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绿色气候基金是基于坎昆协议这一多边气候协定而设立的气候资金机制的运作实体，
是专门为应对气候变化融资而设立的运作实体，其内部组织机构的设置将体现不同缔约方利益的协调安排。运作实体一般包含三层组织架构，分别是管理机构、执行机构和附属机构。
就绿色气候基金而言，其管理机构是理事会，执行机构是秘书处及其核心运行单位，附属机构则包括人力资源部门在内的附属于秘书处的其他支持单位。
绿色气候基金理事会的构成体现了全球应对气候变化挑战的一种新的理念和平等的全球治理的组织架构。其理事会构成体现了在发达国家和发展中国家之间的平衡，以确保基于共识决议的形成。理事会负责绿色气候基金的监管和治理，它由 194 个缔约方成员国构成的联合国气候变化框架公约（UNFCCC）组建，绿色气候基金理事会是独立的，但要接受缔约方大会的指导。理事会通常每年召开三次会议。
绿色气候基金理事会由 24 位成员代表组成，分别来自发达国家和发展中国家，并兼顾了性别平衡（女性成员代表仍少于男性）。为了保证代表的公平性，理事会成员中的发展中国家的代表应包含亚太地区、非洲、拉丁美洲和加勒比地区的代表，而且应至少有一位最不发达国家（LDC）代表和一位小岛国家（SIDS）代表。
每一位理事应设一位替补成员，他们都由其各自所在的选区选出。理事的任期一般是三年或者其他情况下可以延长任期。理事会由两位主席（CO-Chair），一位来自发展中国家，一位来自发达国家，一位主持理事会会议时，另一位则监督会议程序是否遵循了规则。理事会主席的任期是一年。
每一位理事代表要求有在气候变化、发展融资等方面的专长以及具备正直品质等更高的标准。作为一项委任的先决条件，每位理事代表必须履行一种“公正和保密声明”的仪式，这是为了约束理事代表的行为，其行为通过基金的政策、伦理和理事会的利益冲突联系起来，并要求理事代表们对基金的伦理和审计委员会负责。理事代表将要求向伦理和审计委员会披露作为理事代表之外的相关职能和角色，以及作为理事代表期间所接受的赠与和服务，这样要求的目的在于确保基金处于一种正当的、透明的和独立的治理状态。
在 2013 年 3 月的德国柏林会议上，理事会要求临时秘书处在顾问的协助下处理关于基金业务模式框架的大量文件工作（决议B. 01 －13 ／06），
其中在 2013 年 6 月的理事会会议上准备的一份文件，指出该基金的结构和组织的构建应突出三个基本因素：（1）该基金需要快速操作；（2）该基金应该具有随时间变化的灵活性，以适应国家需求；（3）该基金的结构组织应当节约成本，简单高效。
该基金治理工具文件在基金的结构组织的几个重要特征方面提供了特别指导：
第19 段：该基金将建立一个完全独立的秘书处，该秘书处将服务于理事会，并对其负责。它将有效执行该基金的日常运作管理工作。
第 20 段：秘书处将由一位有必要经验和技巧的执行官领导。该执行官由理事会任命，对理事会负责。
第 24 段：该基金将选择一位具备行政能力的受托人来管理基金的金融资产。
第 37 段：该基金将设立主题融资窗口，首先是关于适应和缓解项目的窗口。
第 41 段：该基金将设立一个私营部门机构，使其能直接或间接地为国家、地区和国际上的缓解和适应活动推动私营部门参与气候融资。
