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系统科学自身尚未能够“系统”，主要受限于各种“系统机能”理论的“脚手架”。一切物质系统形态中，其根本是“本能物质”，其核心是“亚物质”，其现实是“机能物质”。机能物质是指来源于本能物质的、包含亚物质的现实物质系统，是指具有“功能和现象”的“物质体”
。根据物质的自我辩证逻辑
，研究物质系统的物质本能系统与系统本能、物质机能系统和系统机能。
（一）物质本能系统
世界是物质的，物质是系统的。严格地说，物质是指物质本能系统及其展开。物质本能系统及其展开，是指贯穿具有“本能系统自我辩证逻辑”的物质本能系统，即物质世界是指具有“自分形（大前提）——整形（小前提）——博弈妥协系统（结论）”的物质本能系统。
（二）本能系统的自我辩证逻辑
“本能系统的自我辩证逻辑”是指物质的“自分形（大前提）——整形（小前提）——博弈妥协系统（结论）”的辩证逻辑，具体如下：
（1）大前提：物质具有本能自我分形最大化动因；
（2）小前提：“物质本能自我分形之间”自组织协同涌现出“自我相互作用”的亚物质整形支配力；
（3）结论：物质既是本能自我分形自动的，又是受自分形不均匀性之间的自我相互整形支配力约束的，它们博弈妥协呈现出“物质表现着自己”的物质体。
物质是“一”，物质表现者（物质体）是“不一”；物质通过自分形本能表现自己，物质自分形之间通过亚物质整形力自组织为整体——表现为物质体。自分形不均匀性必然涌现产生的亚物质差异（即整形力差异）使物质自分形呈现出“不一”的物质体，例如天底下没有两片完全相同的树叶。
（三）来源于“本能系统自我辩证逻辑”的系统本能
根据“本能系统的自我辩证逻辑”，可发现物质本能系统中的系统本能，即一般物质具有自组织的系统本能——自分形本能、整形本能、自组织涌现本能，具体如下：
一是，自分形本能是一般物质的内在根本动因，是宇宙世界的第一推动因，是运动的根本来源；
二是，整形本能是一般物质相互作用和普遍联系涌现生成的亚物质的系统抽象动力；是普遍联系和相互作用的根本；
三是，自组织涌现本能是一般现实世界的普遍联系、发展和演化的系统内在整体性标志。
系统本能在现实的具体系统中，表现为“不一”的具体形式和内容，使得各种科学学科相对独立出来，例如物理学从混沌的哲学中相对脱离独立出来，形成了丰富的人类科学知识体系。
（一）物质机能系统
物质机能系统，是指来源于“本能系统的自我辩证逻辑”的“物质本能系统”的现实“表现”。物质机能系统和物质本能系统归根结底统一于物质本能系统。作为现实世界物质的物质机能系统，是指具有“自分形（大前提）——整形（小前提）——博弈妥协系统（结论）”自我辩证逻辑的“现实”物质系统。
（二）物质机能系统的自我辩证逻辑
“物质机能系统的自我辩证逻辑”来源于“物质本能系统的自我辩证逻辑”，前者是后者的具体化和现实化，具体如下：
（1）大前提：任何机能物质事物都具有来源于本能物质的自分形最大化动因；
（2）小前提：不同机能事物本能自分形最大化行为之间，自组织协同涌现出新系统亚物质整形支配力；
（3）结论：机能事物是来源于本能物质而分形自动的，又是受所在系统约束的，博弈契约性妥协是它们各自最大化演化共存的现实系统。
机能事物即物质体，机能事物作为物质之“是”的携带者（即是者），它表现自己的根本方式来自于“是”的“自分形”，机能事物相互表现自己的方式是新系统亚物质的整形。现实系统物质的“是者”，通常是指包括自分形、自整形和他整形的统一的物质体，某一“是者”作为更大的统一体（物质体）通常包括了诸多要素“（基质组分）是者”。因此，机能系统的研究，即当前系统科学研究，主要是指以“适可而止”的组分、机构、功能的统一体（现实系统）为研究对象的系统科学研究，它通常具有现实的效用意义。
