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明晚期，世界海上贸易得到极大发展，岭南出使南洋的舰队开航前不少到深圳赤湾天后庙祭祀祷告。明代以后，中国东南沿海频遭番夷、倭寇和海盗的侵扰，广东成为中央王朝防范的重点地区之一，军事力量不断增强。深圳南头、大鹏成为边防重地。明洪武二十七年（1394），设立东莞守御千户、大鹏守御千户所。稍后，在南头半岛又设南头寨，是“虎门之外卫，省会之屏藩”。明嘉靖四十四年（1565），设南头等6个水寨，水师总部建在南头。明正德十六年（1521），屯门海战的胜利，写下了中国历史上抵御西方殖民侵略的光辉篇章。清初，新安防守营、大鹏防守营与众多的营地和炮台形成一个比较严密的防御体系，军事地位进一步提高。在明清两代500多年间，深圳的南头城和大鹏城，在抗击海盗、倭寇和西方殖民主义的侵扰中，发挥了重要作用，确立了深圳海防重镇的历史地位。