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东汉末期，吴国在东南崛起，西晋统一后，又有东晋及南朝的宋、齐、梁、陈割据南方。六朝时期闽中的人口应以闽越人的后裔为主，同时又有不少汉人进入闽中，所以，六朝闽中历史的特点是汉越文化进一步交融。
闽越灭国之后，汉武帝因“东越狭多阻，闽越悍，数反覆”，“诏军吏皆将其民徙处江淮间。东越地遂虚”
。但闽地辽阔，山地复杂，有许多闽越遗民躲过汉军的搜山，待汉军退还江淮后，这些遗民重返居住地，自立为冶县，并得到汉朝的承认。但是，当时闽中的人口极少，全闽仅立一个冶县，而其居民，应是以闽越人为主。其后一直到西汉末年，有关冶县的记载特少。东汉时期，汉朝的国都从长安东迁洛阳，江淮一带有较大的发展。东汉在闽中设立南部都尉，加强对闽中的管理。其时，东冶县是汉朝东南重要的港口。
东汉末年，孙策、孙权经营东南。建安十二年（公元 207），孙吴在闽中设立五县：候官、建安、南平、汉兴，其一史阙载。东吴永安三年（260），建安郡建立，辖有建安、将乐、邵武、建平、吴兴、延平、东安（南安）、候官等九县，数月后又增加了绥安县，这十县中，有八县都在闽西北，沿海只有候官和东安（今南安）二县，当时闽北是吴国统治闽中的主要基地。其时闽地经常发生反抗孙吴的起义，而东吴也常派兵南下闽中作战，每次战胜后，都将俘虏的越人编入军队，带往江南一带屯垦作战，这使闽中再次流失许多人口。
东晋末年闽人的第三次外迁。东晋末年，东南沿海暴发了孙恩、卢循起义。孙恩以船为家，频频袭击东南沿海、沿江城镇。失败后余众推卢循为统领，“元兴元年正月，卢循自称征虏将军，领孙恩余众，略有永嘉、晋安之地”
。卢循在晋安郡（今福建沿海）前后一年，沿海船民纷纷加入卢循之众。其后，卢循从海上入广州，北上湘江、赣江，分二路攻打晋朝的城镇，最后一直打到建业城下，几乎夺取了东晋政权。卢循南下广东也带去了不少福建民众。
由于福建人口多次流失，长期以来，闽中人口稀少，是南方最落后的区域之一。西晋福建设立了两个郡，然而，无论是建安郡还是晋江郡，人口都不多，据《晋书·地理志》的统计，二郡各有 4300 户，也就是说，当时全闽不过 8600 户人家，平均每县只有几百户人家。《宋书·州郡志》载建安郡“领县七，户三千四十二，口一万七千六百八十六”。晋安郡“领县五，户二千八百四十三，口一万九千八百三十八”。由此可知，南朝闽中人口比起晋代更少一些，由晋代的 8600 户减至 5885户。这种状况一直到隋代也没有多大变化。据《隋书》地理志，当时闽中仅设一郡四县，共有 12420 户人家。其时闽中的人口不仅远逊于北方，而且远逊于周边地区，无论是浙江还是岭南、江西，其人口都比闽中多。
从两汉到六朝，迄至隋朝，闽中人口稀少，闽越文化断续不绝，而后又有中原汉族南下福建，奠定了汉越相融的基础。
在福建历史上有“永嘉之乱，八姓入闽”之说。例如，《闽中摭闻》说：“晋永嘉时，中州板荡，衣冠入闽者八族，林、陈、黄、郑、詹、邱、何、胡是也。以中原多事，无复北向，故六朝仕宦名迹，鲜有闻者。”
这件事情的背景是这样的：西晋统一南方之初的太康年间，闽中建安和晋安两郡的人口不过 8600 户。其后西晋发生了“八王之乱”，而北方胡族纷纷起兵。永嘉五年（311）匈奴贵族刘渊派兵攻克洛阳，屠杀西晋贵族及平民数万人，北方大乱。中原人士纷纷南下。张籍的《永嘉行》咏道：“黄头鲜卑入洛阳，胡儿持戟升明堂。晋家天子作降虏，公卿奔走如牛羊。紫陌旌旙暗相触，家家鸡犬惊上屋。妇人出门随乱兵，夫死眼前不敢哭。九州诸侯惊旷土，无人领兵来顾主。北人避胡皆在南，南人至今能晋语。”
