检验某种应用研究在理论逻辑上的一致性和其在现实中的真实涵义，实证分析与规范分析的结合是必要和必需的。本研究立足于多学科的有益成果，以西藏自治区拉萨市、山南地区以及日喀则市为实证研究对象，运用社会调研和网络调查，结合内容分析、历史比较分析、社会网络分析等，将西藏城乡一体化这一议题置于多层次和多学科考量，获取第一手资料和最新调研数据，为现状分析、模型开发和政策构建提供依据。
（4）综合研究
运用归纳和演绎、分析与综合以及抽象与概括等方法，通过定性与定量分析，对西藏反映城乡经济发展现状、城乡一体化发展程度的指标等各种资料和数据进行分析，以期对西藏城乡关系的发展现状及主要特征有初步的了解，建立量化指标体系和测度工具，用以监督、调整、修正西藏城乡一体化发展过程中的政策效用价值，提高政策的科学性、针对性和可操作性，获得相关的评价结果。
（5）模型分析法
以国内外城乡一体化的发展经验作为参照系，对西藏城乡一体化的发展现状及其发展程度进行分析时，通过构建合理的评价指标体系，运用主成分分析法对西藏整体的城乡一体化进行分析，并选择具有代表性的拉萨市、山南地区和日喀则市的城乡一体化进行分析。