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1387 年，为防御倭寇入侵，江夏侯周德兴筑城于此，号厦门城，寓祖国大厦之门的含意，从此厦门的名字载入史册。同时也修建了五通寨，屯兵防守。厦门城隶属福建都指挥史司。郑成功时期为巩固厦岛防御，又拆高浦寨城垣以加固五通寨。清时此地设有绿营兵汛地——五通讯，并筑有炖台、瞭望台。
厦门港和漳州月港成了海上走私贸易的主要口岸，海上交通初具规模，已有 10 条通洋航线。明隆庆五至万历八年（1571—1680 年），由厦门港和月港开往菲律宾的中国商船每年有 30—40 艘，每年进出口价值 150 万元左右。明代的《顺丰相送》和《指南正法》记录了厦门通往马来西亚、泰国、印度尼西亚、菲律宾、新加坡、越南等地的针路
。传抄自 15 世纪的古本，辑录自月港门户浯屿、太武出发地往西洋针路 7 条：浯屿至柬埔寨，浯屿至大泥、吉兰丹，太武至彭坊，浯屿至杜板，浯屿至杜蛮、饶潼，太武、浯屿至诸葛担篮，太武、浯屿至荖维。往东洋针路 3 条：太武至吕宋，浯屿至麻里吕，太武至琉球。明代的《安南图志》《筹海重编》《海防纂要》《东西洋考》也记录有中国通往日本的主要航线。
据明代万历年间龙溪人张燮所着的海上交通史名著《东西洋考》记载，明代从月港出发的海上航线有 18 条，与东南亚、南亚和东北亚等 47 个国家和地区有直接贸易往来的商船数至少有 300 多艘次。月港商人还以菲律宾群岛和南洋群岛的其他地方为中继站，直接与西班牙、葡萄牙、荷兰、英国等欧洲国家进行交易，航线与欧洲各国开辟的新航路相连接，形成当时世界唯一一条环球贸易航线。“东洋针路”所记述的主要是中国到菲律宾的航路。在第一条航线即太武山至吕宋港航线中，太武山至沙马头澳一段在中国境内。太武山在福建省厦门对岸的镇海角上，今属龙海市，明代从泉州或漳州出洋，以此为航运始点。这段航线途经的澎湖屿和虎头山，即今之澎湖列岛和高雄港。沙马头澳（亦称沙马岐头）即今猫鼻角（亦称猫鼻头）。
月港位于漳州东南的龙海区海澄镇，《福建通志》载：“月港，外通海潮，内接淡水，其形如月。”月港兴起于明景泰年间（1450—1457年），盛于明万历年间（1573—1620 年），衰落于明天启年间（1621—1627 年），终止于清康熙二十三年（1684 年），厦门成立海关。月港与泰国、柬埔寨、北加里曼丹、印尼、苏门答腊、马来西亚、朝鲜、琉球、日本、菲律宾等 47 个国家与地区有直接商贸往来。又以菲律宾吕宋港为中介，与欧美各国贸易。当时有许多诗篇赞美月港，徐兴公的《海澄书怀寄能始茂之二十韵》：“旧曾名月港，今已隶清漳。东接诸日本，南连百粤疆。”
马銮古渡口遗址，2018 年底在厦门市海沧区东孚街道东瑶村和贞岱村交界处被发现。随后，地方文物保护单位和专家对遗址进行了初步调研，认为该处遗址属于明代建筑，具有较高文物价值，是海丝文化珍贵遗存。该处古渡口遗址位于东瑶村东部村口后头坪至贞岱村之间，由古埭（堤坝）、古码头、古桥（海水闸门）和护堤组成。外侧堤岸以长条石砌筑，有较深的航道，成为马銮湾西港最主要的海运和水陆交通节点。