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根据人大常委会的《授权决定》和国务院的《调整决定》和《总体方案》的要求，国务院各部、委员会、中国人民银行、审计署和具有行政管理职能的直属机构独自或者联合陆续出台了专门针对上海自贸区的部门规章和行政性文件，构成了上海自贸区法制的重要部分。
1.2013 年 9 月 24 日颁布的《工商总局关于授予上海市工商行政管理局自由贸易试验区分局外商投资企业登记管理权的通知》决定授予上海市工商行政管理局自由贸易试验区分局对辖区内由上海市人民政府、中国（上海）自由贸易试验区管理委员会批准设立或备案的外商投资企业、外商投资企业分支机构，以及批准从事承包工程、承包或受托经营管理等生产经营活动的外国（地区）企业登记管理权。
2.2013 年 9 月 26 日颁布的《工商总局关于同意中国（上海）自由贸易试验区试行新的营业执照方案的批复》原则同意《中国（上海）自由贸易试验区试行新的营业执照方案》，并在中国（上海）自由贸易试验区（以下简称“试验区”）试行新的营业执照。
3.2013 年 9 月 26 日颁布的《国家工商行政管理总局关于支持中国（上海）自由贸易试验区建设的若干意见》从“试点工商登记制度改革，优化试验区营商环境；优化企业设立流程，提升试验区登记效能；转变市场主体监管方式，维护试验区市场秩序”等三个方面提出了九条支持上海自贸区建设的具体措施。
1.2013 年 9 月 27 日与上海市政府一起颁布《关于落实＜中国（上海）自由贸易试验区总体方案＞加快推进上海国际航运中心建设的实施意见》，该意见围绕“加快推进上海国际航运中心建设，进一步深化改革，扩大开放，坚持先行先试，丰富拓展国际航运发展综合试验区内涵，经过 2 ～ 3 年的改革试验，探索创新具有国际竞争力的航运发展制度和模式，形成可复制、可推广的经验，更好地发挥创新驱动、示范带动作用，有力地推动上海国际航运中心升级发展。”从“扩大服务水平；创新航运政策；拓展中心功能；提升服务水平；加强基础建设”等五个方面提出了18 项具体的措施。
2.2013 年 9 月 30 日发布《交通运输部关于在上海试行中资非五星旗国际航行船舶沿海捎带的公告》允许中资航运公司利用全资或控股拥有的非五星旗国际航行船舶，经营以上海港为国际中转港的外贸进出口集装箱在国内对外开放港口与上海港之间的捎带业务。
1.2013 年 9 月 30 日发布《质检总局关于支持中国（上海）自由贸易试验区建设的意见》，从积极开展质检制度创新、探索建立试验区检验检疫监管新模式、支持试验区创新建立质量技术监督和执法体制、支持深化试验区质量监督行政审批制度改革、促进试验区提升贸易便利化水平、建立试验区检验检疫预警和防控体系、支持试验区公共信息平台建设、推动试验区内诚信体系的建设和完善、支持试验区跨境电子商务的发展和服务试验区内产业集聚等十个方面提出了支持上海自贸区建设的意见。
2.2014 年2 月27 日，为了落实《质检总局关于支持中国（上海）自由贸易试验区建设的意见》要求，国家质量监督检验检疫总局联合上海海关和中国人民银行上海总部发布了《质检总局办公厅关于支持中国（上海）自由贸易试验区建设动植物检验检疫改革措施的通知》，对上海检验检疫局提出了五项具体措施和三项工作要求。
1.2013 年 9 月 28 日发布《中国银监会关于中国（上海）自由贸易试验区银行业监管有关问题的通知》，就支持中资银行入区发展、支持区内设立非银行金融公司、支持外资银行入区经营、支持民间资本进入区内银行业、鼓励开展跨境投融资服务、支持区内开展离岸业务、简化准入方式和完善监管服务体系等八个方面提出了原则性的意见。
