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（一）两者的目标一致，共同构成财务的本质
财务控制和财务治理的目标都是为了科学有效地用好企业的财权，促使企业实现经济效益最大化。财务控制偏重价值管理，财务治理则偏重利益关系调整。财务治理和财务控制分别从不同角度考察企业的财务活动，两者结合起来应用能更好地为实现财务管理目标服务。
（二）两者互为前提，相互促进
财务控制为财务治理提供依据和条件，而财务治理为财务控制提供制度和机制保障。财务治理根源于现代企业所有权与经营权的分离以及由此导致的委托代理关系。公司企业财务治理不是一般的财务管理（或财务控制），它的主要作用在于有效抑制代理成本，解决财权的合理安排的制度及机制问题，从而实现财务科学化决策，它并不涉及公司财务管理的具体业务。如果说公司的财务控制是关于具体财务活动的控制和调节问题，那么财务治理问题则是能够保证财务活动恰当地运行。公司财务治理规定了整个公司财务运作的基本网络框架，而公司的财务控制则是在既定的框架下驾驭公司实现财务管理目标。
（一）理论基础不同
1. 财务控制理论主要是现代控制论与现代管理学相结合的产物，控制不仅是管理的一项重要职能，而且管理的成败关键也在于能否实施有效的控制。因此控制论的概念、原理和方法，在管理中得到了广泛的应用。我们知道，一般管理就是计划、组织、指挥、协调和控制等活动的过程，企业的管理一般可分为财务管理和经营管理等，从这里可以看到财务控制从管理理论与控制理论方面得到了很好的解释。
2. 财务治理理论主要来源于公司治理相关的一系列理论，同时是公司治理重要的组成部分。财务治理作为公司治理的一部分，在研究问题的角度、思路和方法等方面，必然要遵循、借鉴公司治理理论。应当说，公司治理理论对财务治理理论的指导是全方位的，比如由公司治理本质涵义可以认识到财务治理的深刻内涵，即财务治理不仅仅是一套组织模式、一种制度安排，而且是一套决策程序、一种激励约束机制。
（二）运作的程序不同
财务控制立足于动态化调整，通过程序化的运作手段来促使企业财务活动实现某种目标或者维持某种合理的状态。在静态环境中，企业的财务活动一般都能按计划进行，似乎就无需进行控制了。然而企业面临的环境是不断变化的，要在变化了的环境下保证企业财务目标、财务计划有效地实现，必须通过财务控制活动及时采取适应性的举措，使企业的财务活动始终沿着正常的轨道运行。在财务管理工作中，无论采取哪种方法进行财务控制活动，最终不仅要达到第一个目标——维持现状，即维持财务管理既定的目标，而且要经常注意第二个目标——打破现状，即适应环境的变化。
财务治理立足于纵向、横向，通过对财权引申的剩余控制权、剩余索取权等权能的合理配置，建立激励约束机制，促使企业财务决策科学有效。从企业“宏观层面”看，股东大会、董事会、总经理和财务经理之间几乎瓜分了企业全部财权，形成了财务治理的不同层次，一般分为出资者（股东、债权人）财权、经营者（董事长、总经理）财权、分管经理财权三个层次。从企业“微观层面”看，内部经营管理中的财权是基于“授权”产生的一系列“财权链”或“财权流”，通过母子公司（或总分公司）之间、不同管理层次和不同部门之间财权合理配置，以形成责、权、利匹配的决策机制、执行机制和激励机制，促使财务决策符合企业的长远发展目标。
（三）实施的手段不同
财务控制依照系统论原理，在合理运作财权过程中主要采用预算、预测、计划、定额、检查、考核等手段达到控制目标；而财务治理依照信息论原理，主要是通过信息反馈来完善制度安排和机制设计，以提高管理效率，促使财务决策科学有序、执行有效。
（四）考察的对象不同
财务控制主要是针对企业的价值管理，始终关注企业的价值因素，通过一系列的控制措施和方法，使财务管理活动实现既定的价值目标；而财务治理依照信息论原理，主要针对财务活动中的利益关系调整，始终关注企业的财权配置是否科学合理。