这首诗是说永嘉大乱之时，不少中原大族南迁至江浙一带，他们虽在南方定居，往往保留中原的“晋语”，其中名为“永嘉”的温州是最典型的。在这一时代，也有一些来自北方的“晋人”进入闽中。宋初《太平寰宇记》在“福州”与“泉州”条下，都有晋人南迁入闽的记载。如“泉州”条云：“东晋南渡，衣冠士族多萃其地，以求安堵。”
近年的晋江考古已经证明了这一点，在南安境内的晋江两岸，有不少地方都发现晋人的墓葬。对这一问题，福建学者也有研究。朱维幹教授引述唐代林蕴的《林氏族谱序》：“汉武帝以闽数反，命迁其民于江淮，久空其地。今诸姓入闽，自永嘉始也。”
五代时期闽人詹琲有一首《忆昔吟》：“忆昔永嘉际，中原板荡年。衣冠坠涂炭，舆辂染腥膻。国势多危厄，宗人苦播迁。南来频洒泪，渴骥每思泉。”
除了詹氏之外，其他姓氏也有不少是从永嘉时期入闽的。马端临的《文献通考·经籍考三十二》云：“《闽中记》十卷，陈氏曰：‘唐林谞撰。本朝庆历中有林世程者重修，其兄世矩作序。谞，郡人，养高不仕，当大中时。世程，亦郡人也。其言永嘉之乱，中原仕族，林、黄、陈、郑四姓先入闽。’”如其所云，唐代林谞著《闽中记》时，原文作“中原仕族，林黄陈郑四姓先入闽。”北宋的林世程续写《闽中记》仍然保持这种说法。但到了南宋时期，福建文献就将四姓增加为八姓，如《三山志·版籍类一》云：“永嘉之乱，衣冠南渡，时如闽者八族。”
邓肃的《栟榈集》也说：“晋永嘉中有八姓入闽者，‘何’其一也。”
可见，福建史籍中应是先有“四姓入闽”的传说，而后有些人发现永嘉时入闽的不止四姓，便将其发展为“八姓入闽”之说。这八姓是“林、黄、陈、郑、詹、丘、何、胡”。
大致说来，永嘉士族南迁入闽，是在唐宋之际即有的传说。对这一传说，福建史学界分为两种意见，有些人认为这一记载是可靠的，但朱维幹教授在《福建史稿》中提出不同意见和质疑。他认为：其一，永嘉年间，是否有中州人民入闽值得怀疑，因为东晋为安置北方“侨民”而在南方建立的侨县、侨州，没有一个是在闽中；其二，即使有八姓入闽，也绝不是高门望族，而是所谓“寒族”。
朱维幹教授的分析是有一定道理的。
东晋时期，江浙一带尚为初步开发区，人口稀少，因此，这一时代南下的人口，大多分布在长江以南一带。与江南相比，福建地处海隅，境内多山，可耕田少，加上交通极为不便，南迁人口主要居住于江南，而不是进入闽中，是可以理解的。其次，据史书的记载，这一时期福建人口相当稀少，西晋闽中全境不过 8600 户，而到了南朝宋时期，反而下降到 5885 户，这一统计数据也许说明不了什么，但从中无论如何看不出永嘉年间北方人口大举进入闽中的痕迹。但是，要说两晋北人入闽完全是虚构的，看来也不成立。因为考古表明：福建在晋以后的确有外来人口。以泉州境内的考古来说，汉代的墓葬迄今尚未发现，表明这一时期当地人口稀少，所以，留下的墓葬亦少，至今未见。但是，泉州境内却发现了许多东西晋与南朝的墓葬，墓葬方式与器物风格“与江南地区六朝墓完全相同”
