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上海市政府 2013 年 9 月 29 日发布了《中国（上海）自由贸易试验区管理办法》（以下简称《管理办法》），作为地方政府规章，《管理办法》对上海自贸区的行政管理事项进行了全面的原则规定。
1.《管理办法》分七章和一个附件，共有三十九条。主要规范以下六方面内容：
一是明确了本办法的制定依据、适用范围和上海自贸区的区域功能。
二是明确了上海自贸区的管理机构及其职责。
三是明确了上海自贸区投资管理制度。
四是体现了上海自贸区在进出境监管等方面的制度创新。
五是规定了上海自贸区金融创新与风险防范机制。
六是明确了上海自贸区优化管理和服务的措施。
2.总则（目的、依据和功能）
为了推进上海自贸区建设，上海自贸区将重新组建管理机构具体落实上海自贸区改革任务，统筹管理和协调上海自贸区有关行政事务。为了确保上海自贸区的顺利挂牌和日常运作，需要制定《中国（上海）自由贸易试验区管理办法》，对上海自贸区的管理体制和基本管理制度等事项予以明确。
根据《全国人民代表大会常务委员会关于授权国务院在中国（上海）自由贸易试验区暂时调整有关法律规定的行政审批的决定》《中国（上海）自由贸易试验区总体方案》和有关法律、法规，制定本办法。
上海自贸区推进服务业扩大开放和投资管理体制改革，推动贸易转型升级，深化金融领域开放，创新监管服务模式，探索建立与国际投资和贸易规则体系相适应的行政管理体系，培育国际化、法治化的营商环境，发挥示范带动、服务全国的积极作用。
3.管理机构
自贸试验区管委会是上海市人民政府的派出机构，具体落实自贸试验区改革任务，统筹管理和协调自贸试验区有关行政事务。根据《管理办法》，自贸试验区管委会主要履行以下九方面的职责：
（1）负责推进落实自贸试验区各项改革试点任务，研究提出并组织实施自贸试验区发展规划和政策措施，制定自贸试验区有关行政管理制度。
（2）负责自贸试验区内投资、贸易、金融服务、规划国土、建设、绿化市容、环境保护、劳动人事、食品药品监管、知识产权、文化、卫生、统计等方面的行政管理工作。
（3）领导工商、质监、税务、公安等部门在自贸试验区内的行政管理工作；协调海关、检验检疫、海事、金融等部门在自贸试验区内的行政管理工作。
（4）承担安全审查、反垄断审查相关工作。
（5）负责自贸试验区内综合执法工作，组织开展自贸试验区内城市管理、文化等领域行政执法。
（6）负责自贸试验区内综合服务工作，为自贸试验区内企业和相关机构提供指导、咨询和服务。
（7）负责自贸试验区内信息化建设工作，组织建立自贸试验区监管信息共享机制和平台，及时发布公共信息。
（8）统筹指导自贸试验区内产业布局和开发建设活动，协调推进自贸试验区内重大投资项目建设。
（9）承担市政府赋予的其他职责。
除此之外，原由上海外高桥保税区管理委员会、洋山保税港区管理委员会、上海综合保税区管理委员会分别负责的有关行政事务，统一由管委会承担。
管委会承担的行政审批事项、具体管理事务，在《管理办法》的附件中作了明确。
4.其他规定
《管理办法》就其他四个方面进行了原则规定：
（1）投资管理
在第三章《投资管理》部分的第十条到第十四条，分别规范了服务业扩大开放、负面清单管理模式、境外投资备案制、注册资本认缴登记制、营业执照与经营许可等方面。
（2）贸易发展和便利化
在第四章《贸易发展和便利化》部分的第十五到第十八条，分别规范了贸易转型升级、航运枢纽功能、进出境监管制度创新、进出境监管便利化等方面。
（3）金融创新与风险防范
在第五章《金融创新与风险防范》部分的第十九到第二十五条，分别规范了金融创新、资本项目可兑换、利率市场化、人民币跨境使用、外汇管理、金融主体发展和风险防范。
（4）综合管理和服务
在第六章《综合管理和服务》部分的第二十六到第三十七条，分别规范了优化管理、管理信息公开、一口受理机制、完善监管、安全审查和反垄断审查、知识产权保护、企业年度报告公示、信用信息制度、监管信息共享、综合性评估、行政复议和诉讼、商事纠纷解决等方面。
《管理办法》是综合且原则性的规定，它的落实需要具体的配套措施。因此，上海市政府同时颁布了五个具有地方性规章性质的专门规定保障实施。
1.《中国（上海）自由贸易试验区外商投资项目备案管理办法》
（1）适用范围
自贸试验区项目备案管理范围包括：自贸试验区外商投资准入特别管理措施（负面清单）之外的中外合资、中外合作、外商独资、外商投资合伙、外国投资者并购境内企业、外商投资企业增资等各类外商投资项目（国务院规定对国内投资项目保留核准的除外）。
（2）项目备案程序
项目备案管理范围内的外商投资项目申请人（以下称“备案申请人”）填写并上报自贸试验区外商投资项目备案表相关信息，同时向项目备案机构提交材料；项目备案机构应在收到申请材料之日起 10 个工作日内，向备案申请人出具自贸试验区外商投资项目备案意见（以下简称《项目备案意见》）；予以备案的外商投资项目，备案申请人可凭项目备案意见，办理相关手续和享受相关优惠；项目备案机构在出具项目备案意见的同时，应将项目备案基本信息及备案文件文本等抄送相关部门。
（3）备案变更
