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全世界大约有1300万—1400万个物种，但科学描述过的仅约有175万种。实际上，科学描述过的物种被认为是有效的。物种的准确数目对大多数类群来说不清楚的。对高等植物和脊椎动物的了解相对比较清楚，对其他类群如昆虫、低等无脊椎动物、真菌等，还不很了解。即使已经记录的物种，不同的分类学家依据的标准也不完全相同，因此仍然有“好种”和“坏种”之分。热带森林（尤其是雨林）仅占世界陆地总面积的7％，但却是生物多样性最集中的地区，赋存着地球上一半以上的物种。我国热带面积仅占国土的0.5％，却拥有全国物种总数的25％。在秘鲁1hm 2 的森林中，就发现了283种树木和17种藤本植物，在一棵树上就有43种蚂蚁，几乎同整个英国的蚂蚁种类差不多，尽管如此，热带森林中还有数以万计的物种未被发现。但热带森林与海洋相比，还是小巫见大巫。人类对海洋的了解很少，以至于在海洋中经常有许多惊人的发现：1986年发现了一个新的生物门——Loricifera门。深海世界也并非一片死寂，例如在美国新泽西州海岸1500-2000m深的海底沉积物中，人们竟然发现有10多个门100多个科的898种生物。
随着地球的演化，曾经产生过千百万种生物，但它们大多灭绝了，现在存在的生物也许只是代表曾经存在过的生物总数的千分之几。大灭绝是指在相对短的地质时间内，生物区系的多样性遭到大规模的破坏，生物界类群大规模消失的现象。一般是指由大规模的环境变化引起的，如全球性升温或降温、灾变等，人类活动也日益成为大灭绝的原因。据专家们估计，自恐龙灭绝以来，当前地球上生物多样性降低的速度比历史上任何时候都快，鸟类和哺乳动物现在的灭绝速度或许是它们在未受干扰的自然界中的100-1000倍。地球上脊椎动物物种的平均生存期为500万年，脊椎动物灭绝速率为每100年90种（近2亿年来），高等植物每27年1种（近4亿年来），即每100年3.7种。1998年世界物种保护协会和世界野生生命基金等组织发表报告说，现在地球上每8种已知植物物种中至少有一种面临灭绝的威胁，即大约有34万种植物物种处于灭绝的边缘。据统计，世界森林面积占土地面积的22％，却集中了70％以上的物种，尤其是热带森林，面积仅占全球面积的7％，却集中了50％以上的物种拥有世界80％以上的昆虫，90％以上的灵长类动物（国家林业局，2000）。只有拥有了丰富的生物物种资源，森林的整体生态效能才能更高。1992年，联合国环境与发展大会发表了《关于森林问题的原则声明》，进一步明确了森林和林业对于人类生存发展的重要作用。欧安会（CSCE）于1993年9月在加拿大召开北方及温带森林持续发展学术讨论会，将林业和森林持续发展与社会进步、国家安全联系在一起。由于人类现代农业导致的富营养化、工业化和城市化，伴随着大面积森林的砍伐、生境的破坏、动植物资源的过度利用和外来种的入侵，即使物种极为丰富的热带雨林的生物多样性也在急剧下降。Brook等（2003）根据马来西亚同类地区的生物多样性估计，新加坡有记录和无记录的生物多样性丧失的比率可能高达73％，所灭绝的生物类群大多数是以森林为生境的；并指出目前东南亚46％的森林遭到破坏。森林生物多样性的保护在生物多样性保护中占有重要的地位。
有基于自然方面的原因而导致的物种灭绝，这是一个极其缓慢的过程，大致平均每100至1000年消失一个物种，在这个过程中，也有着新物种的产生，基本保持地球生物多样性的动态平衡。但是，自工业革命以来，特别是进入20世纪以来，人类经济活动对全球生态系统毁灭性的破坏或破碎化，过度捕杀和采伐，工业污染和有毒有害化学物品的使用，以及对动植物物种资源的过度开发利用、外来物种的引入和疾病的加速传播等，都造成全球生物多样性以远远高于自然灭绝的速度丧失。
生物的多样性，来自大自然方面的因素是导致它们灭绝的重要原因。大自然对生物多样性的影响是一个极其缓慢的过程，在这个漫长的过程中，大概每隔100年到1000年之间都会有一个古老的生物物种灭绝，而与此同时，也将有一个全新的生物物种造就，以此来维持全球生物多样性的动态平衡。但是，步入20世纪开始，由于我们人类在从事经济活动时，对全球的生态系统造成了极具毁灭性的危害，过度的开采、砍伐和肆意的捕获、猎杀，以及工业生产活动中产生的各类污染等来自多方面的原因，都在很大程度上加速了全球生物多样性的下降和丧失。关于问题，可大致归纳为如下四个方面：
