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我国生物资源无论种类和数量都在世界上占据重要地位。我国现有高等植物约3万种，占全世界高等植物种类的10％以上，其中特有植物约有200个属；同时，爬行类、鸟类、哺乳类、两栖类动物拥有量约占世界总量的10％，有脊椎动物达4400多种，并保护有大熊猫、金丝猴、白鳍豚等一批特有的珍稀动物。我国动植物种类之多均列世界前茅，是生物多样性十分丰富的国家之一。我国有许多特有珍稀种类。据统计，我国陆栖脊椎动物约有2340种，约占世界陆栖脊椎动物的10％。我国鸟类也是世界上种类最多的国家之一，约占世界鸟类的13％。其中雁鸭类全世界共有166种，我国有46种，占28％；全世界有鹤类15种，我国有9种，占一半以上；我国有兽类449种，占世界兽类11％；灵长类我国有16种，这类动物在欧美一些国家完全没有，可见我国野生动物在世界上的重要地位。在40余个海洋生物门中，我国海洋几乎都有。我国特有物种的分布特点是往往局限在很小的特定生境中，如大熊猫仅分布在四川、陕西、甘肃三省毗连的秦岭、岷山东部和邛崃山海拔2300米以上具有箭竹的森林中。水杉原产于靡九溪畔。我国生物多样性面临严重威胁。中国被子植物有4000种受到威胁，其中，珍稀濒危种1000种，极危种28种，已灭绝或可能灭绝7种；裸子植物濒危和受到威胁的63种，极危种14种，灭绝1种；脊椎动物受威胁433种，灭绝和可能灭绝10种。
我国位于欧亚大陆东部，北抵寒温带大陆，南至热带海洋，地域差异明显。生物区系跨越两大界，即动物地理学上的古北界和东洋界，植物地理学上的泛北界和古亚热带界，因而孕育了丰富多彩并且独具特色的生物种群和生态系统。我国的森林类型十分复杂，地跨不同的气候带，由北向南的地带性森林类型有寒温带落叶针叶林、常绿针叶林、温带针阔叶混交林、暖温带落叶阔叶林、亚热带常绿阔叶混交林、热带雨林和季雨林等类型。森林主要分布在东部和西南部，在西北部高海拔山地上也有少量分布，各种森林类型的分布与地貌也有紧密关系，我国平原地区由于人为开垦及城镇建设已很少有天然森林分布。因此我国森林生态系统类型多样，仅陆地生态系统就有27个大类，460个类型。我国组织了多次大型的生物多样性本底调查，出版了大批的志书和名录，公布了国家重点保护的动物、植物名录。开展的重大科研项目有“中国关键地区生物多样性保育的研究”“生物多样性保护及持续利用的生物学基础”“中国生物多样性保护生态学的基础研究”“人文因素对澜沧江流域生物多样性影响机制的研究”等。国家环保总局、国家林业局以及地方相关部门在生物多样性宣传教育和人员培训方面做了大量的工作。我国加入的有关公约包括：《濒危野生动植物种国际贸易公约》（CITES）（1973年）、《生物多样性公约》（1992年）、《保护野生动物中迁徙物种公约》《保护世界文化和自然遗产公约》《关于特别是作为水禽栖息地的国际重要湿地公约》。先后完成了“中国·生物多样性保护行动计划”“中国生物多样性国情研究报告”“中国国家生物安全框架”“中国履行《生物多样性公约》国家报告”等编制和实施工作。
自20世纪50年代起，我国就制定有关的方针政策和一系列保护措施，使生物多样性的保护初见成效。1987年公布的《中国自然保护纲要》是我国第一部自然保护方面的纲领性文件，它提出了我国保护生物多样性的总体战略和基本原则，并且提出了一般性对策。我国十分重视保护生物多样性的科学研究，中国科学院有33个研究所从事这一方面的工作，环境保护部门也建立了草原、荒漠、湿地等多种类型的生态监测站。我国高度重视生物多样性的宣传和教育，利用广播、电视、报刊等宣传媒介进行普法和科普教育，以立法形式开展了全民义务活动，如每年4月22日的世界地球日，6月5日的世界环境日，以及植树节、爱鸟周、野生动物保护月等。这些活动的开展，有力地提高了公民对生物多样性的关注和保护意识。至2005年，在全国建立了2349个自然保护区，自然保护区面积占国土面积的15％（其中国家级243个），自然保护区面积为14994.9万公顷。初步形成了类型比较齐全的全国性的保护区网络。目前中国主要的陆地生态系统类型、野生动植物别特是国家重点保护的珍稀濒危动植物，绝大多数都在自然保护区里得到较好的保护，为全球生物多样性保护做出了重大贡献。