1.2013 年 9 月 28 日，为了支持上海自贸区建设，中国保监会对上海保监局提出的有关事项做出批复，主要内容包括：
（1）支持在自贸区内试点设立外资专业健康保险机构；
（2）支持保险公司在自贸区内设立分支机构，开展人民币跨境再保险业务，支持上海研究探索巨灾保险机制；
（3）支持自贸区保险机构开展境外投资试点，积极研究在自贸区试点扩大保险机构境外投资范围和比例；
（4）支持国际著名的专业性保险中介机构等服务机构以及从事再保险业务的社会组织和个人在自贸区依法开展相关业务，为保险业发展提供专业技术配套服务；
（5）支持上海开展航运保险，培育航运保险营运机构和航运保险经纪人队伍，发展上海航运保险协会；
（6）支持保险公司创新保险产品，不断拓展责任保险服务领域；
（7）支持上海完善保险市场体系，推动航运保险定价中心、再保险中心和保险资金运用中心等功能型保险机构建设；
（8）支持建立自贸区金融改革创新与上海国际金融中心建设的联动机制，不断强化和拓展我会与上海市政府合作备忘录工作机制。
2.2014 年 5 月 15 日，发布了《中国保监会办公厅关于进一步简化行政审批支持中国（上海）自由贸易试验区发展的通知》，提出了三项具体的行政审批改革措施：
（1）允许上海航运保险协会试点开发航运保险协会条款，报备后由会员公司自主使用。
（2）取消在沪航运保险营运中心、再保险公司在自贸区内设立分支机构的事前审批，由上海保监局实施备案管理。
（3）取消自贸区内保险支公司高管人员任职资格的事前审批，由上海保监局实施备案管理。
1.2013 年 9 月 29 日发布《文化部关于实施中国（上海）自由贸易试验区文化市场管理政策的通知》，对上海自贸区内文化市场管理有关政策进行调整：（1）允许在试验区内设立外资经营的演出经纪机构、演出场所经营单位，为上海市提供服务；（2）允许在试验区内设立外资经营的娱乐场所；（3）允许外资企业在试验区内从事游戏游艺设备的生产和销售，通过文化主管部门内容审查的游戏游艺设备可面向国内市场销售。
1.2013 年 9 月 29 日发布《资本市场支持促进中国（上海）自由贸易试验区若干政策措施》，提出了具体措施深化资本市场改革，扩大对外开放，加大对自贸区建设的金融支持力度：
（1）拟同意上海期货交易所在自贸区内筹建上海国际能源交易中心股份有限公司，具体承担推进国际原油期货平台筹建工作；
（2）我会支持自贸区内符合一定条件的单位和个人按照规定双向投资于境内外证券期货市场；
（3）区内企业的境外母公司可按规定在境内市场发行人民币债券；
（4）我会支持证券期货经营机构在区内注册成立专业子公司；
（5）我会支持区内证券期货经营机构开展面向境内客户的大宗商品和金融衍生品的柜台交易。
1.2013 年 9 月 29 日发布《海关总署关于安全有效监管支持和促进中国（上海）自由贸易试验区建设的若干措施》，从“创新海关监管，推动贸易便利化；支持功能拓展，促进新型贸易业态发展；加强风险防控，培育法治化发展环境；加强联系配合，建立协作推进机制”等五个方面提出了十八项具体的措施，促进转变职能、优化服务、加强监管、有效管住，在更高层次上助推上海创新驱动和转型发展，创造可复制、可推广的对外开放体系和机制。
2.2014 年 5 月 12 日颁布的《屮国（上海）自由贸易试验区海关监管服务模式改革方案》（以下简称“改革方案”）是海关在上海自贸区监管服务模式改革的基础文件。
（1）指导思想
充分尊重企业经济运行规律，加快转变职能，坚持先行先试，积极探索海关适应市场经济规律要求的管理模式和管理制度创新，促进贸易和投资便利化，推动试验区形成符合国际化、法制化要求的稳定、透明、可预期的营商环境。
（2）总体目标