根据以上绿色气候基金治理工具的指导意见的描述来看，绿色气候基金在理事会之外应设立的其他机构至少包括秘书处、适应单位、缓解单位和私营部门机构。正如治理工具文件中所述，秘书处由执行官领导，负责基金的日常运作。除了其行政职能、财务管理、和向理事会报告，他还将联系缔约方成员及合作的双边多边机构和代表，以使基金资源得到最大利用。此外，他还将建立和运行知识管理实践机制。这些职责的存在，有助于划分秘书处的职能，使其能够直接联系国家和实施机构的“核心运行单位”，并与“其他支持单位”分开运行。适应单位、减缓单位和私营部门机构，则属于秘书处领导的核心运行单位的结构组织。基金将适应单位与减缓单位分别作为两个主题窗口，显然是注意到气候适应活动与气候减缓活动存在明显的差异性，因此在多数情况下需要不同类型的技术专家，致力于类似领域的专家应当被分入不同的小组，以方便密切沟通和共同学习。私营部门机构可能会根据亚、非、拉丁美洲等地理范围，或者会根据其业务的数量进行分设，这还存在不确定性。
秘书处除了核心运行单位之外，秘书处所承担的其他职责（意味着执行官将需要专门的支持）也是基金组织架构需要考虑的一部分。考虑到每个职能所需，下表总结了对秘书处的执行官来自非核心支持的初始结构的所有可能因素。
本章表 1 秘书处执行官非核心支持单位的初始结构
续表
考虑到每个职能所需，为秘书处执行官提供了一个可能的非核心支持的初始结构，可以为人力资源部、外联部和财务部设立小型独立的单位。此结构包括：
（1）人力资源部。在一开始就需要足够的员工补充，因为这对于该基金从全球寻找和吸引高质量职员是至关重要的。
（2）外联部和合作单位。该基金将需要一些高层人员，从而确保其在建立之初就能做到开放和交流，特别是与国内民间社会和其他组织的合作。这个部门会履行其特殊使命，实现“治理工具”第 71 段的指令，即该基金须发展融资机制以提高利益相关者在战略和活动的设计、发展和实施方面的输入和参与，包括私营部门参与者、民间社会组织、弱势群体、妇女和土著群体。
（3）财务部。即使考虑到基金获取的融资资产最初将由临时受托人管理（世界银行）和运作，但是基金的内部财务流程的处理，包括工程项目的委托和支付，都将需要一个由几个高级人员组成的独立的金融部门。该金融部门的规模需要达到一定程度，即该基金除了捐赠还有其他资金来源，包括能够提供优惠贷款以及更加复杂的其他金融工具。特别是，随着基金资金的来源和使用越来越复杂，财务部门应对金融风险的管理更是至关重要。
（4）法律、资源调动、战略、政策和程序的联合单位。执行官还需要在三个关键领域获得支持：法律、资源调动和战略、政策及程序。至少在最初，这些领域有可能由一两个高级职员管理，与秘书处其他高级职员合作，并且在基金初期尚不需要由一大批职员成立此独立单位。战略、政策和程序的发展对基金的整个运行都是非常重要的，在其初期值得关注。这项工作需要由执行官和基金整个运行单位的高级职员全力配合，而不是那些与客户无直接深入联系的职员。随着时间的推移与基金的成长，为以上三个关键领域分别设立单独的部门，以发挥各自职能，是很有必要的。
（5）认证部门。正如在绿色气候基金／ B. 04 ／05 文件中所探讨的和“金融工具”中所阐释的，进入该基金融资的国家、区域和国际实施机构，将要通过理事会的认证。对此，该基金将需要建立一个认证机构，及其流程和标准，以显示基金的受托标准、环境和社会保障。这些至关重要的职能应当被分配给一个有着丰富经验和专门知识的核心职员，该职员要在理事会指导下工作，和来自秘书处其他部门的职员组成一个认证机构。他们将为所有实施项目和融资机构设立认证标准，并根据经验和实践持续地进行修改，并且，如果由理事会决定最终认证标准，理事会将会成立外部认证小组以确保认证标准适用的正确评价。