2005年初，国家环保总局联合生物物种资源保护部际联席会议财贸单位着手全国生物物种资源保护与利用规划编制工作，开展了《生物物种资源保护管理条例》的研究。2005年11月，第三次生物物种资源保护部际联席会议原则通过了规划文本，并对条例起草提出了建设性意见。2005年国家环保总局联合教育部、农业部、国家林业局、中科院以及国家中医药局等部门继续开展了全国生物物种资源重点调查工作，完成了第一批生物物种资源编目工作。2005年农业部制定并颁布了《农业重大有害生物与外来入侵生物定发事件应急预案》。收集了300余种外来入侵生物的信息数据，构建了“中国外来入侵物种”数据库，编辑了《中国主要农林外来入侵物种名录》。对10种主要潜在入侵物种进行了适生性风险评估。开展了8种主要入侵杂草、4种入侵昆虫的综合防治技术示范。继续实施“十省百县”外来入侵生物灭毒除害行动，动员1000万余人次，对紫茎泽兰、豚草、水花生和少花蒺藜草等进行了集中灭除，铲除治理面积达2000万余亩。
中国种质资源保护与利用也取得巨大成就。自1949年以来，一批批种质资源应用于作物育种，使主要农作物品种更新3～6次；由于品种更新，粮食单产与粮食总产量分别增加了3.1倍和2.7倍。林木具有生态建设和环境治理等重大功能，中国人工林木种类居世界第一，列入主要造林树种约210种；目前已筛选出适用于水土流失、沙漠化、石漠化地区植被恢复的乔灌木树种120种以上，拟选择优良种质4万份以上。传统中药800～1000种，药用植物种质资源的保护对中医和中药产业的发展，尤其对药材产量和质量的提高，发挥了重要的作用。动物种质资源的保护已使一些濒危种得到恢复，促进了家养动物和蜂、蚕饲养业的持续发展。中国水产品总产量已连续10年居世界首位，其中水产品养殖产量占水产品产量64％以上，完全得益于丰富的水生生物种质资源。中国已成为世界食用菌生产大国，全国已有12个食用菌产值超过亿元，成为一些贫困地区的支柱产业。优良豆科根菌菌种的筛选及在退化草地改良中大面积的应用，解决了人工草场营养的缺氮问题，创造了巨大的生态效益。
截止到目前，中国作物种质资源拥有量达38万份，仅次于美国的45.2万份，居世界第二位。已建成国家长期种质贮藏库2座，长期保存种质资源33万余份，位居世界首位，并实行了异地复份保存。已建立国家级种质资源圃32个，建成了国家级中期库10座。在国家保存的种质资源中，已对62％的种质进行了抗病虫鉴定，43％的种质进行了抗逆性0鉴定，57％的种质主要品质鉴定，100％的种质的农艺性状观察记载。已获得优良种质2.6万余份，并从中评价、创新出优异种质1475个。从1981～2000年间，有168份种质直接用于生产，累计种植面积3680万hm 2 ，新增利润203.55亿元；有386份种质作为亲本育成新品种427个，累计推广2.236亿hm 2 ，新增产值1447.63亿元。
经过多年的努力，云南省已建立了相当数量的各类保护地。其中，有自然保护区、森林公园、风景名胜区、地质公园、湿地公园等等。这些保护地，有的属于县级、省级和国家级，有的还是世界遗产地或生物圈（MAB）保护区。这些保护地的建立，为生物多样性保护工作奠定了基础，提供了有利条件。云南是当今世界上生物多样性最丰富的地区之一，也是世界生物学界的热点之一。云南省的生物多样性保护引起了全世界生物多样性保护机构和组织的关注。如今，世界自然基金会（WWF）、美国大自然保护协会（TNC）、福特基金会（FORD FOUNDATION）、联合国环境规划署（UNEP）、全球环境基金（CEF）、世界银行（WB）、德国技术合作公司（GTZ）、国际保护组织（CD）、国际保护动物基金会（FFD）、国际自然保护联盟（IUCN）、野生生物保护学会（WCS）等国际机构、组织，都先后来到云南开展工作。云南省的生物多样性保护工作涉及河流管理、野生动植物贸易、木材交易、经济林发展以及边疆自然保护区内一些野生动物的迁徙和保护、外来有害物种的控制等方面，工作任务十分繁重。可以这样说，云南省的生物多样性保护工作的成功与否，不但影响到本省，还影响到国内其他地区，甚至还影响到周边国家。
但是，我国在保护生物多样性方面仍然存在许多问题。如：外来入侵物种是导致生物多样性减少和丧失的重要原因之一。据有关专家调查研究，外来入侵有害物种对我国生物多样性和经济建设的影响巨大，目前中国外来入侵物种已达数百种，入侵危害造成的年经济损失高达1200多亿元。虽然国家有关部门已经开展了大量工作，但当前在引进外来物种时，普遍没有进行入侵风险评估，科学研究不够深入，尚未建立起科学有效的防治措施和协调管理机制，公众对外来入侵物种及其危害缺乏认识。要重点开展外来入侵种物对生物多样性和生态环境影响的研究，加大相关部门和地方对外来入侵有害物种的防控力度。
从全球范围来看，生物多样性受到了来自诸多方面的威胁。而对我国来说，生物多样性在我国范围内也受到了诸多的威胁，这些威胁不但来自环境外部本身，而更多的是来自我们人类活动本身，现对生物多样性受到的主要威胁进行详细论述：