第一，经济诱惑力。生物的多样性受到了越来越多的国家的广泛关注和重视，因而大多数的国家都陆续制定了与之相关的法律法规。但是，伴随着市场经济的快速发展，生物的多样性因为随之而来的来自大自然和我们人类的威胁下，受到了严重的破坏。越是极具经济和实用价值的生物，就越是需要得到更多更全面的保护，但同时又使得这些濒临灭绝的生物物种成了当前贸易中的稀缺资源，受到极大的现实利益的驱使，一些不法之徒开始了严重破坏生物多样性的，诸如肆意的盗采盗伐和偷猎偷捕的行为，加速了越来越多地物种的消亡。也正是因为这样，生物多样性的问题，才越来越多的受到国际诸国的关注，诸国也因此制定了相关法律，来削弱直至消除生物多样性的威胁。第二，生物多样性的保护不力。从全球范围来看，发达国家因为长期的开发已经不具有丰富的生物资源，与此同时，丰富的生物多样性的国家，绝大多数分布在发展中的国家。在近些年来，发展中的国家做出了很大的努力来保护本国国境内的生物多样性，但是，很多的困难点仍然存在。在保护生物的多样性方面来看，全球只有6％的土地受到了严格或者是部分的法律法规的保护之下，在北美和中美洲地区的比例，达到了12％。在我国，中国自然保护区的数目也在逐渐增多。同时，不止投入土地等资源外，对自然保护区以及国家公园等的建立，还必须投入高额的财力和庞大的人力。又因为生物多样性于身俱来的特殊性，只是单纯的市场交换又无法实现它的价值。对发展中的国家来说，经济的不断发展是当前的急迫问题，但是对生物多样性的保护来说，势必需要以巨额的经济、人力和资源的投入为代价，这样将会严重降低本国的经济发展。生物的多样性在区域分布，以及保护能力之间现在还无法维持平衡，这都将极大地制约着对生物多样性的保护和丰富。第三，国际合作弱化。对生物多样性的保护，必须依赖国际的有效合作。就当前的生物多样性的法律法规来看，发达国家和发展中国家的相互合作还相比缺乏，需要两方国家能够公平的承担起对生物多样性保护的责任和义务，共同进行生物多样性的科学研究，这些也都是诸国签署《生物多样性公约》的目的。但是，即便如此，人们预想的有效合作也并没有能够顺利执行，特别是由于发达国家没有尽到他们该承担的责任和义务。相反的，发达国家反而更加贪婪的掠夺濒危的珍稀物种资源，持续加速对生物多样性的破坏和消亡。对当前存在的，对生物资源的利用以及由此创造出来的收益分配失衡，严重地损害了对保护生物物种资源的积极主动性，也极大地制约着对生物多样性的保护成效。第四，法律保护机制不协调。由于生物多样性的损害，不会影响人们的日常生活。所以，当生物学家在呼吁保护这些濒危物种的时候，没办法使之和经济相互关联，这将在很大的程度上弱化来自公共政策方面对生物多样性的保护。但是，对生物多样性的破坏行为，却相反的能够直接或间接的创造出来经济效益，当我们在对生物多样性的保护制定相应的策略时，这就需要对传统意义上的人和土地的关系做根本性的调整，而生物的多样性的可持续利用，也需要建立在消耗可限制的资源上面，来获取未来时期内更多的效益。虽然，人们都在一直呼吁保护资源，降低消耗的速度，但是在实际状况下，却是极大的为了追求在经济上的快速增长。从当前的状况来看，因为人类的原因引发的日益减少的生物多样，和与之相关的来自人类或者自然的保护相比，前者更为严重。鉴于以上分析，现有的公共政策已经不能够对生物的多样性进行有效的保护，而需要制定和当前生物多样性更加协调的公共政策，来消除日益锐减的生物多样性。
由此我们很清楚知道，这些问题引发了对生物多样性的破坏行为，造成生态系统的严重失衡。生物多样性也在热带雨林因森林的大面积减少而遭受的破坏相当突出。土地的逐渐沙漠化和盐碱化，致使了生物物种的灭绝。对生物物种资源的过度利用，使得百分之三十的物种资源到了灭绝的边缘。工业化和城市化进程的加快，为人类和生物生存的环境都带来了严重的大气、土壤和水体环境污染，以及外来物种的大批量任意引进和侵入，也使得本地的生态系统遭受了重大的威胁，加速了生物物种的灭绝速度。因为，对于生物多样性来说，外来入侵物种对生态系统的威胁，以及环境的破坏是一个长期、持续和缓慢的过程，因而对外来入侵物种的控制或者清除都是相对困难的事情。况且，当地的物种和外来入侵的物种也都会因为食物和栖息环境等方面进行激烈的竞争，对本地的物种生存和发展遭受严重的影响。此外，我们人类旅游业的兴起和发展，也在很大程度上加速了生物多样性的流失。