通过实施“信息化、智能化、便利化、法治化和安全化”改革以及机构人员、科技装备和信息化系统的配套改革（简称“五化三配套”），形成以信息化为基础、智能化为关键、便利化为方向、法治化为保障、安全化为要求，“简政集约、智能驱动、风险可控、便利高效”的试验区新型海关监管服务机制体制和管理模式，实现管理职能转变和监管高效便捷，积累可复制、可推广的改革经验，更好地为国家深化改革、提高开放型经济水平、促进我国经济社会科学发展服务。
（3）基本原则
以“瘦上强下、简政放权、便捷高效、加强监管、公平公正、统筹兼顾”等六项，作为《改革方案》的基本原则。
（4）主要任务与措施
提出 20 项具体措施以实现“五化”，即：
信息化：依托大数据、云计算、物联网等现代信息技术，建立统一的试验区海关信息化监管平台，在海关监管的每个业务节点上有效获取、处理和利用监管数据，实现系统统一、互联互通、无纸作业、电子围网，为智能化处理、便利化运作、规范化执法、安全化保障奠定基础；
智能化：在信息化基础上建立起试验区海关监管从数据采集到风险分析、执行处置到动态反馈的闭合管理回路，对各类监管数据进行筛选整理、综合运算、分析加工，并做出精准的风险判别和准确的处置指令，形成涵盖各业务条块，贯穿事前、事中、事后作业全流程的风险捕捉、实时处置的智能化管理模式，确保海关监管的安全高效；
便利化：以信息化和智能化为支撑，通过实施流程再造、创新海关监管模式、支持功能拓展，实现试验区海关管理流程更优化、监管更高效、服务更优质，在高水平管好前提下，便利企业、便利海关。通过加快货物通关流转速度，降低企业成本，营造便利化的投资和贸易环境；
法治化：积极推动上海自由贸易试验区的法治化建设，按照“投资贸易便利、监管高效便捷、法制环境规范”的要求，全面梳理海关相关法律法规和规范性文件，加快完善符合自由贸易试验区发展需要的海关管理制度和规则体系，突出制度创新和管理创新，扎实推动执法统一性建设，既规范海关管理，又规范企业行为，既维护贸易安全，又促进贸易便利，为信息化、智能化、便利化的规范有序运行完善法制保障；
安全化：按照中央要求，加强试验区海关监管，全面履行海关打击走私等管理职能，规范权力运行，通过基础建设、风险防控、权力规制、企业自律、社会共管，实现既加强监管又有效支持，坚持在“管得住”的前提下促进开放，最大限度地实现内外管理的安全化，努力把试验区建设好、管理好、发展好。
1.2013 年 12 月 2 日发布《中国人民银行关于金融支持中国（上海）自由贸易试验区建设的意见》（以下简称“意见”）以加大对跨境投资和贸易的金融支持，深化金融改革、扩大对外开放。
《意见》的总体原则：
（1）坚持金融服务实体经济，进一步促进贸易投资便利化，扩大金融对外开放，推动试验区在更高平台参与国际竞争。
（2）坚持改革创新、先行先试，着力推进人民币跨境使用、人民币资本项目可兑换、利率市场化和外汇管理等领域改革试点。
（3）坚持风险可控、稳步推进，“成熟一项、推动一项”，适时有序组织试点。
《意见》的主要内容：为实现创新有利于风险管理的账户体系、探索投融资汇兑便利、扩大人民币跨境使用、稳步推进利率市场化、深化外汇管理改革和监测与管理等六个方面提出了 27 项具体的措施。
2014 年 1 月 6 日，工业与信息化部与上海市政府联合发布了《中国（上海）自由贸易试验区进一步对外开放增值电信业务的意见》（以下简称“意见”），以进一步对外开放增值电信业务。
《意见》所确立的指导思想是积极推动试验区内增值电信业务进一步试点对外开放。加强管理，引导外商投资企业规范经营电信业务。完善服务，维护公平竞争的市场环境，促进电信市场持续健康发展。
《意见》的核心是拟开放的领域：
（1）已经对WTO承诺开放，但外资股比不超过 50％的信息服务业务、存储转发类业务等两项业务外资股比可试点突破 50％。其中信息服务业务仅含应用商店。
