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在市场经济条件下，企业资本所有权与经营管理权分离，财产终极所有权与法人财产所有权分离，形成了财产所有、占有、使用与处置权归不同利益主体或机构掌握，所有者、经营管理者、终极所有权拥有人与法人财产所有权占有人三者之间，在资产运营、资本投向、收益决定和剩余分配的财务事项上形成了一种相互依存又相互制约的关系，这种由于两权分离而形成的关系及其有关的理论就是企业财务治理的理论基础。
由于两权分离，财产所有者与经营管理者在企业财产所有与占有使用上形成了委托代理关系，经营管理者内部不同层级之间也形成了委托代理关系。这些委托代理关系容易引发“信息不对称”问题，使完美无缺的契约几乎不可能。因而，委托方必须设计一种体制，使受托方在其监督之下，努力工作，不发生“逆向选择”行为，确保或超额完成委托方的任务。受托方在努力工作的同时，亦会千方百计为自己寻找机会和理由，以谋求更多的个人利益。这样，在不同的委托代理方之间，客观上需要建立一种互相约束、相互制衡的管理体制，这种委托代理关系及其有关理论，亦是企业财务治理的理论基础。
财务治理必须建立在一定的公司治理基础上，公司治理理论自然成为财务治理的基础理论。公司治理或公司治理结构理论是关于公司制条件下，所有者和不同层次经营管理者之间在公司财产占有、使用、处置、剩余分配与监督控制方面形成的相互制衡关系的理论。现代企业制度的典型形式是公司制，公司治理理论的出现是财务治理理论的产生前提，没有公司治理理论的成熟与发展，就不可能有财务治理理论的产生、发展和成熟。
企业内外部存在着各种不同的财务关系，包括财务管理权与财务执行权的划分与协调关系、收入和支出权限分割关系、不同经营管理层次和利益主体之间的财务权责关系、企业税利交纳和财务剩余分配关系、财务监督约束和薪酬激励关系等。这些财务关系理论将影响财务治理结构的设计、构建和调整，正确处理这些财务关系的过程，实际上就是设计、构建和调整财务治理结构的过程。财务治理结构如果不慎重处理好政府、所有者、经营管理者和其他利益相关者的财务关系，这种财务治理结构将难以适应企业经营管理的变化。从这一角度看，财务关系的理论应该是财务治理的理论基础之一。