（三）来源于“物质机能系统自我辩证逻辑”的系统机能
根据“物质机能系统自我辩证逻辑”，一般物质机能系统的“现实”系统机能包括“分形机能、整形机能、自组织涌现机能”三个方面，具体如下：
一是，分形机能是机能系统内部组分要素运动演化发展的基本动因；
二是，整形机能是机能系统中诸要素相互作用涌现生成亚物质整形而具有“系统意义”问题的核心动力；
三是，在机能系统中，亚物质支配差异协同自组织演化发展指向整体优化目的态，即自组织涌现机能揭示了机能系统具体存在演化的形态。
系统机能的核心可以归结为自组织涌现机能，其研究主要表现为系统科学的控制论、信息论、协同学、突变论、耗散结构理论、超循环理论、混沌理论、分形理论，等等。
立足系统哲学与辩证唯物主义哲学综合构建哲学思想实验，可发现：辩证物质是普遍存在的，是运动的、普遍联系的；一般物质具有本能自我辩证逻辑，在自然界，矿物、植物、动物和人类等物质“系统本能”表现的现实“机能系统”。它们具有“表现各自存在”的系统机能，这种不同在于“涌现”机能不同。
人类系统与石头、植物和动物等系统一样，遵守内在共同的一般系统物质的“涌生”规律，只是涌生机能的层级、性质和强弱不同而已。石头具有低层级基质及其相应的弱系统涌现机能（矿物特性），植物相具有略高于石头层级的基质及其相应的略高级系统涌现机能（植物本能），动物具有高于植物层级的基质及其相应的较高系统涌现机能（动物意识），人类具有脱离动物的人类基质及其相应的最高级系统涌现机能（人类思想）。
物质的系统机能与系统本能是统一的，一方面是指由机能系统向本能系统的“收敛”统一，另一方面是指由本能系统向机能系统的“展开”统一。物质本能（机能）系统自我辩证逻辑的表述形式是一致性，即具有“自分形（大前提）——整形（小前提）——博弈妥协系统（结论）”的系统统一形式。所不同的是，它们在同一表述形式下拥有不同的具体表述内容（范畴），决定了一个是本质（本能）内容，一个是现象（机能）内容。系统本能对应的本能系统，是“唯一的”和“抽象的”，且没有外在他物；系统机能对应的机能系统，是“多样的”和“现实的”，它与他物为环境共生。
1.系统本能对应的本能系统的基本物质模型如下图：
2.本能系统的基本物质模型，在现实中通常表现为具体的机能系统，即系统机能对应的机能系统的物质模型，如下图：
3.本能物质、亚物质、机能（基质）物质三者统一于“物质”。本能物质是绝对抽象的；机能（基质）物质是本能物质展开的“现实”；亚物质是连接机能（基质）物质与本能物质的桥梁与纽带，既包含抽象部分，也包含现实内容。本能物质除了具备“自分形开显特性”外没有任何其他特性，本能物质自分形不均匀性，在分形前质和分形后质之间“涌现”出“（自间物质）亚物质”——本能物质与亚物质构成基质物质系统，不同的基质物质及其相互“（他间物质）亚物质”共同构成机能物质系统。系统哲学的研究对象（物质机能系统），通常是具有明显亚物质效应（系统效应和系统意义）的机能物质系统——把组分的机能物质的机能，与整体的机能物质系统的机能关系，作为系统哲学的核心。
系统本能和系统机能统一于物质本能系统的自我辩证逻辑，机能是收敛统一于本能的机能，本能是表现机能的本能。物质系统，不管是亚物质还是机能物质，归根结底收敛于本能物质。没有本能物质，就没有亚物质，更谈不上“整体的”、“现实的”机能物质。现实物质系统中，世界的物质系统模型主要是指机能物质系统，其中，低级的、小的机能物质在高级的、大的机能物质系统中，前者可以作为后者的组分（基质）；因此，“本能物质、亚物质、机能物质”的自我辩证逻辑是指“本能物质（与各种基质物质）、亚物质（与各种涌生事物）、机能物质（与各种新机能物质）”分形整形博弈的相互统一。