（6）技术咨询小组。遵循“治理工具”的指示，发展能够吸引高水平专家和技术建议的机制，将会有一个或更多的由外部技术专家组成的技术咨询小组，这些专家将协助基金职员评估提议方案的质量，并完成来自“治理工具”的指令，因而该基金应该是一个不断学习的机构。适应和缓解项目各自拥有一个技术咨询小组可能是更合适的。每一个小组都应该包括覆盖该基金所有活动的专家，并特别强调包括那些基金核心职员无法利用的专业知识（或专家意见）。随着基金的成长，及其支持单位的需求模式越来越明确，应考虑建立更多的专门咨询小组。这些专家会定期会晤基金工作人员，相互学习，并且在评估特别创新的建议时，能够随时单独为基金工作人员提供特定的、短期协助。在某种程度上，该基金相信，依靠这些技术咨询小组，它将不必需要更多的专业化核心职员。这将有助于招聘专业更广泛的职员，没有特定技能的限制，并且把他们安排在地理分布更广的各个区域部门。然而，设立和管理这些部门，基金需要注意的是，这些部门要提供成本效益的服务，促进基金决策过程的完备。
绿色气候基金治理工具表示该基金需要一个受托人管理基金的金融资产，并且该受托人需要向理事会报告并与秘书处共同工作，以支持理事会的工作。
此外，“管理工具”要求该基金的结构组织有两个部分：一个独立的评估部门和一个独立的诚信部门。然而，这些部门并不明显要求在基金的初步运行阶段就配备全部人员。相反，直到基金的运行开始扩展前，一个高级人员就足够了。在基金的最初几年，此独立评估部门完成一项完整的评估活动之前，该部门主要致力于协助核心运行单位设立良好的监控和评估系统。最后，“管理工具”要求理事会应当设立一个独立的赔偿机制，并且这一机制将在此独立诚信部门内设立和运行。
《联合国气候变化框架公约》（以下简称《公约》）缔约国会议第 3 ／CP. 17 号决议强调了加快推动GCF运作并确保其独立性的必要性，要求理事会加快基金投入运作，其中第 26 段指定世界银行为基金的临时受托管理人，在基金运行 3 年后接受审查；世界银行作为基金受托管理人，受托管理人将对理事会负责并履行其职责。
第 3 ／ CP. 17 号决议第 18 段指出，理事会将和受托管理人一起参与法律制定和行政管理，只有当东道国承认基金的法人地位和法律能力时，这才可能实现。为了世界银行能顺利接收向基金的供资，作为临时受托管理人的世界银行有必要直接与供资者签订协议。在基金的法人地位和法律能力被承认后，临时受托管理人将与基金签订协议，
该协议将包括基金的使用和管理规定，基金和临时受托管理人之间拟议的协议将在适当的时候提交理事会审议批准。
为了更好地为基金提供临时受托管理人服务，世界银行设立了金融中介，即绿色气候基金信托基金（即GCF信托基金）用来接收、储蓄和转移供资。
按照第3 ／ CP. 17 号决定，世界银行作为绿色气候基金的临时受托管理人，提供的金融服务应包括：
首先，供资管理。根据供资者的供资协议，临时受托管理人将接收给GCF信托基金的供资并将其转化成基金运作所需货币（基金最初持有货币应为美元）；
在理事会召开第一次会议以及批准标准条款之前，缔约方会议同意加快基金投入运作并满足临时秘书处的活动所需金融资源的要求，供资的国家可以要求临时受托管理人与它们签订供资协议；这些协议中的标准条款中的任何变化应该在理事会的批准和临时受托管理人可接受的范围内修改。
其次，投资管理。临时受托管理人将对GCF信托基金中的未拨付余额进行投资，按照临时受托管理人的既定政策管理信托基金，直到时机成熟后转移给基金，投资收益将分配给GCF信托基金。
