秦汉至魏晋南北朝时期,秦始皇二十八年(前219)秦派五十万大军进攻岭南。秦始皇三十三年(前214)秦统一岭南,设南海郡、桂林郡、象郡三郡。时属南海郡的深圳,开始融合中原文化。魏晋南北朝时期,北方中原社会动荡,大量中原人民不断南迁,在岭南历史上掀起又一次移民与发展的高潮,推动了深圳地区政治、经济的发展。东晋咸和六年(331)分南海郡设东官郡,下辖宝安、欣乐、兴宁、海丰、海阳、绥安六县(对这一问题有四县、六县、七县、九县等说,此处釆用六县说),郡治宝安,郡、县治均设在今南山区南头城,深圳由此一度成为粤中、粤东以至闽南地区有影响的政治、经济和文化中心。