，如果这不能说明中原汉族入闽的话，至少可以说明江南民众在这一时期入闽。其中有一墓中发现一颗铜铸的“部曲将印”，说明其主人生前为部曲将，这是一个八品官，担任这一官职，也许不是贵族，但至少是一有身份的人。从文献记载来看，南朝“侯景之乱”时，确实有一些三吴地区的人民避入闽中等地。《陈书》记载：天嘉六年（565）陈朝皇帝三月乙未的诏书：“侯景以来，遭乱移在建安、晋安、义安（潮州）郡者，并许还本土，其被略为奴婢者，释为良民。”
侯景之乱是发生于梁太清二年（548）的事件，其时降梁的东魏大将侯景勾结戍守长江的萧正德，渡江进攻建康（南京），次年攻破台城，繁华的建康被焚掠一空，梁武帝被困饿死。接着，侯景领军横行三吴，烧杀掠抢。后来侯景在建康称帝。侯景军所到之处屠城洗劫。这就是历史上有名的“侯景之乱”。当时割据闽中的陈宝应载粮食去会稽一带贸易，带回许多江南人口。史书载陈宝应因此实力大增，可见当时流入闽中的江南人口之多。经过 17 年的动乱，当陈朝击败陈宝应后，下此诏书，即是为了让这一批因灾难而被迫进入闽中的人口回到家乡。
总体而言，西晋永嘉之乱后，中原民众大举南迁，虽说他们大都安置在长江南北的“侨郡”与“侨县”，但也有一部分人进入闽中，在福建沿海及闽西北居住。他们的到来，增加了闽中汉族的成分，同时也加快了闽中汉越民族的交融。不过，必须注意的是，这一时期进入闽中的各姓，未必是北方大族，更多是是江南一带的平头百姓。其次，他们的数量并不太多，因为直到隋朝统一闽中，建安郡四县的人口仅 12420 户
。可见，“永嘉之乱，八姓入闽”，并未造成闽中人口的大增，它的意义仅是增强了闽中的汉文化因素。
唐代的《开元录》谈到福州时有这样一段话：“闽越州地，即古东瓯，今建州亦其地。皆蛇种。有五姓，谓林黄是其裔。”
这是说，福州林黄等五姓是“蛇种”，而“蛇种”正是“说文解字”对“闽”一字的解释。可见，迄至唐代，仍然有人认为闽人是古代闽越人的后裔！林、黄、陈、郑历来是福建的四大姓，《开元录》所说的闽中五姓，应当包括这四大姓。但是，前引《三山志》，称闽中“林、黄、陈、郑、詹、丘、何、胡”八姓皆从中原南迁。那么，林、黄、陈、郑等福州大姓究竟是什么地方人？我认为，实际上，这八姓中，可能只有部分是从北方南迁的，而其中多数，应为越人后裔。闽中大姓，在六朝时期也有人提及。《陈书·陈宝应传》言及陈宝应“世为闽中四姓”
，陈宝应反叛时，陈朝对他大肆声讨，其檄文曰：“案闽寇陈宝应父子，卉服支孽，本迷爱敬。梁季丧乱，闽隅阻绝，父既豪侠，扇动蛮陬，椎髻箕坐，自为渠帅。”
可见，在陈霸先看来，陈宝应这一闽中四大姓之一的首领，实为“渠帅”。
“渠帅”是当时的中原贵族对少数民族首领带有侮辱性的称呼，陈宝应被称为渠帅，说明他确实是越人子孙，而在陈朝之前，闽地的渠帅一直很活跃。例如：《梁书》云：“闽越俗好反乱，前后太守莫能止息，侃至讨击，斩其渠帅陈称、吴满等，于是郡内肃清，莫敢犯者。”
闽人首领陈宝应的盟友——在江西一带反陈的土豪首领周迪及其部下也被称为“渠帅”。
此外，隋初江南反隋军首领高智慧的部下，也被称为“渠帅”。
从六朝时期闽中多为渠帅掌权这一事来看，当时闽中多为越人子孙，否则，他们不可能控制闽中。
以上史料证明了六朝时期越人的血缘在福建长期延续，其主要家族有林、黄、陈、郑诸姓。福建民谣有“林陈半天下，黄郑满地走”之说，这是说，林、黄、陈、郑诸姓是福建大姓，其中陈林就占了一半以上人口，黄姓与郑姓的数量也无法数清。就此来看，这说明林惠祥教授认为现代闽人中有相当比例的古越人血缘，是有一定道理的。