第三，财务记录和现金转移。根据理事会的决定，临时受托管理人将使用GCF信托基金的金融资产，使其可用资源转化成现金，并把这些活动记录在临时受托管理人的财务会计系统里。按照第 3 ／ CP. 17 号决定（第 11 段），基金的法人地位和法律能力确认之后，临时受托管理人将与基金的执行实体签订转让协议以使现金转移到它们手里。基金的法人地位一旦确认，这样的转让协议将会被基金和执行实体之间的协议取代。同样，基金的法人地位和法律能力确认之后，用于理事会、临时秘书处（或之后的独立秘书处）以及临时受托管理人行政费用的分配、花销以及现金转移将按照标准条款以及理事会的决定进行。尤其是，临时受托管理人将把GCF信托基金的可用资金分配一部分给全球环境基金（GEF）秘书处，并且将与公约秘书处签订转让协议，将资金从GCF信托基金转移给公约秘书处，用于就临时秘书处关联职责的相关费用。
作为临时受托管理人的世界银行与公约秘书处签订的转让协议，用于理事会的审核批准。
在理事会召开第一次会议以及批准行政预算之前，缔约方会议同意加快基金投入运作，临时受托管理人可以把GCF信托基金的可用资金转移给GEF秘书处和《公约》秘书处，用于临时秘书处的相关费用。资金转移是基于两个秘书处对临时受托管理人的联合通知，而且受制于基于理事会批准的行政预算的协调统一。为了确保资金可以转移给《公约》秘书处，临时受托管理人将与之签订转让协议，而且这份协议中的任何变化将在理事会的批准以及临时受托管理人和《公约》秘书处都可接受的范围内作出修改。
第四，会计和财务报告。临时受托管理人将保存关于GCF信托基金的会计记录和财务数据，而且要向理事会提供财务报表。财务报表应该是一年一次的年度报表，或者是在临时受托管理人和理事会同意的任意时间段的报表。这些报告将包括收到的供资、以信托形式持有的资金、未拨付资金的投资收益，临时受托管理人的资金转移情况以及用于理事会分配和花费的可用资金等信息。 GCF信托基金将包含在世界银行信托基金的内部审计中，其费用由世界银行承担，相关的内部审计报告将以年度报告的形式提交给理事会。如果理事会需要分期的审计报告，世界银行也会安排其外部审计员编制关于基金财务报表的外部审计，这样审计的费用由GCF信托基金支付。临时受托管理人服务是依靠世界银行的信息技术和财务管理系统实现的。
为了能够履行其对理事会的职责，作为临时受托管理人的世界银行将作为观察员被邀请参加理事会会议，陈述和基金以及临时受托管理人的服务有关的财务事宜。世界银行将与基金的利益相关者就其临时受托管理人的职能进行沟通，以便确保世界银行在作为临时受托管理人的有限权利内，对基金服务项目的透明运作。按照第 3 ／ CP. 17 号决定，作为基金的临时受托管理人的世界银行不得参与资金分配决策过程，也不参与基金资助活动的编制、评估、监督和报告。作为临时受托管理人的世界银行不必对其他活动负责，也不必对基金职能负责，比如执行实体认证、秘书处的成立和运作、监督监管或作为临时受托管理人对从世界银行转移的资金使用的后续追踪以及汇报非财政问题等。供资和转移协议明确提出，作为临时受托管理人，世界银行不必对由它转移资金的使用负责，也不必强制返还滥用的基金。
设立绿色气候基金的决定属于墨西哥坎昆会议（COP16）谈判成果《坎昆协议》的重要组成部分。同时，根据坎昆协议设立了一个绿色气候基金过渡委员会（Transitional Council，简称TC），这个过渡委员会有 25 位发展中国家的代表和 15 位发达国家的代表组成，由这个过渡委员会拟定出绿色气候基金的设计方案并提交德班会议（COP17）。在过渡委员会工作进程早期，就已经明显看出发达国家和发展中国家之间，对未来绿色气候基金的职能、目标和资金运作等方面广泛存在的差异。
