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这一理论是自然保护区的设计和管理的一般性原则。MacAthur和Wilson（1967）首先提出生物地理学平衡理论（MW理论），可以用幂函数来表示物种存活数目与其生境所占据的面积或空间之间的关系，物种迁入率和灭绝率决定了岛屿上存活的物种数量，迁入和绝灭过程的消长导致物种数量动态变化。然而，对该理论的有效性和真实性，一直不乏争议。首先，物种-面积公式是一个建立在经验基础上的统计学模型，仅表达的是一种静态的宏观模式，只要受到扰动（自然扰动或人为扰动），这种关系就会发生偏离；其次，模型统计参数z实际上是一个复杂的函数项。目前，未能提出恰当的表达式，自然条件随着空间变化的巨大差异、生物物种固有特性等，都对公式可行性产生影响；最后，平衡态假说作为模型核心，其真实性是值得怀疑的，物种迁入率和迁出率的真实情况远非模型假设的那么简单。因此，模型是否真实以及在多大程度真实，至今尚缺乏一致的认定。MW模型理论在考察一些生态学问题时具有一定的理论价值。有学者提出异质种群概念来表示同一物种在若干离散生境斑块中种群的总和，或组间个体迁移小于亚种群内个体迁移的一组亚种群。这些小种群在空间上存在隔离，彼此间通过个体扩散相互联系。异质种群动态的数学模型主要有斑块占有率模型和扩散-反应模型两类。异质种群模型做出的一些理想化的假设，如斑块面积和隔离程度不对种群动态产生影响，其真实性在现实中往往是难以保证的。同时动植物短暂的生命决定了它们常常会在一个地方灭绝，然后又在其他地方生存。异质种群理论和岛屿生物地理学理论都有一个共同的基本过程，即个体迁入并建立新的局部种群以及局部种群的灭绝。但岛屿生物地理学中假定存在一个所谓的“大陆”，在这个大陆上的“大陆-种群”不仅不会灭绝，而且还是迁移个体的唯一源泉。迁移个体可以是来自于任意一个现存的局部种群，其中任意一个局部种群都是有可能随机灭绝的。所定义的是异质种群结构的两种极端情况，或者说在这两种极端情况之间还存在很多的过渡类型。保护生物学家一直在强调生物廊道对连接孤立斑块中有利的一面，却忽略了廊道可能造成的负面影响。通过廊道连接起来的孤立斑块中，种群个体感染上的传染性疾病导致种群灭绝速度有可能远远超过彼此孤立的斑块组成的种群的灭绝速度。
近年来由于投入的人力和财力的限制以及政策、保护与发展经济之间的矛盾等方面存在的问题，生物多样性丧失的态势并没有从根本上得到遏制。从保护的效率上考虑，保护行动应有明确的目标或重点的对象（地区或类群等），同时也需要保护种群长期生活在特定环境下形成的与所处环境相适应的共适应基因组，种群所处的外部环境（生物和非生物的）也是需要考虑的因素。自然保护国际一直倡导的热点地区对于生物多样性保护策略的制订，包括自然保护区的合理布局等具有重要的参考价值。有学者在分析热带雨林受威胁程度的基础上，提出了热点地区的概念，并于两年后主要根据维管束植物特征将其扩大到全球，提出了包括18个热点地区的划分方案。经过近10年的应用，在汲取相关的研究成果的基础上，修订了全球生物多样性热点地区的方案，该修订方案包括25个热点地区。热点地区的选择主要根据物种特有程度和受威胁程度。此外，也参考除鱼类以外的脊椎动物。每个热点地区至少包括1500种特有维管束植物（占世界植物总数的0.5％），且原始植被的丧失率大于70％。事实上，选出的5个热点地区中，有15个地区含特有维管束植物2500种以上，10个地区的特有维管束植物5000种以上；25个热点地区中有11个地区的原始植被丧失率大于90％，3个地区的原始植被丧失率大于95％。世界自然基金会（WWF）的生态区为基础的保护途径，提出全球200个重要生态区方案，稀有性、单属/科、特有的物种生态和进化现象以及生境的稀有性来确定。我国基于1999年国务院公布的国家重点保护植物名录（第一批）中246种林业系统主管的国家重点保护植物分析，进行自然保护空缺分析在128类优先保护的生态系统受国家级自然保护区保护的101类，占78.9％。优先保护的确定无疑对那些特别需要保护的种群和地区得到及时保护提供了科学依据。虽然对多样性保护的热点地区进行了划分，但随着全球气候的变化，物种及其依赖的生境可能会转移，所以现在的生物多样性热点不一定是未来的热点。因此，保护一个种群在其特有的生境及一段变化的环境上是十分必要的。在保护实践中，还应借鉴其他相关的研究成果。确定优先保护种群并不意味着对其他种群的放弃，而是在于强调不同种群对物种的贡献大小或作用大小。在资源（资金、人力等）允许的情况下，应该对所有的种群进行就地保护。