汉族是一个血缘相当复杂的民族，她以华夏族为主体，并在发展过程中融合了许多民族。吕振羽等老先生认为：夏、苗、越、夷是汉族四大来源。越人生活于东南滨海区域，北至山东半岛，南至北部湾，都是他们活动的区域。他们融入汉族有先有后，也有一部分越族形成了独立民族，如壮族等民族。因此，我们仅仅证明福建人中有越人血缘，其实并没有为以往的知识增加些什么，我们想要弄懂的是：闽中越人是在什么时候基本完成汉化的？六朝时期的闽中越人汉化达到了什么程度？
六朝时期的社会习俗，重视门阀制度更胜于民族差异。这一时代人们重视的是门第与文化传承，那些从汉朝以来显赫的世家，被认为是汉文化的继承者，在政治上享有较高的地位。因此，这些家族被视为世家大族。在江南地区，王、谢、顾、陆四姓被视为大姓，其他各姓皆有品次。其时，山越人分布于长江南北的许多地区，汉朝对他们的统治较为宽松。但在吴国时期，朝廷屡次派军队到山区搜索山越人，迫使他们下山，吴国将俘获的山越人编入军队，带到江淮屯田、打战，这一政策的长期执行，便将山越人压迫为社会最底层的部曲。由于这一原因，六朝时期对山越人的歧视是相当严重的。在这一风气之下，闽中的越人也受到歧视。不过，除了越人之外，普通的汉人家庭，同样受到世家大族的歧视，因此，这一歧视主要不是民族歧视，而是门第歧视。由于汉人的下层群众与越人一起受压迫，所以，共同的命运将他们逐渐联系在一起，反而促成了六朝时期的南方民族大融合。从总体趋势而言，魏晋南北朝以来，虽然门第制度盛行，但其最后结果却是出现民族大融合的局面，这不是偶然的，这是因为下层民众同生死、共命运而造成的。
在南方地区，门阀制度最盛行的是东晋时代。东晋灭亡之后，门阀制度便遭受重大打击。例如，南方四姓中，由于王姓大臣多次在晋末发动叛乱，在政治上的影响大不如以前。谢氏虽然未受太大打击，但它在政治上的特殊地位也逐渐消失。随着寒族刘裕创立宋朝，一批新贵成为朝廷中的实际掌权者，传统的世家大姓只能获得一些荣誉性职务，或是中下层职务。刘宋灭亡后，萧齐、萧梁取而代之，其开创者都是军事首脑。他们所用之人，也多为军官，因此，每一次改朝换代，都使世家大姓遭受重挫。最后，岭南豪族陈霸先取得政权。陈霸先的祖先据说是江南的平民，而后流落岭南，在岭南成长为豪族。在他统治的时代，南方世家大族大多早已衰落。因此，陈霸先掌权，完全是按照自己的意愿确定统治阶层，没落的世家大姓受到冷淡。其时陈霸先为了争取闽中土豪陈宝应的支持，与陈宝应通谱，陈宝应家族因而被接纳为皇族。这一事例说明：当时南方的民族界限其实十分淡薄，虽然整个中国还存在着北人对南人的歧视，但在实际上，南方汉人与山越人之间，已经没有很明显的民族差异。陈宝应与陈霸先家族通谱，说明东晋的门阀制度已经彻底崩溃，人们对传统的门阀等级制度已经不太感兴趣，否则陈霸先无论如何都不会与“低贱的”闽中陈氏通谱。因此，这一事件也表明闽中越人融入汉族的过程，它说明闽中陈氏已经被纳入汉族，闽中其他姓氏的闽越人自然与陈氏取得相同的地位。以后，虽说陈霸先在陈宝应叛乱时，又发檄文大骂陈宝应是“卉服支孽”，但其所造成的影响已是无法消除。总之，闽越人自汉武帝平闽越之后，便开始了融入汉族的过程，自两晋及南朝的教化以来，闽越族的主流实际上已经成为汉族的一个部分。
必须说明的是：陈宝应与陈霸先通谱，只能说明福建发达区域土著与汉族的关系，实际上，在广大山区，还存在着各色各样的土著民族，他们直到唐代尚被视为“蛮獠”，因此，多数闽中土著与汉族完全融合，尚要等到唐代中叶。