第一，自然因素是物种本身的生物学特性。生物的多样性受到了来自自然环境的威胁。首先，出于物种本身的生物特性，生物物种的产生和灭绝都是自然的选择过程，更是每个生物物种本身需要经历的由生即灭的过程。我们从化石所记录的信息可以看出，大多数的物种都有来自其自身本来的寿命，生物物种的平均寿命一般从100至1000万年不等，所有物种在达到寿命后，就会不可避免的消亡。其次，所有的生物物种，对环境的适应能力都会有所不同，某些生物由于自身狭窄的食性和较低的生殖能力等身体特性，在很大程度上缺乏对环境足够的适应性或者变异性，因而在遇到重大的环境变化而无法适应时，将会遭遇消亡的危害，甚至导致整个物种的彻底性灭绝。
第二，人为因素。在生物的多样性中，因为很多人类对生物多样性的重视程度还很不够，缺乏对生物多样性的保护意识，只是一味地过度关注来自经济方面的发展，因而使得生物多样性在来自人类自身的威胁也越来越多，在很大程度上导致了生态系统的严重破坏。在对生物资源的开发中，由于过度的资源开发、严重的资源掠夺、其他物种的入侵以及不健全的制度等问题，造成了严重的环境污染，和生物资源的极度缺乏，以上这些都对生物的多样性造成了严重的破坏。①生境的丧失和退化。生物的生存环境的片断化，使得生物的生存环境被迫分割成多个破碎化的区域的过程。人类的各种活动都很有可能对生态系统的片断化产生负面影响的同时，也不同程度的限制着生物正常的自由活动。在人们的正常活动中，设施设备的过度建立，过度的限制了动物的正常活动，进而严重地影响了动物正常的觅食、迁徙以及繁殖的过程。与此同时，植物也在正常的生存和繁殖的过程中受到了不同程度的影响，引发了动植物的种群减少，甚至原本已经濒临消亡的物种的灭绝。此外，生物的生存环境的片断化，也会因为外来物种的肆意入侵，对原有的物种生存带来威胁。同时，生物生存的栖息地的不同程度的破坏和片段化，也破坏了我国境内的动植物物种的消亡和灭绝。并且，人类肆意的砍伐林木，和不合理的占地，是当前破坏我国生态系统的主要原因。其中，人类肆意的砍伐林木，导致了从低至高的植物物种数量的急剧减少，迫害了它们的生存环境的同时，也引发了林木的意外火灾的发生，据相关数据统计，在过去的三十年期间，我国有将近860万公顷的森林因为火灾而流失。再次，随着经济的发展，人们在正常的农业和建设中，森林和湿地等的用地被越来越多的占用，也极大地破坏了生态系统。从相关统计的数据来看，在我国现有的农田中，竟然有三分之一的处女林，特别是在热带雨林区域更为严重。而对于沿海的湿地来说，也有了一大半的面积已然发生了变化，位于高原湖泊的周边湿地的状况更为严重。②环境污染。社会经济发展，与之引发的水体污染、空气污染、土壤污染等主要污染以及外来物种入侵。水体的污染，将对特别是鱼类的水体生物的生存、生长和繁殖带来危害，甚至死亡。其中，在水体的污染中，对在海洋、江河及湖泊等生存的水体生物的多样性，极大地降低了生物物种的生存和繁殖能力，带来了深度化的影响。此外，水体本身愈加富集的营养化，明显降低了水体生物的多样性；在空气的污染中，人们在进行生产制造时，肆意向大气中排放着多种有害的物质，这些有害气体损害了生物体本身的同时，危害着生态系统，从而导致多种生物的健康和生存。与此同时，大气的污染还会带来全球气候变暖，引发全球范围内的温室效应，对生物的多样性造成了严重的破坏，也由此受到了国际诸国的广泛关注；在土壤的污染中，当地的植被会因为土壤的污染而逐渐退化，甚至成为贫瘠之地，而原本生存在土壤中的生物也会因此而逐渐减少，严重时将会遭遇灭绝的威胁；在对外来物种入侵方面，生物的多样性也会因为外来物种的入侵，而遭受不同程度的损害，其中主要来自在农林牧渔业生产以及城市公园、景观等的建设和绿化过程中，大范围的刻意引入，造成转基因的生物以及其他生物的泛滥。其次，伴随着贸易、运输以及旅游等的发展，因为人们无意识的向该区域引入了其他的新物种。再次，部分生物借助自然或者依赖本身而被引入到其他区域。据不完全统计，在全球濒危内的植物物种的记载中，大概有百分之三十五，甚至一半的污染都是来自外来物种的入侵。这些都将引发生物多样性的下降和生态系统的失衡。③过度开发。随着全球人口的增加，和全球经济的发展，人类与此共生的需求也随之增加，使得人类对资源的过度开采，最终引发了生物资源的大幅减少。市场需求越是扩大，对生物资源的掠夺就越是严重，带来的过度开采严重导致生物多样性的极度下降，特别是我们人类对海洋鲸类的过度猎杀。
除此之外，也有来自经济发展方面的影响，诸如在对新的城镇、水库及矿区的开发建设上。同时，旅游业的发展，和国际不充分的相互合作，也对生物的多样性产生了不同程度的威胁。