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自从近代史学兴起以来，人们就关注到福建人的相关问题研究。其中关于福建人的起源，最早引起了大家的注意；老一代史学家中，王国维先生对候官的考证，劳干等人对冶城的探讨，都为福建史研究开拓了崭新的局面。近 30 年以来，诸如福建客家人、闽南人的研究，也曾吸引了许多学者。进一步推进这些学术问题的研究，应当将其建立在完整的福建人研究之上。应当说，我们的五卷本《福建通史》出版后，大大推进了福建史整体性的研究，在此基础上，将它和福建人研究的各项具体问题结合，应能将关于福建人的研究推到较高的层次。本书将回答许多大家关注的问题，不过，一切研究还是从福建人的来源开始吧。
关于福建人来源的研究。中国近代最早具有现代史学观念的梁启超在其《中国历史上民族之研究》一文中说：“吾侪研究中华民族，最难解者无过福建人。其骨骼肤色皆与诸夏有异，然与荆、吴、苗、蛮、氐、羌诸族亦都不类。今之闽人率不自承为土著，谓皆五代时从王审知来，故有‘八姓从王’之口碑。闽人多来自中原，吾侪亦承认；但经与土人杂婚之结果，乃成今日之闽人。”
可见，梁启超早就看出福建人起源的多重性。按，梁启超与福建才子林长民结为亲家，而林长民的貌相奇特：高额、长鼻、长须，有些欧罗巴人的特点。所以，梁启超会对福建人的来源发出如此感叹。
梁启超提到：今日之福建人都认为自己是中原移民的后裔，这是福建方志的传统看法。号称“七闽”的福建早先是闽越人的居住区域，这是没有争议的。福建方志认为，汉武帝灭闽越国之后，将闽越族主体迁至江淮一带，闽中空旷，少有人居住。西晋时期，北方发生永嘉之乱，晋人无法在黄河流域居住，大批南下，其中有部分晋人入闽，成为福建人的祖先。唐代又有陈元光入闽和固始人王审知入闽两大移民浪潮，所以，闽人多为中原移民的后裔。这是福建方志的传统说法。
近代史学发展以后，福建方志的传统说法受到挑战。民国时代著名的人类学专家林惠祥教授就福建人的来源写过两篇重要论文，其一为《马来人与中国东南方人同源说》，发表于 1938 年新加坡的《星洲半月刊》，其二是《福建民族之由来》，发表于 1947 年第 1 期的《福建生活》；1957 年，林惠祥教授在 1938 年论文的基础上，又增加了许多材料，将其修订为《南洋马来族与华南古民族的关系》，重刊于 1958 年的《厦门大学学报》社会科学版第 1 期。以上两篇论文都收入了《林惠祥人类学杂著》
。林惠祥先生在这两篇论文中，从文化人类学与体质人类学的角度，比较了中原汉人、福建人与马来人之间的同异，提出马来人与古越族在体质上相似，在文化上亦有相似之处。例如：断发、文身、黑齿、短须、跣足、拜蛇、巢居都是从福建到东南亚共同的习俗，而其语言也有相通之处。
他认为福建原居民古越人的体质与文化都接近当代的马来人，而后与中原南下的汉族混血，形成了今日的福建人。林惠祥先生说，虽说现代福建人主要是北方移民与本土越人的融合，但在事实上，现代福建人的体质特征更类似于马来人，较多地保留了古代越人的体质特征。
林惠祥先生的观点与福建学界传统观点相左，引发了许多问题。关于福建人的体质，有两个简单的方法可供参考。其一，看眼睛。如果说古越人是马来人种的话，那么，他们的眼睛较大，多为双眼皮，所以，双眼皮的闽人多有古越血统；而北方中原民众的特点是单眼皮，或称丹凤眼，凡是单眼皮的闽人，多为北方移民后裔。其二，个子的测量。北方人个子较高，南方人个子较矮，闽人中，个子较高的是北方移民后裔，个子较矮的是古越人后裔。问题的复杂性在于：我们在福建可以看到许多像林长民那样双眼皮而又高个的闽人，同时，也看到许多单眼皮且个子较矮的闽人，这就很难给福建人的种族属性下结论。如果偏重于眼睛，典型的闽人以双眼皮为多，丹凤眼较少，可以得出闽人多为古越人后裔的结论。但从个子看，福建人在南方人中，又算个子较高的，实际上，福建人平均高度高于广东人和四川人，这说明他们有较多的北方血缘。所以，从体质而言，福建人肯定是北方移民和南方越人的混血，而且越人的成分有可能多一些。
不过，血缘的延续和民族的认同是两个概念。在民族的认定方面，体质血缘仅是次要的因素，更为重要的是文化的认同。闽人在体质上保存了越人许多特点，但在文化上认同中原，这种闽人共同的文化认同，其重要性远远高于血缘延续。事实上，经过人体血缘和基因的测定，学界认为闽人的父系血统来自于北方，而闽人的母系血统来自于南方。一般地说，父系血统决定了族群的文化认同。这是闽人自认为北方移民后裔在体质人类学方面的根据。
总的来说，福建原为古闽人居住的区域，他们的人种较多地偏向于今日的马来人。闽越国被灭亡之后，闽越族主体迁到江淮一带，以后闽中开始了汉越交融史。笔者认为：闽越人汉化的进程始于晋代，在五代时期基本完成。闽越人向往中原文化是其汉化的基本动力，北方移民血缘的注入，促使这一过程的完成。
不管怎么说，古越人对福建人的影响是很深的。那么，在漫长的历史长河中，闽越人是怎样转化为福建人，从而成为汉族的一支呢？这就要结合考古史料回溯福建民族的进化史。