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1937 年，美国经济学家科斯在《经济学》杂志上发表了一篇论文——《企业的性质》，成为交易费用理论的经典文献。该理论认为：市场与企业是两种可以相互替代的资源配置机制；两种机制作用的发挥都是有成本的；运用市场机制存在交易成本，而运用企业机制存在组织成本。将该理论应用于企业并购重组之中可解释为：如果一个企业为一项交易并购另外一个企业，所引起的内部组织成本大于市场机制组织这项交易的交易成本时，则这项并购重组行为就不应该发生，否则，相反。
交易费用不但包括搜索、谈判、签约、监督合约执行等费用，而且人的有限理性、机会主义倾向、资产专用性以及交易条件的不确定性（价格、供求关系、交易对象等）都使得交易费用更加高昂。纵向并购就是为了节约交易费用而产生的。当处于同一产品链条上的不同生产环节所在企业之间通过纵向并购，将其上下游交易关系以企业内部组织协调替代市场协调时，不但可以节约交易费用，而且还可以获取较为稳定的经营环境，消除企业外部环境中的不确定性因素。
20 世纪 70 年代后，该理论逐步兴起开始，它更多研究的是企业纵向并购的深层动因。既然科斯定理认为，企业并购之所以存在，是由于可以减少用作市场交易而产生的交易费用，企业之间经常需要进行生产要素的购置或产品的销售，于是会产生大量的交易成本，如选择交易伙伴的费用、选择交易方式的费用和监督交易进行的费用等。然而，不论是对上游企业还是对下游企业的并购，都会使上述交易环节减少，进而节约交易费用，同时也能运用企业内部的行政力量重新配置资源。换句话说，如果并购企业与目标企业之间在生产、销售等连续性过程中属于互为购买者或销售者的关系，通过并购重组这样一些成熟企业，一方面，可以组织专业化生产和实现产供销一体化，节约购买成本、订货成本和储存成本；另一方面，当上、下游企业试图利用合同的不完善性谋取额外利益，表现出机会主义行为选择倾向时，降低交易成本就会成为企业并购重组的主要动因。再者，通过购买成熟目标企业，还可以节约并购企业新设创新类似部门所需花费的时间，进而加快抢占新市场或增大市场份额的节奏。必须强调的是，交易费用理论关键在于“资产的特定性”，即某一资产对市场的依赖程度。一般而言，资产的特定性越高，市场交易的潜在费用越大，企业纵向并购重组的可能性就越大。当资产的特定性达到一定程度，市场交易的潜在费用就会阻止企业继续依赖市场，这时纵向并购重组就会实现。为了节约费用，可以采用新的交易方式——企业来代替市场交易。节省交易费用则成为企业并购重组的重要动因之一。
交易费用理论为企业并购重组提供了一个全新的研究方法，但交易费用的分析只是关于一个企业组织运转费用的分析，并未对企业组织结构变动加以关注。而并购重组作为企业对市场的替代，实际上也意味着企业组织形式的变动，这一变动无疑又会产生新的风险，例如管理不力。当这种风险可能造成的损失大于所节约的交易费用时，则会给并购重组后的企业带来无法弥补的损失。此外，随着网络技术引发的电子商务迅猛发展，交易费用有逐步减少的趋势，因此，如何在网络时代减少交易过程中的不确定性，又成为摆在我们面前的新的课题。
交易费用理论在解释并购重组活动的同时，认为并购重组的目的在于节约交易费用。通过并购节约交易费用，有以下几个方面。
（1）企业通过研究和开发的投入获得产品、知识。在市场存在信息不对称和不确定性的情况下，知识的市场价值难以实现，即便得以实现，也需要付出高昂的搜寻成本和监督成本。这时可通过并购重组使专门的知识在同一企业内运用，达到节省交易费用的目的。
（2）企业的商誉为无形资产，其运用也会遇到外部性问题。因为某一商标使用而降低其产品质量，可以获得成本下降的大部分好处，而商誉损失则由所有商标使用者共同承担。解决这一问题的办法有两条：一是增加监督，保证合同规定商品最低质量，但会使监督成本大大地增加；二是通过并购重组将商标使用者变为企业内部成员。作为内部成员，降低质量只会承受损失而得不到利益，消除了机会主义动机。
（3）有些企业的生产需要大量的专门中间产品投入。而这些中间产品市场常存在供给的不确定性、质量难以控制和机会主义行为等问题。这时，企业常通过制定固定交易条件，但这种合约会约束企业自身的适应能力。当这一矛盾难以解决时，通过并购重组将合作者变为内部机构就可以消除上述问题。
（4）一些生产企业，为开拓市场，需要大量的促销投资，这种投资由于专用于一企业的某一产品，会有很强的资产专用性。同时销售企业具有显著的规模优势，一定程度上形成进入壁垒，限制竞争者加入，形成市场中的少数问题。当市场中存在少数问题时，一旦投入较强专用性资本，就要承担对方违约造成的巨大损失。为减少这种风险，要付出高额的谈判成本和监督成本。在这种成本高到一定程度时，并购重组成为最佳选择。
（5）企业通过并购重组形成规模庞大的组织，使组织内部的职能相分离，形成一种以管理为基础的内部市场体系。一般认为，用企业内的行政指令来协调内部组织活动所需的管理成本较市场运作的交易成本要低。内部化理论在对并购重组活动的解释上有较强的说服力。但由于其分析方法和所用概念的高度抽象，使其难以得到系统检验；又由于分析过程及所得结论过于一致，使其很难在管理领域得到应用。