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在民勤县、西吉县、共和县都有一些行业协会，如民勤县甘草协会、用水者协会、西吉县牛羊肉协会、马铃薯研究所、共和县铁盖乡上合乐寺村养猪协会、共和县沙珠玉乡耐海塔村奶牛养殖协会等协会，许多协会发挥组织化优势积极为会员提供一些农业公共服务，比如发布农产品供求信息、组织会员进行生产、提供种养殖技术指导等服务。但由于不少行业协会存在以下问题，导致协会整体发展比较缓慢。
（一）部分协会官办色彩浓厚，依赖性过强，有违行业协会的宗旨
在调研中发现三地的一些行业协会的官办色彩过浓，行业协会成了“准政府”“二政府”，基本失去了其民间特色
，无论是从行业协会章程的制定、日常决策权，还是内部运行机制、监督机制等方面，行业协会都缺乏相应的独立性。许多行业协会（如某县马铃薯研究中心）是由政府部门牵头发起，会长一般由农口部门主要领导人兼任，协会的工作人员也是所属机关的干部，业务主管单位往往把行业协会作为一个下属科室，协会在人、财、物上缺乏足够的自主权，这种过分的依赖性，必然限制协会日常工作的开展，不利于协会的宗旨和职能的发挥。
（二）缺乏资金保障，机构运转不畅，难有大作为
协会的资金来源主要有四条渠道：一是政府拨款，包括初始注册资金和相应的“人头费”、办公费；二是会员缴纳的会费；三是服务性收入，即通过培训、咨询、办展览会等所得；四是经营性收入，即下属实体经营所得，这些资金来源渠道都没有可靠的保障。政府拨款只能是初期阶段起扶持作用的，会费总体数额不多，又常常拖欠，一些行业协会为了生存，只好采取以会养会、收取培训、咨询费等办法来维持生存。加之，国家在协会资金管理上没有专门规定，对刚刚兴起的行业协会也没有优惠政策支持，没有起动资金，行会工作难以开展起来，行业协会的作用就体现的不充分。在民勤县、西吉县、共和县的访谈中也发现部分协会名存实亡，或者仅有一个牌子，没有场所，还有一些协会之间由于缺少沟通，各自为政，缺少规范和管理，很难发挥支农、惠农的作用。
（三）行业协会缺乏独立的法人资格
目前，由于我国缺乏专门的《行业协会法》等相关法律，全国已有行业协会是按《社会团体登记管理条例》注册登记的社会团体法人，不具备独立的法人资格，无法独立承担民事责任。西北地区现有的农业协会也面临这样的问题，因为缺乏独立的法人资格，协会不能在更大范围和更高层次上为农业提供更多的服务。