发展中国家在整个TC工作进程中详细阐明了它们对 1000 亿美元资金的观点，即 1000 亿美元的承诺资金将首先由发达国家提供新的和额外的、可预测的、充足的公共捐助予以实现，以履行发达国家在UNFCCC中“共同但有区别的责任”。它们认为，应当允许发展中国家基于接受国的国家选择，简化程序并直接地使用基金资助；而且，基金应当具有自己的法人人格，并加强与缔约方会议（COP）的密切联系，要求基金对COP负责。相反，发达国家认为，GCF应当减弱与COP、UNFCCC原则和授权的联系；有限公共资金应当首先被用于催化和撬动私营部门的投资，私营部门资金将成为帮助发展中国家实现低碳排放发展路径所需要资金的核心。这些冲突的观点不可能在TC工作中达成一致，TC将拟定的“绿色气候基金治理工具”在委员会内部没有达成一致的情况下提交给了德班会议（COP17），最终，COP17 的决议批准了这个“治理工具”，并通过添加注解的方式阐释了一些关键问题的争议。
根据“绿色气候基金治理工具”及其注解的表述，绿色气候基金将拥有自己的法律人格。发展中国家一个关键的诉求是要避免在现行资金机制和制度之下创设绿色气候基金，尤其不赞同将GCF纳入GEF之下，使GCF成为GEF的构成部分。因此，赋予GCF独立的法律人格是一种重要象征。GCF可通过独立于现行包涵气候融资的机构和制度的法律人格，构建自己的规则和程序，被寄望于吸收和提供更多的授予资助。
就GCF与UNFCCC ／ COP之间的关系而言，发展中国家坚持主张GCF应建立与UNFCCC ／ COP之间的紧密联系，而发达国家却宁愿GCF与UNFCCC ／ COP没有联系。根据批准的“绿色气候基金治理工具”及其注解，GCF理事会将向UNFCCC ／ COP呈交年度报告，并对来自COP对其项目（计划）、政策和优先的指导所采取的行动进行汇报，因而GCF被界定为作为UNFCCC资金机制的一个运作实体。 GCF在一定程度上类似于GEF模式，而就GEF来说，其与受援国的关系不够密切，而与捐助国家却又太密切，这显然是发展中国家所抵制的，因此GCF应改变其与受援国和捐助国之间的关系架构。实质上，GCF与COP的紧密程度远远超过GEF与COP的关系，GCF须向COP呈交年度报告并接受COP的指导和审议，而GEF不直接向COP报告也不受其审查的约束。而且，就理事会形成决议程序方面，GEF理事会在不能协商一致时，决议需通过投票表决，投票需满足两个条件：一是赞同票超过出席理事会代表人数的 60％，二是赞同票超过基金中总捐助额的60％，第二个条件导致了GEF成为发达国家主导的基金；然而，GCF理事会中每一位代表平等地拥有一个投票权，且发展中国家代表与发达国家的代表数量一致，投票权不受代表国家捐助额的限制，因而更加体现了公平性。另外，发展中国家理事会成员可以为了GCF的目标而超越现行UNFCCC与GEF之间的谅解备忘录的约束。
另外，还需要关注的一个问题是，如何处理绿色气候基金（GCF）与全球环境基金（GEF）及其管理之下的气候变化特别基金（SCCF）、最不发达国家基金（LDCF）、适应基金（AF）等公约内资金机制的关系。可以预见，为了促进绿色气候基金的目标得以全面实现，绿色气候基金与其他基金的资金来源的协调应当被鼓励和重视。尤其是 2015 年 12 月通过的《巴黎协定》第九条第 8 款规定：“《公约》的资金机制，包括其经营实体，应作为本协议的资金机制。”
也就是说，受托经营《公约》资金机制的实体——绿色气候基金和全球环境基金以及作为全球环境基金管理下的最不发达国家基金和气候变化特别基金应为巴黎协定服务。这意味着绿色气候基金并非属于《巴黎协定》这一气候协议唯一的经营实体，如何协调是必然需要考虑的问题。
然而，就长期来看，绿色气候基金应当成为主要的气候资金机制的运作实体，尤其是绿色气候基金与其他基金在某些优先领域和结果领域存在交叉重叠的情形时，绿色气候基金应当被优先考虑。当然，如何按比例分配资金来源，基金之间如何协调和执行，以及基金之间如何互补，这些问题皆应在未来作出更为深入全面地评价和阐释。