（2）新增试点开放四项业务：呼叫中心业务、国内多方通信服务业务、因特网接入服务业务（为上网用户提供因特网接入服务）、国内因特网虚拟专用网业务。其中，呼叫中心业务、国内多方通信服务业务、因特网接入服务业务（为上网用户提供因特网接入服务）外资股比可突破 50％；国内因特网虚拟专用网业务外资股比不超过 50％。
（3）在线数据处理与交易处理业务（经营类电子商务）外资股比不超过 55％。
（4）申请经营上述电信业务的企业注册地和服务设施须设在试验区内。因特网接入服务业务（为上网用户提供因特网接入服务）的服务范围限定在试验区内，其他业务的服务范围可以面向全国。
《意见》提出了四项措施：制定细则、营造环境、完善服务和加强监管等，来保障具体的落实。
2014 年 1 月 27 日发布了《同意在中国（上海）自由贸易试验区探索密切中外律师事务所业务合作方式和机制试点工作方案的批复》，同意了上海市司法局上报的《关于在中国（上海）自由贸易试验区探索密切中外律师事务所业务合作方式和机制试点工作方案》（以下简称“工作方案”）。
《工作方案》的指导思想是根据国务院批准的上海自贸区总体方案及其服务业扩大开放措施的部署，参照中国内地对港澳法律服务业开放合作的方法，在上海自贸区先行先试，探索密切中外律师事务所业务合作的方式和机制，以提升中外律师业相互开放与合作水平，提升中国律师业的服务和竞争能力，建设与上海自贸区发展需求相适应的法律服务体系。
《工作方案》的基本原则是试点工作应遵循稳妥、渐进、可控的原则，试点措施应与中国国情及律师业发展水平相适应，探索形成科学、有效地开放指导、监督和服务工作机制，为逐步扩大深化中外律师业的开放合作积累经验。
《工作方案》的试点措施包括三个方面：
（1）允许在上海自贸区设立代表处的外国律师事务所与中国律师事务所以协作方式，相互派驻律师担任法律顾问；
（2）允许外国律师事务所与中国律师事务所在上海自贸区内实行联营；
（3）允许已在内地设立代表处的港澳律师事务所参与前述试点工作。
《工作方案》确立了制定相关扶持政策措施、缩减行政审批时限和自贸区管委会作为上海市政府的派出机构，根据相关部门委托，承担相应行政管理职能等三项试点配套措施。
2014 年 3 月 14 日发布了《国家旅游局关于旅游支持中国（上海）自由贸易试验区建设的意见》，向上海市旅游局提出了五点支持上海自贸区建设的意见：
（1）委托你局依照《旅游法》和《旅行社条例》的规定，受理并审批外商在上海设立中外合资经营旅行社、中外合作经营旅行社和外资旅行社。
（2）中外合资旅行社迁址注册试验区的，其取得经营许可的时间按照迁入前旅行社的设立时间起算。
（3）外商投资境内出境游组团社成为中外合资旅行社并迁址试验区注册的，原出境游组团社出境旅游业务经营资格不再有效，该中外合资旅行社取得经营许可的时间按照原出境游组团社的设立时间起算。
（4）国家旅游局审批试验区内注册的符合条件的中外合资旅行社，申请经营除台湾地区以外出境旅游业务的时限为 20 个工作日。
（5）试验区内中外合资旅行社经营除台湾地区以外出境旅游业务的监管，由你局在上海市政府的领导下具体实施。
2014 年4 月4 日发布了《关于支持会计师事务所在中国（上海）自由贸易试验区设立分所并开展试点工作的通知》，就促进注册会计师行业抢抓机遇加快发展，进一步扩大开放、支持会计师事务所在上海自贸区设立分所提出了六项具体措施：
（1）支持合伙制或者完成特殊普通合伙转制满一年（按自财政部门批准转制日起至提出设立上海自贸区分所的书面申请日止计算）、内部整合到位且运行平稳的会计师事务所先行试点，在上海自贸区设立一家分所，允许其使用含“上海自贸试验区”字样的分所名称，标准用名为XX会计师事务所上海自贸试验区分所或上海XX会计师事务所自贸试验区分所。