予以备案的外商投资项目出现下列情形之一的，视为重大变更，应向项目备案机构申请变更：（一）投资方或者股权发生变化；（二）项目地点发生变化；（三）项目主要内容发生变化；（四）总投资超过原备案投资额 20％及以上；（五）有关法律法规和产业政策规定需要变更的其他情况。
（4）备案有效期
项目备案文件有效期为 2 年，自备案之日起计算。
2.《中国（上海）自由贸易试验区外商投资准入特别管理措施（负面清单）》
《中国（上海）自由贸易试验区外商投资准入特别管理措施（负面清单）》列明中国（上海）自由贸易试验区（以下简称“自贸试验区”）内对外商投资项目和设立外商投资企业采取的与国民待遇等不符的准入措施。负面清单按照《国民经济行业分类及代码》（2011 年版）分类编制，包括 18 个行业门类。S公共管理、社会保障和社会组织S以及国际组织T2 个行业门类不适用负面清单。
对负面清单之外的领域，将外商投资项目由核准制改为备案制（国务院规定对国内投资项目保留核准的除外）；将外商投资企业合同章程审批改为备案管理。
除列明的外商投资准入特别管理措施，禁止（限制）外商投资国家以及中国缔结或者参加的国际条约规定禁止（限制）的产业，禁止外商投资危害国家安全和社会安全的项目，禁止从事损害社会公共利益的经营活动。
3.《中国（上海）自由贸易试验区境外投资开办企业备案管理办法》
（1）适用范围
注册地在中国（上海）自由贸易试验区内的企业（以下简称“企业”）境外投资，适用本办法。本办法所称境外投资，是指企业通过新设、并购等方式，在境外设立非金融企业或取得既有非金融企业的所有权、控制权、经营管理权等权益的行为。
（2）备案权限
中国（上海）自由贸易试验区管理委员会对境外投资实行备案管理。
涉及与我国未建交国家（地区）的境外投资、特定国家（地区）的境外投资、涉及多国（地区）利益的境外投资、设立境外特殊目的公司、能源矿产类境外投资、需在国内招商的境外投资等，仍按照《境外投资管理办法》执行。
企业境外投资不得有以下情形：
（一）危害我国国家主权、安全和社会公共利益，或违反我国法律法规；
（二）损害我国与有关国家（地区）关系；
（三）可能违反我国对外缔结的国际条约；
（四）涉及我国禁止出口的技术和货物。
（3）备案效力及有效期
企业境外投资备案后，持《证书》办理外汇、海关、外事等相关手续，并可按照规定，申请国家有关政策支持。企业自领取《证书》两年内，未在投资目的国（地区）完成有关法律手续或未办理本办法第八条所列境内有关手续的，《证书》自动失效。如需再开展境外投资，应按照本办法规定重新办理备案。
4.《中国（上海）自由贸易试验区外商投资企业备案管理办法》
（1）企业设立备案
投资者在自贸试验区内设立外商投资企业的，应在取得企业名称预先核准后，登陆自贸试验区外商投资一口受理平台（以下简称“受理平台”）在线填报，并对备案告知事项做出承诺。
（2）变更备案事项
出现下列情形之一的，应通过受理平台，办理变更备案手续：
（一）注册资本变更（增资、减资）；
（二）股权或合作权益转让；
（三）股权质押；
（四）合并、分立；
（五）经营期限变更；
（六）提前终止；
（七）出资方式、出资期限变更；
（八）中外合作企业外国合作者先行收回投资。
其中，依照相关法律、法规规定应当予以公告的，应当依法办理公告手续。
（3）存续企业变更备案
本办法实施之前，在自贸试验区内设立的外商投资企业发生变更，或自贸试验区外的外商投资企业迁入的，且变更后属于本办法第二条规定的备案范围的，应通过受理平台办理变更备案手续，并向备案机构缴销批准证书。
5.《中国（上海）自由贸易试验区境外投资项目备案管理办法》
（1）范围和权限
中国（上海）自由贸易试验区管理委员会对注册在中国（上海）自由贸易试验区的地方企业实施的本市权限内的境外投资一般项目，实行备案制管理。
前往未建交、受国际制裁国家，发生战争、动乱等国家和地区，或国家发展改革委认定的其他敏感国家和地区投资的项目或涉及基础电信运营，跨界水资源开发利用，大规模土地开发，输电干线、电网，新闻传媒，或国家发展改革委认定的其他敏感行业的境外投资项目，不分限额，由市发展改革委初审后报国家发展改革委核准，或由国家发展改革委提出审核意见后报国务院核准。
（2）项目备案程序
项目备案管理范围内的外商投资项目申请人（以下称“备案申请人”）填写并上报自贸试验区外商投资项目备案表相关信息，同时向项目备案机构提交材料；项目备案机构应在收到申请材料之日起 5 个工作日内，向备案申请人出具自贸试验区外商投资项目备案意见（以下简称“项目备案意见”）；境外竞标或收购项目，备案申请人应按照有关规定，在投标或对外正式开展商务活动前，向国家发展改革委报送书面信息报告。对需要向国家发展改革委登记的地方重大境外投资项目，应按程序报国家发展改革委登记。
（3）备案的变更
予以备案的境外投资项目出现下列情形之一的，应向项目备案机构申请变更：
（一）投资方或股权发生变化；
（二）投资地点、项目主要内容发生变化；
（三）中方投资超过原备案的中方投资额 20％及以上。
（4）项目备案的效力
予以备案的境外投资项目，备案申请人可凭备案意见，向商务、外汇管理、海关、税务等部门办理相关手续。项目备案文件有效期 2 年，自备案之日起计算。