（2）在上海自贸区设立分所暂按跨省级行政区划设立分所审批办理。
（3）总所设立登记在上海市的会计师事务所，其上海自贸区分所由总所实施集中统一管理。
（4）拟在上海自贸区设立分所的会计师事务所，应当向上海市财政局提出申请，并由其依法审批。
（5）会计师事务所要抓住在上海自贸区设立分所的机遇，一手抓内部治理和质量控制，一手抓人才储备和业务开拓，积极开展高端型、综合型、外向型、国际化业务，促进会计师事务所业务和人才“走出去”，不断提升我国注册会计师行业的竞争力和影响力。
（6）会计师事务所应加强对上海自贸区分所的“五统一”管理，在年度报备信息中单独说明上海自贸区分所的业务开展情况，有关要求由财政部在布置年度报备工作时另行规定。
2014 年 5 月 6 日发布了《国家濒危办关于简化中国（上海）自由贸易试验区有关办事程序的公告》，对“在上海自贸区注册的企业；在上海自贸区内口岸以自理或代理方式进出口野生动植物或其产品的；货物进出上海自贸区的”适用“简化许可程序、放宽许可条件、缩短许可时限”等三项野生动植物进出口行政许可改革措施。
2014 年 5 月 21 日发布了《委托上海市林业局实施野生动物行政许可事项的公告》，委托上海市林业局实施野生动物行政许可事项：
（1）适用范围
上海市自贸区注册的企业。
（2）委托事顶
“进出口国际公约限制进出口的陆生野生动物或其产品审批”事项中：（一）进口列入“中国野生动物经营利用管理专用标识”管理范围的野生动物皮革制品；（二）进口实验用猕猴、食蟹猴血清等衍生物实验材料。
（3）委托时间
委托时间为 2014 年 6 月 15 日至 2019 年 6 月 14 日。国家林业局对其委托的行政许可事项可进行变更、中止或终止，并及时向社会公告。
2014 年 6 月 25 日发布了《关于支持中国（上海）自由贸易试验区创新税收服务的通知》，要求上海市国家税务局和地方税务局加快政府职能转变，推进税收现代化建设，切实服务好上海自贸区。以“税收一网通办、便捷优质高效”（简称“办税一网通”）作为上海自贸区创新服务的主题，切实落实好十项措施：网上自动赋码、网上自动办税、电子发票网上应用、网上区域通办、网上直接认定、非居民税收网上管理、网上按季申报、网上备案、纳税信用网上评价和创新网上服务。
尽管几乎涉及自贸区管理的国务院各部委都颁布了支持自贸区建设的规章，但是仍需从以下几个方面加快立法，以适应自贸区改革开放的要求。首先，完善部门间立法的协同机制，以保障部门规章的统一。以金融立法为例，中央的“一行三会”是全国金融的主管部门，他们各负其责，但是，利率和汇率改革、离岸金融发展和人民币国际化等方面改革必须整体研究，统筹考量才能降低风险，取得好的改革效果；其次，建立健全区内投资贸易监管法制，尤其是对负面清单外行业投资者准入后的执业资质、品牌、专利、信用等级的评估、安全审查等事中事后监管进行规范，从而降低、避免和控制实施负面清单管理模式、服务业扩大开放和金融创新可能对市场、民族工业或支柱产业带来的经济安全风险；最后，加快全国性的立法以促进自贸区的发展。例如全国人大常委会授权国务院暂时调整《中华人民共和国外资企业法》《中华人民共和国中外合资经营企业法》和《中华人民共和国中外合作经营企业法》规定的有关行政审批。《授权决定》为将要实施的自贸区的改革措施扫清了法律上的障碍。但是，这只是权宜之计，要从根本上解决问题还是要加快《外国投资法》的立法进程。再如，在我国《担保法》《物权法》和《合同法》的基础上，借鉴美国的《仓单法》、上海期货交易所的《大宗货物期货交易规则》等制定我国的《期货法》能够推动自贸区期货相关产业的发展。
